新研究“点亮”荧光RNA成像的结构机制

5月17日,中国科学院生物物理研究所方显杨研究组与动物研究所李幸研究组合作在《自然-通讯》上发表研究论文,揭示荧光点亮RNA适配体RhoBAST结合与激活荧光团TMR-DN的机制,为理性设计和优化这一重要的FLAP系统提供了机制见解。在活细胞中对生物大分子如蛋白质和RNA等进行时空定位和追踪,对于理解它们的生物学功能和揭示其机制至关重要。目前,荧光点亮RNA适配体(FLAP)被认为是强有力的活细胞RNA荧光成像工具。其中,RhoBAST是一种表现优异的FLAP成像工具,可以结合并激活一种接触淬灭型罗丹明衍生物TMR-DN,并在RNA的超分辨率成像中表现出优异的性能,但其结合和激活荧光染料的结构机制还不清楚。研究人员首先应用X射线晶体学解析了RhoBAST与TMR-DN复合物的高分辨率结构,发现RhoBAST折叠成一种四分支结构,整体结构类似于不对称的“A”字形。研究发现,RhoBAST的结构刚性以及半开放的结构口袋的特征可能还赋......阅读全文

RNA干扰(RNA-interference,RNAi)基础知识(1)

Rnai最近由于RNA 干扰(RNA interference,RNA i)的发现使反义领域的研究增多。这种自然发生的现象最早是在秀丽线虫中发现的(1),是序列特异性地使转录后的基因沉默的有力机制。由于最近两年在 RNA i领域取得的进步,已经有许多这方面的综述发表(2-4)。RNA 干扰是

RNA干扰(RNA-interference,RNAi)基础知识(3)

SiRNASmall interfering RNA (siRNA):是一种小RNA分子(~21-25核苷酸),由Dicer(RNAase Ⅲ家族中对双链RNA具有特异性的酶)加工而成。SiRNA是siRISC的主要成员,激发与之互补的目标mRNA的沉默。ShRNAshRNA 短发夹RNAshRNA

什么叫做外源性RNA和内源性RNA

核糖核酸(缩写为RNA,即RibonucleicAcid),存在于生物细胞以及部分病毒、类病毒中的遗传信息载体。RNA由核糖核苷酸经磷酸二酯键缩合而成长链状分子。一个核糖核苷酸分子由磷酸,核糖和碱基构成。RNA的碱基主要有4种,即A腺嘌呤、G鸟嘌呤、C胞嘧啶、U尿嘧啶,其中,U(尿嘧啶)取代了DNA

先进的成像

先进的成像 奥林巴斯BX53M金相显微镜除常规显微镜检查的传统衬度对比法,还可以解决以往很多使用传统衬度对比法检查时遇到的缺陷检测方面的困难。 3.1 MIX组合式观察:让以往看不见的图像显示出来 BX53M的MIX组合式观察技术组合了明场和暗场照明方法。对突出显示缺陷和区分隆起与凹陷表面很

凝胶成像种类

1)UV凝胶成像分析系统:可以对蛋白电泳凝胶,DNA凝胶样品进行图象采集并进行定性和定量分析,样品包括:EB、SYBR Gold、Texas Red、GelStar、Fluoroscecin、 Radiant Red等染色的核酸监测;以及Coomassie Blue、SYPRO Orange、各种染

凝胶成像定义

  图像分析程序,适用于ID胶、斑点/狭缝印迹、平板、菌落、放射自显影、多排胶、蛋白胶、GFP、PCR、考马斯亮蓝及银染的胶及ZYMA胶;可进行凝胶图像分析、克隆计数分析、手动条带定量和斑点分析。

LSCM观察成像

除冷冻组织切片外,其它生物学样品可根据组织特性及实验需求,采取不同的制备技术,进行激光共聚焦观察成像。如微小生物压片、植物压片可以用无荧光封固剂封片,随即观察。新鲜动物组织印片经热固定、荧光标记后,进行观察成像。表达荧光蛋白的小型实验动物整体样品,如: 果蝇 、斑马鱼、小鼠胚胎、鸡胚、小型组织器官等

