新研究“点亮”荧光RNA成像的结构机制

5月17日,中国科学院生物物理研究所方显杨研究组与动物研究所李幸研究组合作在《自然-通讯》上发表研究论文,揭示荧光点亮RNA适配体RhoBAST结合与激活荧光团TMR-DN的机制,为理性设计和优化这一重要的FLAP系统提供了机制见解。在活细胞中对生物大分子如蛋白质和RNA等进行时空定位和追踪,对于理解它们的生物学功能和揭示其机制至关重要。目前,荧光点亮RNA适配体(FLAP)被认为是强有力的活细胞RNA荧光成像工具。其中,RhoBAST是一种表现优异的FLAP成像工具,可以结合并激活一种接触淬灭型罗丹明衍生物TMR-DN,并在RNA的超分辨率成像中表现出优异的性能,但其结合和激活荧光染料的结构机制还不清楚。研究人员首先应用X射线晶体学解析了RhoBAST与TMR-DN复合物的高分辨率结构,发现RhoBAST折叠成一种四分支结构,整体结构类似于不对称的“A”字形。研究发现,RhoBAST的结构刚性以及半开放的结构口袋的特征可能还赋......阅读全文

RNA-Isolation-Protocol

Stabilize RNAStart with 15 ml E. coli Culture containing 7.5* 109 cells (OD600= 0.2 Dilute cells or scale up)Pipet 30 ml of RNAProtect Bacteria Reagen

RNA的制备

来源于任何细胞的RNA都可以通过反转录酶的作用拷贝成双链DNA并克隆化,获得相应的于特定细胞来源的cDNA文库。因此,RNA制备的意义有两个方面 * 获得特定细胞来源的cDNA文库,克隆目的基因 * 分析基因的表达,阐明基因调控的特性,了解从基因转录产生RNA的结构,数量,水平及合成的速率抑制RNA

RNA点杂交

1) 纯化的RNA的点杂交和狭线杂交安装印迹装置1.切一张合适大小的带正电荷尼龙膜。用铅笔标上表示方向的记号。用水把膜简单弄湿,在20×SSC中室温泡1 h。2.在膜浸泡期间,先用0.1 mol/L NaOH小心清洗印迹装置,再用无菌水洗干净。3.把两片厚滤纸用20×SSC浸湿,再放到真空器顶部。4

DNA-and-RNA-EXTRACTIONS

A protocol / method / schedule /procedure for extraction / isolation of both DNA and RNA from the same material typically plant leaf / leaves(See also

RNA-Immunoprecipita...

实验概要Interest in RNA-protein interactions is booming as we begin to appreciate the role of RNA, not just in well-established processes such as tran

RNA-反转录

 实验材料 poly(A)+RNA反转录酶鼠源反转酶 或禽源反转录酶试剂、试剂盒 oligo(dT)12-18 lmol LTris-Cl 1mol LTris-Cl lmol LKC1 25 mmol LMgCl2 dNTP 混合物 0.lmol LDTT RNasin实验步骤 一材料与设备1)p

RNA-gel-electrophoresis

实验概要RNA gel electrophoresis主要试剂DEPC H2ODEPC 0.1% (v/v)q.s. de-ioinized H2O37ºC x1 hr, or r.t. overnightAutoclave.(NaOAc, EDTA and ethidium bromide sol

Poly(A)+RNA-Isolation

Eukaryotic messenger RNA (mRNA) can be separated from the other RNA species in a total RNA preparation by affinity chromatography by virtue of the

前信使RNA

中文名称前信使RNA英文名称pre-messenger RNA;pre-mRNA;precursor mRNA定  义未经剪接加工的基因转录产物。即初级转录物。应用学科细胞生物学(一级学科),细胞遗传(二级学科)

RNA的提取

【实验原理】Trizol 试剂是直接从细胞或组织中提取总RNA 的试剂。它在破碎和溶解细胞时能保持RNA 的完整性。加入氯仿后离心,样品分成水样层和有机层。RNA存在于水样层中。收集上面的的水样层后,RNA 可以通过异丙醇沉淀获得。【实验仪器】1. 匀浆机2. 低温离心机3. 涡旋器【试剂及配制】1

