数字PCR在造血干细胞移植后嵌合状态检测的应用

背景导读—何为嵌合状态的检测？

骨髓和外周血干细胞移植是许多恶性和非恶性疾病的有效治疗方法。造血干细胞移植后，受体产生新的血细胞，这些血细胞在遗传上来自于供体DNA。确认新的造血系统来源于供体是临床复发监测的重要组成部分。一般采用血细胞基因型检测的方式，称为嵌合体分析。完全供体细胞嵌合状态意味着100%的血细胞来自供体，而混合或部分嵌合意味着受体细胞也存在。因此检测时需要分析受体在移植后的血液或骨髓中供体和受体的基因型的各自比例。

法国苏黎世输血服务中心实验室使用Stilla Technologies的Naica™ Crystal数字PCR系统进行双等位基因单核苷酸变异（SNV）检测，从而确定嵌合体状态。

嵌合体检测的两步策略

移植前：要想得到正确的移植后的检测结果,必须选择合适的标记物，苏黎世输血服务中心实验室建立了一个由24种特定SNV分析组成的组合，用于寻找在单个样品分析中筛选供体和受体DNA的合适标记。

移植后：在临床上，嵌合体监测至少需要0.5%的等位基因敏感性。Naica™ Crystal 数字PCR仅使用5ng DNA，就达到了所需的0.5%的灵敏度。使用标准的20ng DNA进行检测可以使一个等位基因频率的可重复量化精度达到0.25%。(图2)

总结

Naica™ Crystal数字PCR在造血干细胞移植后嵌合状态检测方面的优势：

☑  可与建立的SNV嵌合体检测方法完全兼容。

☑  使用Naica™系统进行的标准测试可使等位基因频率检测灵敏度降至0.25%，远低于0.5%的最低临床限值要求。

☑  此次研究，使用了Naica™系统中的高通量Opal芯片，一次可检测48个样本，每个样本可进行3荧光通道读取，仅需较低的DNA输入量，即可实现更高的样品通量和谱系特异性嵌合体检测的能力。