细菌第六型分泌系统介导的杀细菌效应的新研究
2013年10月，著名的'细胞'杂志社(Cell Press)接收了来自南开大学生命科学院博士、哈佛大学医学院博士后研究员傅暘博士的最新科研成果--"转座子突变测序法霍乱弧菌肠道定殖必需基因研究以及由此揭示的宿主体内细菌第六型蛋白分泌系统介导的杀细菌作用的激活"，并作为12月主推高光文章发表于微生物学界顶级杂志"Cell Host & Microbe"上。 该项研究具有多项重大意义。首先，傅暘博士改进并创新了近年来流行的高通量转座子突变测序技术，在新西兰婴儿兔--这个弧菌最新最强有力的动物模型中对霍乱弧菌几乎全部基因进行了肠道定殖能力筛选，报道了多达400个对侵染增殖有重要作用的基因产物，其中接近80%为首次发现报道;第二，发现了双核苷酸环化酶DncV和其调控蛋白VspR突变体可以显著影响霍乱弧菌的趋化性进而影响反应原性;第三，系统阐述了多种宿主体内选择压力如胆酸、无氧及微氧环境、营养条件丰富度对细菌侵......阅读全文
DNA测序抑制超级细菌传播
超级细菌的暴发困扰着英国剑桥市新生儿特殊护理病房的医护人员。在基因测序的帮助下，去年以来持续数月的困境终于结束了。刊登在近期出版的《柳叶刀―传染病》上的一份研究报告称，科学家首次测序了病原体基因，以便积极控制进行中的超级细菌暴发。 英国剑桥大学的临床微生物学家Sharon Peacoc
深度测序发现细菌中存在大量msRNAs
具有调控作用的非编码小分子RNA，调控基因的表达，而microRNAs在真核生物中恰恰提供了一个最好的例子。然而，与真核生物microRNAs相同大小的细菌小RNAs却鲜被关注。近日，韩国庆北国立大学的研究人员，对细菌中的msRNAs(microRNA-size, small RNAs)进行
基因测序是怎么判断病毒或者细菌来源
目前以新冠病毒来解释，首先病毒的体外活性，其实他与病毒的种类和体外环境因素有关。病毒的起源似乎并不一定与其体外失活有关。由于病毒不能形成化石，其复制机制复杂，因此研究病毒的起源非常困难。事实上，它们可以感染几乎所有的生物，这使得问题更加复杂。一些病毒如疱疹病毒和单核细胞增多症病毒与其宿主细胞的基因有
长读测序发现高达20％的果蝇基因来自细菌
科学家芭芭拉·麦克林托克在20世纪40年代首次发现了“跳跃基因”，即那些可以在其他物种基因组内移动或转移到其他物种基因组中的基因。然而，研究人员继续发现它们在进化和健康中的重要性。在UMSOM和IGS的微生物学和免疫学教授Julie Dunning Hotopp博士的带领下，IGS的研究人员使用了新
Sanger研究所测序3,000种危险细菌
对于人类而言，细菌扮演着多重角色，有时是亲密的伙伴，有时是致命的敌人。英国著名的Wellcome Sanger研究所近日与Pacific Biosciences（PacBio）合作，测序了3,000多种细菌的基因组，其中包括一些世界上最危险的细菌。 这些细菌是由英国国家菌种保藏中心（NCTC
Y染色体完整测序或改善细菌DNA研究
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/9/507607.shtm
单分子测序助力细菌甲基化组的分析
New England Biolabs联合Pacific Biosciences的研究人员利用PacBio RS系统对6种细菌基因组进行了重测序，不仅鉴定出细菌基因组中新的胞嘧啶和腺嘌呤甲基化位点，还鉴定出介导这些表观遗传学标志的甲基转移酶。该研究成果近日发表在《Nucleic Acid
Nature子刊：新测序技术揭示细菌多样性
斯坦福大学的研究人员首次将一种新测序技术用于人类肠道微生物组，揭示了惊人的细菌多样性。这项研究发表在十二月十四日的Nature Biotechnology杂志上。 “这些细菌在遗传学上比我们想象的更加多样化，”文章资深作者Michael Snyder教授说。人类个体之间只有千分之一的基因组序列
ATM机器究竟暗藏多少细菌？让RNA测序来告诉你
