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2DE蛋白质组学的PROTICdb数据库实验

仪器、耗材DBMS实验步骤3.1 PROTICdb 概述在输入或浏览数据时,每个最终用户需要一个 PROTICdb 账户(由您的管理员创建 ) 。作为一个新用户,首先要创建一个新的项目。一旦建立,该项目就属于这个用户,这个用户有权授予其他用户访问权限。为确保数据一致性的精确度,尽量不要用手动输入操作。因此,网页上包含受控词汇或以前加载到数据库的其他数据的组合框。当建立一个新的 PROTICdb 数据库时,受控词汇库是空的,用户可根据需要填充。这将确保一个公认的,如果可能的话,尽可能标准化的词汇表。这对于查询非常重要,因为这可以减少同义词的使用以及错误拼写。网络界面包括以下 3 个主要内容:主菜单,弹出菜单和工作空间(图 23-1)。“ 用户登录”和当前项目的名称( 之前选中的项目)显示在 PROTICdb 徽标下方。数据必须加载到一个 PROTICdb 项目中。不过,有可能要建立一个或多个项目,来满足你整理数据的需要。这里介绍的......阅读全文

miRNA的特征、功能及识别方法等详解(三)

2) miRNA的靶基因预测方法 miRNA的研究意义之重大是毋庸置疑的。然而,与新的miRNA的频频发现相比,miRNA的功能研究相对缓慢。到目前为止,在发现的4449多个miRNA中,确定功能的miRNA仅有几十个。导致miRNA功能研究进展缓慢的非常重要的原因是miRNA的作用靶标难

现代生物分离技术在多肽蛋白质分离纯化中的应用

摘要:蛋白质是生物体的重要组成部分,在现代生物制药领域有着重要的作用,本文介绍了现代生物分离技术反胶束萃取、双水相萃取和电泳在多肽蛋白质分离中的应用和现状。关键词:蛋白质  反胶束萃取  双水相萃取  电泳一、前言随着基因工程和细胞工程的发

蛋白质组学实用分析技术一览

分析其实也属于技术的一部分,且在蛋白质组学研究中显得尤为重要,因为蛋白质组学研究提供的数据是生物学上最庞大的,而且蛋白质组比基因组具有更大的复杂性,因此蛋白质组信息学更有挑战性。今天小编先抛砖引玉地介绍几个常用的分析方法和软件。蛋白质定性分析蛋白质定性分析通常是指利用质谱法进行蛋白质鉴定和序列分析。

cDNA文库的构建和筛选—在外界环境压力条件下,...(二)

8 标记探针的合成9 Northern 印迹(1)10X MOPS 缓冲液: 200 mmol/L MOPS, 50 mmol/L 乙酸納, 10 mmol/L EDT A , pH 7. 0。(2)I. 25% 甲醛变性胶:将 3.75 g 琼脂糖溶于 217 m L 双蒸水中,加 E B 至

2-DE 蛋白质组学的 PROTICdb 数据库实验(五)

( 10 ) 鼠标左键点击同一个点(342 号)(见注释 20) ,激活蛋白点信息框。蛋白点的数据按以下 4 个条目排列:概要、关系、鉴定和量化。每个条目对应的信息可被不断充实。其中鉴定包括质谱的详细数据。( 11 ) 开发鉴定、质谱详细数据和下一个子目录。从质谱数据分析得到了每个匹配结果,首先得到

常用引物设计工具大集合

Oligo 6作为目前最好、最为专业的引物设计软件,Oligo 的功能很强大,他主要功能有:普通引物对的搜索、测序引物的设计、杂交探针的设计以及评估「引物对」质量的功能。如何使用Oligo6 请参看:「两分钟教你学会 Oligo 7」BLASTBLAST(Basic Local Alignment

PIK3CA顺式双突变增加乳腺癌患者对PI3Kα抑制剂的敏感性

  在所有肿瘤中,PIK3CA是最常见发生突变的原癌基因【1】。它编码的p110α,组成负责细胞正常生长增殖的磷酸肌苷3激酶(phosphoinositide3-kinase alpha, PI3Kα)复合物的催化亚基【2】。p85α组成PI3Kα的调控亚基。PI3Kα磷酸化4,5-二磷酸磷脂酰肌醇

高通量测序技术的原理及各平台优势和实践应用的分析

  随着人类基因组计划(human genome project )在2003年顺利完成,基因组测序技术取得了长足的进步,这直接导致了每兆基因组成本的大幅下降以及检测的基因组数量越来越多。人们对基因组的复杂性深感震惊,这也引导着测序技术的进一步发展。最近的一些突破性技术使得测序技术在更短的时间内可以

