科学家提出蛋白质—配体复合物柔性结构预测方法PackDock
作为细胞的“主力军”，蛋白质往往通过与小分子配体或其他蛋白质发生特异性结合来发挥功能。然而，蛋白质结构具有天然的动态性，配体结合也常伴随构象变化。因此，获得准确的结合构象是基于结构药物设计的重要前提。近日，中国科学院上海药物研究所研究团队提出了蛋白—配体复合物柔性结构建模新方法PackDock。该方法将生成式AI与物理算法相结合，用于预测柔性蛋白—配体复合物构象。研究显示，该方法在多种应用场景中展现出良好的精度与效率，并兼具较强的泛化能力。PackDock通过整合物理建模与深度学习方法，来表征蛋白质—配体相互作用，并通过考虑蛋白质在无配体（自由态）与配体结合态下的构象分布，可更精准地建模柔性蛋白—配体复合物的结合构象。同时，其核心模块PackPocket结合等变图神经网络与生成式建模策略，学习侧链构象空间的能量景观，并在不同状态分布中采样口袋侧链构象，以描述结合过程中可能发生的构象变化。研究表明，PackDock框架可兼容多种刚......阅读全文
大麦叶绿体PSINDH膜蛋白超大分子复合物空间结构
光合作用光反应过程是在一系列镶嵌在光合膜上的蛋白质超分子机器中进行的，通过光驱动光系统II（PSII）和光系统I（PSI）反应中心电荷分离及光合电子传递，将光能转化为化学能（ATP和NADPH），用于暗反应二氧化碳固定。PSI和PSII催化两种类型光合电子传递，分别为线性电子传递和环式电子传递。
捕光复合物的结构和特点
捕光复合物(light -harvesting complex)由只具有吸收聚集光能的作用, 而无光化学活性的色素分子组成的复合物。典型的捕光复合物是由几百个叶绿素分子、数量不等但都与蛋白质连接在一起的类胡萝卜素分子所组成。当一个光子被捕 光复合物中的一个叶绿素或类胡萝卜素分子吸收时, 就有一个电子
白介素受体复合物的晶体结构
白细胞介素（interleukin）是淋巴细胞、单核细胞以及其它非单核细胞等产生的细胞因子（cytokine），它们在细胞间相互作用、免疫调节、造血过程以及炎症反应中起到重要作用。而其中的白细胞介素4（IL-4）和白细胞介素13（IL-13）对于T细胞介导的体液免疫应答非常关键，与过敏和哮喘等疾病相
配体配体相互作用的功能
中文名称配体-配体相互作用英文名称ligand-ligand interaction定 义泛指不同配体之间的相互作用。如受体上有多个配体结合位点时，一个配体与受体的结合可能影响另一个配体与受体的结合。应用学科生物化学与分子生物学（一级学科），信号转导（二级学科）
蛋白质复合物的功能介绍
蛋白质复合物的形成有时起到激活或抑制一个或多个复合物成员的作用，因此，蛋白质复合物的形成可以类似于磷酸化。单个蛋白质可以参与各种不同蛋白质复合物的形成。不同的复合体执行不同的功能，并且相同的复合体可以执行取决于多种因素的非常不同的功能。其中一些因素是：包含复合物时，复合物存在于哪个隔室中复合物存在于
蛋白质复合物的类型介绍
专性vs非专性蛋白质复合物如果蛋白质可以在体内自身（没有任何其他相关的蛋白质）形成稳定的折叠良好的结构，则由这种蛋白质形成的复合物称为“非专性蛋白质复合物”。但是，某些蛋白质不能单独产生稳定的折叠结构，而可以作为稳定复合蛋白质的蛋白质复合物的一部分而被发现。这样的蛋白质复合物被称为“专性蛋白质复合物
解析大麦叶绿体PSINDH膜蛋白超大分子复合物空间结构
光合作用光反应过程是在一系列镶嵌在光合膜上的蛋白质超分子机器中进行的，通过光驱动光系统II（PSII）和光系统I（PSI）反应中心电荷分离及光合电子传递，将光能转化为化学能（ATP和NADPH），用于暗反应二氧化碳固定。PSI和PSII催化两种类型光合电子传递，分别为线性电子传递和环式电子传递。在环
解析大麦叶绿体PSINDH膜蛋白超大分子复合物空间结构
光合作用光反应过程是在一系列镶嵌在光合膜上的蛋白质超分子机器中进行的，通过光驱动光系统II（PSII）和光系统I（PSI）反应中心电荷分离及光合电子传递，将光能转化为化学能（ATP和NADPH），用于暗反应二氧化碳固定。PSI和PSII催化两种类型光合电子传递，分别为线性电子传递和环式电子传递。
