中国科学院生物物理研究所发现古菌C／DRNA识别底物新规则
11月30日，中国科学院生物物理研究所叶克穷课题组在《中国科学：生命科学（英文版）》（Science China Life Sciences）上，在线发表了题为Complicated target recognition by archaeal box C/D guide RNAs的研究论文，揭示了古菌中2'-O-甲基化修饰全局图谱以及C/D RNA识别底物的新模式。 2'-O-甲基化修饰是RNA中频率最高的修饰之一，可影响RNA的结构、功能和稳定性等。C/D RNA在古菌和真核生物中广泛存在，指导底物RNA特定位点的2'-O-甲基化修饰。经典的C/D RNA通过碱基配对结合互补的底物，并挑选距离D/D'序列上游第5个碱基位点进行修饰，这被称为D+5规则。虽然已有关于古菌中C/D RNA的体外生化功能和结构的研究，但它们在体内的靶标和识别机制未有系统研究。 该研究系统测量了Sulfolob......阅读全文
古菌：无所不在－活出极限
22日返回广州的“实验3”号科考船圆满完成中巴首次联合科考任务，两国科学家对莫克兰海沟开展了地质、生物与微生物等综合考察。图为神秘美丽的莫克兰海沟海景“实验3”号科考期间，科学家在莫克兰海沟目标海域首次获得第一手生物样品。 经过12230海里的航行，中国科学院南海海洋研究所“实验3”号科考船圆
南极古生菌揭示病毒来源
发现pR1SE的南极洲湖泊图片来源：Alyce Hancock 一种罕见的南极微生物或许为破解进化过程中最大的谜题之一 ——病毒的起源提供了线索。相关成果日前发表于《自然—微生物学》杂志。 病毒和其他生命形式不同。可以说，它们根本不算活着。所有其他生命都由细胞构成，而细胞是能独立养活自己和繁
中国科学院生物物理研究所发现古菌C/D－RNA识别底物新规则
11月30日，中国科学院生物物理研究所叶克穷课题组在《中国科学：生命科学（英文版）》（Science China Life Sciences）上，在线发表了题为Complicated target recognition by archaeal box C/D guide RNAs的研究论文，揭
“深部生物圈”古菌揭示生命起源
生活在阳光下，我们看惯了飞禽走兽、树木花草，不会对“万物生长靠太阳”产生怀疑。最近几十年，随着海洋科技不断发展，科学家们发现在海洋底部一些黑暗的极端环境下，也有微生物活动的迹象。 最近，上海交通大学微生物海洋学实验室教授王风平领导的研究团队在《自然—微生物学》（Nature Microbio
酵母菌RNA制备实验
实验材料 酵母菌试剂、试剂盒 TES酸性酚氯仿乙酸钠乙醇仪器、耗材 离心管离心机摇床实验步骤 1. 酵母细胞在10 ml 培养基中生长至指数中期（OD600=1.0）。 2. 将培养液转移到50 ml，离心管，于4℃，1 500 g 离心3 min。 3. 弃上清，菌体沉淀用1 ml 冰冷的水
老油田有望“复活”？神秘古菌“吃”石油产甲烷
荧光显微镜照片（CARD-FISH)，绿色代表新古菌Ca. Methanoliparum。承磊供图 传统的原油开采技术，难以驱动地下油藏全部原油的运移，仍然有过半原油开采不出来。科学家相信，能在油藏环境中存活的厌氧微生物有可能成为人类的帮手。利用沼气发酵原理，将液态原油降解成气态甲烷，形成油气共采
古菌、细菌和真核生物的形态特征对比
在细胞结构和代谢上，它在很多方面接近其它原核生物。然而在基因转录这两个分子生物学的中心过程上，它们并不明显表现出细菌的特徵，反而非常接近真核生物。比如，它的转译使用真核的启动和延伸因子，且转译过程需要真核生物中的TATA框结合蛋白和TFIIB。它还具有一些其它特徵。与大多数细菌不同，它们只有一层细胞
酵母菌RNA制备实验—poly（A）+法
实验材料酵母菌试剂、试剂盒酚氯仿异戊醇仪器、耗材玻璃珠试管摇床培养箱离心机实验步骤一、热酸酚方案（基本方案1）1. TES及酸酚溶液的体积增加到4 ml。2. 操作时使用50 ml 聚丙烯离心管。3. 将得到大约10 mg RNA。 二、玻璃珠方案（备择方案1）1. 将体积增加到15 ml
