科学家提出蛋白质—配体复合物柔性结构预测方法PackDock
作为细胞的“主力军”，蛋白质往往通过与小分子配体或其他蛋白质发生特异性结合来发挥功能。然而，蛋白质结构具有天然的动态性，配体结合也常伴随构象变化。因此，获得准确的结合构象是基于结构药物设计的重要前提。近日，中国科学院上海药物研究所研究团队提出了蛋白—配体复合物柔性结构建模新方法PackDock。该方法将生成式AI与物理算法相结合，用于预测柔性蛋白—配体复合物构象。研究显示，该方法在多种应用场景中展现出良好的精度与效率，并兼具较强的泛化能力。PackDock通过整合物理建模与深度学习方法，来表征蛋白质—配体相互作用，并通过考虑蛋白质在无配体（自由态）与配体结合态下的构象分布，可更精准地建模柔性蛋白—配体复合物的结合构象。同时，其核心模块PackPocket结合等变图神经网络与生成式建模策略，学习侧链构象空间的能量景观，并在不同状态分布中采样口袋侧链构象，以描述结合过程中可能发生的构象变化。研究表明，PackDock框架可兼容多种刚......阅读全文
科学家提出蛋白质—配体复合物柔性结构预测方法PackDock
作为细胞的“主力军”，蛋白质往往通过与小分子配体或其他蛋白质发生特异性结合来发挥功能。然而，蛋白质结构具有天然的动态性，配体结合也常伴随构象变化。因此，获得准确的结合构象是基于结构药物设计的重要前提。近日，中国科学院上海药物研究所研究团队提出了蛋白—配体复合物柔性结构建模新方法PackDock。该方
科学家提出蛋白质—配体复合物柔性结构预测方法PackDock
作为细胞的“主力军”，蛋白质往往通过与小分子配体或其他蛋白质发生特异性结合来发挥功能。然而，蛋白质结构具有天然的动态性，配体结合也常伴随构象变化。因此，获得准确的结合构象是基于结构药物设计的重要前提。近日，中国科学院上海药物研究所研究团队提出了蛋白—配体复合物柔性结构建模新方法PackDock。该方
蛋白质复合物的结构
蛋白质复合物的分子结构可以通过实验技术确定，例如X射线晶体学，单颗粒分析或核磁共振。蛋白质-蛋白质对接的理论选择也越来越多。是通常用于识别一个meomplexes方法是免疫沉淀。最近，Raicu及其同事开发了一种确定活细胞中蛋白质复合物的四级结构的方法。该方法基于确定像素级Förster共振能量转移
配体的结构和特点
配体（ligand，也称为配基）是一个化学名词，表示可和中心原子（金属或类金属）产生键结的原子、分子和离子。一般而言，配体在参与键结时至少会提供一个电子。配体扮演路易斯碱的角色。但在少数情况中配体接受电子，充当路易斯酸。
线粒体呼吸链膜蛋白复合物Ⅰ的结构揭晓
德国科学家成功揭示细胞线粒体呼吸链膜蛋白复合物Ⅰ的结构，并发现了分子复合物中的全新能量转换机制，细胞可通过该机制使用储存在营养中的能量。相关研究成果发表在7月1日的《科学》杂志网络版上。 有氧呼吸是动植物进行呼吸作用的主要形式，细胞在氧的参与下，通过酶的催化作用将糖类等有机
上海光源用户解析出BRI1受体与配体BL复合物的晶体结构
a. BRI1与BL(黄色显示)复合物结构图 b. BRI1识别BL详细结构图 6月12日，清华大学生命学院柴继杰研究组在《自然》杂志发表了题为Structural insight into brassinosteroid perception by BRI1的研究
GPCRG蛋白复合物形成过程的结构见解
G蛋白偶联受体（GPCR）构成最大的细胞表面受体家族，其感知细胞外信号并激活细胞内途径。激动剂结合的GPCR与鸟苷二磷酸（GDP）结合的Gαβγ异源三聚体相互作用，导致GDP释放和鸟苷三磷酸（GTP）结合，然后异源三聚体的功能性解离和下游途径的激活。GPCR通常优先激活调节不同细胞信号传导途径的三种
马尔堡病毒核蛋白RNA复合物形成结构
京都大学领导的研究小组正在利用最近获得的马尔堡病毒核心结构的知识，试图通过它的角提取马尔堡病毒。最近的一项研究结果表明，未来的药物开发可能基于核衣壳形成的目标，这可能会抑制马尔堡病毒的复制能力。“在非洲马堡病毒和埃博拉病毒的零星和反复爆发导致严重出血热的情况下，既没有针对马堡病毒的特殊治疗方法，也没
