武汉病毒所基因组内16SrRNA基因差异性研究获进展
近期，中科院武汉病毒研究所周宁一研究员课题组在基因组内16S rRNA基因的差异性而导致的原核生物多样性高估研究方面取得重要进展。相关结果发表在10月的微生物学刊物Applied and Environmental Microbiology上，并被本期杂志选为亮点文章(Spotlight: Articles of Significant Interest Selected from This Issue by the Editors)。 自从Carl Woese应用16S rRNA基因来确定原核生物的亲缘关系，这个方法已成为原核生物系统发育和分子生态学研究中公认的经典标准。然而，该基因在原核生物内往往同时存在多个拷贝，而且拷贝之间的基因序列并不完全一致。因此，在原核生物生态学研究中，基于16S rRNA基因的菌群多样性分析会引起一定程度的高估。该组从目前2013个测序的原核生物基因组中，对16S ......阅读全文
线粒体基因组的疾病关系简介
人线粒体DNA（mtDNA），共包含37个基因，这37个基因中有22个编码转移核糖核酸（tRNA）、2个编码核糖体核糖核酸（12S和16S rRNA)，13个编码多肽。 对于可疑线粒体病的患者来说，理想的遗传学诊断方法是发现导致线粒体结构和功能缺陷的相关基因突变。这些基因突变可能在mtDNA上
无菌工艺快速微生物检测方法
自21世纪初以来，国际制药工业界在无菌药品生产领域开展了一项重要的检测技术——快速微生物检测（RMM，Rapid Microbiological Methods），包含快速检出和鉴定。 在多年制药工业实践中，许多实验室发现当微生物养分被剥夺，或抗菌剂，如防腐剂、消毒剂、高温蒸汽或去污染气体的浓
TRFLP的主要原理与步骤
T-RFLP的主要原理与步骤大体如下：1.提取DNA；2.设计1-2对通用引物(主要根据16S rRNA基因)进行PCR扩增，（每对引物的1条5'端标记荧光);3.产物纯化后,酶切.每组酶切产物中只有一条片段末端标记了荧光.4.酶切产物通过毛细管电泳,或测序胶电泳,荧光扫描.5.结果分析:每
研究揭示疾病基因在物种之间的差异性表达和功能
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/2/517401.shtm
生物信息学mapping率高或低代表什么意思
生物信息学高度依赖于网络。实际上，你需要的几乎所有资源，都可以从网上下到。你需要关注你研究领域所需要的那些，而不是全部的资源。我原来常用的：NCBI：持有INSDC的节点。网站上有核酸、蛋白、基因名、基因组名等等的搜索工具，以及BLAST序列比对搜索工具，PUBMED文献数据库，Taxonomy数据
关于氨基糖甙类的作用机理与特点介绍
早期发现氨基糖苷类药物是经直接作用于细菌30S核糖体亚单位、使细菌发生读码错误而最终导致细菌死亡的。近年来更加深入的研究表明,此类药物是直接与30S核糖体亚单位的16S rRNA解码区的A部位结合的。虽然氨基糖苷类药物的结合点都是16S rRNA的保守区域,但它们对原核和真核核糖体的作用并不相同
氨基糖苷类的作用机理及特点
早期发现氨基糖苷类药物是经直接作用于细菌30S核糖体亚单位、使细菌发生读码错误而最终导致细菌死亡的。近年来更加深入的研究表明，此类药物是直接与30S核糖体亚单位的16S rRNA解码区的A部位结合的。虽然氨基糖苷类药物的结合点都是16S rRNA的保守区域，但它们对原核和真核核糖体的作用并不相同
简述氨基糖苷类的作用机理与特点
早期发现氨基糖苷类药物是经直接作用于细菌30S核糖体亚单位、使细菌发生读码错误而最终导致细菌死亡的。近年来更加深入的研究表明，此类药物是直接与30S核糖体亚单位的16S rRNA解码区的A部位结合的。虽然氨基糖苷类药物的结合点都是16S rRNA的保守区域，但它们对原核和真核核糖体的作用并不相同
微生物学检验基本技术（六）
二、沉淀反应可溶性抗原(如细菌的培养滤液、含细菌的患者血清、脑脊液及组织浸出液等)与相应抗体相混合，在比例适合和适量电解质的存在等条件下，形成肉眼可见的沉淀物，称沉淀反应。利用沉淀反应进行血清学试验的方法称为沉淀试验。沉淀反应有环状、絮状和琼脂扩散法3种基本类型。1．环状沉淀试验将已知的抗血清加于内