RNA干涉实验

实验方法原理 当确定了靶基因上的 siRNA 分子作用位点以后,根据靶位点的序列可以很方便地推导得到相应的 siRNA 分子的正义与反义 RNA 链序列。它们包含 19 bp 的互补双链区和两侧的不配对区(每侧为 2 个 U 成 2 个 T ),在合成时用 T 替代 U 可以降低成本并可以提

RNA提取原理

RNA抽取一般使用Trizol法抽提:Trizol是一种总RNA抽提试剂,内含异硫氰酸胍等物质,能迅速裂解细胞,抑制细胞释放出的核酸酶活性。目前常用Trizol法进行提取组织或细胞中的RNA。Trizol作用原理:在匀质化或溶解样品中,Trizol试剂可保持RNA的完整性,同时能破坏细胞及溶解细胞成

RNA病毒介绍

RNA是核糖核酸,single-stranded是单链。一般看脱氧核糖核酸(DNA)的图片都是有两条链扭在一起,而核糖核酸一般都是单链的。讲到ssRNA,一般都是在说RNA病毒。一般来说生物学家是根据RNA能否直接起mRNA作用而分成正链ssRNA病毒与负链ssRNA病毒两种。(1)正链RNA病毒(

RNA-isolation-for-Microarray

Description RNA extraction using TRI REAGENT. This method gives ample amout of RNA.Procedure It is 3 days procedure.Day 1:1. Harvest the cells and cen

RNA点杂交

RNA点杂交1)  纯化的RNA的点杂交和狭线杂交安装印迹装置1.切一张合适大小的带正电荷尼龙膜。用铅笔标上表示方向的记号。用水把膜简单弄湿,在20×SSC中室温泡1 h。2.在膜浸泡期间,先用0.1 mol/L NaOH小心清洗印迹装置,再用无菌水洗干净。3.把两片厚滤纸用20×SSC浸湿,再放到

RNA微注射

·         RNA Injection (Hoshi Lab)The oocyte is a useful model for the investigation of the function of usr/localious genes and is a widely used syst

RNA的提取

一、准备试剂:氯仿,异丙醇,75℅乙醇,无RNase的水或0.5℅SDS(溶液均需用DEPC处理过的水配制)。二、操作步骤:1. 匀浆处理:a. 组织 将组织在液氮中磨碎,每50-100mg组织加入1ml TRIzol,用匀浆仪进行匀浆处理。样品体积不应超过TRIzol体积10℅。b. 单层培养细胞

RNA-反转录

            实验材料 poly(A)+RNA 反转录酶 鼠源反转酶  或禽源反转录酶 试剂、试剂盒 oligo

单色光成像与可见光成像对比

分别使用传统光源与激光光源对带有消影层的ITO的成像对比,在传统光源成像下,整个触控屏的观察区域是透明的,无法观察到ITO与非ITO区,如图3-3-(a)。但当在使用激光成像后,可以发现有ITO的区域与无ITO的蚀刻区分界清晰锐利,同时可以看到ITO表面上的微小缺陷,如图3-3-(b),这样的缺陷很

前沿显微成像技术专题——超分辨显微成像(2)

上一期我们为大家介绍了几种主要的单分子定位超分辨显微成像技术,还留下了一些问题,比如它的分辨率是由什么决定的?获得的大量图像数据如何进行重构?本期我们就来为大家解答这些问题。单分子定位超分辨显微成像的分辨率单分子定位超分辨显微成像的分辨率主要由两个因素决定:定位精度和分子密度。定位精度是目标分子在横

