科学家提出蛋白质—配体复合物柔性结构预测方法PackDock
作为细胞的“主力军”，蛋白质往往通过与小分子配体或其他蛋白质发生特异性结合来发挥功能。然而，蛋白质结构具有天然的动态性，配体结合也常伴随构象变化。因此，获得准确的结合构象是基于结构药物设计的重要前提。近日，中国科学院上海药物研究所研究团队提出了蛋白—配体复合物柔性结构建模新方法PackDock。该方法将生成式AI与物理算法相结合，用于预测柔性蛋白—配体复合物构象。研究显示，该方法在多种应用场景中展现出良好的精度与效率，并兼具较强的泛化能力。PackDock通过整合物理建模与深度学习方法，来表征蛋白质—配体相互作用，并通过考虑蛋白质在无配体（自由态）与配体结合态下的构象分布，可更精准地建模柔性蛋白—配体复合物的结合构象。同时，其核心模块PackPocket结合等变图神经网络与生成式建模策略，学习侧链构象空间的能量景观，并在不同状态分布中采样口袋侧链构象，以描述结合过程中可能发生的构象变化。研究表明，PackDock框架可兼容多种刚......阅读全文
免疫复合物方法检测酪氨酸蛋白激酶
基 本 方案 酪 氨酸 蛋白 激酶 的免 疫 沉淀 和自 身 磷 酸化 检 测以下步骤可以釆用淋巴或非淋巴细胞、原代细胞或培养的细胞系、活化或非活化的细胞。材 料（带 V 项 目 见 附 录 1)待检测的细胞 冰预冷的 PBS含蛋白酶抑制剂的 I X 细 胞 裂 解 液（新鲜配置并于冰上保存）含蛋白
分子对接计算中如何确定对接口袋？（一）
在一般的分子对接计算中，一个不可或缺的步骤是定义配体分子（通常为有机小分子）的结合位置，即对接口袋。对于蛋白-小分子复合物X-ray晶体结构，口袋内就有一个配体，它为我们指示了对接口袋的位置。但还有很多X-ray晶体结构、NMR解析的结构没有配体结构，我们该如何确定对接口袋呢？更一般地，对于核酸、多
黑素皮质素受体1钙离子介导激素识别的分子机制
8月27日，中国科学院上海药物研究所研究员徐华强课题组联合研究员王明伟课题组，在Cell Research上发表了题为Structural mechanism of calcium-mediated hormone recognition and Gβ interaction by the huma
黑素皮质素受体1钙离子介导激素识别的分子机制
8月27日，中国科学院上海药物研究所研究员徐华强课题组联合研究员王明伟课题组，在Cell Research上发表了题为Structural mechanism of calcium-mediated hormone recognition and Gβ interaction by the hu
调控表面配体分布可实现组装基元结构对称性调控
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/3/519872.shtm
从狡猾的H7N9病毒，再认识我们自己的糖复合物
北京2月11日报告一例输入性H7N9流感病例，给春节期间坚守岗位的医务人员又增添了一层压力。 这个病死率高达 30% 到 50% 的致命的病毒，这个春节在浙江，安徽，江苏的流行，推测是首先起于该病毒在我国禽类的最近一次流行，然后携带 H7N9 禽流感病毒的禽类及其粪便，羽毛等，通过呼吸道传染或
科学家系统评估AlphaFold3在药物开发中的预测能力
中国科学院上海药物研究所研究员徐华强团队，在前期评估AlphaFold3蛋白相互作用预测精度的基础上，进一步聚焦其新近开源的小分子配体预测功能，系统评估了AlphaFold3在G蛋白偶联受体（GPCR）-小分子配体复合物结构预测中的表现，并深入揭示了其在药物设计应用中的局限性。相关研究7月9日发表于
研究解析糖皮质激素与GPR97和Go蛋白复合物冷冻电镜结构
中国科学院上海药物研究所研究员徐华强团队与山东大学教授孙金鹏团队、浙江大学教授张岩团队等首次解析了糖皮质激素与其膜受体GPR97和Go蛋白复合物的冷冻电镜结构，这也是国际上首次解析的黏附类GPCR与配体和G蛋白复合物的高分辨率结构。相关研究成果以Structures of glucocortic
Nature：冷冻电子显微镜下的“核糖体蛋白质”复合物结构
