科学家提出蛋白质—配体复合物柔性结构预测方法PackDock
作为细胞的“主力军”，蛋白质往往通过与小分子配体或其他蛋白质发生特异性结合来发挥功能。然而，蛋白质结构具有天然的动态性，配体结合也常伴随构象变化。因此，获得准确的结合构象是基于结构药物设计的重要前提。近日，中国科学院上海药物研究所研究团队提出了蛋白—配体复合物柔性结构建模新方法PackDock。该方法将生成式AI与物理算法相结合，用于预测柔性蛋白—配体复合物构象。研究显示，该方法在多种应用场景中展现出良好的精度与效率，并兼具较强的泛化能力。PackDock通过整合物理建模与深度学习方法，来表征蛋白质—配体相互作用，并通过考虑蛋白质在无配体（自由态）与配体结合态下的构象分布，可更精准地建模柔性蛋白—配体复合物的结合构象。同时，其核心模块PackPocket结合等变图神经网络与生成式建模策略，学习侧链构象空间的能量景观，并在不同状态分布中采样口袋侧链构象，以描述结合过程中可能发生的构象变化。研究表明，PackDock框架可兼容多种刚......阅读全文
科学家提出蛋白质—配体复合物柔性结构预测方法PackDock
作为细胞的“主力军”，蛋白质往往通过与小分子配体或其他蛋白质发生特异性结合来发挥功能。然而，蛋白质结构具有天然的动态性，配体结合也常伴随构象变化。因此，获得准确的结合构象是基于结构药物设计的重要前提。近日，中国科学院上海药物研究所研究团队提出了蛋白—配体复合物柔性结构建模新方法PackDock。该方
科学家提出蛋白质—配体复合物柔性结构预测方法PackDock
作为细胞的“主力军”，蛋白质往往通过与小分子配体或其他蛋白质发生特异性结合来发挥功能。然而，蛋白质结构具有天然的动态性，配体结合也常伴随构象变化。因此，获得准确的结合构象是基于结构药物设计的重要前提。近日，中国科学院上海药物研究所研究团队提出了蛋白—配体复合物柔性结构建模新方法PackDock。该方