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Nature子刊发布重磅测序技术:基因组和转录组平行测序

四月二十七日的Nature Methods杂志上发布了一项引人注目的测序技术,G&T-seq(Genome and Transcriptome Sequencing)。该技术能够实现大规模的DNA和RNA平行测序,同时展现单个细胞的基因组序列和基因活性。 研究人员用G&T-seq对220个小鼠和人类细胞进行测序,获得了空前详细的信息。他们首次观察到,当细胞丢失或获得染色体拷贝时,该区域的基因表达也会出现相应的变化(减少或增加)。 “在单个细胞中同时测序基因组和转录组,我们可以看到基因变异的功能性影响,”文章的通讯作者之一,鲁汶大学和Wellcome基金会桑格研究所的Thierry Voet,教授说。“G&T-seq有助于更深入的理解正常组织和疾病组织之间的遗传学差异,为人们提供正常发育和疾病发展的新线索。举例来说,人们可以通过G&T-seq更好的理解肿瘤中的癌细胞多样性。” 在此之前,人......阅读全文

【盘点】单细胞测序研究进展一览

  细胞是生物学的基本单位,近年来研究人员正努力地尝试将它们进行单个分离、研究和比较。而应用而生的就是单细胞测序技术,该技术是指DNA研究中涉及测序单细胞微生物相对简单的基因组,更大更复杂的人类细胞基因组。而随着测序成本的大幅度下降,破译来自单细胞的30亿碱基的基因组并对逐个细胞进行序列比较已经开始

单细胞测序技术“遍地开花”,精准医疗“如虎添翼”!

作者:Carrie  单细胞测序技术  基因测序在体外诊断市场中的重要性日益突出。其中,单细胞测序技术自2009年问世,2013年被Nature Methods评为年度技术以来,越来越多地被应用在科研领域。2015年以来,10X Genomics、Drop-seq、Micro-well、S

科学家想创建人体细胞超级精确3D地图:进展如何了

  4月24日消息,据史密森学会网站报道,大部分人都听说过人类基因组计划,这是当年的一项跨国跨学科的科学探索工程,并在2001年发布了人类基因组精细图谱及初步分析结果。而人类细胞图谱计划(Human Cell Atlas)同样是一项规模宏大的国际合作项目。目前进展如何了?  人类细胞图谱计划涵盖了1

强!中国学者用最短时间突破100篇CNS生命科学领域成果

  截止2020月7月27日,中国学者在Cell,Nature 及Science 发表了共计102项生命科学的研究成果,其中新冠肺炎领域占了近一半(共43篇)。iNature系统总结了这些研究成果:   按杂志来划分:Cell 发表了30篇,Nature 发表了45篇,

Science:利用单细胞RNA测序分析黑色素瘤

  单细胞分析是一种开创性方法,如今在整个生物领域中正被用来研究一个共同的问题:如何研究异质细胞群体中的细胞多样性。这种多样性能够对细胞存活和增殖、对药物疗法和干预作出的反应以及很多其他的生物过程产生深刻影响。单细胞技术已被用于众多研究---比如,研究自身免疫疾病中的免疫反应异质性,研究传染病中的宿

2018年糖尿病专题盘点

  2018年即将过去,年末为大家献上生物谷本年度糖尿病专题盘点,希望读者朋友们能够喜欢。1. Nature:利用细胞替换疗法治疗1型糖尿病取得重大进展!胞外基质组分决定着胰腺祖细胞的命运DOI: 10.1038/s41586-018-0762-2  I型糖尿病是一种自身免疫性疾病,它会破坏胰腺中产

Nature Methods:单细胞TCR研究新进展

  引言  今年三月份,来自英国的科学家Michael Stubbington博士和Tapio Lönnberg博士一起,基于Fluidigm公司C1 mRNA测序样本及相应数据,开发出一套用于研究T细胞基因序列信息的开放型分析工具 ---TraCeR,同时结合T细胞亚群的转录组数据分析,从而进一步

Nature Methods:单细胞TCR研究进展

引言:今年三月份,来自英国的科学家Michael Stubbington博士和TapioLönnberg博士一起,基于Fluidigm公司C1 mRNA测序样本及相应数据,开发出一套用于研究T细胞基因序列信息的开放型分析工具---TraCeR,同时结合T细胞亚群的转录组数据分析,从而进一步揭示在不同

单细胞精度解析人类T淋巴细胞起源及胸腺器官发生

  T淋巴细胞是宿主适应性免疫系统中最重要的免疫细胞之一,在抵抗病原入侵、维持机体稳态以及抗肿瘤等方面起到不可或缺的作用【1,2】。胸腺是T淋巴细胞发育的必需场所【3】。胎肝或骨髓来源的胸腺定植祖细胞(thymus seeding progenitor, TSP)迁移定植到胸腺后,即为早期胸腺祖细胞

近期基因测序研究领域新成果!

