准确率68.7%,基于Transformer架构的WES数据体细胞和种系CNV调用程序开发
拷贝数变异(CNV)与多种遗传性疾病的病因有很大关联。利用全外显子组测序(WES)数据准确检测 CNV 一直是临床上长期追求的目标。尽管最近性能有所提高,但这是不可能的,因为算法大多精度低,专家策划的黄金标准调用集的召回率甚至更低。 牛津大学(Oxford University)、瑞士洛桑联邦理工学院(EPFL)以及土耳其毕尔肯大学(Bilkent University)提出了一个基于深度学习的 WES 数据体细胞和种系 CNV 调用程序,名为 ECOLE。 基于 Transformer 架构的变体,该模型通过对匹配的 WGS 样本进行高置信度调用,学习调用每个外显子的 CNV。 研究人员用迁移学习通过一小组专家调用,进一步训练和微调模型。ECOLE 首次在人类专家标记数据上实现了高性能,准确率达到 68.7%,召回率达到 49.6%。 与排名第二的最佳方法相比,准确率和召回率分别提高了 18.7% 和 30.8%。使用......阅读全文
TEM工作程序
工作程序(1)开启主机电源开关,待荧光屏显示操作数据后再进行下一步。(2)逐级加高压致所需电压,每加一级高压,必须等高压表中指示针停止摆动才能加下一级。如指示针移出量程,必须从zui低移级加起。(4) 根据说明书要求进行合轴操作,使仪器处于zui佳操作状态。(4)根据说明书的操作要求进行观察、
SEM工作程序
工作程序(1)开启试样室进气阀控制开关(CHAMB VENT),将试样放入试样室后将试样室进气阀控制开关(CHAMB VENT)关闭抽真空。(2)开启镜筒真空隔阀。(3)加高压(ACCELERATION POTENTIAL)至25KV.(4)加灯丝电流(FILAMENT)至7.5-8.(5)调节显示
siRNA-转染程序
A.siRNA转染的方法 哺乳动物转染的常见方法有:磷酸钙共沉淀、电穿孔法、DEAE-葡聚糖和polybrene、机械法(例如,显微注射和基因枪)、阳离子脂质体试剂,其中阳离子脂质体试剂转染法是目前最常用的转染方法。应用脂质体型转染试剂进行转染需要注重的几个方面:1. 转染试剂的用
PCR反应程序
1.常规程序将 PCR 反应所需的成分配置完后,在 PCR 仪上于 94-96℃ 预加热几十秒至几分钟,使模板 DNA 充分变性,然后进入扩增循环。在每一个循环中,先于 94℃ 保持 30 秒钟使模板变性,然后将温度降到复性温度(一般 50-60℃ 之间),一般保持 30 秒钟,使引物与模板
毒性试验程序
试验设计:设计试验在生物毒性试验中是一项重要内容,在进行每一项毒性试验时,都应该事先查阅相关文献,然后根据试验目和要求制定制定周密的试验方案。对水生生物进行的毒性试验设计大致包括:(1)选择受试生物;(2)设置毒物浓度;(3)试验持续时间;(4)受试生物的数量及分布;(5)确定观察指标及测定方法。试
程序降温仪
程序降温仪是实现生物样本低温冻存的关键设备。在常温样本需要向液氮低温环境转移时,可以介导生物样本的降温过程。广泛应用在干细胞移植、脐血冻存、眼角膜、心脏瓣膜、皮肤等器官组织的低温保存等领域,并正在向低温材料学科和农牧领域扩展。 样品冻存过程中,降温速率是影响细胞复苏活性的关键因素:过快/过
SEM关机程序
关机程序(1)关灯丝电流(FILAMENT)。(2)关高压(ACCELERATION POTENTIAL)。(3)反时针调节显示器对比度(CONTRAST)、亮度(BRIGHTNESS)到底.(4)关闭镜筒真空隔阀。(5)关主机电源开关。(6)关真空开关。(7)20分钟后,关循环水和电子交流稳压器开