共聚焦成像

共聚焦成像常规扫描速度达到16幅/秒(512X512分辨率),为显微镜行业最高速度,对于测钙、血流、心肌收缩等活细胞及活组织成像实验具有非常大的优势。4个荧光通道及1个DIC成像通道,可同时扫描和实时叠加;电动Z轴调焦步进 10nm,保证最精确的Z扫描,重建三维图像。

荧光成像系统

用荧光显微镜进行3D球状体荧光成像时,需要进行仪器设置优化和使用高级功能才能得到更好的成像结果。对球状体进行Z轴层扫时,需要选择合适的物镜并进行合适地聚焦才能拍出更清晰的图片。EVOS细胞成像系统和配套的CellesteTM成像分析软件可以完美地对球状体的大小、结构和蛋白表达水平进行定性和定量分析。

太赫兹成像

远距离穿墙术,铸就反恐作战新利器。如果问一下驻伊美军最怕的是什么,那答案肯定是路边炸弹,防不胜防的路边炸弹,成了驻伊美军不寒而栗的“头号杀手”,以至于让美国海军陆战队司令迈克尔·哈吉认为:“这种相对低级的武器将成为未来战争的一个标志。”在美军撤离伊拉克之前路边炸弹造成的伤亡一度不绝于耳。与此同时,不

浅谈细胞成像

2018082457566652.JPG 许多科学研究人员通过加入特定化合物刺激细胞后继而来观察细胞的 2D 或 3D 结构变化,借此来阐释复杂的细胞内信号通路变化。科学研究者利用新的细胞成像和分析技术,大大提升了他们对未知领域的理解水平。 拥有一台低成本、高效率、高通量检测分

TEM成像原理

样品放进样品室时最终是怎样成像的呢?成像原理:电子束最先通过聚光镜,聚光镜无放大作用,而有聚积电子束调节亮度的作用,经聚光镜的调节将电子束的直径调节在约2μm左右。这样细的电子束透过样品时,电子与样品中的原子发生碰撞,从而产生电子散射。(不同的结构成分对电子有着不同的散射程度,结构致密的,特别是被重

集成成像原理

 集成成像是一种自动立体(autostereoscopic )和多视角(multiscopic)三维成像技术,通过使用二维微透镜阵列(有时称为蝇眼透镜)捕获并重现光场,通常无需借助较大的集成物镜或观察透镜。再捕获模式下,将胶片或检测器耦合到微透镜阵列,每个微透镜都允许获取从该透镜位置的角度观察到的被

荧光成像系统

对完全校准好的荧光成像系统,当用不同的滤色镜组时,样品上一个点在检测器上精确成像为一个点,也就是像素对像素。然而,不同颜色的通道 merge 时,物镜的色差校正不够、滤镜光路没有完全对准都会使得荧光信号之间的记录有差错。对具有复杂图案的图像或明暗信号相混的图像,这个可能就检测不到。会得出这样的结论:

LSM成像原理

成像原理传统荧光显微镜一个难以克服的缺点是,来自焦平面以外的荧光也被物镜所收集,光学分辨率大大降低 。LSCM脱离了传统的场光源和局部平面成像模式采用激光为光源,在传统荧光显微镜成像的基础上,附加了激光扫描装置和共轭聚焦装置。激光束经照明针孔,经由分光镜反射至物镜,并聚焦于样品上,对样品焦平面上每一

TEM成像原理

基本原理在光学显微镜下a无f法看清小s于b0。0μm的细微结构,这些结构称为2亚显微结构(submicroscopic structures)或超微结构(ultramicroscopic structures;ultrastructures)。要想看清这些结构,就必须选择波长0更短的光源,以6提高显

浅谈细胞成像

许多科学研究人员通过加入特定化合物刺激细胞后继而来观察细胞的 2D 或 3D 结构变化,借此来阐释复杂的细胞内信号通路变化。科学研究者利用新的细胞成像和分析技术,大大提升了他们对未知领域的理解水平。 拥有一台低成本、高效率、高通量检测分析仪器,例如 ImageXpress® 细胞成像分析系统

