象腿蕉染色体级别基因组组装研究获进展
象腿蕉（Ensete glaucum）是芭蕉科中耐寒的蕉类植物，原产于中国云南和东南亚地区，具有观赏、饲用和药用价值。中国科学院华南植物园教授John Seymour Heslop Harrison带领的研究团队，采用单分子纳米孔、Illumina测序策略，结合染色体构像捕获技术，发表了首个象腿蕉染色体级别的基因组序列，长度为481.5 Mbp，完整性较高（BUSCO 98.3%），注释获得36,836个编码基因，重复序列约占基因组的55%。象腿蕉与芭蕉属（Musa）代表物种的比较基因组学研究显示，象腿蕉的长末端重复序列的组成及其插入时间，与芭蕉科其他物种均有差异，芭蕉属比象腿蕉属有更多Copia，象腿蕉LTR插入时间（峰值3.5-5 Mya）比芭蕉属物种（峰值2 Mya）更古老；发现芭蕉科在9和11染色体基数进化过程中复杂多样的染色体重组事件。该成果为蕉类作物保育和改良提供重要的基因组资源。 相关研究......阅读全文
象腿蕉染色体级别基因组组装研究获进展
中国科学院华南植物园海外知名学者John Seymour Heslop Harrison教授领导的研究团队，在象腿蕉染色体级别基因组组装研究方面取得新进展。相关研究发表于Gigascience。王梓维为该文第一作者，John Seymour Heslop Harrison和刘青副研究员为通讯作者，华
象腿蕉染色体级别基因组组装研究获进展
象腿蕉（Ensete glaucum）是芭蕉科中耐寒的蕉类植物，原产于中国云南和东南亚地区，具有观赏、饲用和药用价值。中国科学院华南植物园教授John Seymour Heslop Harrison带领的研究团队，采用单分子纳米孔、Illumina测序策略，结合染色体构像捕获技术，发表了首个象腿蕉染
聚焦基因组组装 至今最大组装竞赛寻找最优基因组指标
2013年7月23日，由华大基因和BioMed Cental联合创办的开放式期刊《GigaScience》发表了当前最大、最系统的基因组组装过程及评价结果。在第二届Assemblathon竞赛中，共有21个团队基于由三种不同的测序技术所得的鸟、鱼和蛇的未组装基因组数据，提交了43个组装结果，
研究发现全新全基因组组装方法
十年前，Illumina基因组测序技术进入市场时，前所未有的庞大数据量淘汰了较早开发的测序分析工具。 历史总是重演。如今，第三代测序技术已经达到低成本群体测序规模的临界点。 英国时间12月9日，《自然—方法学》在线发表了第一个能够跟上基因组测序产生速度的组装算法。 这篇论文只有两位作者，
新软件按需组装无缝基因组序列
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/2/494014.shtm 科技日报北京2月16日电 （记者张梦然）美国国立卫生研究院研究人员发布了一种创新的软件工具，用于组装来自各种物种的真正完整（即无缝）的基因组序列。这种名为Verkko的软件在芬兰
《PLoS生物学》：乳齿象线粒体基因组测定完成
这的确有些不可思议。德国科学家利用一颗远古牙齿化石，成功确定了乳齿象完整的线粒体基因组，这也是迄今为止科学家得到的最古老的线粒体基因组。该研究成果有望加深科学家对于象类分化的理解。相关论文发表在的7月24日的《PLoS生物学》上。 2800万年前出现的乳齿象是现代大象的近亲，它们大约有3米高，有和猛
基因组组装可缩短至几分钟？
当今，研究人员通常依赖新一代测序仪，将独特的DNA碱基序列（只有四个）翻译成字母：A，G，C和T。而DNA链长达数十亿个碱基，这些机器可产生非常短的读数，一次大约50至300个字符。为了从这些字母中提取信息，科学家们需要重建基因组的位置——这个过程类似于重建一本书中文本片段的句子和段落。 但
新篇章：单细胞基因组从头组装
随着单碱基精度和读取长度的提高，利用批量样本的单分子长读测序技术已广泛应用于基因组组装。通常，长读测序组装需要大量的DNA(通常来自数百万个细胞的几微克)，因此大多数人类基因组组装被限制在批量基因组测序数据集，而没有保持单个细胞之间潜在的遗传异质性。然而，这在许多情况下是不切实际的。相比之下，单细胞
中国农大玉米基因组组装取得重大突破
玉米是一种重要的作物，具有高水平的基因组多样性和杂种优势。先前发布了典型雌性系B73的基因组序列。7月30日，中国农业大学教授赖锦盛研究组在Nature Genetics在线发表研究论文，报告了相应的雄性代表系Mo17的从头基因组装配。图片源自网络 B73/Mo17是许多遗传和分子研究中最常见
单分子测序改善微生物基因组组装
美国国家生物防卫分析和反制中心的研究人员近日在《Genome Biology》上发表文章，介绍了SMRT技术在微生物基因组组装上的应用。他们认为，单分子测序数据能降低测序费用，并带来更多完整的基因组，改善微生物基因组数据库的质量。 随着测序费用的不断下降，测序项目的数量也在不断上升。G