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《自然—方法学》年度方法:单细胞测序

2014年1月《自然—方法学》(Nature Methods)上发表年度特别报道,将“单细胞测序”(Singled out for sequencing)的应用列为2013年度最重要的方法学进展。 近几年来,基于单细胞测序技术的科学研究取得了突飞猛进的发展,其成果有望为一些重要的医学问题提供新的解决方案。文章总结了2013年单细胞测序技术对于人类早期发育、癌症以及神经科学研究等几个重点领域的最新应用成果。文章特别指出,来自中国北京大学的一些研究团队在这方面完成了许多优秀的工作,做出了突出的贡献。 单细胞基因组扩增新技术(MALBAC)最早由哈佛大学谢晓亮教授发明,相关论文2012 年发表于《科学》 (Science)杂志。该方法通过形成闭合环来抑制DNA片段被重复地复制,以保持DNA扩增的均匀性,解决了传统方法对单细胞基因组扩增的强烈偏好性的问题。这项突破在单个细胞水平实现了全基因组93%的高覆......阅读全文

9102,《Nature Methods》上scRNA-seq“天天”见

  《Nature Methods》是专门用来对生命科学研究领域具有显著性意义的新方法和研究技术改进的经典杂志。单细胞转录组测序是2019年不折不扣的热点领域,截至2019年9月,Nature Methods总共发表了10篇关于单细胞转录组测序相关的研究报道。本期,小编和大家一起分享这些重要的研究成

9102,《Nature Methods》上scRNA-seq“天天”见

  《Nature Methods》是专门用来对生命科学研究领域具有显著性意义的新方法和研究技术改进的经典杂志。单细胞转录组测序是2019年不折不扣的热点领域,截至2019年9月,Nature Methods总共发表了10篇关于单细胞转录组测序相关的研究报道。本期,小编和大家一起分享这些重要的研究成

乔杰团队报道人类卵泡发育过程基因表达调控规律

  生殖细胞是个体发育过程中一类特殊的细胞,是种族繁衍的载体。近年来,乔杰课题组及合作者围绕生殖细胞的发生、发育与成熟进行了系统的研究,揭示了人类胎儿生殖细胞发生、育龄男性精子成熟等多个关键发育阶段的基因组特征、DNA甲基化重编程及其对基因表达的调控关系(Cell 2013,2015; Cell S

加州大学张鹍教授团队合作绘制首份成人肾脏单细胞草图

  自2006年在全世界第一个实现单细胞全基因组测序,华人科学家张鹍教授在单细胞测序领域的研究一直处于全球领先地位。2018年11月,张鹍教授团队因在单细胞研究领域的杰出贡献,荣获美国国立卫生研究院(NIH)两项共计1400万美元的研究基金,用于构建单细胞水平的人体器官3D图谱,推动精准医学进入单细

Hoxb5细胞的命运我做主将B细胞重编程为功能性T淋巴细胞

  小编:天地悠悠过客匆匆潮起又潮落~~~   小鼠甲:咳咳,咱们是个严肃的科普节目……   小编:天地洪荒,宇宙万物,生命起源,又到了万物~~~   小鼠乙:(咆哮体)现在是冬天!冬天!咱们几(今)天要讲的是细胞!细胞!   小编:呃(⊙o⊙)… 好吧,咱们今天要讲的是细胞(*^▽^*),

CRISPR/Cas9应用近期重大进展

  基因组编辑技术CRISPR/Cas9被《科学》杂志列为2013年年度十大科技进展之一,受到人们的高度重视。CRISPR是规律间隔性成簇短回文重复序列的简称,Cas是CRISPR相关蛋白的简称。CRISPR/Cas最初是在细菌体内发现的,是细菌用来识别和摧毁抗噬菌体和其他病原体入侵的防御系统。  

多篇研究共同解读近期单细胞测序重磅级研究成果

  本文中,小编整理了近年来单细胞测序领域的重磅级研究成果,与大家一起学习!  【1】Cell:开发出空间单细胞测序技术,有助揭示早期乳腺癌产生浸润性之谜  doi:10.1016/j.cell.2017.12.007  在一项新的研究中,来自美国德州大学MD安德森癌症中心的研究人员报道一种新的遗传

新平台让单细胞RNA-seq进一步升级

  最近,麻省理工学院的研究人员,通过将复杂的RNA测序技术与分离单个细胞及其后代的新装置相结合,可追踪来自一个“祖先”的几代细胞的详细谱系。  这种技术——可随着细胞的分化跟踪基因表达的变化,对于研究干细胞或免疫细胞如何成熟,可能是特别有用的。它还可以阐明癌症是如何发展的。  相关研究结果发表在1

汤富酬Nature Cell Biology发文 揭示人类消化道发育细胞图谱

  人类胚胎发育过程中食道、胃、小肠、大肠的细胞类型图谱及其关键生物学特征。  消化系统是人体中最重要的器官系统之一,而消化道作为消化系统最重要的组成部分,其在食物消化、营养吸收、废物排泄、抵抗微生物入侵等多个方面起着极其重要的作用。消化道主要由食道、胃、小肠、大肠组成。揭示这四种器官在人类胚胎发育

多功能单细胞显微操作系统FluidFM BOT在单细胞力学实验...

