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良好的开端:破译非编码突变!

12月14日,《Science》杂志报道,一项针对将近2000个家庭的全基因组测序研究显示,自闭症患者基因组的“启动子”区发生了突变,首次在全基因组分析背景下,揭示了人类基因组中非编码突变的作用。 大多数自闭症等疾病的测序研究都集中在基因组的编码区,因为人们认为编码基因是构建蛋白质的“食谱”。但是,超过98%的人类基因组由基因以外的物质组成。“如果它们没有用,我们不可能让它们留在基因组中,”这项研究的领导人之一、加州大学旧金山研究所的Stephan Sanders说。 在诸如自闭症等疾病中定位非编码区的作用比定位基因的作用要困难得多,既是因为数据量大,又因为非编码区域功能理解不充分。具有意义的是,新研究从2000个家庭的数据噪音中提取了有用信号。 Sanders课题组调查了自闭症家族数据库Simons Simplex收藏中1920个“四重奏”(自闭症儿童、未受影响的父母和未受影响的兄弟姐妹)。研究发现,在基因组的启动子......阅读全文

基因突变概述(一)

   1.突变 突变(mutation)是指遗传物质发生的可遗传的变异。广义的突变可以分两类:①染色体畸变(chromosome aberration),即染色体数目和结构的改变;②基因突变(gene mutation)。狭义的突变,即一般所指的突变仅指基因突变。基因

7种遗传疾病得到治疗,8篇NEJM(IF=79),1篇Nature

  在医学领域,基因治疗(gene therapy)是指将外源正常基因导入靶细胞,以纠正或补偿缺陷和异常基因引起的疾病,以达到治疗目的。也包括转基因等方面的技术应用。也就是将外源基因通过基因转移技术将其插入病人的适当的受体细胞中,使外源基因制造的产物能治疗某种疾病。修改人类DNA的第一次尝试是由Ma

点评Nature背靠背 |浙大教授解释基因敲除为何没有表型

  Robustness指一个复杂系统适应和应对内部和外界扰断而行使正常功能的能力。遗传系统健壮性(genetic robustness)指一个生命体能缓冲基因组中有害突变的能力。突变是生命进化的原动力,而有害突变是致死。一个稳定的遗传系统既能缓冲突变同时进行世代更迭,这样本体能维持正常功能,突变在

1190例非综合征性耳聋患者GJB2基因突变分析

  耳聋是导致言语交流障碍最常见的疾病。据各国统计,有1/2000-1/1000的儿童出生时为极重度耳聋;同时,一半以上的儿童期耳聋为遗传因素所致。GJB2基因突变与遗传性非综合征性耳聋(NSHI)密切相关。为此,我们对17省市聋哑学校的1190例NSHI患者进行GJB2基因的全序列检测,

结核杆菌的耐药机制及分子生物学检测方法进展

滕凤猛 陈昌杰(蚌埠医学院临床检验诊断中心,蚌埠 233030)  【摘要】 耐药结核病是当今全球结核病控制领域中的迫切课题,由于在结核病的治疗中忽视了治疗的管理,加之20世纪80年代以来,又受到HIV/AIDS感染流行的影响,结核菌耐药性与耐药结核病逐渐增多,甚至不少国家与地区

基因捕获技术: 创建人类单倍体细胞库

  日前,使用名为“基因捕获”(gene trap)的技术,奥地利的研究人员建立了一个人类单倍体细胞库,这个细胞库汇集了3000 多种细胞系,每个细胞系都具有一种不同的突变基因。相关的研究论文发表在8月25日的Nature Methods杂志上。渥太华大学教授William Stanford

是敌是友?基因突变的“互抖”或成癌症病人救命稻草

  我敌人的敌人是我的朋友--这个古老的概念解释了许多奇怪的甚至令人讨厌的联盟。这个概念不仅适用于国家事务,还包括基因组,即一个潜在的有害突变能够被二次突变有效地中和,称之为突变抑制基因。直到最近,突变抑制基因都是未解之谜。利用这些基因去对抗致病突变几乎是不可能的。然而,全基因组调查结果显示许多携带

PCR技术应用七:地中海贫血

  地中海贫血是由组成珠蛋白的X珠蛋白链和B珠蛋白链基因突变的引起,它包括X 地中海贫血和B地中海贫血,世界疾病在我国南方各省区的发病率相当高,个别地区 可达18%,它的严重的影响人口的质量.一、地中海贫血的临床  (一)X地中海贫血的临床:X地中海贫血在临床上可分为四 种类型①HbBarst胎儿水

盘点:幸运儿才有的8项基因突变,你有吗?

