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封面故事：非洲腔棘鱼基因组已被测序 The African coelacanth genome provides insights into tetrapod evolution 本期封面照片是由Laurent Ballesta在南非的“索德瓦纳湾”拍摄的一条非洲腔棘鱼和一个潜水员。1938年在南非近海捕捞到一条非洲腔棘鱼(Latimeria chalumnae)，当时它引起了国际关注，因为腔棘鱼被认为在7000万年前就灭绝了。现在，它的基因组已被测序。系统发育基因组分析解决了哪种肉鳍鱼是陆地脊椎动物关系最近的现存亲缘种的这个长期未能解决的问题——它是肺鱼，而不是腔棘鱼。腔棘鱼的蛋白编码基因在缓慢演化，这也许可以解释今天的腔棘鱼看起来与其3亿年前的化石祖先何以相似。对基因和调控元素的变化所做研究，显示了包括脑和鳍发育、免疫和氮排泄等在内的因素在脊椎动物对陆地生活适应过程中的重要性。 细菌钾运输蛋白得到表征 Gatin......阅读全文
作为潜在的新一代治疗和研究工具，几乎没有什么生命科学技术比基因组编辑蛋白质更具发展前景——研究人员可通过编程这些分子来改变特定基因，以治疗或甚至治愈一些遗传性疾病。 可是，要将这些基因组编辑蛋白导入到细胞中，尤其是活体动物或人类患者体内，对于研究人员而言却仍是一个巨大的挑战。 通常，研究人
基于癌症基因组的Atlas (TCGA)计划的数据，美国的科学家联合小组已经完成乳腺癌的第一次大规模“蛋白基因组（proteogenomic）”研究，将DNA突变联系到蛋白信号并帮助确定癌症驱动基因。这项研究由美国国家癌症研究所的肿瘤临床蛋白质组学分析联盟成员进行，包括贝勒医学院、MIT和哈佛的
当下生物医学研究的一个重要特点是技术手段的革新非常快，人类基因组计划完成后，组学水平的研究使得从整体水平认识生命过程成为可能。美国怀海德生物医学研究所（Whitehead Institute for Biomedical Research）的Richard A Young博士在这方面——尤其是利
随着人类基因组测序工作的基本完成，功能基因组学逐渐成为研究的热点。而基因表达的调控又是功能基因组学的一个重要研究领域，要想提供蛋白因子直接调控的证据，需要直接检测蛋白质-DNA的相互作用，而染色质免疫沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）就是一种研
染色质免疫沉淀法（Chromatin immunoprecitation，ChIP）是研究体内DNA与蛋白质相互作用的重要工具。它可以灵敏地检测目标蛋白与特异DNA片段的结合情况，还可以用来研究组蛋白与基因表达的关系。核小体组蛋白可以发生多种翻译后的共价修饰，如乙酰化、甲基化、磷酸化、泛素化等，这些
该技术能够快速在目标基因组的染色体中确定特异DNA结合蛋白的准确结合位点，ChIP芯片也可以在一个基因组的任何感兴趣的区域内寻找染色体的结构改变。一、ChIP-Chip的用途（1）在基因组范围内确定基因转录因子的DNA结合位点和其他DNA结合蛋白或蛋白复合体的DNA结合位点。（2）染色体活性状态的定
实验步骤 一、杆状病毒表达载体 最简单的经典杆状病毒表达载体是一个重组的杆状病毒，其基因组含有一段外源核酸序列，通常为编码目标蛋白质的dDNA，在多角体蛋白启动子控制下进行转录。这个嵌合的基因由多角体蛋白启动子和外源蛋白编码序列组成
2019年12月爆发的新型冠状病毒，给我国人民生活带来了巨大的影响。那么，什么是新型冠状病毒呢？人类如何科学防御并治疗冠状病毒呢？相信大家对这个问题既熟悉又陌生，熟悉的是我们身处其中，每天都对这个病毒战战兢兢，陌生的是我们对新冠病毒的了解并不是很透彻，致使截至目前，我们依然没有办法完全消除他的存在。