光合膜蛋白超分子复合物精细结构获解析
5月29日，美国《科学》杂志以封面文章的形式发表了中国科学院植物研究所沈建仁和匡廷云研究团队的一项突破性研究成果，研究人员获得了高等植物光系统I（PSI-LHCI）光合膜蛋白超分子复合物2.8?魡的世界最高分辨率晶体结构。 科研人员经过多年的累积，首次全面解析了高等植物PSI-LHCI光合膜蛋
我科学家成功解析MLL家族蛋白复合物结构
中科院上海生科院生化与细胞所国家蛋白质科学中心（上海）雷鸣、陈勇研究组和中科院大连化学物理研究所李国辉研究组近日成功解析出甲基转移酶MLL家族蛋白复合物的结构，并阐释了其活性调控的分子机制。国际学术期刊《自然》2月18日以长文形式在线发表该成果。 以基因组DNA和组蛋白的共价修饰为主要标志的表
配体结合口袋是什么结构？
中文名称配体结合口袋英文名称ligand-binding pocket定 义受体的配体结合域中的疏水氨基酸残基通过疏水相互作用所形成的一种口袋形结构。其形状与配体的互补性越大，则受体与配体的亲和力也就越大。应用学科生物化学与分子生物学（一级学科），信号转导（二级学科）
新质谱技术可获取完整蛋白复合物重要结构信息
本周的《自然―方法学》介绍了一种提高质谱仪分辨率和可用性的改进方法，科研人员可利用该方法获得完整蛋白复合物的重要结构信息。 关于大型蛋白复合物的详细结构信息包括可与之结合的分子有哪些、该复合物是如何组成的等，是可以通过使用能检测高分子量离子的质谱技术来获得的。迄今为止，这项技术的实现需要采用特殊定
假根羽藻重要光合膜蛋白超级复合物结构获解析
日前，中国科学院院士、中科院植物研究所研究员匡廷云、研究员沈建仁带领的团队同济南大学、清华大学的科研人员合作，揭示了假根羽藻一个重要的光合膜蛋白超级复合物——光系统I捕光复合物I（PSI-LHCI）的3.49Å分辨率结构。该研究进一步完善了对光合生物进化过程中光系统结构变化趋势的理解，为人工模
“食油”酶复合物结构破解
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/3/497474.shtm
起始复合物的结构功能
由一个mRNA、一个接合子mRNA的特定位点（RBS；核糖体结合位点）的30s核糖体亚基和一个与起始密码子相互作用的N-甲酰甲硫氨酸tRNA相结合而成。某些蛋白质（起始因子）也为起始复合物贡献信息，然后被快速释放。
著名学者解析如何利用质谱确定蛋白复合物的结构
质谱技术已经成为了蛋白质组学研究的主力。这种技术方法能精确的检测多肽，从而帮助研究人员识别并测序多肽分子，分析它们的特征，了解它们如何进行化学修饰的。 但大多数蛋白质并不是单独行动的，一些关键的生物学过程，如DNA 复制、转录、翻译、细胞分裂和能量生成都依赖于大型蛋白复合物的行为，这些蛋白复合
先天免疫相关蛋白质复合物结构与功能研究计划启动
3月27日，蛋白质研究国家重大科学研究计划“先天免疫相关蛋白质复合物结构与功能的研究”项目部署会在北京召开。项目首席科学家清华大学柴继杰教授介绍了项目的总体情况、整体研究目标和课题间的相互衔接和依托关系，并就项目管理、经费使用、课题和单位间的协作互动等提出了具体要求，各课题负责人介绍了课题的准备
配体触发的变构ADP释放引发植物NLR/植物NLR复合物的重构
植物也有一系列防御机制，如抗性基因（R基因）介导的疾病抗性。R蛋白在病原体感染后被激活介导效应子触发的免疫（ETI）并导致局部程序性细胞死亡，称为过敏反应（HR）（见下图）。根据结构域组成，R基因至少可被分为五组。其中，含有核苷酸结合位点（NBS）和C末端富含亮氨酸的重复结构域（LRR）的NBS-L
我国学者首次解析非视觉阻遏蛋白复合物冷冻电镜结构
近日，中国科学院上海药物研究所徐华强课题组、余学奎课题组和中国科学院分子细胞科学卓越创新中心/生物化学与细胞生物学研究所国家蛋白质科学中心（上海）丛尧课题组合作在GPCR跨膜信号转导领域取得新进展——首次解析了非视觉阻遏蛋白（Arrestin2）与神经降压素受体（NTSR1）复合物冷冻电镜结构，
冷冻电镜重建法解析γ管蛋白环形复合物的结构