从革兰氏阳性菌中分离RNA
实验材料 10 ml 细菌培养物试剂、试剂盒 DEPC 处理的水 裂解缓冲液 酚氯仿异戊醇 5mol LNaCl 冰冷的无水乙醇 70% 乙醇 DNA 酶消化缓冲液 TE 缓冲液仪器、耗材 离心机 带微探头的超声仪实验步骤 一 材料与设备1)10 ml 细菌培养物，2)DEPC 处理的水。3) 裂解
从革兰氏阳性菌中分离RNA
实验材料 10 ml 细菌培养物 试剂、试剂盒 DEPC 处理的水 裂解缓冲液 酚
从革兰氏阴性菌中快速分离RNA
试剂、试剂盒 10 ml 革兰氏阴性菌培养液 原生质体缓冲液 50 mg ml 溶菌酶 革兰氏阴性菌裂解缓冲液 饱和 NaCl 溶液 DEPC 处理水 乙醇实验步骤 一 材料与设备1)10 ml 革兰氏阴性菌培养液，2) 原生质体缓冲液：15 mmol/LTris-Cl(pH8.0)，0.45mol
2.7.2－从革兰氏阳性菌中分离RNA
实验材料10 ml 细菌培养物试剂、试剂盒DEPC 处理的水裂解缓冲液酚氯仿异戊醇5mol LNaCl冰冷的无水乙醇70% 乙醇DNA 酶消化缓冲液TE 缓冲液仪器、耗材离心机带微探头的超声仪实验步骤一 材料与设备1)10 ml 细菌培养物，2)DEPC 处理的水。3) 裂解缓冲液：30 mmol/
从革兰氏阴性菌中快速分离RNA
试剂、试剂盒 10 ml 革兰氏阴性菌培养液 原生质体缓冲液 50 mg ml 溶菌酶 革兰氏阴性菌裂解缓冲液 饱和 NaCl 溶液
古DNA揭示早期农耕生活为人类带来沙门氏菌
当人类进入农耕时代，并与牲畜一起生活时，这些动物进化出了一种更具毒性的沙门氏菌。图片来源：ANNETTE GüNZEL 猪很可怜，不仅成为食物进人类的肚子，我们还指责它在2012年给人类带来了“猪流感”（研究显示，猪流感病毒也是一种冠状病毒）。此外，猪还是沙门氏菌的宿主，这种细菌可以进入人体并引起
人类肠道宏基因组的古菌病毒研究新进展
2022年12月30日，中国科学院深圳先进技术研究院合成生物学研究所马迎飞团队在《自然-通讯》（Nature Communications）上，发表了题为Metagenomic analysis reveals unexplored diversity of archaeal virome in
研究揭示盘古古菌的生态功能和共生生活方式
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/3/495154.shtm
昆明植物所在嗜盐古菌质粒研究中取得新进展
古菌是生活在极端自然环境(如高温、低温、强酸、强碱、高压、厌氧或高盐)的一类特殊微生物。嗜盐古菌是古菌域真古菌界中的一个重要类群，主要分布于各种高盐环境，在医药和化工等方面具有应用前景。嗜盐古菌质粒研究为更好地开发利用嗜盐古菌资源和揭示高盐环境基因水平转移奠定基础。 中国科学院昆明植物研究
Science子刊：在深海中，病毒对古生菌进行大屠杀
根据一项新的研究，在深海沉积物的微生物群体中，古生菌（archaea, 也译作古细菌）遭受的病毒感染频率通常是细菌的两倍，尽管后者更加丰富。考虑到深海生态系统的巨大规模，这一结果表明古生菌-病毒关系可能是全球生物地球化学循环的主要促进者。相关研究结果发表在2016年10月12日那期Science
《常见细菌与古菌系统分类鉴定手册》出版发行
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/11/512417.shtm近日，在国家科学技术学术著作出版基金资助下，由中国科学院微生物研究所研究员东秀珠、中国科学院微生物研究所正高级工程师周宇光、广东省科学院微生物研究所研究员朱红惠等编著的《常见细菌与古
2.7.3－从革兰氏阴性菌中快速分离RNA