  人类进化到现在就是由无数的有益突变促成的。突变是随机的,正常情况下突变频率很低,但在如放射性辐射、致癌化学制品等不利条件刺激下,突变频率会大大提升。  有研究发现:对Y染色体的DNA序列分析透露,人类基因从上一代传递到下一代,每次会累积100到200个新的突变。这一数字是人类基因突变率的首次直接

在癌症等恶性疾病面前,基因真的就是宿命吗?

  随着现代医学研究的不断深入,越来越多的罕见病、遗传病乃至恶性肿瘤癌症都在基因层面找到了病因。基因及其碱基对出现缺失、重复或乱码,都可能宏观地呈现在某一种疾病上。  在癌症等恶性疾病面前,基因真的就是宿命吗?日前,中国科学院生物物理研究所副研究员、中国生物物理学会科普工作委员会秘书长、中国科普作家

Science:梳理患儿肿瘤细胞的基因组寻求答案

  组蛋白翻译后修饰方式出现异常,以及组蛋白修饰位置出现异常都会导致肿瘤发生。   高通量DNA测序技术的快速扩张让我们能够以前所未有的速度和精细度对人体疾病展开遗传学分析,尤其是对罕见的小儿疾病进行全基因组测序(whole-genome sequencing)更是有助于我们对儿童发育,以及多

常用的分子生物学基本技术

核酸分子杂交技术由于核酸分子杂交的高度特异性及检测方法的灵敏性,它已成为分子生物学中最常用的基本技术,被广泛应用于基因克隆的筛选,酶切图谱的制作,基因序列的定量和定性分析及基因突变的检测等。其基本原理是具有一定同源性的原条核酸单链在一定的条件下(适宜的温室度及离子强度等)可按碱基互补原成双链。杂交的

基因编辑进展梳理 Part II 基于CRISPR-Cas9的技术应用篇(下)

  上一期为大家介绍了过去一年里CRISPR技术在动物造模及单碱基技术方面取得的重大突破。本期继续为大家从功能基因组筛选、细胞谱系示踪及疾病诊断方面谈谈CRISPR-Cas系统的技术运用。   一、大规模基因功能的筛选   尽管测序和基因组编辑技术取得了重大进展,但是解析复杂的基因型-表型关系仍

基因编辑进展梳理 Part II 基于CRISPR-Cas9的技术应用篇(下)

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基因测序让“孤儿病”不再孤独无依

  罕见病又称“孤儿病”,由于单病种人群发病率低、病例分散等特点,长久以来罕见病研究处于医学研究的荒漠地带,未能引起临床医生的足够重视,导致许多罕见病患者不得不面临无法获得明确、及时的诊断亦或即使诊断明确却无药可医的两难境地。解决罕见病患者诊断难、治疗难的问题不仅是现代医学面临的重大挑战,也是社会发

新发现!非编码DNA突变也可引发癌症 | Nature子刊

  基因与癌症的关系远比人类已了解的更加复杂。近日,美国科学家在一项新研究中鉴定出了近200个在不同的癌症中发挥作用的非编码DNA突变。   图片来源:Nature Genetics(doi:10.1038/s41588-018-0091-2)   在人类基因组中,有98%的信息是看似无用的“垃

新发现!非编码DNA突变也可引发癌症 | Nature子刊

  基因与癌症的关系远比人类已了解的更加复杂。近日,美国科学家在一项新研究中鉴定出了近200个在不同的癌症中发挥作用的非编码DNA突变。   image.png   图片来源:Nature Genetics(doi:10.1038/s41588-018-0091-2)   在人类基因组中,有9

肿瘤标志物“分列式”

癌细胞静悄悄、无休止、无秩序地增生、转移,大量消耗体内营养物质,导致身体免疫机制下降,直到出现身体症状或健康体查时才会注意到它。癌细胞发生、增殖和转移等过程中在患者身体内留下一些踪迹。捕捉到隐藏到这些悄无声息的癌症信号——肿瘤标志物,可以帮助医生癌症诊疗过程中做出更加精准的判断。返祖信号癌细胞被认为

HBV相关的肝细胞癌外显子组研究

  肝癌(Hepatocellular Carcinoma, HCC)是一种严重威胁人们健康的恶性肿瘤,每年约有70万患者死于肝癌。在中国,肝癌每年发病人数超过25万人,其发病主要与乙肝病毒感染、酒精肝、食物受黄曲霉毒素污染等原因有关。肝癌的高致死率主要是由于其具有很强的侵润和转移能力,特别是常常侵

