清华大学团队提出蛋白质序列功能空间压缩的概念
蛋白质作为最重要的生命构建单元之一，其序列和功能之间的映射（适应性景观，Fitness landscape）的针对性研究对于蛋白质理性设计以及工程应用都有极大的意义。目前人们只能对于蛋白质序列-功能关系进行少量低纬度的点采样，例如深度突变搜索（DMS）、单位点饱和突变等，或是利用随机建库等方式以极低概率捕获序列与功能耦连的关键信息。一些更高效的定向进化工具如PACE、OrthoRep等会使得蛋白质空间的搜索深度加深，但由于其专注于产生高适应性突变体的特征使得其对于蛋白功能的全局认知不足。一些计算方法成功构建起序列-结构之间的精确关联，例如2024年诺贝尔化学奖获奖者开发的AlphaFold, RoseTTAFold等结构预测或设计算法，并进一步试图利用深度学习构建序列和功能的映射关系，但由于缺乏高质量大规模的序列-功能映射数据，计算方法的可延展性始终有所限制。总之，受限于蛋白质序列空间的高维度与复杂性（例如，100个氨基酸的蛋白......阅读全文
间插序列的定义
中文名称间插序列英文名称intervening sequence;IVS定 义基因间或基因内的非编码序列。应用学科遗传学（一级学科），分子遗传学（二级学科）
重复[DNA]序列的概念
中文名称重复[DNA]序列英文名称repetitive [DNA] sequence定 义DNA分子中重复出现的核苷酸序列。应用学科遗传学（一级学科），基因组学（二级学科）
DNA序列分析技术2
3)电泳电极缓冲液 1 倍TBE（pH 值8.0）预电泳 30 分钟至1 小时恒温方式 测序胶板上夹盖铝恒温板电泳温度 50℃左右电泳条件 恒功率 90～110W电泳时间 2.5 小时至5 小时4)干胶制备和压片电泳结束后取下胶板，用工具撬开玻璃板，使胶留在其中一块板上。将裁剪好的新华3 号滤纸在胶
细胞化学词汇匹配序列
中文名称：匹配序列英文名称：matched sequence定 义：在序列排比中，两条多核苷酸链或两条多肽链上彼此相同的核苷酸或氨基酸序列。应用学科：生物化学与分子生物学（一级学科），核酸与基因（二级学科）
标准核酸序列的分类
标准核酸序列可分为植物来源、动物来源、微生物来源及重组生物制品的鉴别或鉴定用标准核酸序列等。 1.植物来源 植物来源的标准核酸序列系指用种属来源明确的植物样本按DNA测序技术指导原则测定得到的标准序列，可用于植物来源的物种如中药材、中药饮片或提取物等的原植物鉴别或鉴定。 2.动物来源 动
间插序列的定义
中文名称间插序列英文名称intervening sequence;IVS定 义基因间或基因内的非编码序列。应用学科遗传学（一级学科），分子遗传学（二级学科）
DNA序列家族的概念
中文名称DNA序列家族英文名称DNA sequence family;sequence family定 义DNA分子变性后可复性形成稳定的碱基配对双链分子的一组序列。序列之间有很高的同源性。应用学科遗传学（一级学科），基因组学（二级学科）
多序列比的概念
把两个以上字符序列对齐，逐列比较其字符的异同，使得每一列的字符尽可能一致，以发现其共同的结构特征的方法称为多序列比对。多序列比对问题是双序列比对问题的推广。
序列捕获之新品荟萃
2009年，基因组定向捕获工具的出现，让外显子组的捕获成为可能。科学家们普遍认为外显子组测序比全基因组测序更有优势，特别是对罕见的单基因疾病。不仅仅是费用更低，数据的阐释也更为简单。因此，外显子组测序也在2010年被《Science》杂志评为年度十大突破。 数百篇已发表的文章，也证实了外显
核酸序列的检索实验
实验方法原理掌握核酸序列检索的操作方法；熟悉GenBank数据库序列格式及其主要字段的含义；了解EMBL数据库序列格式及其主要字段的含义；熟悉GenBank数据库序列格式的FASTA序列格式显示与保存；实验材料电脑仪器、耗材笔记本笔实验步骤1. 使用Entrez信息查询系统检索核酸序列BC0608
反向重复[序列]的定义
存在于双链核酸分子中排列顺序方向相反的一段核苷酸序列。
中度重复序列的概念
中度重复序列(moderately repetitive sequence )一般是非编码序列，有十个到几百个拷贝，如 rRNA基因和 tRNA 基因等。这类重复序列的平均长度大约为 300bp ，往往构成序列家族，常以回文序列形式出现在基因组的许多位置上，有些同单一序列间隔排列。大部分中度重复序列
表达序列标签的作用
⑴ 用于构建基因组的遗传图谱与物理图谱；⑵ 作为探针用于放射性杂交；⑶ 用于定位克隆；⑷ 借以寻找新的基因；⑸ 作为分子标记；⑹ 用于研究生物群体多态性；⑺ 用于研究基因的功能；⑻ 有助于药物的开发、品种的改良；⑼ 促进基因芯片的发展等方面。正是因为EST 表现出了这些巨大潜能，使其得到了充分的利用
高度重复序列的概念
高度重复序列是一组基因序列，在基因组中重复频率高，可达百万(10^6)以上，因此复性速度很快。在基因组中所占比例随种属而异，约占10-60%，在人基因组中约占20%。
简述回文序列的释义