SAR-成像原理

核磁共振成像维基百科,自由的百科全书跳转到: 导航, 搜索人脑纵切面的核磁共振成像核磁共振成像(Nuclear Magnetic Resonance Imaging,简称NMRI),又称自旋成像(spin imaging),也称磁共振成像、磁振造影(Magnetic Resonance Imagin

凝胶成像品牌

凝胶成像仪属于高科技产品,是需要软、硬件紧密一致配合的高端分子生物分析仪器。主要用于科研、医疗、教学等项目,目前国内进口品牌和国产品牌的市场占有率差不多。目前凝胶成像厂家很多,市场上常见的凝胶成像如:进口品牌进口品牌美国的市场上见的是相对比较多的有:UVP、伯乐、alpha、SIM、KODAK、GE

活体成像概述

一、引子  自从Roentgen发现了X光的用途,动物活体成像就走进了科学家的视野。活体成像有很多种模式,除了X光的离子辐射成像,还有声音、磁铁甚至光光成像。每种都有缺点和优点,举例来说,要确定解剖结构的位置和形状,CT扫描、MRI、超声波可能是较好的选择,但涉及到肿瘤细胞的注射位置、表达层面,他们

RNA-Isolation-Protocol

RNA Isolation Protocol(Revised 5-15-2003)Stabilize RNAStart with 15 ml E. coli Culture containing 7.5* 109 cells (OD600= 0.2 Dilute cells or scale up)

RNA干涉实验

化学合成siRNA分子实验 体外转录合成siRNA分子实验 采用RNA聚合酶Ⅲ启动子表达siRNA分子 采用RNaseⅢ制备siRNA分子实验             实验方法

RNA加工修饰

中文名RNA加工修饰所属领域生物学定义RNA加工修饰,主要加工方式是切断和碱基修饰,真核生物tRNA前体一般无生物学特性,需要进行加工修饰。

RNA-gel-electrophoresis

MaterialsDEPC H2ODEPC 0.1% (v/v)q.s. de-ioinized H2O37ºC x1 hr, or r.t. overnightAutoclave.(NaOAc, EDTA and ethidium bromide solutions should also be

Reverse-Transcription-of-RNA

实验概要The purpose of Reverse transcription of RNA is acquiring cDNA for follow research.实验原理Reverse  Transcription (RT reaction) is a process in which s

RNA点线杂交

RNA点线杂交(Dot and Slot blotting)·         RNA dot blot and slot blot (Beverly Faulkner-Jones)This methods allows the rapid analysis of numerous small sa

RNA干涉实验

RNA 干涉(RNA1) 是指在真核细胞中引入双链 RNA ( doubt-stranded RNA,dsRNA ) 分子从而导致具有序列同源性的基因产生特异件基内沉默(gene silencing ) 的现象。本实验来源「RNA 实验指导手册」主编:郑晓飞。实验方法原理当确定了靶基因上的 siRN

小分子RNA

RNA一度被认为仅仅是DNA和蛋白质之间的“过渡”,但越来越多的证据清楚的表明,RNA在生命的进程中扮演的角色远比我们早前设想的更为重要。RNA 干扰(RNA interference)的发现使得人们对RNA调控基因表达的功能有了全新的认识,更因为可以简化/替代基因敲除而成为研究基因功能的有力工具,

纯化RNA实验

从培养的细胞中纯化总RNA 从组织中纯化总RNA             实验材料 细胞

RNA提取原理

RNA抽取一般使用Trizol法抽提:Trizol是一种总RNA抽提试剂,内含异硫氰酸胍等物质,能迅速裂解细胞,抑制细胞释放出的核酸酶活性。目前常用Trizol法进行提取组织或细胞中的RNA。Trizol作用原理:在匀质化或溶解样品中,Trizol试剂可保持RNA的完整性,同时能破坏细胞及溶解细胞成