象腿蕉染色体级别基因组组装研究获进展
象腿蕉（Ensete glaucum）是芭蕉科中耐寒的蕉类植物，原产于中国云南和东南亚地区，具有观赏、饲用和药用价值。中国科学院华南植物园教授John Seymour Heslop Harrison带领的研究团队，采用单分子纳米孔、Illumina测序策略，结合染色体构像捕获技术，发表了首个象腿蕉染色体级别的基因组序列，长度为481.5 Mbp，完整性较高（BUSCO 98.3%），注释获得36,836个编码基因，重复序列约占基因组的55%。象腿蕉与芭蕉属（Musa）代表物种的比较基因组学研究显示，象腿蕉的长末端重复序列的组成及其插入时间，与芭蕉科其他物种均有差异，芭蕉属比象腿蕉属有更多Copia，象腿蕉LTR插入时间（峰值3.5-5 Mya）比芭蕉属物种（峰值2 Mya）更古老；发现芭蕉科在9和11染色体基数进化过程中复杂多样的染色体重组事件。该成果为蕉类作物保育和改良提供重要的基因组资源。 相关研究......阅读全文
象腿蕉染色体级别基因组组装研究获进展
象腿蕉（Ensete glaucum）是芭蕉科中耐寒的蕉类植物，原产于中国云南和东南亚地区，具有观赏、饲用和药用价值。中国科学院华南植物园教授John Seymour Heslop Harrison带领的研究团队，采用单分子纳米孔、Illumina测序策略，结合染色体构像捕获技术，发表了首个象腿蕉染
象腿蕉染色体级别基因组组装研究获进展
中国科学院华南植物园海外知名学者John Seymour Heslop Harrison教授领导的研究团队，在象腿蕉染色体级别基因组组装研究方面取得新进展。相关研究发表于Gigascience。王梓维为该文第一作者，John Seymour Heslop Harrison和刘青副研究员为通讯作者，华
聚焦基因组组装－至今最大组装竞赛寻找最优基因组指标
2013年7月23日，由华大基因和BioMed Cental联合创办的开放式期刊《GigaScience》发表了当前最大、最系统的基因组组装过程及评价结果。在第二届Assemblathon竞赛中，共有21个团队基于由三种不同的测序技术所得的鸟、鱼和蛇的未组装基因组数据，提交了43个组装结果，
研究人员破译香蕉“美食蕉”品种香蕉基因组
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/11/512730.shtm广东省农业科学院研究员易干军领衔的香蕉遗传改良团队与广西大学教授陈玲玲团队合作，破译了香蕉“美食蕉”品种香蕉基因组，首次在国际上组装染色体级别的异源三倍体香蕉栽培种（AAB）参考基因
首个三倍体栽培香蕉T2T参考基因组发布
近日，中国科学院华南植物园、热带作物生物育种全国实验室–中国农业科学院深圳农业基因组研究所和广西民族大学合作，首次报道了三倍体栽培香蕉的高质量分型参考基因组。相关成果在线发表于《园艺研究》。 香蕉是当今世界产量最高的水果。三倍体香蕉是全球栽培香蕉的主力军，其中Cavendish香蕉因为易于运输
华南植物园等发布首个三倍体栽培香蕉T2T参考基因组
香蕉是产量颇高的水果，也是热带、亚热带地区的主要粮食作物之一。栽培香蕉起源复杂，基因组杂合度高、分型困难，导致香蕉的基因组研究相对落后于其他栽培作物。三倍体香蕉是全球栽培香蕉的主力军，其中Cavendish香蕉（AAA）因易于运输而被大量栽种，其产量约占据香蕉市场的50%。Cavendish香蕉高质
华南植物园等发布首个三倍体栽培香蕉T2T参考基因组
香蕉是产量颇高的水果，也是热带、亚热带地区的主要粮食作物之一。栽培香蕉起源复杂，基因组杂合度高、分型困难，导致香蕉的基因组研究相对落后于其他栽培作物。三倍体香蕉是全球栽培香蕉的主力军，其中Cavendish香蕉（AAA）因易于运输而被大量栽种，其产量约占据香蕉市场的50%。Cavendish香蕉高质
特色香蕉种质的基因组研究取得新进展
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/9/508028.shtm在国家重点研发计划、国家香蕉产业技术体系及广东省种业振兴等项目的资助下，广东省农业科学院副院长易干军领衔的香蕉遗传改良团队与广西大学教授陈玲玲团队合作，在特色香蕉种质的基因组研究方面取
学者发表紫苞芭蕉和朝天蕉首个染色体水平基因组