多功能单细胞显微操作系统FluidFM BOT在单细胞力学实验中的创新应用瑞士Cytosurge公司的多功能单细胞显微操作系统FluidFM BOT,是将原子力系统、微流控系统、纳米位移台系统合为一体的单细胞操作系统,能够在单细胞水平上为研究者提供很大的便利,可应用于单细胞力谱、单细胞质谱、单细

单细胞RNA测序新成果 带你解开心脏发育的长久谜题

  制造一颗心脏,这不是简单的事情。在子宫内,这个器官开始是一根管,芽珠状的硬块,自动折叠,最终变成了更熟悉的四腔结构。  但确切地说,心脏细胞是如何按照它们的基因程序,来构建这个复杂的、维持生命的泵状器官呢?这仍然是一个谜。哈佛医学院遗传学教授、心脏病学研究员Jonathan Seidman说:“

单细胞RNA测序新成果 带你解开心脏发育的长久谜题

  制造一颗心脏,这不是简单的事情。在子宫内,这个器官开始是一根管,芽珠状的硬块,自动折叠,最终变成了更熟悉的四腔结构。  但确切地说,心脏细胞是如何按照它们的基因程序,来构建这个复杂的、维持生命的泵状器官呢?这仍然是一个谜。哈佛医学院遗传学教授、心脏病学研究员Jonathan Seidman说:“

科学家成功绘制出人类大脑细胞类型的“百科全书”!

  为了制作一道新菜,厨师必须选择食材并将其进行混合,从而实现不同的口味和质地,同样地,成千上万个基因多种不同组合的表达能够创造并维持大脑中每种细胞多种多样的“味道”,近日,一项刊登在国际杂志Nature上的研究报告中,研究者Hodge等人通过研究报道了他们对大脑中单个细胞基因表达的分析,这或能为人

基于单细胞数据理解细胞变化过程拟时间序列分析详解

  单细胞检测技术的发展为我们理解复杂生命体中细胞的组成与各自功能及变化过程提供了强有力的工具。基于单细胞基因表达谱数据,我们可以窥探发育过程中细胞内的调控变化,发现肿瘤微环境中的各类细胞及它们的细胞间交流,理解器官组织中复杂多样的细胞类型。现有单细胞研究是一个从整体到个体,再由个体特征重建整体的过

基于单细胞数据理解细胞变化过程——拟时间序列分析详解

  单细胞检测技术的发展为我们理解复杂生命体中细胞的组成与各自功能及变化过程提供了强有力的工具。基于单细胞基因表达谱数据,我们可以窥探发育过程中细胞内的调控变化,发现肿瘤微环境中的各类细胞及它们的细胞间交流,理解器官组织中复杂多样的细胞类型。现有单细胞研究是一个从整体到个体,再由个体特征重建整体的过

活细胞提取及应用——单个细胞级别的活细胞提取

由于细胞异质性的存在,单细胞层面的分析就变得十分重要。目前对于单细胞分析的方法主要还是通过化学、生物学的方法进行裂解后,提取内容物进行分析,然而这种方法往往会对样本造成一些损伤。直接提取活细胞具有诸多优点,但是操作苦难。如今一种全新使用FluidFM科技的技术新报道有望提供一种活细胞提取新型的简易方

单细胞分离和转移最新用法—单个细胞级别的分离和转移

在当代生物学与医学的研究中,对单个细胞的分离一直有着很高的需求。然而传统手段往往需要将大量细胞悬浮后进行分选接种。这类方法不仅费时费力,而且细胞活力也会受到影响。本篇报道中Guillaume使用FluidFM BOT建立了一种非常简易、快速的新手段。 单细胞分离有哪些优势?由于蛋白和基因的

Namocell单细胞分离仪应用——单细胞测序

2018年11月,Namocell与CZ-Biohub(Chan Zuckerburg Biohub)合作,在单细胞测序领域做出了新的尝试。CZ-Biohub利用Namocell单细胞分离仪分选出目的B细胞,并且将其进行单细胞测序,为抗体新药的发现迈出了重要一步。单细胞RNA测序(scRNA-s

科学家将分类和测序人体所有细胞

  计算生物学家Aviv Regev 喜欢挑战一些看似不可能完成的任务。2011年,她与分子遗传学家Joshua Levin合作,测试了RNA测序的几种方法。科学家希望找到这几种技术的极限,以查看哪种方法表现最佳。最终,Levin指出,一些技术的灵敏度非常高,能检测含量低于单细胞中含有的RNA量的样

为什么癌症无法消灭?