沈阳生态所在共轭二烯烃厌氧微生物转化研究中取得进展
1,3-丁二烯（1,3-Butadiene， BD），作为最简单的共轭二烯烃，被广泛用于橡胶、热塑性树脂及尼龙等合成，其年产量仅在美国就高达10-50亿磅。汽车尾气、烟草烟雾、塑料或橡胶设施附近污染的空气和水是人类接触BD的主要来源。毒理学研究表明长期暴露BD污染环境会出现眼痛、视力模糊、咳嗽以
测序告诉你，自动取款机键盘有多脏
根据一项新研究，纽约大学的研究人员在自动取款机（ATM）键盘上发现了很多与家具用品、人体皮肤以及食物有关的混杂微生物。他们通过16S和18S核糖体RNA基因测序，分别对曼哈顿以及布鲁克林区的数十个ATM键盘上的微生物进行鉴定和分类，相关结果于11月17日发表在mSphere杂志上。 ATM键盘
Polymerase－Chain－Reaction－(PCR)－to－Amplify－rRNA－Gene－Fragment
Polymerase Chain Reaction (PCR) to Amplify rRNA Gene FragmentPrepare sufficient master mix for both partners (45 mL/50 mL reaction)10 mL 10x PCR buffe
Polymerase－Chain－Reaction－(PCR)－to－Amplify－rRNA－Gene－Fragment
Polymerase Chain Reaction (PCR) to Amplify rRNA Gene FragmentPrepare sufficient master mix for both partners (45 mL/50 mL reaction)10 mL 10x PCR buffe
rRNA前体的后加工过程介绍
rRNA前体的后加工通常有如下步骤：①修饰：除5SrRNA外，rRNA分子上通常有修饰核苷酸（主要是甲基化核苷酸），它们都是在后加工时修饰的。一般认为核糖2′羟基的甲基化在碱基甲基化之前；②剪切：在rRNA前体分子的多余顺序处切开，产生许多中间前体，然后再切除中间前体末端的多余顺序；③剪接：有的真核
核糖体RNA的结构及功能
结构 测定rRNA的空间排列方式的方法主要有电镜法和交联法。其功能部位通过几种方法确定在70S核糖体图中显示了rRNA分子的结合部位和方向。在电镜下,16SrRNA的排列呈V型,一个臂比一个臂稍厚和长。23S的大小和形状可与50S"皇冠"式样很好匹配。有结论认为,rRNA形成了核糖体亚基的骨架
Sci－Rep提出令人惊讶的新观点：鸟枪法测序的重大缺陷
研究人员指出，通常被认为是优选技术的鸟枪测序方法可能存在重大缺陷，在进行宏基因组分析中会大大低估环境中的多样性。 美国自然历史博物馆（AMNH）的一组研究人员发现，通常用于宏基因组学分析的两种测序方法在进行了解相对较少的微生物群落序列分析时，会出现不同的结果。这项研究表明一般被认为是表征微生物
地质地球所研究发现古老趋磁细菌新类群
北京密云水库中新发现的两类硝化螺旋菌门趋磁细菌的荧光原位杂交（A至I）与透射电子显微镜照片（J和K） 趋磁细菌是一类能够在细胞内合成纳米磁体矿或胶黄铁矿磁小体的原核微生物，目前已发现的趋磁细菌在系统发育上均属于变形菌门 (Proteobacteria)与硝化螺旋菌门(Nitrospira
Cell子刊推荐综述：人肠道细菌的命运
肠道微生物是由一群构成不同的微生物群体组成，其中包括细菌，古细菌和真核生物，它们亲密无间的生活在一起。在过去二十年间，科学家们对于这些小生物的兴趣日趋浓厚，很大一部分原因是由于测序技术相关的分析飞速发展，今天大量的证据表明肠道微生物在宿主生理病理，以及肠道免疫平衡过程中扮演了重要的角色。 近期
珠江河口原核微生物群落及其网络结构研究获进展
近日，中山大学生命科学学院教授李文均团队利用16S rRNA基因扩增子测序技术，研究发现珠江河口原核微生物群落组成及其网络结构具有环境依赖的特征。相关研究发表于Environmental Research。 原核微生物是河口生态系统中物质循环和能量流动的重要驱动者。根据原核微生物在河口生态
微塑料影响土壤微生物群落结构等的研究获进展
