单细胞转录组揭秘玉米根系对热胁迫的响应机制
近日，中国农业科学院生物技术研究所玉米功能基因组创新团队首次在单细胞水平解析了玉米根系细胞对热胁迫的特异性响应机制，揭示了热胁迫下植物根系的细胞异质性、根系类型的差异和分化轨迹，鉴定了单双子叶植物响应热胁迫的关键核心基因，相关研究成果发表于《自然—通讯》（Nature Communications）。大田玉米。中国农科院生物所供图玉米作为全球主要的谷类作物，近年来，全球变暖和极端天气对玉米产量造成严峻挑战。根系对维管植物的生长发育至关重要，并帮助植物适应复杂的环境条件。理解根系中遗传潜力的调控机制对玉米耐热育种新策略至关重要。植物对高温等胁迫的响应需要不同细胞的精确协调，而特定细胞类型的差异基因表达有助于揭示玉米根系在应对热胁迫时的异质性。该研究通过单细胞转录组测序技术绘制了一个超过35000个有效细胞的单细胞时空转录图谱，鉴定了9种主要细胞类型。进行拟时分析后，发现热胁迫下玉米根系发育轨迹和基因表达模式的显著差异。进一步构建了......阅读全文
单细胞转录组揭秘玉米根系对热胁迫的响应机制
近日，中国农业科学院生物技术研究所玉米功能基因组创新团队首次在单细胞水平解析了玉米根系细胞对热胁迫的特异性响应机制，揭示了热胁迫下植物根系的细胞异质性、根系类型的差异和分化轨迹，鉴定了单双子叶植物响应热胁迫的关键核心基因，相关研究成果发表于《自然—通讯》（Nature Communications）
空间转录组和单细胞转录组测序联合应用的典型案例
单细胞转录组测序技术的如火如荼，伴随着空间转录组测序技术的蓬勃发展，可以看到，在现有的高通量检测技术领域，这两种技术已为科学研究的发展提供了前所未有的技术支撑。从2019年单细胞多组学被评为《Nature Methods》年度技术进展，到2020年空间转录组技术也被评为年度技术进展，相信在接
借助根系分析仪分析水稻在低磷胁迫下的根系形态
植物的生长需要大量的水及肥料来供给营养，而这些影响的获取都是通过植物的根系来完成的，植物的根系越发达，枝叶也越繁茂，反之则枝叶枯黄，生长发芽不良，而且作物的产量和植物根系形态之间存在这密切的关系，因此借助根系分析仪分析植物根系的形态特征，对于现代精细农业的发展和作物的高产高质研究有非常重要的意义。根
通过比较转录组学揭示了枫杨对水淹胁迫的适应机制
2021年6月10日，Genomics在线发表了河南农业大学风景园林与艺术学院分子生物学创新平台李永副教授和李明婉博士为第一和通讯作者的题为“Physiological and transcriptional changes provide insights into the effect of
单细胞转录组制备仪的功能
fluidigm C1 单细胞自动制备仪用于 mRNA 测序 更完整的流程 -首尾相连的流程对单细胞进行全转录组分析 最高的通量 -每次运行可前所未有的平行处理 96 个单细胞 更容易的操作 -直接从单细胞开始，简化的样本制备，只需 3 小时手工操作时间，没有 片段化和纯化步骤 更节省的成
玉米单细胞转录组测序，11种细胞类型
近日，广东省科学院南繁种业研究所生物育种研究室在玉米单细胞转录组测序研究方面取得新进展。相关研究在线发表于《作物学报》（The Crop Journal）。广东省科学院南繁种业研究所李旭辉博士为该论文第一作者，齐永文研究员为通讯作者。玉米是全球重要的粮食和能源作物，而其产量形成的基础依赖其特殊的根系
单细胞转录组高级分析之细胞谱系分析
基于单细胞转录组数据的细胞轨迹分析常见形式有细胞变化轨迹分析和细胞谱系分析，在上一篇中，我们详细介绍了常规拟时间序列分析的相关内容（具体内容查看链接）。在这里，我们主要就细胞谱系分析进行介绍和解读。细胞谱系分析，最简明的理解就是细胞领域的进化树，通常指的是某类祖源细胞，在特定条件下，有多个发育轨迹和
转录组测序和全转录组测序的区别
全转录组广义上是指细胞在特定状态下所能转录出来的 所有RNA的总和，包括mRNA和非编码RNA 。借助高通量测序技术，可以全面获取样本中转录产物信息，结合竞争性内源RNA ( ceRNA)机制， 进行联合分析，深入挖掘转录水平调控网络。转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有