蛋白质测序

Edman降解法             实验方法原理 主要有质谱法,利用蛋白质测序仪进行测序以及利用蛋白质对应DNA或m

二次离子质谱(SIMS)的原理特点和应用

二次离子质谱(secondary ion mass spectroscopy),是一种非常灵敏的表面成份精密分析仪器,它是通过高能量的一次离子束轰击样品表面,使样品表面的分析吸收能量而从表面发生溅射产生二次粒子,通过质量分析器收集、分析这些二次离子,就可以得到关于样品表面信息的图谱。中文名 二次离子

蛋白质测序——Edman降解法

蛋白质测序可用于: (1)鉴定蛋白质; (2)表征蛋白质翻译后修饰。 (3)分析蛋白质一级结构与功能的关系。实验方法原理主要有质谱法,利用蛋白质测序仪进行测序以及利用蛋白质对应DNA或mRNA进行间接测序。传统的蛋白质测序实验一般包括以下步骤:1.肽链的拆开和分离;2.测定蛋白质分子中多肽链的数目;

法医DNA检测技术的现状及展望

法医DNA检测技术的现状及展望庞晓东 陈学亮 荣海博 俞丽娟 管桦 张涛公安部第一研究所DNA检测技术的应用,为法医学带来了一场技术革命。通过对遗传物质DNA的序列多态性及长度多态性的检验,即可实现个体识别及亲权鉴定,该技术正在成为当前法医物证鉴定最

【综述】重组蛋白糖基化表征的进展与展望

  内容  1. 前言:生物制品糖基化表征的重要性  2. 糖蛋白表征用分析方法  2.1 糖基化特性  2.1.1 多糖的直接分析  2.1.2 糖谱分析  2.1.3 N-糖的异质性分析  2.1.4 单糖的分析  2.2 多糖分析用技术  2.2.1 糖分离技术  2.2.2 多糖检测技术  

生命科学国外重要数据库

EMBL数据库结构EMBL数据库的基本单位也是序列条目,包括核甘酸碱基排列顺序和注释两部分。序列条目由字段组成,每个字段由标识字起始,后面为该字段的具体说明。有些字段又分若干次子字段,以次标识字或特性表说明符开始,最后以双斜杠“//”作本序列条目结束标记。条目的关键字包括ID(序列名称),DE(序列

2006年中国植物科学若干领域重要研究进展

3  蛋白质组学、功能基因组学与基因进化 蛋白质组学分析  北京大学朱玉贤研究组利用 2-DE、 MALDI-TOF MS 和 ESI-MS/MS 等蛋白质组学的方法研究了拟南芥中的 cp29A 和 cp29B 蛋白。cp29A 和 cp29B 是拟南芥8个叶绿体核糖核蛋白

大规模蛋白质相互作用研究方法进展(四)

表1 蛋白质相互作用分析相关数据库及网站  网站 资源类型 网址  DIP  蛋白质相互作用http: //dip.doe-mbi.uda.edu  INTERACT  蛋白质相互作用http: //bioinf.man.ac.uk/interact

遗传病家系的高通量测序:您需要了解的一些事

  高通量测序技术的出现与普及,为遗传病的研究带来了前所未有的机会。它提高了遗传病致病基因克隆和鉴定的效率,使人类对自身基因功能的认识大大加速。本文对遗传病家系的高通量测序分析提出一些注意事项,希望有助于相关的研究。   前言   我国是一个多民族的人口大国,也是遗传病家系资源比较丰富的

遗传病家系的高通量测序

摘要 高通量测序技术的出现与普及,为遗传病的研究带来了前所未有的机会。它提高了遗传病致病基因克隆和鉴定的效率,使人类对自身基因功能的认识大大加速。本文对遗传病家系的高通量测序分析提出一些注意事项,希望有助于相关的研究。 前言 我国是一个多民族的人口大国,也是遗传病家系资源比较丰富的国家之一。遗传病家

蛋白质鉴定更加准确

图1.  蛋白混合酶解产物的LC-MS/MS 离子色谱图,反相分离时间为90min。 质谱技术在蛋白质组学研究中扮演着非常重要的角色。高分辨率、高质量精度的质谱仪能够降低实验中误差,增加实验数据的准确性。 蛋白质鉴定是蛋白质组学研究的核心所在,而质谱技术在蛋白质组学中扮