微塑料污染已在世界范围内成为日益普遍的问题，但其对土壤环境的影响有待探究。近日，中国科学院城市环境研究所研究员姚槐应团队利用磷脂脂肪酸（PLFA）技术、实时荧光PCR方法、细菌16S rRNA和真菌ITS高通量测序技术以及温室气体监测气相色谱（GC）法，研究了微塑料污染对菜地土壤微生物群落结构和
菌种保藏中心如何进行细菌鉴定
传统方法 常规宏观菌落形态学观察,主要观察菌落在其适合的培养基上的生长状况:细菌在固体培养基上的生长形态、大小、颜色是否均匀一致,菌落个体表面及边缘的生长状况；在液体培养基上的浑浊状况、沉淀状况、液面菌膜状况；半固体上穿刺接种后,观察细菌是否沿着接种线生长以及其生长状态是呈毛刷样生长还是均匀生
提取的总RNA跑胶为什么只有3条带
三条是主带哺乳动物的RNA包括mRNA，rRNA，tRNA和小RNA，根据分子量和沉降系数的不同，rRNA又可分为28s, 18s 和5s 的rRNA。从RNA的含量上看，rRNA是几种RNA中最多的，高达90%以上，而mRNA很少，只有1-2%，而其他两种RNA的分子量比较小，这就解释了为什么从凝
提取的总RNA跑胶为什么只有3条带
三条是主带哺乳动物的RNA包括mRNA，rRNA，tRNA和小RNA，根据分子量和沉降系数的不同，rRNA又可分为28s, 18s 和5s 的rRNA。从RNA的含量上看，rRNA是几种RNA中最多的，高达90%以上，而mRNA很少，只有1-2%，而其他两种RNA的分子量比较小，这就解释了为什么从凝
RNA电泳跑胶为什么没有5S条带
生物体内一般含有核糖体rna（rrna）、信使rna（mrna）、转运rna(trna)三种主要的rna，其中rrna含量最多,提取组织总rna所得最多的就是rrna。真核生物中含有5s、5.8s、18s、28s,原核生物中有5s、16s、23s；而植物组织中一般较多的为5s、18s、28ss代表沉
关于空肠弯曲菌的检测方法介绍
用于弯曲菌检测的经典方法常用的为生化鉴定方法，但检测时间长、试剂成本高、尤其空肠弯曲菌的微需氧特性，使其分离培养更为困难，需要额外的维持微需氧条件的设施和试剂，近年来，PCR等分子生物学检测方法取得了长足发展，它具有敏感性高、特异性强、检测快速等优点。本研究通过对空肠弯曲菌及结肠弯曲菌16s r
关于叶绿体基因组－－cpDNA的基本介绍
叶绿体基因组在很多方面与线粒体基因组的结构是相似的。叶绿体DNA（cpDNA）是双链环状，缺乏组蛋白和超螺旋。cpDNA中的GC含量与核DNA及mtDNA有 很大的不同。因此可用CsCl密度梯度离心来分离cpDNA。 每个叶绿体中cpDNA的拷贝数随着物种的不同而不同。但都是多拷贝的。这些拷贝
RNA实验和方案新手必读（四）
溶液（水或者其它溶液）应该使用0.1%的DEPC处理。DEPC是一种强大但非绝对的RNase抑制剂。浓度为0.1%的DEPC经常用于处理玻璃或者塑料耗材，以使其表面的RNase失活，或者制备不含RNase的的溶液和水。DEPC通过共价修饰使RNase失活。在100 ml要处理的溶液中加入0.1 ml
线粒体DNA的组成结构
研究人员发明了转换卵细胞基因材料的方法，用拥有健康线粒体的卵细胞取代携带错误线粒体DNA的卵细胞。结果是，胚胎会携带来自母亲和父亲的核DNA，以及卵细胞捐献者的线粒体DNA。mtDNA虽能合成蛋白质，但其种类十分有限。迄今已知，mtDNA编码的RNA和多肽有：线粒体核糖体中2种rRNA（12S及16
关于原核表达载体原件SD序列的介绍
1974年Shine和Dalgarno首先发现，在mRNA上有核糖体的结合位点，它们是起始密码子AUG和一段位于AUG上游3～10 bp处的由3～9 bp组成的序列。这段序列富含嘌呤核苷酸，刚好与16S rRNA 3¢；末端的富含嘧啶的序列互补，是核糖体RNA的识别与结合位点。以后将此序
细胞化学基础叶绿体基因组－－cpDNA
叶绿体基因组在很多方面与线粒体基因组的结构是相似的。叶绿体DNA（cpDNA）是双链环状，缺乏组蛋白和超螺旋。cpDNA中的GC含量与核DNA及mtDNA有 很大的不同。因此可用CsCl密度梯度离心来分离cpDNA。每个叶绿体中cpDNA的拷贝数随着物种的不同而不同。但都是多拷贝的。这些拷贝位于类核