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《细胞系统》:基因数据噪音或可保护患者隐私

大型基因组数据库对于科学家寻找同疾病相关的遗传变异来说是必不可少的。不过,对于贡献了DNA的人来说,这会带来隐私风险。一项2013年的研究显示,黑客能利用网络上公开可用的信息,从被匿名的基因组数据中辨别出人们的身份。 为解决这些担忧,一个由美国麻省理工学院计算机科学家Bonnie Berger和Sean Simmons研发的系统利用了被称为差分隐私的方法。它通过向用户查询结果中添加少量噪音或者随机变异,模糊捐赠者的身份。研究人员在最新一期的《细胞系统》杂志上发表了他们的成果。 该系统会计算研究人员想要的统计数值,比如一个遗传变异同某种特定疾病存在关联的几率,或者同一种疾病最相关的5个遗传变异。然后,它向结果中添加随机变异,并且返回本质上带有轻微错误的信息。比如,在对同某种疾病相关的前5个遗传变异的查询中,系统可能会产生前4个遗传变异以及第6个或第7个变异。 用户并不知道哪个查询结果更正确,但仍能利用这些信息。只......阅读全文

于军:人与黑猩猩的“百分之一差别理论”并未被否定

近日,美国《科学》杂志发表了题为《人类与黑猩猩差别仅有1%吗?》的评论,文章归纳了近两年来世界科学家有关人类与黑猩猩物种差异比较的研究成果,并认为这些研究已经将1975年提出的“1%差别理论”推上末路。但中国科学院北京基因研究所副所长于军研究员指出:“当谈到物种差别时,无论是公众还是科学家,如果没有

人与黑猩猩的“百分之一差别理论”并未被否定

近日,美国《科学》杂志发表了题为《人类与黑猩猩差别仅有1%吗?》的评论,文章归纳了近两年来世界科学家有关人类与黑猩猩物种差异比较的研究成果,并认为这些研究已经将1975年提出的“1%差别理论”推上末路。但中国科学院北京基因研究所副所长于军研究员指出:“当谈到物种差别时,无论是公众还是科学家,如果没有

外源基因在真核细胞中的表达系统

1. 真核生物表达的优越性和必要性① 真核生物具有转录后加工系统,可识别并删除基因中的内含子,剪切加工为成熟mRNA.②具备完善的翻译后加工系统,可进行糖基化、乙酰化等修饰,使蛋白形成正确的天然构型,因而真核生物表达系统产生的蛋白更接近天然状态,有利于其功能、生物活性的研究。③某些真核细胞可将基因表

杆状病毒-昆虫细胞表达系统2

五、亲代杆状病毒基因组的改进就像转移质粒的改进,对亲代杆状病毒基因组的改进也是为了满足各种不同的需要。起初,最主要的目的是找到克服重组杆状病毒载体构建和分离低效率的方法,这也是最初的杆状病毒-昆虫细胞系统存在的主要问题。现在已经知道这个问题的根源在于, 在共转染的昆虫细胞系中,转移质粒和亲代杆状病毒

DNA的克隆过程概述

DNA的克隆是指在体外将含有目的基因或其它有意义的DNA片段同能够自我复制的载体DNA连接,然后将其转入宿主细胞或受体生物进行表达或进一步研究的分子操作的过程,因此DNA克隆又称分子克隆,基因操作或重组DNA技术。DNA克隆涉及一系列的分子生物学技术,如目的DNA片段的获得、载体的选择、各种工具酶的

一滴血测16部位肿瘤,让父爱常伴身旁

  他,用坚实的肩膀支撑,让你感觉温暖、安心;他,用默默的承受坚守,让你知道他是家的脊梁;他,用满脸皱纹承载时光的沧桑,让你对未来的生活充满希望,他,就是父亲……可能因为六月的阳光犹如父爱,无声却炽热,所以每年六月的第三个周日被定为父亲节。在我们眼中,父亲是坚强的代名词,可是正坚强,他对小伤小痛很少

石蜡包埋组织的DNA提取及其应用

近10年来,现代分子生物学技术越来越广泛地被用于人类疾病研究的诸领域,为了解病理状态下基因组DNA的变化积累了新资料。目前认为,人类基因组并非人们想像的那样稳定,诸如基因重排、扩增、缺失,突变和DNA甲基化类型改变等时有发生,这些改变对于基因表达和调控,以及疾病过程的发展与转归等方面均具有重要意义。

法医DNA检测仪器及其发展动向分析

摘    要:实践证明,法医DNA检测技术和相关仪器在犯罪嫌疑人认定、亲权鉴定和系列串并案侦破中发挥了显著作用,是我国公安一线侦察破案和打击犯罪的重要技术手段。以法医DNA检测技术为主线,对相关仪器的产生背景、发展历程、工作原理、各类技术优劣,以及国内外研究现

如何用Western blot法验证PCR结果?