C/D－RNA蛋白质复合物催化RNA核糖甲基化的结构机理
上海光源用户研究发现C/D RNA蛋白质复合物催化RNA核糖甲基化的结构机理 1月27日，北京生命科学研究所叶克穷实验室在《自然》杂志发表了题为Structural basis for site-specific ribose methylation by box C/D RNA
分子对接技术研究D7152441－抑制剂与PB2蛋白的结合模式－二
6、 提交计算任务Dock6方案为我们提供了多种对接计算模式，这里稍微解释一下。在各种模式中，蛋白受体都是刚性不动的。因为Dock6的Grid算法实际上并非直接采用蛋白结构进行对接，而是采用其模型（正是前面生成的格点）。根据配体运动的方式，分为下面几种情况：1） 柔性配体对接，即配体在对接过程中是柔
解密：全长－CaSR－及其与配体结合的分子结构
钙敏感受体 (CaSR) 是一种 C 类 G 蛋白偶联受体 (GPCR)，在钙稳态和甲状旁腺激素分泌中起重要作用。迄今为止，已确定处于活性和非活性状态的 N 端人类 CaSR 的晶体结构。然而，缺乏完整的 CaSR 结构信息限制了对受体功能、偏向信号转导和针对多种疾病的临床药物开发的理解。 2
转录起始前复合物的结构功能
转录起始前复合物 (pre-initiation-complex,PIC) 是指在RNA的转录过程中的起始阶段，真核生物转录因子之间先相互辨认结合，然后以复合体的形式与RNA聚合酶一同结合于转录起始前的DNA区域而成。
转录起始前复合物的结构功能
转录起始前复合物 (pre-initiation-complex,PIC) 是指在RNA的转录过程中的起始阶段，真核生物转录因子之间先相互辨认结合，然后以复合体的形式与RNA聚合酶一同结合于转录起始前的DNA区域而成。
转录起始前复合物的结构功能
转录起始前复合物 (pre-initiation-complex,PIC) 是指在RNA的转录过程中的起始阶段，真核生物转录因子之间先相互辨认结合，然后以复合体的形式与RNA聚合酶一同结合于转录起始前的DNA区域而成。
转录起始前复合物的结构功能
转录起始前复合物 (pre-initiation-complex,PIC) 是指在RNA的转录过程中的起始阶段，真核生物转录因子之间先相互辨认结合，然后以复合体的形式与RNA聚合酶一同结合于转录起始前的DNA区域而成。
清华大学同期发表2篇PNAS新文章
来自清华大学生命科学学院的两个研究小组分别在IL-33与受体结构分子学和亨廷顿病研究中取得突破性进展，两篇研究论文于8月26日共同发表在《美国科学院院刊》(PNAS)杂志上。 在第一篇题为“Structural insights into the interaction of IL-33
我所发表功能蛋白质复合物发现和结构表征质谱策略综述
近日，我所生物技术研究部生物分子结构表征新方法研究组（1822组）王方军研究员团队与南方科技大学田瑞军教授团队合作，发表了功能蛋白质复合物发现和结构表征质谱策略的综述文章。 功能蛋白复合物的发现和结构—功能表征研究在理解和干预生物学过程中发挥着至关重要的作用。亲和纯化质谱（AP-MS）是发现功
金属薄膜新结构，让柔性器件更耐用
近日，中国科学院院士、西安交通大学金属材料强度全国重点实验室主任孙军团队创新性地提出了“共格梯度纳米层状结构”设计策略，通过构筑兼具原子级共格界面与逐层梯度过渡特征的金属多层膜，实现了对疲劳裂纹“萌生—扩展”全过程的协同抑制，为柔性导体长效服役提供了全新的解决方案。相关研究成果发表在《自然-电子学》
科研人员研发出接头蛋白STING配体荧光探针
免疫治疗是延长肿瘤患者生存时间、提高生活质量的有效手段。环状鸟嘌呤核苷酸腺嘌呤核苷酸合成酶cGAS作为模式识别受体，在天然免疫信号通路中起到重要作用。在哺乳动物细胞中，cGAS与双链DNA分子结合后被激活合成2'3'-cGAMP，随后2'3'-cGAMP作为信使代谢物
Cell头条：首张人类蛋白复合物图谱
