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癌症基因组——癌症研究和云计算的里程碑

图片来源:https://www.nature.com/articles/d41586-020-00308-w 2001年,人类基因组计划完成,整个计划花费约30亿美元,1985年提出,1990年正式启动,历经十余年。肿瘤是最热门的研究领域之一,该领域的研究者们一直希望可以借助测序手段去表征肿瘤的基因组,从而一窥肿瘤的秘密。在随后的20年中,各种测序技术的发展以及测序成本的降低使得实现上述目标变的可能。 2006年,美国国家癌症研究所和国家人类基因组研究所开启了癌症基因组图谱计划( The Cancer Genome Atlas Program),简称TCGA。该计划涵盖了33种癌症类型,包括超过2万个癌症及正常组织的分子特征。经过12年的发展,TCGA产生了超过2.5PB的海量数据,包括基因组、表观组、转录组和蛋白质组。 随着TCGA的发展以及各种关于癌症研究的深入,大家越来越认识到详细记录癌症的每一个突变是可行的。于......阅读全文

最全癌症基因图谱公布 有望提前数十年识别出肿瘤突变

  癌症是一种基因病,由体细胞癌基因突变引起。早在2001年对首个人类基因组进行测序后,肿瘤的全面基因组表征就成为癌症研究人员的一个主要目标。从那时起,测序技术和分析工具取得的进展使得这个研究领域蓬勃发展。  2月5日,Nature杂志及其子刊同期发表了20余篇关于癌症研究的文章,由来自37个国家、

带你走近神秘的基因检测服务

  目前绝大多数基因检测服务没有临床应用方面的证据。这意味着,基因检测尽管意义重大,如果不加以严格管理,就有可能因为商业利益而毁掉这一前程远大的技术的信誉。  在分子生物医学迅速发展的今天,基因测序是每个人都避不开的话题。对于肺癌患者,在治疗前进行基因组测序,知道是哪种驱动基因导致的癌症,就可以有针

多种常见高发癌可超早期无创检测

  我国世界最大的“基因工厂”目前的技术可一次性检测508个肿瘤相关基因,解读88种肿瘤药物,全面、精准地解读肿瘤药物和基因的关系,根据患者的基因信息,协助医生选择合适的治疗药物,为患者制定个体化治疗方案  国际:已公布超过1万个癌症基因组数据  这是一个众所周知的案例——好莱坞影星安吉丽娜•朱莉,

Nature:14项人类癌症研究的里程碑式进展

  癌症目前仍然是全世界人类最大的杀手之一。近日,Nature Genetics 和 Nature Medicine 联合发表了题为:Nature Milestones in Cancer 的文章,总结了21世纪以来癌症研究旅程中的14个重要的里程碑事件,以展示在理解癌症和开发新疗法方面取得的重大进

国际癌症基因组联盟公布逾1万个癌症基因组数据

  国际癌症基因组联盟(International Cancer Genome Consortium,简称"ICGC")近日向科研界公布了超过1万个癌症基因组的数据。这些数据能更好地帮助全世界的癌症研究者从基因方面了解癌症,加快对癌症的研究并帮助更多癌症靶向治疗的发展。   安大略癌症研究所所

大型研究为癌症基因组分析奠定基础

  12月9日,国际癌症基因组协会(ICGC)在著名的《Nature Communications》杂志,发表了一篇令人瞠目的文章,它为即将到来的癌症基因组学研究时代,奠定了基础。该项目,是由Centro Nacional de Analisis Genómico (CNAG-CRG)和German

多种测序技术或将深入推动癌症领域研究

  本文中小编整理了多篇文章,来解读测序技术在阐明癌症发生机制、癌症诊断及疗法开发等方面的巨大潜力,与各位一起学习!  【1】JAMIA:新工具深入挖掘外显子测序结果 帮助找到最佳癌症治疗药物  doi:10.1093/jamia/ocw022  科罗拉多大学的研究人员最近在国际学术期刊JAMIA上

国际癌症基因组联盟在中国发起四个新项目

  2012年12月5日,国际癌症基因组联盟(ICGC)宣布在中国发起四个新项目,主要对结直肠癌、食道癌、肝癌和鼻咽癌的驱动基因进行检测,为实现个体化医疗奠定基础。中国是ICGC的创始成员之一,在2008年时曾经发起了胃癌基因组项目。   ICGC带领全球科学家对各种常见和罕见的癌症进行基因组图谱