  本文中,小编整理了多篇研究报道,共同聚焦科学家们在测序研究领域取得的新成就,与大家一起学习!图片来源:Nature  【1】Nature:中国科学家使用单细胞测序来揭示人类胚胎植入的秘密  doi:10.1038/s41586-019-1500-0  近日,中国多家机构的一个研究团队利用单细胞测

多篇研究共同解读近期单细胞测序重磅级研究成果

  本文中,小编整理了近年来单细胞测序领域的重磅级研究成果,与大家一起学习!  【1】Cell:开发出空间单细胞测序技术,有助揭示早期乳腺癌产生浸润性之谜  doi:10.1016/j.cell.2017.12.007  在一项新的研究中,来自美国德州大学MD安德森癌症中心的研究人员报道一种新的遗传

多篇文章解读近期测序领域重要研究成果!

  如今,科学家们应用测序技术在多项研究领域都取得了显著的成果,那么近期他们又取得了哪些成果呢?本文中,小编就对相关研究结果进行整理,分享给大家!  【1】Science:便携式DNA测序仪在检测病毒疫情中大显身手  doi:10.1126/science.aau9343  在一项新的研究中,来自美

Nature:人类细胞图谱研究先锋Aviv Regev

  Aviv Regev是一位生物分析专家。现在,她正致力于绘制人体的每一个细胞。  计算生物学家Aviv Regev喜欢做一些看似不可能完成的任务。2011年,她与分子遗传学家Joshua Levin合作,测试了RNA测序的几种方法。科学家们在测试几种技术的极限,以查看哪种方法表现最佳。他们用降解

环状RNA结合功能蛋白!找对方向20分文章水到渠成

  环状RNA作为研究持续火热的明星分子,不同于对其丰富的表达谱研究,环状RNA功能机制研究还仅仅处在起步阶段。环状RNA研究多为miRNA海绵机制,部分circRNA可竞争性结合miRNA,解除miRNA对靶基因的抑制作用,上调靶基因的表达。其实,环状RNA可以通过结合不同种类的功能蛋白,分别在转

多种测序技术或将深入推动癌症领域研究

  本文中小编整理了多篇文章,来解读测序技术在阐明癌症发生机制、癌症诊断及疗法开发等方面的巨大潜力,与各位一起学习!  【1】JAMIA:新工具深入挖掘外显子测序结果 帮助找到最佳癌症治疗药物  doi:10.1093/jamia/ocw022  科罗拉多大学的研究人员最近在国际学术期刊JAMIA上

一年25个里程碑!免疫疗法“战胜”癌症,靠的是实力

  近几年,免疫疗法的成功使癌症治疗进入了新的时代。无论是科研界,还是商业界,都丝毫没有掩饰对这一领域的热情。2016年,Cell杂志公布的年度十大最佳论文中,免疫疗法占两席。事实上,这两项成果只是去年癌症免疫疗法重要突破进展中的“冰山一角”。  刚刚过去的2016年,科学家们在Cell、Natur

2017单细胞扩增测序技术的最新进展

  细胞是构成生命体的结构和功能的基本单位,不同类型的细胞形态迥异,功能也各不相同。即使是同类细胞间看似相同,相互间也存在着广泛的细胞异质性。传统的群体细胞分析检测能更快速方便的获得大量数据并利于进行有效的统计学分析,但是随着研究的深入,这种基于群体细胞分析所获得的平均性数据,往往忽略了细胞个体间的

中国学者Cell发文 揭示肝癌免疫微环境的动态特征

   2019年10月31日,北京大学生物医学前沿创新中心(BIOPIC)、北大-清华生命科学联合中心、生命科学学院、北京未来基因诊断高精尖创新中心(ICG)张泽民课题组联合首都医科大学附属北京世纪坛医院彭吉润课题组以及德国药企勃林格殷格翰公司多位科学家,在国际期刊Cell上发表了题为Landsca

高通量测序技术实现绘制人类视网膜高精度发育细胞图谱

  人类胚胎发育从受精卵开始,经过着床前胚胎发育(胚内和胚外组织的产生),原肠胚产生(三胚层的特化)和器官发生等阶段,最终新生儿出生。人类胚胎发育从单个细胞到上万亿个细胞,历时二百八十天,整个过程的基因表达受到多种因素的精细调控,其中很多机制尚未明确。  为了解析人类胚胎发育各个阶段的基因表达调控网

癌症为什么发生在特定细胞里?单一细胞测序可以解答!