能力验证程序
能力验证程序 1 目的 为保证检测结果的有效性,规范实验室开展的能力验证和比对实验活动,制定本程序。 2 范围 本程序适用于实验室参加能力验证活动、开展实验室间比对试验,以及组织实验室内部不同人员、不同设备、不同方法之间的比对试验。 3 职责 3.1 技术负责人组织制定能力验证和比对试验活动计划,并
小鼠免疫程序
一、抗原的准备 1、收到抗原时,首先要了解抗原的种类、性质和浓度,以便采取不同的处理方法。 2、多肽抗原,一般分多肽―偶联KLH和多肽―偶联BSA(或GGG)或裸多肽三种。多肽―偶联KLH一般用于免疫,而多肽―偶联BSA或裸肽一般用于检测,在免疫时注意区分使用。 3、分装 (1)收到抗原后,应及时
PCR反应程序
1.常规程序将PCR反应所需的成分配置完后,在PCR仪上于94-96℃预加热几十秒至几分钟,使模板DNA充分变性,然后进入扩增循环。在每一个循环中,先于94℃保持30秒钟使模板变性,然后将温度降到复性温度(一般50-60℃之间),一般保持30秒钟,使引物与模板充分退火;在72℃保持1分钟(扩增1kb
AWorks编程——socket通信(三)
TCP服务器实例按照基本的套接字编程流程,建立服务器,我们只需要调用socket、bind、listen、accept、send、recv、closesocket函数即可,如程序清单4,首先使用socket函数创建TCP类型的套接字,然后调用bind函数绑定本地网卡的IP地址和端口号,使用liste
测硫仪技术特点
2、能自动生成测试化验报表,在报表上计录有送样时间、化验时间、采样地点、送样单位、中间化验数据、最终分析结果等内容,并可长期存放在计算机内,供随时调用或打印报表。 3、通运性强,数据资源可共享。本仪器使用586或以上机型作分析主机。该仪器可进入多种计算网络,通过网络传输数据或调用数据,并可通过计
牛奶体细胞计数仪完成样品准备和体细胞计数的全部过程
牛奶体细胞计数仪用于个体和大罐牛奶中体细胞数量的快速、低成本检测。牛奶体细胞数量检测是牧场预防、检查和治疗奶牛乳房炎非常重要的一项工作。对乳品生产企业而言,是获得高品质生态纯净牛奶的必要检测项目。牛奶体细胞计数仪将国际公认的体细胞计数标准方法--直接显微镜计数法,与计算机图形识别技术相结合,通过微型
供应牛奶体细胞计数仪
●一般特点: 1)与传统的手工细胞计数方法比,它更快捷; 2)测试原理是采用认可的荧光显微方法,由高级荧光显微镜、CCD相机、软件组成,绿色激光做激发源,滤光片可除掉样品发出的各种波长但红色荧光例外。检测器(CCD相机)检测样品颗粒产生的红色荧光。图象分析程序计算红色颗粒(代表牛奶样品中的
体细胞重组定位法介绍
原理相同于基因纯合化的定位方法。由于体细胞交换发生得较少,所以常用 X射线处理杂合体使之发生更多的体细胞交换。
体细胞杂交的定义
体细胞杂交又称体细胞融合,指将两个原生质体不同的体细胞融合成一个体细胞的过程。融合形成的杂种细胞,兼有两个细胞的染色体。
多倍体细胞的分布
这是物种形成的另一种方式,是一种只经过一二代就能产生新物种的方式。由于多倍体生物一旦形成,它和原来的物种就发生生殖隔离,因而它成了新种,所以这种方式被称为爆发式的。多倍体在动物界极少发生,在植物界却相当普遍。很多植物种都是通过多倍体途径而产生的。约33%的物种是多倍体。被子植物中约有40%以上是多倍
牛奶体细胞计数器