高光谱成像仪的成像技术原理

  高光谱成像仪是新一代传感器。在20世纪80年代初正式开始研制。研制这类仪器的主要目的是想在获取大量地物目标窄波段连续光谱图像的同时,获得每个像元几乎连续的光谱数据,因而称为成像光谱仪。目前成像光谱仪主要应用于高光谱航空遥感。在航天遥感领域高光谱也开始应用。  高光谱成像技术  高光谱成像技术是基

高光谱成像仪的成像技术原理

  高光谱成像仪是新一代传感器。在20世纪80年代初正式开始研制。研制这类仪器的主要目的是想在获取大量地物目标窄波段连续光谱图像的同时,获得每个像元几乎连续的光谱数据,因而称为成像光谱仪。目前成像光谱仪主要应用于高光谱航空遥感。在航天遥感领域高光谱也开始应用。   高光谱成像技术   高光谱成像

光声成像:-光学和超声成像的完美结合

光声成像: 光学和超声成像的完美结合---Endra小动物光声成像系统在肿瘤,血管,脑科学等领域的应用光声成像是近年来发展起来的一种无损医学成像方法,它结合了纯光学成像的高对比度特性和纯超声成像的高穿透深度特性,可以提供高分辨率和高对比度的组织成像。光声技术的原理是当一束光照射到生物组织上以后,生物

前沿显微成像技术专题——超分辨显微成像(1)

从16世纪末开始,科学家们就一直使用光学显微镜探索复杂的微观生物世界。然而,传统的光学显微由于光学衍射极限的限制,横向分辨率止步于 200 nm左右,轴向分辨率止步于500 nm,无法对更小的生物分子和结构进行观察。突破光学衍射极限,一直是科学家们梦想和追求的目标。虽然随着扫描电镜、扫描隧道显微镜及

真核细胞总RNA的制备(Total-RNA-Isolation)2

Total RNA Isolation Guanidine-based isolation Objective:  To obtain total RNA from zebrafish embryos. Required Materials  Denaturing Solution

从果蝇胚胎中提取总-RNA-或-poIy(A)-+RNA

            试剂、试剂盒 0.lmol LNaOH  乙醇  3mol L 乙酸钠   苯酚  无 SDS 的结合缓冲液 含 SDS 的结合缓冲

从果蝇胚胎中提取总-RNA-或-poIy(A)-+RNA

试剂、试剂盒 0.lmol LNaOH 乙醇 3mol L 乙酸钠 苯酚 无 SDS 的结合缓冲液 含 SDS 的结合缓冲液 TE 缓冲液 SEVAG 漂白剂(Bleach) 含 MgCl2 的 PBS(pH7.2) 果蝇勻浆缓冲液实验步骤 一 材料与设备1)0.lmol/LNaOH2)70%(V/

真核细胞总RNA的制备(Total-RNA-Isolation)1

从细胞中分离RNA的纯度于完整性对于许多分子生物学实验至关重要。如Northern印迹与杂交分析、寡聚(dT)纤维素选择分离 mRNA,cDNA合成及体外翻译等实验的成败,在很大程度上决定于RNA的质量。RNA分离的最关键因素是尽量减少RNA酶的污染。快速一步法提取总RNA组织及有核细胞在匀浆过程中

植物表型成像系统WIWAM-Screening功能分析—成像分析

  1.叶绿素荧光成像分析:可对植物叶绿素荧光动态进行成像分析,以监测植物生理状态,胁迫生理如干旱胁迫、肥料胁迫、病虫害胁迫、环境污染毒性胁迫等等,还可对GFP(绿色荧光蛋白)进行成像分析,单幅成像面积40x40cm,成像测量参数包括Fo, Fm, Fv, Fo’, Fm’, Fv’, Ft, Fv

工业CT的3D成像系统的成像方法

  一种工业CT的3D成像方法和成像系统,包括相向设置的X射线发生器、弧形探测器、设置在同一条轴线上的*传送带和第二传送地,*传送带和第二传送带的相对端之间具有空隙,X射线发生器和弧形探测器以空隙处为圆心围绕*传送带和第二传送带转动设置。   X射线发生器包括X射线球管和束光器,束光器安装在X射线