   我们都知道癌症的起源离不开细胞突变,我们体内很多细胞的突变都可能会引起癌症,但相应的是,也有很多突变并不会导致癌症的发生,而如何辨别这些突变会不会引起癌症便是一个癌症早期防治的关键问题,在最新发表的一篇研究报告中,研究人员们探究了视网膜母细胞瘤与特定细胞突变的关系。Frolov 与 Ariss

3月单细胞转录组重要研究文献汇总

  1.单细胞测序用于生殖领域研究持续火热   精子生成过程是一个复杂又具有严格分化过程的生理过程,继18年10月份《Cell Research》上的成年人睾丸转录组图谱研究[1]和19年2月份《Cell Reports》上新生与成年人睾丸细胞单细胞水平鉴定分类[2]的步伐,本月在《Nature

3月单细胞转录组重要研究文献汇总

  1.单细胞测序用于生殖领域研究持续火热   精子生成过程是一个复杂又具有严格分化过程的生理过程,继18年10月份《Cell Research》上的成年人睾丸转录组图谱研究[1]和19年2月份《Cell Reports》上新生与成年人睾丸细胞单细胞水平鉴定分类[2]的步伐,本月在《Nature

2019年中国学者发表CNS统计,谁是CNS发表之王?

  【51/52】2019年4月4日,清华大学柴继杰课题组、中科院遗传发育所周俭民课题组和清华大学王宏伟课题联合同期背靠背发表两篇重量级Science文章,完成了植物NLR蛋白复合物的组装、结构和功能分析,揭示了NLR作用的关键分子机制,是植物免疫研究的里程碑事件。两篇文章分别是: "Li

李汉杰博士等开发新型测序技术及揭示肿瘤T细胞的转录

  肿瘤组织中免疫细胞的组成在免疫治疗中起关键作用,然而人类肿瘤组织中免疫细胞的异质性和分化途径还有待研究。李汉杰博士等通过对25名黑色素瘤患者肿瘤中免疫细胞的单细胞转录组测序和单细胞TCR测序分析,发现大量的CD8 T细胞的转录组呈连续性梯度分布,跨越了从“过渡态”到“功能失调状态”的分化途径。相

单细胞测序——“刻画”肝癌免疫微环境的动态特征

  肝细胞癌是世界范围内死亡率排名第三的癌症,其中中国的肝癌发病率居世界之首【1】。HBV的慢性感染是中国肝细胞癌发生的主要原因,其感染导致肿瘤微环境常伴随慢性炎症。免疫逃逸被认为是癌症发展的标志之一,目前研究表明,肿瘤存在多种免疫逃逸机制,提出了研究肿瘤微环境中不同免疫细胞状态的重要性【2】。而单

关注细胞分析!首届微纳流细胞分析学术报告会京召开

  分析测试百科网讯 2018年9月25日,首届微纳流细胞分析学术报告会在北京召开,百余位业内专家学者参与了此次报告会。本次大会为期两天,同期在清华大学化学系举办“第5期微流控芯片质谱联用细胞分析讲习会”。会议围绕着微流控及细胞研究领域的最新研究成果进行交流与探讨,关注微流控细胞分析基础研究与应用开

聚焦在T细胞研究领域取得的新成果!

  本文中,小编整理了多篇重要研究成果,共同聚焦科学家们在T细胞研究领域取得的新成果,分享给大家!  【1】Nat Immunol:鉴定出对抗特殊靶标的T细胞  doi:10.1038/s41590-019-0544-5  当接种疫苗,或者解除过敏原以及微生物病原体之后,免疫系统激活,产生的T细胞亚

癌症耐药性是如何产生的?

  近年来,研究者们在肿瘤的预防与治疗领域取得了突破性的进展,临床上手术、放化疗以及免疫疗法的结合使用也大幅提高了患者的寿命以及生活质。然而,在很多情况下,肿瘤组织还是会出现较强的抗药性,使得治疗结果往往不佳。因此,进一步探究癌细胞的耐药性的产生以及寻找针对性的治疗方法是目前的研究热点。本期为大家带

单细胞测序技术应用于发育生物学研究登顶三大学术杂志

  2019年即将结束,在这一年中,单细胞测序的火热充分展示了该技术在科学研究领域的重要。发育生物学作为生命基本过程研究的基础学科,单细胞测序技术是该领域研究突飞猛进的助推器。在这300多个日夜里,科学研究成果殿堂《Cell》、《Nature》、《Science》上有哪些发育生物学的成果跟单细胞技术

单细胞测序技术应用于发育生物学研究登顶三大学术杂志

  2019年即将结束,在这一年中,单细胞测序的火热充分展示了该技术在科学研究领域的重要。发育生物学作为生命基本过程研究的基础学科,单细胞测序技术是该领域研究突飞猛进的助推器。在这300多个日夜里,科学研究成果殿堂《Cell》、《Nature》、《Science》上有哪些发育生物学的成果跟单细胞技术