学者开发出基因结构注释“抛光”工具

华南农业大学园艺学院教授夏瑞团队在国家自然科学基金等项目的资助下,开发了一种基于基因共线性进行物种基因组基因结构注释矫正的工具——SynGAP(Synteny-based Gene structure Annotation Polisher)。相关成果近日在线发表于《基因组生物学》(Genome Biology)。 演化过程中,在具有共同祖先的近缘物种之间,染色体上同源基因存在保守排列的现象,被称为基因共线性。近缘物种的基因共线性区块中,部分基因丢失了与其对应的共线性基因,进而在区块内形成共线性对的间隔。共线性基因的缺失,可能由基因组序列的变化引起的,同时还有可能是错误注释或缺失的基因模型导致的。 基于后一种可能性,夏瑞团队通过两物种的共线性分析,检测出共线性区块中共线性对的空缺位置。随后进行双向的同源比对以实现对间隔内潜在注释错漏的初步鉴定与矫正。再通过去冗余、可靠性指标计算筛选、参考注释质量分级等步骤对初步矫正结果进......阅读全文

ras基因的基因结构

ras基因在进化中相当保守,广泛存在于各种真核生物如哺乳类,果蝇,真菌,线虫及酵母中,提示它有重要的生理功能.哺乳动物的ras基因家族有三个成员,分别是H-ras,K-ras,N-ras,其中K-ras的第四个外显子有A,B两种变异体.各种ras基因具有相似的结构,均由四个外显子组成,分布于全长约3

结构基因的结构

  人类结构基因4个区域:①编码区,包括外显子与内含子;②前导区,位于编码区上游,相当于RNA5’末端非编码区(非翻译区);③尾部区,位于RNA3’编码区下游,相当于末端非编码区(非翻译区);④调控区,包括启动子和增强子等。基因编码区的两侧也称为侧翼顺序(图3-1)。  1.外显子和内含子 大多

简述ras基因的基因结构

  ras基因在进化中相当保守,广泛存在于各种真核生物如哺乳类,果蝇,真菌,线虫及酵母中,提示它有重要的生理功能.哺乳动物的ras基因家族有三个成员,分别是H-ras,K-ras,N-ras,其中K-ras的第四个外显子有A,B两种变异体.各种ras基因具有相似的结构,均由四个外显子组成,分布于全长

bcr/abl融合基因的基因结构

人abl基因位于9号染色体长臂,有1b、1a和2~11共12个外显子[1]。转录始自1b或1a,形成的两种mRNA长度分别为7kb和6kb,合成的两种蛋白质分子量均约为145,前者定位于细胞膜,而后者主要在细胞核内。abl主要结构有N端的肉瘤同源2(srchomology,SH2)、SH1。SH2结

结构基因、调节基因、操纵基因的功能对比

结构基因:是决定合成某一种蛋白质或RNA分子结构相应的一段DNA。结构基因的功能是把携带的遗传信息转录给mRNA(信使核糖核酸),再以mRNA为模板合成具有特定氨基酸序列的蛋白质或RNA。调节基因:是调节蛋白质合成的基因 。它能使结构基因在需要某种酶时就合成某种酶,不需要时,则停止合成,它对不同染色

Rictor基因的结构

Rictor和Mtor(frap1;mim 601231)是一种蛋白质复合物的组成部分,该复合物整合了营养和生长因子衍生的信号来调节细胞生长(Sarbassov等人,2004[PubMed 15268862])。

结构基因的特征

1.它们彼此紧密连锁。按Z,Y,A顺序排列,而且在一起转录形成一个多顺反子的mRNA;2.只有当乳糖存在时,这些基因才迅速转录,形成多顺反子的mRNA,并翻译成相应的酶。所以这些酶,就是由乳糖诱导产生的诱导酶,其活性的产生和活性的提高不是已有的酶被激活所致,而是在诱导物的诱导下酶的重新合成,并随着合

结构基因的概念

结构基因是编码蛋白质或RNA的基因。细菌的结构基因一般成簇排列,多个结构基因受单一启动子共同控制,使整套基因或都表达或者都不表达。结构基因编码大量功能各异的蛋白质,其中有组成细胞和组织器官基本成分的结构蛋白、有催化活性的酶和各种调节蛋白等。