试剂、试剂盒10 ml 革兰氏阴性菌培养液原生质体缓冲液50 mg ml 溶菌酶革兰氏阴性菌裂解缓冲液饱和 NaCl 溶液DEPC 处理水 乙醇实验步骤一 材料与设备1)10 ml 革兰氏阴性菌培养液，2) 原生质体缓冲液：15 mmol/LTris-Cl(pH8.0)，0.45mol/L 蔗糖，8
酵母菌RNA制备实验—玻璃珠法
实验材料酵母菌试剂、试剂盒酚氯仿异戊醇仪器、耗材玻璃珠试管摇床培养箱离心机实验步骤1. 培养并收集酵母菌细胞，冷冻细胞沉淀。2. 用300 μl RNA缓冲液中重悬细胞沉淀。 3. 加1体积冷的酸洗玻璃珠（体积与约200 μl 水相等）、300 μl 的用RNA缓冲液平衡的25：24 ：1酚/
上海药物所报道抗万古霉素耐药菌候选药物
近日，中国科学院微生物研究所真菌学国家重点实验室院士庄文颖及博士曾昭清在吉林、河南和湖北等地的大蚕蛾科昆虫虫茧上，发现一种肉座菌目真菌——茧壳菌Cocoonihabitus sinensis。 茧壳菌具有肉质子实体但不形成子座，子囊壳或疏或密地排列在虫茧残体上；长柱形子囊顶端加厚，通过狭窄
科研人员深度挖掘人类肠道宏基因组的古菌病毒
北京时间12月30日，中国科学院深圳先进技术研究院合成生物学研究所马迎飞团队在国际学术期刊《自然-通讯》（nature communications，IF=17.69）上发表了题为"Metagenomic analysis reveals unexplored diversity of arch
外国学者研究发现土卫二有古菌或微生物
如果冰冷的土卫二和人们推测的相符，则某些微生物可以利用二氧化碳和氢气生长并产生甲烷。除此之外，研究人员认为土卫二岩核内发生的地化反应或能给这些微生物的生长提供充足氢气。相关论文2月28日刊登于《自然—通讯》。土卫二岩核内的反应或能为微生物生长提供氢气。图片来源：美国宇航局 土卫二是人们搜索潜在
上海药物所报道抗万古霉素耐药菌候选药物
2017年12月15日，中国科学院上海药物研究所黄蔚课题组与蓝乐夫课题组在ACS期刊《医药化学杂志》（Journal of Medicinal Chemistry）发表了题为“Extra sugar on vancomycin: new analogues for combating multi
从革兰氏阴性菌中分离高质量RNA
实验材料 大肠杆菌培养物或 蓝细菌培养物 试剂、试剂盒 DEPC 处理的水 终止缓冲液 ST
从革兰氏阴性菌中分离高质量RNA
实验材料 大肠杆菌培养物或 蓝细菌培养物试剂、试剂盒 DEPC 处理的水 终止缓冲液 STET 裂解液 酚 氯仿 3mol L 乙酸钠缓冲液 0.2mol L 和 l0 mmol L 氧钒核苷复合物 氯化铯 CsCl 塾层 冰冷的无水乙醇 乙醇仪器、耗材 离心机超速离心机实验步骤 一 材料与设备1)
酵母菌RNA制备实验—热酸性酚抽提法
实验材料酵母菌试剂、试剂盒TES酸性酚氯仿乙酸钠乙醇仪器、耗材离心管离心机摇床实验步骤1. 酵母细胞在10 ml 培养基中生长至指数中期（OD600=1.0）。 2. 将培养液转移到50 ml，离心管，于4℃，1 500 g 离心3 min。 3. 弃上清，菌体沉淀用1 ml 冰冷的水重悬，转
研究发现氨氧化古菌在硝态氮流失中发挥更大作用
我国现有红壤缓坡地(6~15°)2.1×107hm2，是我国发展粮食和亚热带经济作物及果、林、草的重要基地。湘北红壤丘岗区是我国南方红壤丘陵区农林符合生态系统的典型模块，以农田、果园、灌木丛、森林为主要土地利用类型。以往研究发现，高强度耕作，大量氮肥使用，加上每年5-8月，不均匀、高强度的降雨，
近地层臭氧浓度升高对稻田产甲烷古菌影响研究获进展
全球气候变化会影响土壤微生物所驱动的地球化学循环过程;而后者又会反过来进一步影响全球气候的变化。产甲烷古菌是稻田生态系统代表性微生物，负责稻田甲烷的生成。稻田产甲烷古菌对全球气候变化中的大气二氧化碳浓度升高、全球增温效应的响应已多有报道，但对全球气候变化中另一个重要组成部分，近地层臭氧浓度升高的