近日，中国科学院华南植物园副研究员黄慧润、研究员王峥峰团队在国家自然科学基金项目的资助下，研究结合Oxford Nanopore和Hi-C测序技术成功组装并发表了紫苞芭蕉和朝天蕉的首个染色体水平基因组。相关成果在线发表于《园艺研究》（Horticulture Research）。紫苞芭蕉和朝天蕉的花
研究发现全新全基因组组装方法
十年前，Illumina基因组测序技术进入市场时，前所未有的庞大数据量淘汰了较早开发的测序分析工具。 历史总是重演。如今，第三代测序技术已经达到低成本群体测序规模的临界点。 英国时间12月9日，《自然—方法学》在线发表了第一个能够跟上基因组测序产生速度的组装算法。 这篇论文只有两位作者，
新软件按需组装无缝基因组序列
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/2/494014.shtm 科技日报北京2月16日电 （记者张梦然）美国国立卫生研究院研究人员发布了一种创新的软件工具，用于组装来自各种物种的真正完整（即无缝）的基因组序列。这种名为Verkko的软件在芬兰
《PLoS生物学》：乳齿象线粒体基因组测定完成
这的确有些不可思议。德国科学家利用一颗远古牙齿化石，成功确定了乳齿象完整的线粒体基因组，这也是迄今为止科学家得到的最古老的线粒体基因组。该研究成果有望加深科学家对于象类分化的理解。相关论文发表在的7月24日的《PLoS生物学》上。 2800万年前出现的乳齿象是现代大象的近亲，它们大约有3米高，有和猛
如何精准检测评估基因组组装质量？
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/10/510594.shtm
新篇章：单细胞基因组从头组装
随着单碱基精度和读取长度的提高，利用批量样本的单分子长读测序技术已广泛应用于基因组组装。通常，长读测序组装需要大量的DNA(通常来自数百万个细胞的几微克)，因此大多数人类基因组组装被限制在批量基因组测序数据集，而没有保持单个细胞之间潜在的遗传异质性。然而，这在许多情况下是不切实际的。相比之下，单细胞
基因组组装可缩短至几分钟？
当今，研究人员通常依赖新一代测序仪，将独特的DNA碱基序列（只有四个）翻译成字母：A，G，C和T。而DNA链长达数十亿个碱基，这些机器可产生非常短的读数，一次大约50至300个字符。为了从这些字母中提取信息，科学家们需要重建基因组的位置——这个过程类似于重建一本书中文本片段的句子和段落。 但
无缺口组装！水稻完整参考基因组发布
近日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所联合海南崖州湾实验室、中国水稻研究所、中国农科院作物科学研究所和扬州大学等多个单位发布完整的水稻参考基因组，实现了全基因组所有染色体端粒到端粒无缺口组装，为水稻育种研究提供了新的有力工具和重要大数据基础。相关研究成果发表在《分子植物》（Molecular
单分子测序改善微生物基因组组装
美国国家生物防卫分析和反制中心的研究人员近日在《Genome Biology》上发表文章，介绍了SMRT技术在微生物基因组组装上的应用。他们认为，单分子测序数据能降低测序费用，并带来更多完整的基因组，改善微生物基因组数据库的质量。 随着测序费用的不断下降，测序项目的数量也在不断上升。G
植物线粒体基因组组装新工具研发成功
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/2/494540.shtm近日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所绿色轻简超级稻遗传解析与分子育种创新团队开发出一套新型植物线粒体基因组组装工具GSAT。该工具能够快速组装图形化植物线粒体基因组，更好地评估其泛
Nature：胚胎发育早期基因组的组装特征
最新研究表明，卵母细胞受精后立即会出现DNA活性和非活性区域的分化，该现象甚至在基因被激活之前就已经出现。该研究将有助于更好地了解单个受精卵母细胞发育成由许多不同细胞类型组成的完整生物体的机制。相关结果发表在Nature杂志上。受精卵最终会发育成一个完整的，由数万亿个具有多种功能的细胞组成的有机
长读长测序技术：拯救基因组组装项目