PCAWG联盟6篇Nature、15篇Nature子刊揭示癌症的复杂性

  一项大规模的国际努力对来自38个人体组织的2600多个肿瘤基因组进行了多方面研究,从而对癌症的遗传基础产生了丰富的见解。  早在2001年对首个人类基因组进行测序后,肿瘤的全面基因组表征就成为癌症研究人员的一个主要目标。从那时起,测序技术和分析工具取得的进展使得这个研究领域蓬勃发展。在发表在最新

《Cell》:如何根据癌症基因组图谱分析肿瘤

  时至今日,这一计划已经取得了许多成果,最新Cell杂志公布了泛癌症图谱(Pan-Cancer Atlas),这也是癌症基因组图谱(TCGA)的收官项目,同期Cell杂志介绍了根据癌症基因组图谱分类的肿瘤类型列表,以及相关的一些主要发现(每种肿瘤类型的标记论文)。  生物通报道:2005年美国国立

《自然》:人类癌症的致癌全景图

  用于新型癌症治疗方法的临床试验设计,一般来说都是集中在肿瘤起源所在的组织,然而近期由纪念斯隆-凯特琳癌症中心的研究人员完成的一项研究则发现了一种新的方法:基于基因组标记进行研究,而不是针对机体器官组织进行研究。   这一研究成果公布在9月26日的Nature Genetics杂志上,同时还

《Nature》子刊:从你的基因组测序结果告知你是否会得癌症

  许多遗传因素都会导致癌症,有些突变来自你的父母,有些是从其他外因或你自身DNA复制来的。大规模基因组测序已经有能力区分体细胞突变(somatic mutations)所引起的癌症,但是在鉴定哪些癌症可能来自父母遗传变异方面并没有那么有效。目前,我们对这类癌症相关突变的了解仍基于几个关键的家族研究

基因测序前景:上游市场增速放缓 中下游市场潜力巨大

  基因测序服务市场增速快,预计2016年超过测序仪器市场。据Markets&Markets预测,2014-2020年上游市场中测序仪的复合增长率是15.4%。中游测序服务市场重资产、技术附加值低,将是产业链中增速最快的,据BCC Research预测2011-2016年复合增长率为29%。

Nature:癌症基因组分析的新浪潮

  肺癌与乳腺癌不一样,与胰腺癌也不一样,然而根据发表在《自然遗传学》(Nature Genetics)的两项最新研究表明在分子水平上它们具有许多相同之处。同日,Nature网站对这一研究成果进行了即时新闻报道   这项“泛癌症”研究针对12种不同类型的肿瘤3000多个基因组进行了分析,寻找跨

Nature:癌症基因组分析的新浪潮

  肺癌与乳腺癌不一样,与胰腺癌也不一样,然而根据发表在《自然遗传学》(Nature Genetics)的两项最新研究表明在分子水平上它们具有许多相同之处。同日,Nature网站对这一研究成果进行了即时新闻报道   这项“泛癌症”研究针对12种不同类型的肿瘤3000多个基因组进行了分析,寻找跨

6篇Nature齐发!癌症基因组计划成果成井喷之势

  除了Nature一次性发表6篇论文外,Nature Genetics杂志发表了3篇,Nature Communications发表9篇,Nature Biotechnology一篇,详细报道BioArt后续会陆续发布。文章合集网址:https://www.nature.com/collectio

Genome Biol:DNA破裂或会重新调节癌症基因的控制机制

  理解介导癌症基因组中广泛DNA损伤的机制一直以来都是癌症研究人员非常感兴趣的研究领域,近日,一项刊登在国际杂志Genome Biology上的研究报告中,来自贝勒医学院等机构的科学家们通过研究发现,基因组结构的变异或许能作为人类癌症中DNA甲基化改变(基因控制的一种形式)的一种特殊机制。  文章

Nat Commun: 为何年轻女性患者癌症免疫疗法效果不佳?

  癌症免疫疗法可增强患者自身的免疫系统自行清除肿瘤的能力,对某些患者具有广阔的前景。但是该疗法并不广泛适用于所有患者。  在最近的一项研究中,加利福尼亚大学圣地亚哥分校医学院的研究人员发现相关证据,有助于解释为什么年轻患者和/或女性患者对某些类型的癌症免疫疗法的反应率特别低。(图片来源:Www.p

多国科学家将绘制人类癌症基因图谱

图谱如果绘制成功,可望开辟癌症个性化治疗新时代  国际癌症基因组协会将开展一项与人类基因组计划具有同等重要意义的癌症研究计划,集世界各国和地区的科学家之力,绘制完整的人类癌症基因图谱。 该协会4月29日在英国伦敦正式成立,目前有英国、中国、美国、法国、印度、日本、新加坡、澳大