  2500年前,当古希腊医师希波克拉底给恶性肿瘤命名为καρκνο(意为螃蟹或小龙虾,英文译为cancer,中文译为癌)的时候,仅仅是对病人体表可见的恶性肿瘤做了形态上的描述:恶性肿瘤通常从中心的肿块向周边伸出一些分支,状如螃蟹。然而,希波克拉底不可能知道的是,更多的情况下,癌症可以发生在人体的不

单细胞基因组,一个新时代的到来

  单细胞基因组旨在通过组学方法研究单个细胞。近年来随着技术的发展,这一年轻的领域正在迅速成熟起来。单细胞基因组研究的前身可以追溯到用芯片检测单细胞的基因表达。不过,新一代DNA测序才是单细胞基因组学的大功臣,这些技术的出现让单细胞基因组研究最终一飞冲天。  2012年7月,Nature Biote

在动脉粥样硬化中,平滑肌细胞变身可阻止动脉斑块破裂

  为了保护他人而改变自己的身份,听起来像是漫画书里的“义务警员(vigilantes)”才会做的事情,但是,在一项新的研究中,来自美国斯坦福大学医学院的研究人员发现,动脉壁上的一组细胞正是这样做的。对于这些细胞而言,身份转变发生在一种称为动脉粥样硬化的疾病中。当动脉被脂肪、胆固醇和分子颗粒堆积在一

单细胞mRNA测序揭示早熟树突状细胞在炎症反应中的作用

单细胞mRNA测序揭示早熟树突状细胞在炎症反应中的作用        ——研究表明单细胞测序在发现通常隐藏在海量细胞样本中的稀有细胞群的重要性波士顿和南旧金山,加州,2014年6月30——在本月Nature上发表的一篇文章中,Br

重磅!揭示肾上腺素能嗜铬细胞的一种新的细胞起源

  肾上腺影响着许多过程,如应激反应和代谢。循环肾上腺素能够在体内产生深刻的影响,它的水平依赖于日常生活期间维持器官和身体平衡的需求发生变化。在比较极端的战斗或逃跑反应中,肾上腺素飙升,对器官和组织施加影响,包括增加的心率和血糖水平、将氧气和葡萄糖重新引导到四肢肌肉中。位于肾上腺髓质的嗜铬细胞(ch

甲基化领域重要研究成果解读!

  本文中,小编整理了近年来科学家们在甲基化研究领域取得的重要研究成果,与大家一起学习!  【1】Science:重大进展!揭示DNA甲基化增强基因转录机制  doi:10.1126/science.aar7854  DNA甲基化(DNA methylation)为DNA化学修饰的一种形式,能够在不

深圳先进院微流控技术研究取得新进展

  中科院深圳先进技术研究院医工所陈艳副研究员带领的研究团队在微流控技术方面的研究取得重要进展。科研人员研制了用于肿瘤细胞基因表达水平评估的高通量微流控芯片,这一技术可发展成为癌症的早期诊断和分析的新型技术。6月13日,相关研究成果在线发表在国际微流控芯片领域知名期刊Lab on a Chip上

谢晓亮院士:单分子技术透视生命之谜

  2012和2013年,由北京大学多个研究团队合作完成的世界首个高精度人类男性和女性个人遗传图谱相关论文相继发表于《科学》和《细胞》杂志。这一工作采用的单细胞DNA扩增技术MALBAC,与以前的技术相比,该技术将单细胞全基因组测序的精确度大幅度提高,以至于能够发现个别细胞之间的遗传差异。  MAL

CloneSelect单细胞分离系统用于分选基因编辑的间充质干...

CloneSelect单细胞分离系统用于分选基因编辑的间充质干细胞 图1:CloneSelect f.sight单细胞分离系统 最近发表的一篇文章(Characterization of CRISPR/Cas9 RANKL knockout mesenchymal stem

Countstar Rigel 荧光分析仪在单细胞测序中的应用

1.单细胞测序单细胞测序(Single Cell Squencing):简称SCS,是指从单个细胞提取DNA或RNA样品进行DNA或RNA的测序。该技术自2009年问世,2013年被Nature Methods评为年度技术以来,越来越多地被应用在科研领域。2015年以来,10X Geno

北大谢晓亮教授:单分子技术透视生命之谜

2012和2013年,由北京大学多个研究团队合作完成的世界首个高精度人类男性和女性个人遗传图谱相关论文相继发表于《科学》和《细胞》杂志。这一工作采用的单细胞DNA扩增技术MALBAC,与以前的技术相比,该技术将单细胞全基因组测序的精确度大幅度提高,以至于能够发现个别细胞之间的遗传差