随着高精度长读长测序技术的出现，基因组难以组装的状态正在改变。《Nature Methods》杂志上近日发表了一篇文章，介绍了基因组组装项目如何受益于这种技术。 自测序技术问世以来，利用DNA序列的片段来组装人类、动植物或微生物的基因组就一直是难题。许多参考基因组都存在缺陷，如组装错误或存在缺
中国农大玉米基因组组装取得重大突破
玉米是一种重要的作物，具有高水平的基因组多样性和杂种优势。先前发布了典型雌性系B73的基因组序列。7月30日，中国农业大学教授赖锦盛研究组在Nature Genetics在线发表研究论文，报告了相应的雄性代表系Mo17的从头基因组装配。图片源自网络 B73/Mo17是许多遗传和分子研究中最常见
中国大豆基因组公布并发现该基因组组装错误
大豆是重要的粮食经济作物，为人类提供了主要的油料和蛋白资源。大豆起源于中国，古称“菽”，约在5000年前由其野生种驯化而来，随后广泛传播于世界各地。大豆在引种和改良过程中产生了遗传瓶颈效应，使来自不同主产区的大豆品种间具有显著的遗传变异。目前，我们广泛采用的大豆参考基因组来源于美国品种“Will
基因组组装质量评价的建议指标体系发布
近日，中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所研究员王鹏联合上海应用技术大学博士王飞，提出了评价基因组组装连续性的CC ratio（contig/染色体对数比例）指标，建立了基因组组装质量评价的建议指标体系。该体系覆盖连续性、完整性、准确性、杂合性、细胞器基因组等五个方面、共十四项指标，解决了基因组
新算法TRFill解决生物基因组重复序列组装难题
近日，中国农业科学院农业基因组研究所农业基因组学技术研发与应用创新团队开发出了一种新算法——TRFill，解决了现有工具无法完全填补基因组间隙的难题，显著提升了基因组质量。相关研究成果发表在《基因组生物学》（Genome Biology）上。 动植物基因组的许多区域存在大量高度重复的DNA片段
北京生科院提出基因组重复区域组装新算法
2016年12月，国际学术期刊《核酸研究》（Nucleic Acids Research）发表了中国科学院北京生命科学研究院计算基因组学实验室赵方庆团队题为The combination of direct and paired link graphs can boost repetitive
真核基因组的组装，有纳米孔就够了
生物通报道 农业生物技术公司KeyGene近日只利用纳米孔测序仪MinION生成的序列，组装了立枯丝核菌（Rhizoctonia solani）的基因组。立枯丝核菌是一种农业害虫，感染一些重要的经济作物，包括玉米、水稻和大豆。 在BioRxiv网站的预印本上，KeyGene的Martin de
少不养腿老来受罪！养生别忘养腿
少不养腿老来受罪，腿部保养注意以下几个方面： 热水泡脚 用热水泡脚，特别是用生姜或辣椒煎水洗脚，可较快地扩张人体呼吸道黏膜的毛细血管网，加快血液循环。 适度甩腿 一侧手臂轻靠墙体，对侧的腿以胯部为轴轻轻甩动，5次后换另一条腿，早中晚三次，可以让受阻的微循环重新通畅起来。 搓揉腿肚 双手掌紧
我国科学家开发高质量基因组组装软件
11月25日，中国科学院遗传与发育生物学研究所梁承志研究组开发的高质量基因组组装软件HERA在《自然-通讯》在线发表（Nature Communications，DOI：10.1038/s41467-019-13355-3）。论文题目为Assembly of chromosome-scale c
迄今最连续的人类基因组组装完成
英国《自然·生物技术》杂志29日在线发表了一项基因组学研究成果：英国科学家团队利用一个口袋大小的纳米孔测序装置，从头组装出人类基因组，这是迄今为止最连续的人类基因组组装，而且只用了单一测序技术。这项研究同时成功地分析了过去最先进的测序方法也分析不出的人类基因组区域。 理解和解读人类基因组是现代
海洋所首次完成仿刺参基因组测序和组装
日前，我国科学家在国际上首次完成仿刺参基因组测序和组装，对刺参生物学和遗传育种研究具有重要科学意义，将对我国刺参产业发展产生重要推动作用。 该成果由中国科学院海洋研究所研究员杨红生团队和相建海团队共同完成，在天津生物芯片技术公司的技术支撑下，突破了刺参复杂基因组测序和组装技术瓶颈，采用新一代测