狼尾草叶片响应热胁迫关键细胞类群获揭示
当前全球气候变暖已成为当前生态系统和农业生产面临的重大挑战之一，温度升高及极端气候事件的频繁发生对作物生长发育、农业生产力及粮食安全构成了严峻威胁。美洲狼尾草作为我国西南地区重要牧草杂交狼尾草亲本之一，以其较高的粗蛋白含量、叶茎比、生物产量以及易消化性，成为我国主要的放牧及青贮饲料之一。 叶片
家蚕丝腺单细胞转录组图谱绘成
中新网重庆6月15日电 (记者 钟旖)记者15日从家蚕基因组生物学国家重点实验室(西南大学)获悉，我国家蚕研究又有新进展。该实验室徐汉福教授课题组近日在国际知名期刊Nature Communications《自然通讯》上发表相关主题研究论文，以单细胞分辨率揭示了家蚕丝腺的全细胞异质性及其基因转
PNAS突破：单个细胞核转录组测序
研究人员成功地从单个脑细胞细胞核中分离出全部的信使RNA并对其进行了测序。这项发表在《美国科学院院刊》(PNAS)上的新研究，将帮助研究人员更好地了解一些器官在健康和疾病状态下的功能机制，为开发出个体化治疗提供了又一块跳板。 动物和植物中的大多数细胞都包含有一个细胞核，里面储存着细胞的DN
单细胞测序和转录组测序的区别
单细胞测序不同于传统的高通量测序，它是对于一个细胞群中的某一个细胞进行测序分析。单细胞转录组测序就是对单个细胞转录组水平进行测序，它的优势是准确地分析每一个细胞的基因表达，能准确区分细胞群体，并进行细胞分类间比较，以及能找到稀有的细胞的表达情况。
单细胞测序和转录组测序的区别
单细胞测序不同于传统的高通量测序，它是对于一个细胞群中的某一个细胞进行测序分析。单细胞转录组测序就是对单个细胞转录组水平进行测序，它的优势是准确地分析每一个细胞的基因表达，能准确区分细胞群体，并进行细胞分类间比较，以及能找到稀有的细胞的表达情况。
单细胞测序和转录组测序的区别
单细胞测序不同于传统的高通量测序，它是对于一个细胞群中的某一个细胞进行测序分析。单细胞转录组测序就是对单个细胞转录组水平进行测序，它的优势是准确地分析每一个细胞的基因表达，能准确区分细胞群体，并进行细胞分类间比较，以及能找到稀有的细胞的表达情况。
转录组学新技术揭露细胞何时崩溃
买房关键看位置，细胞在人体内也有类似的生存法则。3月，来自美国得克萨斯大学的癌症研究者在一场报告会上介绍了团队新成果：在肿瘤细胞周围，那些表面看似无恙的细胞，内部已有变化——它们比正常组织表现的更像肿瘤，且更易扩散。 据《科学》报道，这项成果的关键是空间转录组学技术，该技术能帮助研究者定位细胞
单细胞测序和转录组测序的区别
单细胞测序不同于传统的高通量测序，它是对于一个细胞群中的某一个细胞进行测序分析。单细胞转录组测序就是对单个细胞转录组水平进行测序，它的优势是准确地分析每一个细胞的基因表达，能准确区分细胞群体，并进行细胞分类间比较，以及能找到稀有的细胞的表达情况。
单细胞转录组重要研究文献汇总（二）
4.单细胞转录组测序在植物领域崭露头角相比动物的单细胞研究，由于植物具有细胞壁的特点，使得植物的单细胞研究相比较难，但是继2月份的拟南芥根组织单细胞转录组学研究[8]，本月在《Developmental Cell》上又发表了一篇基于拟南芥根组织的单细胞转录组学研究报道[9]。来自德国图宾根大学植
单细胞转录组重要研究文献汇总（一）
1.单细胞测序用于生殖领域研究持续火热精子生成过程是一个复杂又具有严格分化过程的生理过程，继18年10月份《Cell Research》上的成年人睾丸转录组图谱研究[1]和19年2月份《Cell Reports》上新生与成年人睾丸细胞单细胞水平鉴定分类[2]的步伐，本月在《Nature
转录组测序原理
而转录组测序即是利用高通量测序技术，将细胞或组织中的全部或部分mRNA, miRNA, lnc RNA 进行测序分析的技术。通过RNA-seq，也就是转录组测序，可以帮助我们了解各种比较条件下所有基因的表达差异包括：正常组织与肿瘤组织；药物治疗前后的表达差异；发育过程中，不同发育阶段，不同组织的表达
FluorCam叶绿素荧光成像与根系分析技术研究苹果盐碱胁迫