近日，美国洛克菲勒大学等科研机构的科研人员在Cell上发表了题为“Asymmetric Molecular Architecture of the Human γ-Tubulin Ring Complex”的文章，解析了人类γ-管蛋白环复合物的不对称分子结构。 γ-微管蛋白环形复合物（γ-tu
我国成功解析视紫红质与抑制型G蛋白复合物的结构
中国科学院上海药物研究所徐华强研究员领衔的交叉团队，联合攻关，利用冷冻电镜技术成功解析视紫红质（Rhodopsin）与抑制型G蛋白（Gi）复合物的近原子分辨率结构，攻克了细胞信号转导领域的重大科学难题。该项突破性成果于北京时间2018年6月14日以长文形式在线发表于国际顶级学术期刊《自然》（Na
植物光系统I膜蛋白超分子复合物结构研究获重要进展
5月29日，Science期刊以长文（Article）的形式并作为封面文章发表了中国科学院植物研究所沈建仁和匡廷云研究团队的突破性研究成果——高等植物光系统I（PSI）光合膜蛋白超分子复合物2.8 Å的世界最高分辨率晶体结构，文章题为Structural basis for energy tra
兴奋性神经递质谷氨酸转运蛋白配体结合模式的结构基础
中枢神经系统中，谷氨酸（Glutamate）是含量最高、分布最广的兴奋性神经递质，通过激活突触后膜谷氨酸受体，参与大脑的学习和记忆等功能。突触间隙中兴奋性谷氨酸水平必须受到严格调节，以避免谷氨酸受体过度刺激导致的谷氨酸兴奋性毒性。表达于星形胶质细胞质膜上的兴奋性谷氨酸转运蛋白2（hEAAT2）利
国人发AC：结合质谱将蛋白配体互作结构表征提至亚残基
近日，中国药科大学郝海平、叶慧团队在Analytical Chemistry杂志上发表题为“Sub-residue Resolution Footprinting of Ligand-Protein Interactions by Carbene Chemistry and Ion Mobili
蛋白质复合物的组装
正确组装多蛋白复合物很重要，因为组装错误会导致灾难性的后果。为了研究通路组装，研究人员研究了通路中的中间步骤。一种允许这样做的技术是电喷雾质谱法，它可以同时识别不同的中间状态。这导致发现大多数复合物遵循有序的组装路径。在可能发生无序组装的情况下，由于无序组装导致聚集，从有序状态到无序状态的改变导致复
极低密度脂蛋白受体分布与配体
分布：脂肪细胞、心肌、骨骼肌等（肝内基本没有）。配体：ApoE。结合的脂蛋白：VLDL、β-VLDL、VLDL残基等。VLDL受体的作用是清除血液循环中CM残粒和β-VLDL残粒。
低密度脂蛋白受体的分布与配体
分布：广泛分布于肝、动脉壁平滑肌细胞、肾上腺皮质细胞、血管内皮细胞、淋巴细胞、单核细胞和巨噬细胞等。配体：ApoB100、ApoE（ApoB/ApoE受体、BE受体）。结合的脂蛋白：LDL（主要），VLDL、β-VLDL、LDL残基等（含ApoE）。LDL受体和上述脂蛋白结合将它们吞入细胞内，使细胞
构建硫氧还蛋白肽适配体组合库实验
实验方法原理 实验材料 E.coli MC 1061 （Bio－Rad）硫氧还蛋白表达载体质粒DNA 洗脱液试剂、试剂盒 DNA 聚合酶DNA 连接酶小牛肠碱性磷酸酶（CIP）限制性内切核酸酶反应缓冲液 4dNTPTris·Cl培养基仪器、耗材 QIAquick 胶回收试剂盒质粒制备试剂盒DNA 合
构建硫氧还蛋白肽适配体组合库实验
实验材料E.coli MC 1061 （Bio－Rad）硫氧还蛋白表达载体质粒DNA 洗脱液试剂、试剂盒DNA 聚合酶DNA 连接酶小牛肠碱性磷酸酶（CIP）限制性内切核酸酶反应缓冲液4dNTPTris·Cl培养基仪器、耗材QIAquick 胶回收试剂盒质粒制备试剂盒DNA 合成仪16℃ 和 95℃
配体配体相互作用特点
中文名称配体-配体相互作用英文名称ligand-ligand interaction定 义泛指不同配体之间的相互作用。如受体上有多个配体结合位点时，一个配体与受体的结合可能影响另一个配体与受体的结合。应用学科生物化学与分子生物学（一级学科），信号转导（二级学科）