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NatureMedicine:小分子可促进缓解心脏衰竭

在心脏细胞中,心肌肌质网的钙离子相关的ATP合成酶(SERCA2a)的表达和活性的降低,被认为是心脏衰竭的标志。这个酶(SERCA2a)是一个与钙离子循环相关的关键性转运离子泵。之前他们发现了一种转录后修饰,即可反转的SUMO化修饰(类似于泛素化修饰),可以调节酶SERCA2a的功能进而影响心脏的功能。这种SUMO修饰可能在多方面影响着细胞的功能。就这个酶SERCA2a而言,存在着多种小的SUMO修饰因子。例如,早期的研究表明,在啮齿动物和其他大型动物的模型上,心脏衰竭可能通过转入一种这样的SUMO修饰因子SUMO-1基因,可以恢复心脏的功能。 来自美国纽约的研究者们发现了一种小分子N106,可以增强酶SERCA2a的SUMO化修饰。这个分子N106可直接激活一种E1连接酶,进而增加SUMO化修饰。通过N106分子处理,小鼠心肌培养细胞的收缩性明显增强,还可以显著提升心脏衰竭小鼠的心室收缩功能。最新的研究发表在新一期的《N......阅读全文

质粒DNA的双酶切

实验概要掌握质粒DNA双酶切的原理和操作方法。实验原理分子生物学实验中,基因的重组与分离涉及到一系列的酶促反应。许多种酶在基因克隆实验中有着广泛的用途。限制性内切酶是一类能识别双链DNA分子特异性核酸序列的DNA水解酶。多种细菌能合成限制性核酸酶,这是它们保护自己,降解外来DNA分子的重要手段。每一

蛋白降解疗法进入临床的潜力与局限

  当Ian Taylor博士在报纸上看到一家新兴生物科技公司将专注于开发靶向蛋白降解剂时,他立即对这家公司产生了浓厚的兴趣。大多数小分子药物通过阻断蛋白的活性位点来抑制蛋白功能,而这家名为Arvinas的公司在寻找为“PROTACs”的小分子,它们能够利用细胞的蛋白降解机制来将蛋白完全销毁。“我对

基因操作的工具酶-1

一、 限制性核酸内切酶及其应用(一)限制性核酸内切酶的发现当λ(k)噬菌体侵染E.coliB时,由于其DNA中有EcoB核酸酶特异识别的碱基序列,被降解掉。而E.coliB的DNA中虽然也存在这种特异序列,但可在EcoB甲基化酶的作用下,催化S-腺苷甲硫氨酸(SAM)将甲基转移给限制酶识别序列的特定

DNA重组(DNA recombination)技术:工具酶

一、限制性内切酶限制性内切酶(restriction endonucleases,RE)是其中最重要的工具酶之一。它是一类核酸水解酶,能识别和切割双链DNA分子中的特定核苷酸序列。(一)命名原则限制性内切酶大多从细菌中发现,根据来源进行命名,限制酶的第一个字母(大写,斜体)为宿主菌的属名,第二、第三

PCR扩增产物的克隆技术-2

T-载体的构建一:仪器:同质粒DNA提取实验、酶切实验及RT-PCR实验二:试剂:SmaI、其余同质粒DNA提取实验、酶切实验及RT-PCR实验三:操作:1:提纯载体DNA2:将1ug提纯的PGEMDNA用SmaI1ul进行全酶切(为了切割彻底、甚至能破坏酶切位点周围碱基序列而防止自连发生,酶可过量

HindIII和Bamh1酶切位点保护碱基的详解

用于基因工程的工具酶一,限制性内切酶(Endonucleosase)(一)限制性内切酶(Endonucleosase)的发现与分类1) 50年代初发现细菌能将外来DNA片段在某些专一位点上切断,从而保证其不为外来噬菌体所感染,而其自身的染色体DNA由于被一种特殊的酶所修饰而得以保护,这种现象叫做限制

PCR产物克隆

克隆方法:1. 平端连接   通常情况下,PCR产物可直接与平端载体DNA进行连接,但其连接效率效低。因为TaqDNA聚合酶具有非模板依赖性末端转移酶活性,能在两6条DNA链的3''末端加上一个多余的碱基,使合成的PCR产物成为3''突出一个碱基的DNA分子。这种DN

PCR产物克隆方法

平端连接 通常情况下,PCR产物可直接与平端载体DNA进行连接,但其连接效率效低。因为TaqDNA聚合酶具有非模板依赖性末端转移酶活性,能在两6条 DNA链的3'末端加上一个多余的碱基,使合成的PCR产物成为3'突出一个碱基的DNA分子。这种DNA分子的连接效率很低。由