往期我们已经为大家详细介绍了利用CRISPR/Cas9构建编辑小鼠和细胞系的全部过程,相信大家在了解从sgRNA设计、表达载体构建至显微注射、小鼠鉴定等一系列过程的同时,常会为这样的难题所困扰:历经3-6个月得到的基因敲除的小鼠/细胞,PCR鉴定的结果居然和WB蛋白结果不一致?竟开始怀疑自己这几个月

克隆基因的表达(expression of cloned gene)-3

(3)原核生物的基因组基本上是单倍体,而真核基因组是二倍体。(4)如前所述,细菌多数基因按功能相关成串排列,组成操纵元的基因表达调控的单元,共同开启或关闭,转录出多顺反子(polycistron)的mRNA;真核生物则是一个结构基因转录生成一条mRNA,即mRNA是单顺反子(monocistron)

Science解读甲基化组新观点

  在真核生物中,DNA甲基化通常发生在CG中的胞嘧啶上。由于甲基化不会改变DNA序列,它被视为一种表观遗传学标志。DNA甲基化可以在细胞分裂过程中延续到子代细胞,这一机制现在已经相当明确。而这种继承性使DNA甲基化成为储存表观遗传学记忆的潜在途径,这种记忆包括环境或发育过程中的基因调控。不过要证实

科学家揭开“垃圾”DNA的神秘角色!

  生物学家们在很长一段时间里都认为,既然几乎所有具体的生理机能都要由蛋白质来完成,那么不编码蛋白质的DNA应该是没有用的,可以称为“垃圾DNA”;而且人类基因组项目发现人的基因组中仅有1.5%的序列是给蛋白质编码的,其余的98.5%的序列是以前认为的“垃圾”DNA。  此前研究人员进行了一项名为E

生物芯片技术在药物R&D中的应用(四)

3 生物芯片在毒理学研究中的应用  对药物进行毒性评价,是药物筛选过程中十分重要的一个环节。现在毒理学家多采用鼠为模型通过动物实验来确定药物的潜在毒性。这些方法需要使用大剂量的药物,花上几年时间,花费巨大。 DNA芯片技术可将药物毒性与基因表达特征联系起来,通过基因表达分析便可确定药物毒性,

基因克隆技术

一、目的基因的获得目的基因是指所要研究或应用的基因,也就是将要克隆或表达的基因。获得目的基因是分子克隆过程中最重要的一步。目前用于获得目的基因的方法有几种,如限制性内切酶直接分离法、文库筛选法、体外扩增法和人工合成法等,其中限制性内切酶法直接分离目的基因和多聚酶链式反应(PCR)或逆转录-多聚酶链式

PCR技术应用一:诊断单基因疾病

   自1987年秋以来,PCR技术的应用开创性地推动了产前单基因缺陷者及携带者的 诊断。目前PCR还不能用于诊断所有已知缺陷疾病,但极大地扩大了实验诊断学家对 诊断方法的选择。JohnHopkins大学的研究人员表明,在诊断基因缺陷疾病方面PCR技 术具有快速、准确、操作灵活等特点。每项

朱健康院士PLOS发表植物学新研究

  2015年1月8日,中科院上海生命科学研究院朱健康课题组,在国际著名学术期刊《PLOS Genetics》发表一项最新研究成果,题为“An AP Endonuclease Functions in Active DNA Dimethylation and Gene Imprinting in A

常用的分子生物学基本技术2

IS PCR的技术特点 (1)既具有PCR的特异性与高灵敏性,又具有原位杂交的定位准确性;(2)测到低于2个拷贝量的细胞内特定DNA序列,甚至可检测出单一细胞中的仅含一个拷贝的原病毒DNA;(3)有助于细胞内特定核酸序列定位与其形态学变化的结合分析;(4)可用于正常或恶性细胞,感染或非感染细胞的鉴定

常用的分子生物学基本技术1

DNA重组技术(或基因工程)是20世纪生物学的伟大成就,并已渗透到生命科学包括医学 各个领域,为肿瘤的实验研究和临床诊断及治疗提供了崭新的技术和有用的工具。本附录扼要介绍在分子肿瘤学领域中常用的分子生物学基本技术及其在肿瘤研究中的应用,着重介绍它们的原理和应用。至于具体的技术方法和操作步骤可参阅《分

全国ctDNA基因突变检测室间质量评价调查活动结果报告

  二O一六年十一月,国家卫生计生委临床检验中心发布了2016年全国肿瘤游离DNA(ctDNA)基因突变检测室间质量评价调查活动结果报告。内容如下。  肿瘤游离DNA(ctDNA)基因突变检测对肿瘤靶向治疗、早期治疗应答评估和耐药监测的实时评估等都具有一定的临床应用价值。由于组织样本的局限性,临床上