近日法国欧洲分子生物学实验室(EMBL)的科学家首次确定了在新合成蛋白质转运过程中发挥重要作用的一个“核糖体-蛋白质”复合物的结构。研究结果发表在近期的 Nature Structural and molecular Biology 杂志上。 就如同溺爱子女的父母总是会在第一天亲自护
RNA聚合酶复合物晶体结构获解析
中科院武汉病毒所研究员龚鹏带领研究小组解析了RNA病毒基因组复制和转录中重要物质——RdRP转位中间体的晶体结构。这将为相关抗病毒研究提供重要依据。相关成果日前发表于美国《国家科学院院刊》。 核酸聚合酶是核酸生物合成的分子机器，也是实现核酸遗传信息复制和传递的关键蛋白。在模板序列的指导下，聚合
Nature：鉴定出核孔复合物的三维结构
核孔复合物（Nuclear Pore Complex, NPC）是细胞中最大的通道，跨越核膜的双层膜。这个非凡的通道为细胞核和细胞质之间来回运输大分子提供通道。迄今为止，由于它的大尺寸和动态性，从结构和功能上全面理解它一直受到阻碍。 在一项新的研究中，美国研究人员首次获得酵母NPC的近乎完整的三维结
mosquito在解析新冠病毒复合物结构的应用
2020年2月18日，清华大学生命学院王新泉课题组和医学院张林琦课题组紧密合作，利用X射线衍射技术，解析了新型冠状病毒（2019-nCoV）表面刺突糖蛋白受体结合区（receptor-binding domain, RBD）与人受体ACE2蛋白复合物的晶体结构，准确定位出新冠病
药物所等揭示促肾上腺皮质激素释放因子受体的激活机制
促肾上腺皮质激素释放因子受体(Corticotropin-Releasing Factor Receptors) CRF1R和CRF2R是B类GPCR的重要成员，在中枢和外周神经系统中广泛表达，主要通过偶联下游Gs蛋白参与体内内分泌系统、行为系统和免疫系统的压力应答。研究表明，CRF1R可能与压
激活素ACVR1的作用介绍
激活素是属于结构相关信号蛋白转化生长因子β（TGFβ）超家族的二聚生长和分化因子。激活素通过受体丝氨酸激酶的异聚体复合物传递信号，该复合物包括至少两个I型（I和IB）和两个II型（II和IIB）受体。这些受体都是跨膜蛋白，由一个与富含半胱氨酸区域结合的配体胞外结构域、一个跨膜结构域和一个具有预测丝氨
癌症相关的基因突变类型及临床解释－ACVR1
激活素是属于结构相关信号蛋白转化生长因子β（TGFβ）超家族的二聚生长和分化因子。激活素通过受体丝氨酸激酶的异聚体复合物传递信号，该复合物包括至少两个I型（I和IB）和两个II型（II和IIB）受体。这些受体都是跨膜蛋白，由一个与富含半胱氨酸区域结合的配体胞外结构域、一个跨膜结构域和一个具有预测丝氨
人源甲状旁腺激素受体结构与功能研究取得重要进展
国际学术期刊《科学》（Science）于4月12日以长文（Research Article；DOI: 10.1126/science.aav7942）形式发表了中国科学院上海药物研究所徐华强团队和王明伟团队、浙江大学基础医学院张岩团队以及美国匹兹堡大学医学院Jean-Pierre Vilarda
胰高血糖素受体晶体结构揭示B型GPCR信号转导机制
近日，中国科学院上海药物研究所在B型G蛋白偶联受体（G protein-coupled receptor, GPCR）结构与功能研究方面取得又一项重要进展：首次测定了胰高血糖素受体（Glucagon receptor, GCGR）全长蛋白与多肽配体复合物的三维结构，揭示了该受体对细胞信号分子的特
中国科大筛选出特异针对点突变蛋白的适配体
近日，中国科学技术大学生命科学学院单革教授实验室发明了一种新的筛选方法，从而筛选出能特异针对具有细微改变（比如单氨基酸残基突变）蛋白质的核酸（RNA）适配体。该研究成果于7月27日发表在《美国科学院院刊》（PNAS）上。 RNA适配体是人工合成及筛选出的能特异结合小分子、蛋白质，甚至完整细
中国科大筛选出特异针对点突变蛋白的适配体
近日，中国科学技术大学教授单革实验室发明了一种新的筛选方法，可筛选出能特异针对具有细微改变（比如单氨基酸残基突变）蛋白质的核酸（RNA）适配体。该研究成果发表在7月27日的《美国国家科学院院刊》（PNAS）上，论文第一作者为博士陈亮。 RNA适配体是人工合成及筛选出的能特异结合小分子、蛋白质