山东大学Cancer Res发表癌症研究新发现

  来自山东大学医学院、美国劳伦斯伯克利国家实验室的研究人员,证实CUL4A通过调控ZEB1表达诱导了上皮-间质转化(EMT),促进了癌症转移。这一研究发现发表在12月4日的《癌症研究》(Cancer research)杂志上。   论文的通讯作者是山东大学医学院魏光伟(Guangwei

分子生物学常用实验技术(page 2)

一、RNA 制备   模板mRNA 的质量直接影响到cDNA 合成的效率。由于mRNA 分子的结构特点,容易受RNA 酶的攻击反应而降解,加上RNA 酶极为稳定且广泛存在,因而在提取过程中要严格防止RNA 酶的污染,并设法抑制其活性,这是本实验成败的关键。所有的组织中均存在RNA 酶,人

贺福初院士Nature子刊揭示癌症新机制

  来自军事医学科学院放射与辐射医学研究所、大连医科大学等机构的研究人员在新研究中证实,泛素连接酶Smurf1是影响结直肠癌发生发展的一个重要因子,类泛素修饰蛋白Nedd8对癌症的形成过程中Smurf1的活化起至关重要的作用。相关研究发表在5月13日的《自然通讯》(Nature Communicat

PCR产物克隆

克隆方法:1. 平端连接   通常情况下,PCR产物可直接与平端载体DNA进行连接,但其连接效率效低。因为TaqDNA聚合酶具有非模板依赖性末端转移酶活性,能在两6条DNA链的3''''末端加上一个多余的碱基,使合成的PCR产物成为3''&#

引物修饰的常见类型及应用

  脱氧次黄嘌呤(deoxyInosine,dI):    脱氧次黄嘌呤是一个自然存在的碱基, 虽然不是真正意义上的通用碱基但当与其它碱基结合时会比其它碱基错配相对更稳定。 脱氧次黄嘌呤与其它碱基的结合能力为dI:dC > dI:dA > dI:dG > dI:dT. 在DNA聚合酶的催化下,脱氧

基因克隆技术(Gene Cloning Techniques)-2

二、目的基因和载体的连接获得目的基因后必须将其放在一定的载体内才能在宿主细胞内扩增或表达。目的基因与载体的连接及其后续的转化过程习惯上称为克隆(cloning)。由于目前很多基因都是利用PCR技术获得,因此这里先介绍PCR产物的克隆策略,然后再介绍其他的克隆方式。(一)PCR产物的克隆策略获得PCR

Cell综述:三种泛素连接酶

  泛素化(ubiquitination)作为一类作用方式更加复杂且作用结果更加多样的蛋白质修饰, 在细胞生命周期各个方面扮演着同样重要的角色。  泛素化过程通常需要3种泛素酶的协同作用,其中E1泛素激活酶(ubiquitin-activating enzyme)与E2 泛素偶联酶(ubiquiti

昆明动物所发现癌细胞抗药新机制

  癌症治疗目前最大的挑战之一是肿瘤细胞具有原发的耐药性以及治疗后逐渐产生抗药性。顺铂是目前广泛用于临床治疗乳腺癌、卵巢癌、前列腺癌等实体瘤的化疗药物,它通过造成DNA损伤诱导细胞凋亡杀死癌细胞。但是癌细胞抗药的分子机制还不是很清楚。   泛素化是一种蛋白质的翻译后修饰,参与调控多种

基因克隆技术

一、目的基因的获得 目的基因是指所要研究或应用的基因,也就是将要克隆或表达的基因。获得目的基因是分子克隆过程中最重要的一步。目前用于获得目的基因的方法有几种,如限制性内切酶直接分离法、文库筛选法、体外扩增法和人工合成法等,其中限制性内切酶法直接分离目的基因和多聚酶链式反应(PCR)或逆转录-

3.6.2 用T4 RNA 连接酶连接 RNA 分子

T4RNA 连接酶已经用来生成很多位点特异修饰的 RNA,尤其是寡核苷酸修饰和用反义密码 tRNA 修饰的 RNA。另外,T4RNA 连接酶还可用于 RNA/DNA 分子内/分子间连接、甲链寡脱氧核苷酸的连接、克隆全长 cDNA 及将非天然氨基酸掺入蛋白分子中。实验材料T4RNA连接酶供体RNA受体

基因克隆技术

一、目的基因的获得目的基因是指所要研究或应用的基因,也就是将要克隆或表达的基因。获得目的基因是分子克隆过程中最重要的一步。目前用于获得目的基因的方法有几种,如限制性内切酶直接分离法、文库筛选法、体外扩增法和人工合成法等,其中限制性内切酶法直接分离目的基因和多聚酶链式反应(PCR)或逆转录-多聚酶链式