比起在银行柜台排队取钱，使用自动柜员机（ATM）算是一种非常便捷的方式。不过，大家要小心，ATM可是暗藏了不少的细菌。近日，纽约大学的研究人员对纽约市多台ATM键盘上的细菌和真菌进行测序分析，发现了一系列微生物代表，不过总体多样性较低。 纽约大学的Maria Gloria Dominguez-
Genome－Res：全基因组测序追踪耐药细菌传播机制
耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）是一种常见的引发院内感染的致病菌，其也是资源不足医院感染的一大负担，此前当资源较好的临床机构运用全基因组测序来追踪MRSA的扩散时，针对有限的感染控制的传播动力学常常并不清楚，近日，来自剑桥大学的研究人员就利用全基因组测序的技术揭示了高传播率的资源受限医院中M
通过高通量测序分析细菌群落分布－提供文物保护新思路
2月7日，中国科学技术大学科技史与科技考古系龚德才教授团队在国际期刊《Scientific Reports》发表学术论文，题为《考古发掘前墓葬环境研究新视角：通过高通量测序分析细菌群落分布》（A new perspective on studying burial environment bef
测序结果能知道各个细菌种类的含量分别是多少吗
测序分为一代测序和二代测序（两者差别，一代测序准确性高，通量低，二代测序通量高）一般确定各个细菌种类的含量，专业上讲叫种群丰度一般观察这种丰度细菌是通过16S rDNA的高变区V区来确定物种一代测序是通过PCR来扩增出特定V区，进行克隆后，一代测序进而分析，但是克隆挑选的数目对丰度的准确评估有很大影
DNA测序的测序技术
高通量测序技术（High-throughput sequencing）又称“下一代”测序技术（Next-generation sequencing technology），以能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志。根据发展历史、影响力、测序原理和技术不同等，主要有以
DNA测序PCR测序反应
1. 取0.2 ml的PCR管，用记号笔编号，将管插在颗粒冰中，按下表加试剂： 所加试剂 测定模板管 标准对照管 BigDye Mix 1 μl 1 μl 待测的质粒DNA 1 μl － pGEM-3Zf (+) 双链DNA － 1 μl 待测DNA的正向引物 1 μl － M13(
DNA测序的测序原理
DNA测序的测序原理是：利用一种DNA聚合酶来延伸结合在待定序列模板上的引物。直到掺入一种链终止核苷酸为止。每一次序列测定由一套四个单独的反应构成，每个反应含有所有四种脱氧核苷酸三磷酸(dNTP)，并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸。由于ddNTP缺乏延伸所需要的3-OH基团，使延长的寡聚核苷酸
Sanger采用SMRT测序技术获得－NCTC－3,000株细菌基因组图谱
英国著名的Wellcome Sanger研究所与Pacific Biosciences（PacBio）合作已完成了对英国公共卫生部国家标准菌库NCTC中 3,000多株细菌的基因组的测序工作，其中包括一些世界上最危险的细菌，如引起鼠疫、痢疾和霍乱的细菌。通过解码DNA，研究人员能够更好地了解细菌
中科院“细菌全基因组测序及分析”取得阶段性成果
中科院北京基因组研究所的胡松年研究员和浙江大学医学院附属二院的胡讯教授合作研究的项目“细菌Phenylobacterium zucineum全基因组测序及分析”取得阶段性成果，相关论文发表在今年第9期的BMC Genomics上。 P.zucineum是合作方从K562细胞系中分离到的兼性细菌。系
二代测序的焦磷酸测序，合成法测序，连接法测序和离子半导体测序原理
不同的二代测序平台的区别主要体现在测序反应的技术上，这些差别可以分为4类： 焦磷酸测序，合成法测序，连接法测序和离子半导体测序。焦磷酸测序 在焦磷酸测序中，测序反应通过每个核苷酸结合过程中释放的焦磷酸来调控。释放的焦磷酸参与了一系列化学反应从而导致链光的产生。发出的光由记录基因蔟相应序列的相
简述DNA测序的测序规律