大豆疫霉线粒体自噬机制研究发现新的配体蛋白
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/3/519481.shtm西北农林科技大学植保学院作物疫霉功能基因研究与利用研究团队研究发现含ANK和FYVE结构域的蛋白PsAF5作为线粒体内膜自噬受体PsPHB2的配体，通过影响PsPHB2与PsATG8的
联合团队揭示苦味受体配体识别和G蛋白偶联机制
7月5日，中科中山药物创新研究院研究员段佳课题组、李翼课题组联合中国科学院上海药物研究所研究员徐华强课题组、杨德华课题组，报道了非甾体抗炎药物氟芬那酸改造化合物Compound 28.1（Cpd 28.1）结合苦味受体TAS2R14分别偶联Ggust和Gi复合物结构，揭示了苦味受体独特的双口袋配体识
GPR30受体全新激活机制获揭示
5月14日，中国科学院上海药物研究所研究员徐华强团队、谢欣团队和杨德华团队合作，证明GPR30并非直接雌激素受体，为学界对雌激素信号传导机制的理解提出了新的挑战和机遇。相关研究发表于《细胞研究》。GPR30曾被假定为G蛋白偶联的雌激素受体，但一些结果表明，此假设未必准确。研究团队利用单颗粒冷冻电镜手
关于受体酪氨酸激酶的介绍
受体酪氨酸激酶（receptor protein tyrosine kinases，RPTKs）的胞外区是结合配体结构域，配体是可溶性或膜结合的多肽或蛋白类激素，包括胰岛素和多种生长因子。胞内段是酪氨酸蛋白激酶的催化部位，并具有自磷酸化位点。 配体（如EGF）在胞外与受体结合并引起构象变化，导
概述受体介导的内吞作用
受体介导的内吞作用（receptor mediated endocytosis） 是细胞依靠细胞表面的受体特异性地摄取细胞外蛋白或其他化合物的过程。细胞表面的受体具有高度特异性,与相应配体(被内吞的分子)结合形成复合物,继而此部分质膜凹陷形成有被小窝,小窝与质膜脱离形成有被小泡,将细胞外物质摄入
别构配体的概念
中文名称别构配体英文名称allosteric ligand定 义别构酶的效应物。应用学科生物化学与分子生物学（一级学科），酶（二级学科）
核酸适配体简介
SELEX 技术是20世纪90年代初新兴并发展的一种体外指数富集配体的系统进化的组合化学技术，能够有效地用于核酸结构分析与功能研究。核酸适配体(aptamer)是基于SELEX 技术从随机寡核苷酸文库中筛选获得的对靶物质具有很高特异性与亲和力的寡核苷酸序列。人工化学合成一个文库容量为1014-101
什么是适配体
适配体，顾名思义，就是比较适合配合配对配种---的东西，而我们通常所说的适配体是核酸适配体的简称，但是核酸只是一个限定性词语，核有两种含义，一种是核心，一种是微观，核酸是核糖核酸的简称，也就是DNA和RNA，这两种东西就是螺旋链，我们肉眼可看到的螺旋链和我们肉眼看不到的螺旋链其实都是一样的，不同之处
核酸适配体简介
SELEX 技术是20世纪90年代初新兴并发展的一种体外指数富集配体的系统进化的组合化学技术，能够有效地用于核酸结构分析与功能研究。核酸适配体(aptamer)是基于SELEX 技术从随机寡核苷酸文库中筛选获得的对靶物质具有很高特异性与亲和力的寡核苷酸序列。人工化学合成一个文库容量为1014-101
配体门通道简介
表面受体与细胞外的特定物质（配体ligand）结合，引起门通道蛋白发生构象变化，结果使“门”打开，又称离子通道型受体。分为阳离子通道，如乙酰胆碱、谷氨酸和五羟色胺的受体，和阴离子通道，如甘氨酸和γ－氨基丁酸的受体。N型乙酰胆碱受体[1]是了解较多的一类配体门通道。它是由4种不同的亚单位组成的5聚体，
什么是适配体
适配体，顾名思义，就是比较适合配合配对配种---的东西，而我们通常所说的适配体是核酸适配体的简称，但是核酸只是一个限定性词语，核有两种含义，一种是核心，一种是微观，核酸是核糖核酸的简称，也就是DNA和RNA，这两种东西就是螺旋链，我们肉眼可看到的螺旋链和我们肉眼看不到的螺旋链其实都是一样的，不同之处