结构基因的功能

结构基因在理论上有如下两种功能:其核苷酸顺序决定一条多肽链(蛋白质链)一级结构上的氨基酸序列,即一个顺反子(cistron)(带着足以决定一个蛋白质分子的全部组成需要信息的最短DNA片段);其核苷酸顺序也决定一条多核苷酸链(如mRNA)的核苷酸顺序。一种结构基因对应于一种蛋白质分子。结构基因在调节基

MHC基因结构分析

   一、小鼠H-2基因复合体  (一)H-2复合体的结构  本世纪30年代,Gorer在鉴定近交系小鼠血型抗原时曾发现4组红细胞抗原,命名为抗原Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ。其中抗原Ⅱ只存在于某些品系而不存在于另一些品系小鼠中。其后,Snell等用近交系小鼠中生长的肿瘤分别移植于其杂交子代,肿瘤只能在抗原Ⅱ阳性

关于bcr/abl融合基因的基因结构介绍

  人abl基因位于9号染色体长臂,有1b、1a和2~11共12个外显子。转录始自1b或1a,形成的两种mRNA长度分别为7kb和6kb,合成的两种蛋白质分子量均约为145,前者定位于细胞膜,而后者主要在细胞核内。abl主要结构有N端的肉瘤同源2(srchomology,SH2)、SH1。SH2结合

基因导入仪的结构

  基因导入仪主要功能是产生一个高电压、大电流RC尖脉冲。因此它的主要组成部分包括高压脉冲产生、单片机和电极(形状由需要而定)。该仪器整机一体化设计,操作简单,显示直观,微处理器控制的脉冲放电采用人机对话界面,细化了电容、电阻的设定范围,使细胞的电穿孔实验在相关条件下有了更广泛的选择。

载脂蛋白基因结构

  载脂蛋白基因的分离是通过用相应的cDNA作为探针筛选基因文库而完成的。比较基因的核苷酸序列与cDNA的核苷酸序列得以鉴定基因的内含子与外显子数目以及它们的分界线。大部分真核细胞的基因含有内含子,内含子不编码氨基酸,但有些内含子参与基因表达的调控。外显子通常占据基因内的三个区域:第一个区域不编码氨

结构基因的功能特点

结构基因在理论上有如下两种功能:其核苷酸顺序决定一条多肽链(蛋白质链)一级结构上的氨基酸序列,即一个顺反子(cistron)(带着足以决定一个蛋白质分子的全部组成需要信息的最短DNA片段);其核苷酸顺序也决定一条多核苷酸链(如mRNA)的核苷酸顺序。一种结构基因对应于一种蛋白质分子。结构基因在调节基

简述结构基因的功能

  结构基因在理论上有如下两种功能:其核苷酸顺序决定一条多肽链(蛋白质链)一级结构上的氨基酸序列,即一个顺反子(cistron)(带着足以决定一个蛋白质分子的全部组成需要信息的最短DNA片段);其核苷酸顺序也决定一条多核苷酸链(如mRNA)的核苷酸顺序。一种结构基因对应于一种蛋白质分子。结构基因在调

BCR/ABL的基因结构

人abl基因位于9号染色体长臂,有1b、1a和2~11共12个外显子。转录始自1b或1a,形成的两种mRNA长度分别为7kb和6kb,合成的两种蛋白质分子量均约为145,前者定位于细胞膜,而后者主要在细胞核内。abl主要结构有N端的肉瘤同源2(srchomology,SH2)、SH1。SH2结合磷酸

骨桥蛋白的基因结构

  OPN人的OPN基因定位在染色体4q13,是单一编码基因,8kb大小,具有7个外显子和6个内含子组成。小鼠位于5号染色体上,基因长约7Kb,包括7个外显子,其5’端有启动子序列,该启动子中IKb长度也被测序并用GCG程序分析了转录因子的可能识别部位,这些转录因子包括API-5、PEA-3、PEA

控制结构基因的种类

控制结构基因的转录速度,位于结构基因的附近,本身不能转录成mRNA。大肠杆菌乳糖操纵子包括4类基因:①结构基因,能通过转录、翻译使细胞产生一定的酶系统和结构蛋白,这是与生物性状的发育和表型直接相关的基因。乳糖操纵子包含3个结构基因:lacZ、lacY、lacA。lacZ合成β—半乳糖苷酶,lacY合

关于结构基因的简介

  结构基因是指决定某一种蛋白质分子结构的相应的一段DNA或染色体。在正常情况下,在需要某种或其有关的酶时,在调节基因和操纵基因的控制下等候在启动子(Promotor)位置上的RNA聚合酶开始转录,从而产生了与这些酶有关的结构基因的信使RNA,并由后者合成所需的酶。若其发生突变,便会产生失去活性的蛋