生成互相独立的若干组带放射性标记的寡核苷酸，每组寡核苷酸都有固定的起点，但却随机终止于特定的一种或者多种残基上。 由于DNA上的每一个碱基出现在可变终止端的机会均等，因此上述每一组产物都是一些寡核苷酸混合物，这些寡核苷酸的长度由某一种特定碱基在原DNA全片段上的位置所决定。 在可以区分长度仅
DNA测序仪pcr测序反应
pcr测序反应 (1) 取0.2ml的pcr管，用记号笔编号，将管插在颗粒冰中，按下表加试剂： 所加试剂 测定模板管 标准对照管 bigdye mix 1μl 1μl 待测的质粒dna 1μl － pgem-3zf (+) 双链dna － 1μl 待测dna的正向引物 1μl －
DNA测序技术的测序原理
化学修饰法测序原理化学试剂处理末段DNA片段，造成碱基的特异性切割，产生一组具有各种不同长度的DNA链的反应混合物，经凝胶电泳分离。化学切割反应：包括碱基的修饰，修饰的碱基从其糖环上转移出去在失去碱基的糖环处DNA断裂。Sanger法测序的原理就是利用一种DNA聚合酶来延伸结合在待定序列模板上的引物
DNA测序的测序目的
确定重组DNA的方向与结构，对突变进行定位、鉴定和比较研究。
DNA测序技术的测序规律
生成互相独立的若干组带放射性标记的寡核苷酸，每组寡核苷酸都有固定的起点，但却随机终止于特定的一种或者多种残基上。由于DNA上的每一个碱基出现在可变终止端的机会均等，因此上述每一组产物都是一些寡核苷酸混合物，这些寡核苷酸的长度由某一种特定碱基在原DNA全片段上的位置所决定。在可以区分长度仅差一个核苷酸
DNA测序的测序原理介绍
化学修饰法测序原理 化学试剂处理末段DNA片段，造成碱基的特异性切割，产生一组具有各种不同长度的DNA链的反应混合物，经凝胶电泳分离。化学切割反应：包括碱基的修饰，修饰的碱基从其糖环上转移出去在失去碱基的糖环处DNA断裂。 Sanger法测序的原理 就是利用一种DNA聚合酶来延伸结合在待定
DNA测序——自动测序法
DNA测序可用于：（1）测定未知序列；（2）确定重组DNA的方向与结构；（3）对突变进行定位和鉴定比较研究。实验方法原理ABI PRISM 310型基因分析仪(即DNA测序仪)，采用毛细管电泳技术取代传统的聚丙烯酰胺平板电泳，应用该公司ZL的四色荧光染料标记的ddNTP(标记终止物法)，因此通过单
DNA测序仪：454测序仪
454测序仪的出现极大促进了测序业务的开展，科研人员已经将测序技术作为解决科研工作中许多常见 问题的利器。这是因为454测序仪在以下几个方面取得了质的突破：首先是解决了高通量测序问题；其次它简 化了样品准备步骤，将以往转化大肠杆菌扩增质粒的繁琐过程全部用简单的体外PCR扩增法替代了；最后， 它缩小了
《基因组生物学》：一种超级细菌的基因组测序完成
最近，英国桑格研究所（Wellcome Trust Sanger Institute）和布里斯托尔大学的研究者们共同完成了一种名为Steno的超级细菌的基因测序工作，研究结果显示，这是一种具有显著抗药性的生物体。对这种细菌基因组的了解将有助于研究者们发现如何应对这种具有独特抗药性的生物体。这一研究论
－Illumina和梅里埃合作推出细菌性感染全基因组测序服务
抵御抗生素耐药性意味着临床医生们需要小型工具来鉴别出哪种感染是细菌性的，以及引发感染的细菌种类，同时还要揭示出这些细菌对于多种抗生素是否是敏感性的。近日，Illumina公司和生物梅里埃公司（bioMerieux）就通过联合研究推出了一项全基因组测序服务，目的在于改善医源性感染的控制和流行病学的
双脱氧法DNA测序实验——测序酶进行标记测序反应
在基本的双晩氧测序反应中，寡核苷酸引物退火于单链DNA摸板，在4种脱氧核糖核酸三磷酸存在时，引物为DNA聚合酶所延伸。反应混合物中也含有4种双脱氧核糖核苷三磷酸的其中一种，当它掺入到DNA的生长链时，可终止链的延伸。实验材料DNA试剂、试剂盒寡核苷酸引物测序酶终止混合液测序酶缓冲液焦磷酸酶混合液仪器
解码“基因组学之父”桑格：测序，测序，测序
“桑格当之无愧地被称为‘基因组学之父’，他的工作为人类读取和理解基因代码奠定了基础，彻底变革了生物学并极大促进了当今的医学发展。”、 有一天，65岁的英国生物化学家弗雷德里克·桑格(Frederick Sanger)突然停下手中的试验，转身走出实验室，宣布自己正式退休。那一年是1983