体外DNA重组技术-5

(三)DNA酶切片段的回收【实验方法与步骤】1.冻融法:(1)在UV灯下,用手术刀片将含DNA片段的琼脂糖凝胶切下,-70℃冷冻至少 15min,然后在65℃水浴中使胶融化;(2)加入等倍体积TE-饱和酚,剧烈振荡30秒钟,然后-70℃冷冻 15min;(3)室温融化后,12,000rpm离心5mi

引物修饰的常见类型及应用

脱氧次黄嘌呤(deoxyInosine,dI):脱氧次黄嘌呤是一个自然存在的碱基, 虽然不是真正意义上的通用碱基但当与其它碱基结合时会比其它碱基错配相对更稳定。 脱氧次黄嘌呤与其它碱基的结合能力为dI:dC > dI:dA > dI:dG > dI:dT. 在DNA聚合酶的

核酶实验——发夹型核酶实验

实验方法原理作为有催化活性的 RNA,发夹型核酶在生物体内的作用是位点特异的核酸酶以及 RNA 连接酶。发夹型核酶的催化基序最先是在烟草环斑病毒负链的卫星 RNA 中发现的,它表现一种可逆的自切割反应,最终使滚环复制的产物形成成熟的病毒核酸。发夹型核酶与锤头型核酶都能催化产物的连接,但是发夹型核酶的

同济大学Cell Res揭示泛素化修饰与肿瘤微环境关联的奥秘

  mTORC1作为微环境中营养信号的感应器,它能够感应微环境中的氨基酸、生长因子、葡萄糖、胆固醇等信号,进而调控细胞及机体内几个关键的过程:糖代谢、蛋白质代谢,脂类代谢以及细胞自噬等【1, 2】。但是,当mTORC1信号通路的关键蛋白(mTOR、GATOR、PTEN、TSC、LKB、AMPK等)发

PCR技术(十):PCR产物克隆方法

平端连接  通常情况下,PCR产物可直接与平端载体DNA进行连接,但其连接效 率效低。因为TaqDNA聚合酶具有非模板依赖性末端转移酶活性,能 在两6条DNA链的3'末端加上一个多余的碱基,使合成的PCR产物成为 3'突出一个碱基的DNA分子。这种DNA分子的连接效率很低。由于PCR

泛素样蛋白的来源及功能

真核生物蛋白可以通过与各种小分子物质或蛋白质相结合的方式被修饰。在众多的修饰方式当中有一种就是与泛素蛋白或泛素样蛋白(UBL)相结合,采用这种抗原肽修饰方法可以对多种生理过程进行调控。UBL蛋白可以控制被修饰蛋白与其它生物大分子(比如蛋白酶体或染色质)间的相互作用。各种UBL系统都会使用相应的酶来催

实验分析方法-PCR扩增产物

孔板夹心杂交法:  该法是通过一固定于微孔板的捕获探针与PCR产物的某一区域特 异杂交使产物的间接地固定于微孔板上,然后,再用一生物素 等非放射性标记物标记的检测探针与产物的另一特异性较一次 杂交,漂洗后显色即可判断结果。该法需要两个杂交过程来检测 一个产物,因此,其特异性较一次杂交的检测法高。该法

在凸出末端上连接接头实验

实验材料 T4 噬菌体 DNA 连接酶多聚核苷酸激酶限制性内切核酸酶试剂、试剂盒 ATP乙醇接头激酶缓冲液苯酚氯仿乙酸钠TE仪器、耗材 层析设备水浴装置实验步骤 一、材料1. 缓冲液和溶液ATP (10 mmol/L),乙醇,10x 接头激酶缓冲液,苯酚:氯仿

在凸出末端上连接接头实验

在凸出末端上连接接头实验             实验材料 T4 噬菌体 DNA 连接酶

一文速览丨2019年曹雪涛团队在Science,PNAS发表成果盘点

  2019年,曹雪涛团队在Science,Nature Immunology,PNAS 等杂志上发表了13篇重要研究成果,在免疫学领域取得重大进展,iNature系统盘点一下曹雪涛团队的研究成果:  【1】干扰素-γ(IFN-γ)对于细胞内细菌固有的免疫反应至关重要。 非编码RNA和RNA结合蛋白

在凸出末端上连接接头实验

实验材料T4 噬菌体 DNA 连接酶多聚核苷酸激酶限制性内切核酸酶试剂、试剂盒ATP乙醇接头激酶缓冲液苯酚氯仿乙酸钠TE仪器、耗材层析设备水浴装置实验步骤一、材料1. 缓冲液和溶液ATP (10 mmol/L),乙醇,10x 接头激酶缓冲液,苯酚:氯仿(1:1, V/V),乙酸钠(3 mol/L,