人类基因结构特点

双螺旋结构,结构基因是编码蛋白质或RNA 的基因。细菌的结构基因一般成簇排列,多个结构基因受单一启动子共同控制,使整套基因或都表达或者都不表达。基因具有两方面的特征:1、它们彼此紧密连锁。按Z,Y,A顺序排列,而且在一起转录形成一个多顺反子的mRNA;2、只有当乳糖存在时,这些基因才迅速转录,形成多

原核细胞的基因结构

  原核生物的基因结构多数以操纵子形式存在,即完成同类功能的多个基因聚集在一起,处于同一个启动子的调控之下,下游同时具有一个终止子。两个基因之间存在长度不等的间隔序列,如与乳糖代谢有关酶的基因。在距转录起始点-35和-10(转录起始点上游的核苷酸序列为“-”,下游的核苷酸序列为“+”)附近的序列都有

什么是结构基因、调节基因,区别是什么?

凡是编码酶蛋白、血红蛋白、胶原蛋白或晶体蛋白等蛋白质的基因都称为结构基因;凡是编码阻遏或激活结构基因转录的蛋白质的基因都称为调节基因。但是从基因的原初功能这一角度来看,它们都是编码蛋白质。

基因组系统解析工具开发研究取得重要进展

近日,中国工程院院士、南方海洋科学与工程广东省实验室(广州)教授包振民团队开发国际首个整合宏观/微观进化基因组和功能基因组的综合分析工具(PanSyn,https://github.com/yhw320/PanSyn)。相关成果发表于《自然-实验手册》。该成果是包振民团队长期积累的丰富基因组学分析方

关于基因类型—抗癌基因的组成结构介绍

  抗癌基因亦称肿瘤抑制基因(tumor suppressor gene)或隐性致癌基因(recessive onco-gene)。该类基因之存在可抑制细胞恶变,其丢失或失活(二倍体细胞中二个等位基因都失活)情况下促进细胞癌变。首次被鉴定出的是抗癌基因 Rb(Retinoblas-toma),它是从

科学家研发国际首个整合宏微观基因组综合分析工具

近日,记者从中国海洋大学海洋生物遗传学与育种教育部重点实验室、方宗熙海洋生物进化与发育研究中心获悉,中国工程院院士包振民和教授王师团队在基因组系统解析工具开发方向取得重要进展。据悉,团队开发出国际首个整合宏观/微观进化基因组和功能基因组的综合分析工具PanSyn,研究成果发表在《自然协议》。PanS

EPAS基因的结构及作用

该基因编码一个转录因子,参与氧调节基因的诱导,随着氧水平的下降而诱导。编码蛋白包含一个基本的螺旋-环-螺旋结构域蛋白二聚结构域以及一个在信号转导途径中发现的对氧水平有反应的结构域。该基因突变与红细胞增多症家族性4型有关。

CRKL基因的结构及作用

该基因编码一个包含sh2和sh3(SRC同源)结构域的蛋白激酶,该结构域已被证明激活ras和jun激酶信号通路并以ras依赖的方式转化成纤维细胞。是bcr-abl酪氨酸激酶的底物,在bcr-abl的成纤维细胞转化中起作用,可能致癌。

关于结构基因的基本介绍

  结构基因是编码蛋白质或RNA的基因。细菌的结构基因一般成簇排列,多个结构基因受单一启动子共同控制,使整套基因或都表达或者都不表达。结构基因编码大量功能各异的蛋白质,其中有组成细胞和组织器官基本成分的结构蛋白、有催化活性的酶和各种调节蛋白等。

操纵基因的结构特点

操纵基因是操纵子中的控制基因,在操纵子上一般与启动子相邻,通常处于开放状态,使RNA 聚合酶通过并作用于启动子启动转录。但当它与调节基因所编码阻遏蛋白结合时,就从开放状态逐渐转变为关闭状态,使转录过程不能发生。

操纵基因的基本结构

有许多种操纵基因用足迹法定位并进行了DNA序列分析,将影响阻遏物结合的操纵基因突变的特性加以描述,它们最重要的特征是反向重复(inverted repeat)或毗邻重复(near repeat)。例如,用核酸酶消化DNA与lac阻遏物的复合体,分离得到一个乳糖操纵基因片段,由24bp组成,其中约有1