蛋白质序列分析和结构预测

【实验目的】1、掌握蛋白质序列检索的操作方法;2、熟悉蛋白质基本性质分析;3、熟悉基于序列同源性分析的蛋白质功能预测,了解基于motif、 结构位点、结构功能域数据库的蛋白质功能预测;4、了解蛋白质结构预测。【实验内容】1、使用Entrez或SRS信息查询系统检索人脂联素 (adiponectin)

双向电泳实验——IPG-DALT 方法

试剂、试剂盒尿素去污剂还原剂载体两性电解质仪器、耗材IPG 凝胶实验步骤一、第一向1. 固相 pH 梯度凝胶或凝胶条的准备固相 pH 梯度凝胶的灌注及聚合方法请参阅 固相 pH 梯度等电聚焦 有关章节,如需要可切成 3~5 mm 宽的胶条在 -20℃ 保存一年。为避免繁琐和复杂的灌胶和切胶条程序和保

蛋白质组最新研究进展

  蛋白质组(Proteome)的概念最先由Marc Wilkins提出,指由一个基因组,或一个细胞、组织表达的所有蛋白质。 蛋白质组的概念与基因组的概念有许多差别,它随着组织、甚至环境状态的不同而改变。 在转录时,一个基因可以多种mRNA形式剪接,一个蛋白质组不是一个基因组的直接产物,蛋白质组中蛋

首届中国计算蛋白质组学研讨会第一轮通知

  The First China Workshop on Computational Proteomics (CNCP2010)   2010年11月10日至11日, 北京   一.会议简介   随着蛋白质组学的兴起,特别是质谱技术的快速发展,蛋白质组学研究中产生的数据规模越来越大。依靠简单

周正洪组:冷冻电镜研究蛋白组比传统方法强在哪?

  自DNA重组技术和蛋白亲和纯化方法问世以来,研究人员利用蛋白异源表达纯化技术与X射线晶体衍射学方法解析了大量蛋白的高分辨结构,极大地丰富了我们对细胞中各种重要生命过程分子机制的认知【1】。然而这种方法需要大量高纯度蛋白样品,无法应用于异源系统表达量较低或或不易结晶的蛋白样品,比如大的蛋白复合物。

常用生物软件(windows)全面介绍

常用生物软件(windows)全面介绍一、基因芯片1、基因芯片综合分析软件。 ArrayVision 7.0 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件,不仅可以进行图像分析,还可以进行数据处理,方便protocol的管理功能强大,商业版正式版:6900美元。 Arraypro 4.0

常用生物软件介绍

一、Microarray软件1. Array Designer 4.25 Build 42501,为微阵列批量设计cDNA引物和寡核苷酸引物的工具,适用于Windows和Linux系统。斯坦福编写的软件系列:2. ScanAlyze,Microarray图像分析软件,从单一或双色荧光杂交产生的荧光图

2449.8万!这所高校发布采购建设分析测试中心平台

  分析测试百科网讯 近日,海南省教学仪器设备招标中心受招标人海南大学委托,采购场发射透射电子显微镜、基质辅助激光解析电离串联飞行时间质谱仪、纳米喷雾干燥仪、石英晶体微天平、多功能样品前处理平台、热重-红外图像-气质联用原位反应系统、显微傅里叶变换红外光谱仪+光声光谱检测器、差示扫描量热

DNA microarray相关的基因表达数据处理攻略

基因表达谱 的发展有助于科研工作人员进一步的理论知识充实及应用到研发等领域中。基因芯片是最近几年发展起来的基因表达重要工具,本文主要对这种技术的数据分析和管理方法作具体介绍。一、引言DNA微阵列(DNA microarray),也叫基因芯片,是近几年发展起来的一种能快速、高效检测DNA片段序列、基因

实质等同性(转录组学)实验

实验材料:小麦  试剂、试剂盒:β-巯基乙醇                                   &nb

利用纳升级液相色谱- 串联质谱进行蛋白质鉴定实验

实验材料修饰胰蛋白酶试剂、试剂盒消化缓冲液萃取液清洗液脱色液仪器、耗材多通道移液枪Eppendorf Repeater 分液器Combitips 分液管实验步骤3.1 胶内蛋白的水解和多肽的提取(一天的实验方案)对于从 SDS-PAGE,2D-PAGE,BN-PAGE 电泳(经考马斯亮蓝 G-250