人类基因组概述

  一、细胞核基因组  每条染色体含1个DNA分子,1个细胞的全部遗传信息(基因)都编码在线状的DNA分子上。由于每个体细胞中有2套染色体(2n),故所含的DNA是由两个基因组(genome)构成。每个单倍体基因组约含3.2×109bp。人类基因的平均长度为1-1.5kb,所以基因组以足以

生物芯片及其在基因体研究上的应用

生物芯片概论 DNA分子在大多数生物体中是以双股的型态存在(少数病毒、噬菌体除外)。在某些特殊生理状态下,例如:细胞分裂、基因表现等,双股DNA会解开变成单股,然后再回复成双股。而生物学家很早就把这单股DNA利用氢键结合成双股DNA分子的特性应用在生物相关的研究,称之为杂合反应(Hybridizat

杰青朱冰团队发现CSE1L的表达影响DNA甲基化基因沉默机制

  2018年4月10日《PNAS》杂志在线发表了朱冰课题组的研究论文“Roles of the CSE1L-mediated nuclear import pathway in epigenetic silencing”。该研究发现CSE1L作为细胞中经典入核转运途径中的重要蛋白,是维持部分甲基化

ENCODE书写人类百科全书

    迄今最详细的人类基因组分析数据出炉。   一项大型国际计划显示,与青少年在学校掌握的知识相比,人类基因组—— 一个人的遗传信息总和——包含有更多的蛋白质编码基因。当研究人员决定在上世纪90年代晚期对人类基因组进行测序时,他们专注于寻找那些用来确定全部生命所需蛋白质的传统

变性高效液相色谱法筛选XRCC4基因突变

【摘要】   目的 应用变性高效液相色谱技术(DHPLC)惨煸此链分析对鼻咽癌患者XRCC4基因突变进行筛查与鉴定,研究鼻咽癌患者XRCC4的基因突变情况,探讨 DHPLC在筛查相关基因突变、预测放疗敏感性方面的应用。 方法 采用聚合酶链反应(PCR)和DHPLC筛查88例鼻咽癌患者X

迄今最详细人类基因组分析数据出炉

  迄今最详细的人类基因组分析数据出炉。图片提供:ENCODE计划    一项大型国际计划显示,与青少年在学校掌握的知识相比,人类基因组—— 一个人的遗传信息总和——包含有更多的蛋白质编码基因。当研究人员决定在上世纪90年代晚期对人类基因组进行测序时,他们专注于寻

DNA microarray相关的基因表达数据处理攻略

基因表达谱 的发展有助于科研工作人员进一步的理论知识充实及应用到研发等领域中。基因芯片是最近几年发展起来的基因表达重要工具,本文主要对这种技术的数据分析和管理方法作具体介绍。一、引言DNA微阵列(DNA microarray),也叫基因芯片,是近几年发展起来的一种能快速、高效检测DNA片段序列、基因

试管婴儿植入前遗传学诊断单细胞PCR的方法(2)

7.等位基因特异性扩增 在设计引物时,根据已知突变位点的特征,在引物3’端或中间设计一错配碱基,使之仅能与突变型或野生型基因互补,而只扩增相对应的突变型或野生型基因。主要用于点突变导致的遗传病的检测。其优点是只需一步PCR,而无需电泳和标记,摆脱了分子生物学方法中必经电泳的现象。在相互竞争的突变

各类癌症基因检测技术优劣势大对比

提到基因检测,前几年,临床医生在向患者推荐时还心存疑虑,而近两年,基因检测已成为癌症诊疗的标准动作,基本上每一个癌症患者都有一套自己的基因检测报告。 不得不说,一个患者一套方案的个体化诊疗时代已经到来。比如,一位患者患了癌症,不仅要做病理诊断还要做全基因检测,发现突变位点,进而为患者制定包括化疗

德研究发现与DNA双链断裂修复相关基因

  德国研究人员在寻找参与修复脱氧核糖核酸(DNA)双链断裂的基因方面获得进展。研究小组在人类细胞中找到61个位点,并发现了此前未知的与DNA双链断裂修复有关的基因。该研究结果将显著加速DNA修复基因的继续搜寻,并带来新的医疗应用可能。相关研究成果发表在6月29日的《公共科学图书馆·生物学》杂志上。

与DNA双链断裂修复相关新基因被发现

  德国研究人员在寻找参与修复脱氧核糖核酸(DNA)双链断裂的基因方面获得进展。研究小组在人类细胞中找到61个位点,并发现了此前未知的与DNA双链断裂修复有关的基因。该研究结果将显著加速DNA修复基因的继续搜寻,并带来新的医疗应用可能。相关研究成果发表在6月29日的《公共科学图书馆·生