ChIP-seq&mRNA-seq在外周淋巴瘤的药物联用实验中的应用

  上海交通大学附属瑞金医院血液研究所赵维莅教授团队针对外周淋巴瘤的研究。近期,该课题组应用ChIP-seq联合分析揭示了联用西达本胺和地西他滨对组蛋白修饰基因突变的外周淋巴瘤的作用机制。该研究成果于月发表在血液科权威杂志《Haematologica》(影响因子7.7)上。(ChIP-seq及mRN

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  上海交通大学附属瑞金医院血液研究所赵维莅教授团队针对外周淋巴瘤的研究。近期,该课题组应用ChIP-seq联合分析揭示了联用西达本胺和地西他滨对组蛋白修饰基因突变的外周淋巴瘤的作用机制。该研究成果于月发表在血液科权威杂志《Haematologica》(影响因子7.7)上。(ChIP-seq及mRN

原发性血小板增多症发病机制及治疗研究进展

  原发性血小板增多症(ET)是一组以血小板及骨髓巨核细胞增多为特征的骨髓干细胞恶性克隆性增殖性疾病。血栓和血管并发症是导致患者死亡的主要原因,少数患者可转化为白血病或骨髓纤维化。2008年世界卫生组织(WHO)把ET和真性红细胞增多症(PV)、原发性骨髓纤维化(PMF)同时划为bcr-abl融合基

ChIP-seq&mRNA-seq在外周淋巴瘤的药物联用实验中的应用

上海交通大学附属瑞金医院血液研究所赵维莅教授团队针对外周淋巴瘤的研究。近期,该课题组应用ChIP-seq联合分析揭示了联用西达本胺和地西他滨对组蛋白修饰基因突变的外周淋巴瘤的作用机制。该研究成果于月发表在血液科权威杂志《Haematologica》(影响因子7.7)上。(ChIP-seq及mRNA-

正粘病毒遗传与变异

甲型流感病毒每个核苷酸在每个复制周期中的突变机率大约是15×10-5,与其它RNA病毒的突变率相似。但是,由于流感病毒的基因组分为8个或7个不相同的片段,在病毒增殖过程中很容易发生基因重排,因而使流感病毒的抗原性和致病性很容易发生变异。 (1)病毒变异的类型A.抗原性变异〓抗原性变异

基因编辑进展梳理 Part II 基于CRISPR-Cas9的技术应用篇(三)

上一期为大家介绍了过去一年里CRISPR技术在动物造模及单碱基技术方面取得的重大突破。本期继续为大家从功能基因组筛选、细胞谱系示踪及疾病诊断方面谈谈CRISPR-Cas系统的技术运用。一、大规模基因功能的筛选尽管测序和基因组编辑技术取得了重大进展,但是解析复杂的基因型-表型关系仍然是数量遗传学的一个

重磅!科学家完成对66种癌症类型中2.8万份肿瘤样本分析

  近日,一项刊登在国际杂志Nature Reviews Cancer上题为“A compendium of mutational cancer driver genes”的研究报告中,来自巴塞罗那生物医学研究所等机构的科学家们通过对来自66种癌症类型的2.8万份肿瘤样本的基因组进行分析识别出了56

耐多药结核分枝杆菌基因突变在耐药性检测中的应用

[摘  要] 目的:探讨结核分枝杆菌耐链霉素(SM)和利福平(RFP)的耐药分子机制,应用聚合酶链反应一单链构象多态性(PCRSSCP)同时检测rpsL基因、rpoB基因突变在结核分枝杆菌耐SM和RFP耐药性测定中的应用价值。方法:采用PCRSSCP技术对168株结核分枝杆菌临床分离株rp

老年性痴呆的动物模型及评价

  第一节 老年痴呆的定义   阿尔茨海默氏病(Alzheimer’s disease,AD),又称老年性痴呆,是一种与衰老相关,以认知功能下降为特征的渐进性脑退行性疾病或综合症。病人整个大脑弥散性萎缩并出现明显的病 理组织学改变——老年斑(senile plaque, SP)(或神经炎性斑,ne

老年性痴呆的动物模型及评价

  第一节 老年痴呆的定义   阿尔茨海默氏病(Alzheimer’s disease,AD),又称老年性痴呆,是一种与衰老相关,以认知功能下降为特征的渐进性脑退行性疾病或综合症。病人整个大脑弥散性萎缩并出现明显的病 理组织学改变——老年斑(senile plaque, SP)(或神经炎性斑,ne

关于肝损伤修复及其分子调控机制

  利用 CRISPR/Cas9 技术,针对靶基因序列设计 sgRNA, 指导 Cas9 蛋白在特定基因位点引起 DNA 双链断裂,在非同源性末端接合修复断裂 DNA 的过程中,靶基因碱基突变或缺失被引入到斑马鱼基因组中,最终导致靶基因无法正常转录翻译,达到基因敲除的目的。目前我们利用 CRISPR