SCC-100牛奶体细胞计数器绝大多数是白细胞,体细胞数是衡量牛奶质量的一个重要指标。如果牛奶中的体细胞数超过一定限度,就不适合饮用。 因此,准确地检测牛奶中体细胞浓度非常重要。此外,牛奶中体细胞数也是衡量奶牛是否健康的一个重要指标,当产奶牛患有乳腺炎时,牛奶中体细胞浓度增加,奶牛牛奶的产量也会减少
体细胞杂种技术的应用
1、 植物育种中的核质替换2、细胞质杂种的获得3、 远缘杂交创造新物种4、 细胞器的互作研究
衣原体细胞培养
对沙眼衣原体敏感的细胞株为McCoy细胞、Hela~229细胞和BHK细胞,最常用的是经放线菌酮处理的单层McCoy细胞,孵育后,用单克隆荧光抗体染色,可迅速诊断,但操作人员一定要熟练,需专业培养。医|学教育网搜集整理培养法的敏感性为80%~90%,阳性即可确立诊断。
体细胞杂交的概念
体细胞杂交又称体细胞融合,指将两个原生质体不同的体细胞融合成一个体细胞的过程。融合形成的杂种细胞,兼有两个细胞的染色体。
多倍体细胞的概念
多倍体:英文名称:polyploid 体细胞中含有三个或三个以上染色体组的个体.多倍体在生物界广泛存在,常见于高等植物中,由于染色体组来源不同,可分为同源多倍体和异源多倍体。
姊妹染色单体细胞简介
其原理是,当细胞接触到5-溴脱氧尿嘧啶核苷(Brdu)时,Brdu可作为核苷酸前体物,专一替代胸腺嘧啶掺入到新合成的DNA链中。只要通过两个细胞复制周期,就可使姐妹染色单体中的一条单体的DNA双链中,有一股链是掺入有Brdu的,而另一条单体的DNA双链中,两股链全掺入有Brdu.这样的细胞经过分
体细胞突变的遗传形式
恶性肿瘤的遗传形式可以通过配子传给后代;但是,恶性肿瘤的散发形式可以通过体细胞突变引起。可能是同一种恶性肿瘤的传递形式就有这两种。 肿瘤可以看作是在个体遗传素质的基础上,尤其是在个体对肿瘤的遗传易感性基础上,致癌因子引起细胞遗传物质结构或功能异常的结果。这种异常大多数不是由生殖细胞遗传得来,而
体细胞的概念和特点
体细胞,是一个相对于生殖细胞的概念。它是一类细胞,其遗传信息不会像生殖细胞那样遗传给下一代。高等生物的细胞差不多都是体细胞,除了精子和卵细胞以及它们的母细胞之外。
什么是体细胞杂交?
细胞杂交又称细胞融合(cellfusion),是将来源不同的两种细胞融合成一个新细胞。大多数体细胞杂交是用人的细胞与小鼠、大鼠或仓鼠的体细胞(hybridcell)进行杂交。
人体细胞增殖与死亡
细胞增殖 细胞增殖是机体生长发育的基础,是通过细胞分裂的形式实现的。人类的细胞分裂主要包括有丝分裂和减数分裂。有丝分裂是人类体细胞的主要分裂方式,减数分裂是人类生殖细胞的分裂方式。[4] 细胞衰老与死亡 细胞衰老主要表现为对环境变化适应能力的降低和维持细胞内环境恒定能力的降低不仅形态学结构
体细胞杂种的遗传特性
1.细胞分裂与染色体丢失如果细胞分裂而核不发生融合,在以后的发育过程中就会有两种结果,一是细胞分裂几次以后即停止生长从而导致死亡;二是在发育过程中某一亲本的细胞核部分或全部丢失。如果这样就会产生几种情况:A细胞+B细胞质;A细胞+B细胞质和部分染色体或基因。2.基因转移与性状表达由于染色体的部分丢失
体细胞超变的概念
中文名称体细胞超变英文名称somatic hypermutation定 义在体细胞中出现的高频突变。应用学科遗传学(一级学科),细胞遗传学(二级学科)
关于体细胞突变的简介
体细胞突变是指除性细胞外的体细胞发生的突变。不会造成后代的遗传改变,却可以引起当代某些细胞的遗传结构发生改变。绝大部分体细胞突变无表型效应。在植物中某些体细胞突变可导致叶形和枝形发生一定改变。