我国是苹果生产大国，土壤的质量对苹果产量起着至关重要的作用。然而现在土壤盐碱化严重，盐、碱胁迫影响着苹果种植生产。例如，黄土高原是我国面积最大、最适宜种植苹果的地区，而该地区土壤碱化却不利于苹果的生长。目前关于苹果生长过程中盐胁迫的研究较多，对苹果应对碱胁迫的研究却较少。γ-氨基丁酸（GABA）是一
人类脑细胞的单细胞转录组测序研究成果
人脑是由多种不同类别细胞组成的极其复杂的器官。传统的细胞分类方法只能根据少数已知的细胞的标记分子（marker）对细胞进行分类，对每一类细胞的认识也非常有限。斯坦福大学的著名学者Stephen Quake及其团队利用单细胞测序技术，对466个人大脑皮层的单细胞进行了转录组测序，通过数据分析发
科学家发现茉莉酸调控根器官再生的机理
植物固着生长并通过协调生长发育过程和抗性反应从而应对环境变化带来的胁迫与损伤。植物受到由生物或非生物胁迫引起的物理伤害以后，可以通过激活生长过程完成组织和器官再生。然而，人们尚不清楚植物遭受机械损伤以后激活器官再生的分子机理。 在特定逆境胁迫下，植物通过茉莉酸途径抑制主根生长而促进侧根发生（S
科学家成功实现活细胞转录组测序
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2022/8/484542.shtm 活细胞测序记录细胞的变化示意图 来源：Duygu Koldere Vilain 在我们呱呱坠地之前，受精卵是如何发育成复杂个体的？为何正常的细胞会慢慢变成癌细胞？ 细胞
高通量单细胞转录组测序发展与展望
单细胞转录组测序技术这几年的发展之快，运用之广已众所周知。为更好的在国内推广该技术，也为更好的将该技术运用到广大科研工作者的实际工作中，上海生物芯片有限公司生物信息团队通过对该技术的整理和归纳，在《生命科学》杂志上发表了名为“高通量单细胞转录组测序发展与展望”综述文章，希望能进一步提升科研工作者对该
单细胞转录组制备仪的技术指标
将 C1 应用于单细胞 mRNA 测序，可以从多个细胞个 体平行处理多达 96 个 cDNA 文库，在任何 Illumina 测序仪上对 mRNA表达进行相对定量。此系统的主要特征包括： 高通量 -可对 96 个单细胞进行大规模平行、连贯的制备， 引入条形码序列标记（Barcode），可将测序
Science：构建出真涡虫细胞类型转录组图谱
真涡虫是一类相对简单的动物，具有不同寻常的生物学特征：成年真涡虫维持着其他有机体仅在胚胎中短暂存在的发育信息和祖细胞（progenitor cell）。真涡虫获得人们的大量研究，部分原因在于它们具有再生丢失的或受损的身体部位的独特能力。图片来自Christopher Fincher/Whiteh
3月单细胞转录组重要研究文献汇总
1.单细胞测序用于生殖领域研究持续火热 精子生成过程是一个复杂又具有严格分化过程的生理过程，继18年10月份《Cell Research》上的成年人睾丸转录组图谱研究[1]和19年2月份《Cell Reports》上新生与成年人睾丸细胞单细胞水平鉴定分类[2]的步伐，本月在《Nature
3月单细胞转录组重要研究文献汇总
1.单细胞测序用于生殖领域研究持续火热 精子生成过程是一个复杂又具有严格分化过程的生理过程，继18年10月份《Cell Research》上的成年人睾丸转录组图谱研究[1]和19年2月份《Cell Reports》上新生与成年人睾丸细胞单细胞水平鉴定分类[2]的步伐，本月在《Nature
研究发现茉莉酸调控根器官再生的机理
植物固着生长并通过协调生长发育过程和抗性反应从而应对环境变化带来的胁迫与损伤。植物受到由生物或非生物胁迫引起的物理伤害以后，可以通过激活生长过程完成组织和器官再生。然而，人们尚不清楚植物遭受机械损伤以后激活器官再生的分子机理。 在特定逆境胁迫下，植物通过茉莉酸途径抑制主根生长而促进侧根发生（S
表型分析番茄根系发育可塑性对土壤盐分胁迫的响应
在世界范围内，土壤盐渍化是一个日益严重的农业问题。全球已有超过6%的土地发生了盐渍化，而在干旱或半干旱地区，土壤盐渍化的比例甚至高达25%左右。究其原因，主要可分为自然因素和人为因素，包括由气候变化导致的蒸发量异常增加、盐碱水灌溉及其他不良的农业实践等。 土壤的盐分含量过高是最严重的环境胁迫之一，会