人类基因组计划的完成开启了一个新的纪元——功能基因组时代来临，与基因信息相比较，人们更关注于基因的功能、调控网络与信号通路等信息。表观遗传学研究与核内蛋白因子的功能分析成为基因表达调控研究的重要组成部分。结合了染色质免疫共沉淀与基因芯片技术的ChIP-chip技术的浮现使得全基因组范围内DNA与蛋白
本周又有一期新的Science期刊（2019年1月18日）发布，它有哪些精彩研究呢？让小编一一道来。 1.Science：揭示一种新的抗体疗法可阻止骨髓移植后的巨细胞病毒重新激活 doi:10.1126/science.aat0066； doi:10.1126/science.aav9867
——访中国蛋白质组学专业委员会副主任、复旦大学杨芃原教授 不久前，第六届中国蛋白质组学大会在江苏泰州成功召开，会议盛况空前，可以看出我国的蛋白质组学研究队伍的壮大。会后的间隙，我们有幸采访到了主要参与会议组织的中国蛋白质组学专业委员会副主任、复旦大学杨芃原教授，希望杨教授为大家介绍一下国际
生物学家们总是沉迷于对基因组修修补补，而其中一种近期红得发紫的技术就是 CRISPR。自2012年CRISPR/Cas 首次作为一种基因组编辑工具登台以来，关于这种技术的论文数量就大幅增加，最好的证明之一就是2015年两位科学家由于在CRISPR基因组编辑技术方面的重要贡献而获得“科学突破奖”，
我们的身体大约有14万亿个细胞，每个细胞含有一个细胞核，每个细胞核含有长2米宽20个原子的DNA。为了适应每个细胞核，DNA缠绕在特定的蛋白周围。这些缠绕的DNA抑制基因调控蛋白结合到基因组中的蛋白编码片段上，这有助于将细胞不需要的基因保持在“关闭”位置。 到目前为止，人们尚不清楚这种DNA包
硅藻是一类重要的单细胞光合真核生物，分布广泛，提供了地球上约20%的初级生产力，对整个地球生物圈意义重大。三角褐指藻(Phaeodactylum tricornutum)是海洋硅藻的模式生物，其基因组序列于2008年公布，但目前基因组的注释仍很不完善。蛋白基因组学(Proteogenomics)
蛋白基因组学(Proteogenomics) 是基于高精度的串联质谱数据对基因组进行注释，不仅能在蛋白质水平上验证基因表达和模式，还能提供蛋白质组层面特有的信息，如翻译后修饰、信号肽等。目前，蛋白基因组学已成为功能基因组学研究不可或缺的重要工具。然而，对海量质谱数据实现全面和精准的解读仍是当前蛋
该技术能够快速在目标基因组的染色体中确定特异DNA结合蛋白的准确结合位点，ChIP芯片也可以在一个基因组的任何感兴趣的区域内寻找染色体的结构改变。一、ChIP-Chip的用途（1）在基因组范围内确定基因转录因子的DNA结合位点和其他DNA结合蛋白或蛋白复合体的DNA结合位点。（2）染色体活性状态的定
FTP GenBank and Daily Updates：1. GenBank普通文件格式 — 参见GenBank记录样本和在GenBank公布通知中的详细描述，下载大多数最近的完全公告和日常积累或非积累更新数据。 2. ASN.1格式 — 摘要句法记号1，国际标准组织（ISO）数据表示格式，下载
组蛋白（Histone）在真核生物染色体中扮演着重要的角色，是染色体结构单元核小体的重要组成部分。由核心组蛋白H3，H4，H2A，H2B形成的八聚体是DNA缠绕的主要承载体【1】。除了用以装配染色体外，组蛋白的另外一个重要功能是参与基因组信息的表达调控。组蛋白氨基酸残基上的翻译后修饰如乙酰化、甲
1. Cell：中科院生物物理所王艳丽/章新政课题组从结构上揭示Cas13a切割RNA机制 doi:10.1016/j.cell.2017.06.050 CRISPR/Cas系统是目前发现存在于大多数细菌与所有的古菌中的一种免疫系统，被用来识别和摧毁抗噬菌体和其他病原体入侵的防御系统。在CR