如果一个（单链）核苷酸的序列和它的反向互补链的序列一样，那么这个核苷酸序列就是回文序列。回文序列结构不仅在DNA中存在，在RNA中也常因碱基的互补而常出现类似的结构，有利于稳定RNA的结构和行使功能。回文序列也经常出现在组成蛋白质的肽序列中，但它们在蛋白质功能中的作用尚不清楚。 短的回文结构可
SD序列的形成过程
在原核生物中，起始密码子的选择取决于核糖体的小亚基与mRNA模板之间的相互作用。30S亚基与处于紧靠正确起始密码子上游的富含嘌呤的mRNA模板结合，这个区称为SD序列（Shine—Dalgarno sequence），它与16S rRNA 3'端的一个富含嘧啶区互补。在起始复合物形成过程中，
序列图谱的定义
随着遗传图谱和物理图谱的完成，测序就成为重中之重的工作。DNA序列分析技术是一个包括制备DNA片段化及碱基分析、DNA信息翻译的多阶段的过程。通过测序得到基因组的序列图谱。
低度重复序列的概念
低度重复序列在单倍体基因组中只出现一次或数次，因而复性速度很慢。单拷贝顺序在基因组中占50-80%，如人基因组中，大约有60-65%的顺序属于这一类。单拷贝顺序中储存了巨大的遗传信息，编码各种不同功能的蛋白质。尚不清楚单拷贝基因的确切数字，但是是有其在单拷贝顺序中只有一小部份用来编码各种蛋白质，其他
匹配序列的结构特点
中文名称匹配序列英文名称matched sequence定 义在序列排比中，两条多核苷酸链或两条多肽链上彼此相同的核苷酸或氨基酸序列。应用学科生物化学与分子生物学（一级学科），核酸与基因（二级学科）
DNA序列分析技术1
物种的遗传多样性在本质上是DNA 一级序列的多样性。近年来，随着DNA 测序技术的迅速发展和日益普及，DNA 测序在遗传多样性的研究中正在起着越来越大的作用。本章将介绍目前在遗传多样性研究中常用的一种手动和一种全自动双链DNA 测序方法。1.DNA 模板的制备在遗传多样性的研究中，由于样本量一般都较
串联重复[序列]的定义
中文名称串联重复[序列]英文名称tandem repeat定 义首尾相连的重复序列。应用学科遗传学（一级学科），基因组学（二级学科）
RGD序列的结构特点
RGD序列由精氨酸、甘氨酸和天冬氨酸组成，存在于多种细胞外基质中，可与11种整合素特异性结合，能有效地促进细胞对生物材料的粘附。
SD序列的形成过程
在原核生物中，起始密码子的选择取决于核糖体的小亚基与mRNA模板之间的相互作用。30S亚基与处于紧靠正确起始密码子上游的富含嘌呤的mRNA模板结合，这个区称为SD序列（Shine—Dalgarno sequence），它与16S rRNA 3'端的一个富含嘧啶区互补。在起始复合物形成过程中，
细胞化学词汇互补序列
中文名称：互补序列英文名称：complementary sequence定 义：在双链核酸中，一条多核苷酸链可与另一条多核苷酸链互补的那部分序列。应用学科：生物化学与分子生物学（一级学科），核酸与基因（二级学科）
重叠基因的调控序列
①在5′端转录起始点上游约20～30个核苷酸的地方，有TATA框(TATA box)。TATA框是一个短的核苷酸序列，其碱基顺序为TATAATAAT。TATA框是启动子中的一个顺序，它是RNA聚合酶的重要的接触点，它能够使酶准确地识别转录的起始点并开始转录。当TATA框中的碱基顺序有所改变时，mRN
Alu重复序列的概念
中文名称Alu重复序列英文名称Alu repetitive sequence;Alu family定 义哺乳动物和人基因组中的一种中等重复序列，因该序列中有限制性内切酶Alu的切点而得名。应用学科遗传学（一级学科），基因组学（二级学科）
长读长－读序列
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2021/3/454746.shtm 赵方庆（左二）与团队成员（左一侯玲玲、右二张金阳、右一左振强）查看测序数据情况。课题组供图 实际上，核糖核酸（RNA）不总是“一条线”，这种遗传信息载体
质粒维持序列的定义
中文名称质粒维持序列英文名称plasmid maintenance sequence定 义存在于重组质粒中的、与保持其在宿主中稳定复制有关的序列。如乳酸菌质粒pGT232的一段由双链复制起点和编码复制起始蛋白repA的基因所组成的1.7 kb的序列。应用学科生物化学与分子生物学（一级学科），核酸与
表达序列标签的方法
首先从样品组织中提取mRNA，在逆转录酶的作用下用oligo（dT）作为引物进行RT-PCR合成cDNA，再选择合适的载体构建cDNA 文库，对各菌株加以整理，将每一个菌株的插入片段根据载体多克隆位点设计引物进行两端一次性自动化测序，这就是EST序列的产生过程。
表达序列标签的应用
EST作为表达基因所在区域的分子标签因编码DNA序列高度保守而具有自身的特殊性质，与来自非表达序列的标记（如AFLP、RAPD、SSR 等）相比更可能穿越家系与种的限制，因此EST标记在亲缘关系较远的物种间比较基因组连锁图和比较质量性状信息是特别有用。同样，对于一个DNA序列缺乏的目标物种，来源于其