来自加拿大多伦多大学，英国伦敦大学的研究人员采用了一种综合性整体蛋白质组分析方法，构建了三千多个人可溶性蛋白之间多达上万个高可信度的物理相互作用，这添补了之前科学家们对于人类蛋白复合物知之甚少的空白，为深入了解核心生物进程提供了重要信息。相关成果公布在Cell杂志上。 领导这项研究的是包括
脑信号传输与核心蛋白复合物有关
人类的大脑就像是一个有机超级计算机，它能有条不紊井然有序迅速地解决从呼吸到猜谜等所有难题。近日科学家首次描述了神经细胞是如何在瞬间管理其信号的传输过程，该研究成果发表在最近出版的《科学》杂志上。 神经系统细胞使用多巴胺、血清素及去甲肾上腺素等小分子神经递质进行沟通。多巴胺与
蛋白质复合物的特点和功能
蛋白质复合物是一组两个或多个相关联的多肽链。不同的多肽链可以具有不同的功能。这不同于多酶复合物，其中在单个多肽链中发现多个催化结构域。蛋白质复合物是四级结构的 一种形式。蛋白质复合物中的蛋白质通过非共价 蛋白质与蛋白质的相互作用联系在一起，不同的蛋白质复合物随时间推移具有不同程度的稳定性。这些复合物
如何分辨单齿配体和多齿配体
单齿配体一个配体中只有一个配位原子的配体。多齿配体一个配体中有两个或两个以上配位原子的配体。如二亚乙基三胺（ 简写为DEN）和乙二胺四乙酸根（简写为EDTA）。由一定数目的阴离子或中性分子与阳离子（或原子）以配位键形成的复杂分子或离子成为配位个体，含配位个体的化合物称为配合物，而含有一个配位原子的配
人LAT14F2hc异聚氨基酸转运蛋白复合物的结构
L型氨基酸转运蛋白1（LAT1;也称为SLC7A5）以钠和pH非依赖性方式催化大的中性氨基酸的跨膜转运。LAT1是氨基酸 - 多胺 - 有机超家族的反向转运蛋白，它还催化甲状腺激素，药物和激素前体如L-3,4-二羟基苯丙氨酸穿过膜的渗透。已经在广泛的肿瘤细胞中观察到LAT1的过表达，因此它是
科学家将人工智能技术成功用于蛋白质复合物结构预测
蛋白质作为构成人体组织器官的支架和主要物质，在人体生命活动中起着重要作用。蛋白质的相互作用能产生许多效应，如形成特异底物作用通道、生成新的结合位点、失活、作用底物专一性和动力学变化等，细胞的代谢、信号传导以及基因表达调控都与错综复杂的蛋白质相互作用网络密切相关。 蛋白质的三维空间结构对蛋白质相
科学家将人工智能技术成功用于蛋白质复合物结构预测
蛋白质作为构成人体组织器官的支架和主要物质，在人体生命活动中起着重要作用。蛋白质的相互作用能产生许多效应，如形成特异底物作用通道、生成新的结合位点、失活、作用底物专一性和动力学变化等，细胞的代谢、信号传导以及基因表达调控都与错综复杂的蛋白质相互作用网络密切相关。 蛋白质的三维空间结构对蛋白质相
JCIM：计算提升蛋白质蛋白质相互作用的预测精度
蛋白质-蛋白质相互作用和识别在生物学过程中有着非常重要的作用。尽管结构生物学已经取得了较大的进展，但直接采用实验方法确定蛋白质-蛋白质复合物结构仍然非常困难。分子对接技术是预测蛋白质-蛋白质复合物结构的有效方法。蛋白质-小分子之间的相互作用一般蛋白质受体有结合口袋，相互作用区域比较明确，而蛋白质
常见配体介绍
常见配体列表配体名称化学式（粗体为键结的原子）带电分类注解碘离子I-1单齿配体溴离子Br-1单齿配体硫离子S-2单齿配体 (M=S) 或双齿配体 (M-S-M')硫氰酸根S-CN-1单齿配体氯离子Cl-1单齿配体也可作为桥接配体硝酸根离子O-NO2-1单齿配体叠氮根离子N-N2-1单齿配体氟
配体的分类
按配体中配位原子的多少，可将配体分为单齿配体和多齿配体。单齿配体：一个配体中只有一个配位原子的配体。如 NH3、H20等。多齿配体：一个配体中有两个或两个以上配位原子的配体。如二亚乙基三胺H2NCH2CH2NHCH2CH2NH2( 简写为DEN) 和乙二胺四乙酸根（简写为EDTA) 。两可配体：有些
配体的分类
按配体中配位原子的多少，可将配体分为单齿配体和多齿配体。单齿配体：一个配体中只有一个配位原子的配体。如 NH3、H20等。多齿配体：一个配体中有两个或两个以上配位原子的配体。如二亚乙基三胺H2NCH2CH2NHCH2CH2NH2( 简写为DEN) 和乙二胺四乙酸根（简写为EDTA) 。两可配体：有些