原文： Proteogenomic Analysis of Human Colon Cancer Reveals New Therapeutic Opportunities 原文链接： https://www.sciencedirect.com/science/article/
如果研究者们想知道蛋白在做什么，他们通常会采取直接的方式：免疫共沉淀能知道蛋白A和蛋白B有没有在一起，ChIP能确定蛋白A是否与核酸序列B结合。 染色质免疫共沉淀ChIP可以鉴定与指定蛋白结合的DNA序列，其基础理念能追溯到几十年前。如今ChIP已经成为了表观基因组学的一个基本工具，与新一代测
如果研究者们想知道蛋白在做什么，他们通常会采取直接的方式：免疫共沉淀能知道蛋白A和蛋白B有没有在一起，ChIP能确定蛋白A是否与核酸序列B结合。 染色质免疫共沉淀ChIP可以鉴定与指定蛋白结合的DNA序列，其基础理念能追溯到几十年前。如今ChIP已经成为了表观基因组学的一个基本工具，与新一代测
实验概要植物生物学研究数据库实验步骤http://bioinf.scri.sari.ac.uk/cgi-bin/plant_snorna/home 英国 Top 植物种的snoRNA基因数据库。 综合 http://bioinformatics.psb.ugent.be/webt
过去100年发生的多起事件让世人密切关注未来发生传染病大流行的风险。2018年是1918年流感流行的100周年，估计有数千万人死于100年前那次流感。现在拥有比一个世纪前更好的干预措施，季节性流感疫苗，但不一定完全有效预防。每年需要接种或选择接种的人所占比例较小。世界上还有抗生素可以帮助治疗细菌
微阵列技术在单个实验中能同时分析数千个参数。捕获分子微点在固体支持物上固定成行列并暴露在含相应结合分子的样品中。基于荧光、化学发光、质谱、放射性或电化学的读出系统能检测每个微点形成的复合物。这些微小化和平行的结合分析高度灵敏，方法的分析能力又能被微阵列基因表达分析所放大。在这些系统中，检测固定的DN
NCBI站点地图---其他基因组数据介绍：1、 小鼠基因组 1) 小鼠基因组资源向导 ：把从各个中心来的各种小鼠相关的资源整合在一起，包括序列，图谱，和克隆信息以及指向小鼠种系和突变资源的指针。 2) 小鼠基因组测序：小鼠基因组计划的测序进展，HTG序列contigs（可以用大小和染色体号来浏览）由
CRISPR/Cas系统是目前发现存在于大多数细菌与所有的古菌中的一种免疫系统，被用来识别和摧毁抗噬菌体和其他病原体入侵的防御系统。在CRISPR/Cas系统中，CRISPR是规律间隔性成簇短回文重复序列（clustered regularly interspaced short palindr
CRISPR/Cas系统是目前发现存在于大多数细菌与所有的古菌中的一种免疫系统，被用来识别和摧毁抗噬菌体和其他病原体入侵的防御系统。在CRISPR/Cas系统中，CRISPR是规律间隔性成簇短回文重复序列（clustered regularly interspaced short palindr
五、亲代杆状病毒基因组的改进就像转移质粒的改进，对亲代杆状病毒基因组的改进也是为了满足各种不同的需要。起初，最主要的目的是找到克服重组杆状病毒载体构建和分离低效率的方法，这也是最初的杆状病毒-昆虫细胞系统存在的主要问题。现在已经知道这个问题的根源在于, 在共转染的昆虫细胞系中，转移质粒和亲代杆状病毒
蛋白基因组学(Proteogenomics) 是基于高精度的串联质谱数据对基因组进行注释，不仅能在蛋白质水平上验证基因表达和模式，还能提供蛋白质组层面特有的信息，如翻译后修饰、信号肽等,目前 已成为功能基因组学研究不可或缺的重要工具。然而，对海量质谱数据实现全面和精准的解读仍是当前蛋白基因组学研