Cell特辑:从基因组到代谢组学——癌症标记物的进展

  “Cell Press Selections”是由Cell出版社推出的一份推荐文章集合手册,主要介绍某个生命科学研究领域最新的进展及突出成果。相关特辑内容包括研究论文,评论性文章以及snapshots,涉及了同一领域的方方面面,更为重要的是这些文章由赞助商赞助,可以免费获取。  癌症生物标记物是

Cell特辑:癌症标记物

  “Cell Press Selections”是由Cell出版社推出的一份推荐文章集合手册,主要介绍某个生命科学研究领域最新的进展及突出成果。相关特辑内容包括研究论文,评论性文章以及snapshots,涉及了同一领域的方方面面,更为重要的是这些文章由赞助商赞助,可以免费获取。  癌症生物标记物是

关于癌症全基因组 我们有了全新的认识

  今日,最新一期《自然》杂志如约上线,而登上封面的“癌症全基因组”则是本期的主题:在本期《自然》杂志上,一共发表了6篇相关的论文。而在Nature Genetics、Nature Biotechnology、以及Nature Communications等子刊上,也有系列论文发表。  那么,是什么

Nature重要成果:绘制癌症的全面分子图谱

根据一项获得美国国立卫生研究院(NIH)支持的新研究发现一种乳腺癌亚型与难治性高分级浆液性卵巢癌具有许多共同的遗传特征。研究结果表明两种癌症具有相似的分子起源,这可能推动比较乳腺癌和卵巢癌亚型的治疗学数据。 研究人员利用癌症基因组图谱(TCGA)生成的部分数据,根据来自825名乳腺癌患者样本的综合

Nature重要成果:绘制癌症的全面分子图谱

  根据一项获得美国国立卫生研究院(NIH)支持的新研究发现一种乳腺癌亚型与难治性高分级浆液性卵巢癌具有许多共同的遗传特征。研究结果表明两种癌症具有相似的分子起源,这可能推动比较乳腺癌和卵巢癌亚型的治疗学数据。   研究人员利用癌症基因组图谱(TCGA)生成的部分数据,根据来自825名乳腺癌患者样

恶性肿瘤或有好转临界点

  不稳定的基因组和遗传变异对于癌症进化成“杀手”至关重要,但物极必反,这有可能变成癌症的致命要害。这项发表于《自然—医学》杂志的研究,或许很快将改善干扰癌症基因组的疗法。  人们在10年前就知道,更有可能扩散的恶性癌症拥有容易产生DNA突变的不稳定染色体。这一过程导致了携带不同基因组合或基因组的相

Science专题:癌症基因组学

  在2001年完成人类基因组测序后,许多的研究人员立即将目光放到了利用这些信息来更好地了解遗传学上。最近,越来越多的研究确定了表观遗传学在癌症的发生、形成及发展过程中起效应。从鉴别与遗传性癌症相关的单基因变异的前基因组时代转向,测序技术的进步使得研究人员能够利用全基因组方法来检测基因组间的差异,以

GEN:专家解析 大数据研究对于癌症治疗的焦点问题

  在今年一月,美国副总统拜登在瑞士达沃斯世界经济论坛的科学家小组讨论中提出了一系列攻克癌症的具体要求。其中,怎样通过大数据的收集、分析与应用来研究、预防与治疗癌症成为了一个格外引人注目的话题。  专家:  Keith Perry:圣裘德儿童研究医院高级副总裁和首席信息官  Narayan Desa

证实基因组测序成功鉴定癌症相关突变

  最近,UT西南医学中心的癌症研究人员表明,全基因组测序可以用来确定患者遗传性癌症的风险,这可能会促进癌症的预防、诊断和护理。  这项研究首次采用全基因组测序来评估258名癌症患者的基因组,以提高癌症诱发突变的诊断能力。相关研究结果发表在12月份的国际期刊《EBioMedicine》。  UT西南

Nature对儿童癌症基因组分析,有望实现儿童癌症精准治疗

  在一项新的研究中,来自美国圣犹大儿童研究医院等研究机构的研究人员证实患有癌症的儿童和成年人通常具有不同的发生突变的基因来促进疾病产生,这提示着这些患者可能受益于不同的疗法。这一发现强调了对儿童癌症进行精准医疗的必要性。相关研究结果于2018年2月28日在线发表在Nature期刊上,论文标题为“P

个体化医疗第一步: 从分子水平分型癌症

  肿瘤几乎从来就没有共享过完全相同的遗传突变,这一事实使得人们为更好地将癌症类型分门别类、以及开发出更有效的靶向性治疗所付诸的科学努力面临困难重重。  鉴定癌症基因分型   在发表于9月15日《自然方法》(Nature Methods)杂志上的这篇新研究论文中,来自加州大学圣地亚哥分校研究人