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7月，最新一期的冷泉港实验手册《Cold Spring Harbor Protocols》发布。按照惯例，有两篇protocol是可以免费阅读的，其中一篇介绍了如何验证蛋白-DNA相互作用的功能重要性。这篇文章节选自《真核生物的转录调控：概念、策略与技术》一书，是由美国加州大学洛杉矶分校(UCLA)的研究人员撰写的。 鉴定与感兴趣的控制区域相互作用的DNA结合蛋白已变得相当简单。然而，特定的蛋白-DNA相互作用的功能相关性还难以建立。作者介绍了一些检验这种相关性的方法。但同时强调，没有一种实验本身是结论性的。作者介绍了每种方法所获得的信息，并解释了它为什么产生了有用但不确定的结果。就所需的劳动量和获得的信息而言，每种方法差别很大。 作者写道，鉴定与控制区域相互作用的DNA结合蛋白相对简单，但要明确特定转录因子通过与确定的控制元件结合而直接调控靶基因还是一个相当困难的任务。其中涉及到鉴定重要的DNA序列元件及与......阅读全文
摘 要：随着生物分子光学标记技术的不断进步，光学技术在揭示生命活动基本规律的研究中正发挥越来越重要的作用，也为医学诊断与治疗提供了更多、更有效的手段。本报告首先简要介绍光学技术在生物医学应用中的发展概况，然后从基因表达及蛋白质—蛋白质相互作用研究方面，讨论生物分子光学技术的特点与优势，阐明基于分
摘 要：随着生物分子光学标记技术的不断进步，光学技术在揭示生命活动基本规律的研究中正发挥越来越重要的作用，也为医学诊断与治疗提供了更多、更有效的手段。本报告首先简要介绍光学技术在生物医学应用中的发展概况，然后从基因表达及蛋白质—蛋白质相互作用研究方面，讨论生物分子光学技术的特点与优势，阐明基于分
在一项新的研究中，在加拿大多伦多大学唐纳利中心的Charles Boone教授、Brenda Andrews教授和美国明尼苏达大学双城校区的Chad Myers教授的领导下，来自多个国家的研究人员在之前研究---展示了基因如何成对组合来维持细胞的健康---的基础上更进一步，首次研究了三基因组合如
摘 要：随着生物分子光学标记技术的不断进步，光学技术在揭示生命活动基本规律的研究中正发挥越来越重要的作用，也为医学诊断与治疗提供了更多、更有效的手段。本报告首先简要介绍光学技术在生物医学应用中的发展概况，然后从基因表达及蛋白质—蛋白质相互作用研究方面，讨论生物分子光学技术的特点与优势
美国《华尔街日报》网站12月23日报道称，脑肿瘤研究人员介绍说，他们新发现了一种导致正常细胞变成癌细胞的生物机制，这一研究结果既挑战目前的治疗策略，又有可能带来新的癌症治疗办法。 在《自然》周刊网站发表的研究报告中，研究人员称，异柠檬酸脱氢酶（IDH）基因突变导致DNA进入细胞核的方式发生变化
作为后基因组时代出现的新兴研究领域之一, 蛋白质组学(proteomics)正受到越来越多的关注。 蛋白质组学的研究目标是对机体或细胞的所有蛋白质进行鉴定和结构功能分析。 蛋白质组学的研究不局限任何特定的方法。 高分辨率的蛋白质分离技术如二维凝胶电泳和高效液相层析, 经典的蛋白质鉴定方法如氨
作为后基因组时代出现的新兴研究领域之一, 蛋白质组学(proteomics)正受到越来越多的关注。 蛋白质组学的研究目标是对机体或细胞的所有蛋白质进行鉴定和结构功能分析。 蛋白质组学的研究不局限任何特定的方法。 高分辨率的蛋白质分离技术如二维凝胶电泳和高效液相
近日，卡内基梅隆大学计算机科学家采用了一种深度学习方法，近年来彻底改变了人脸识别和其他基于图像的应用程序，并将其功能重定向到探索基因之间的关系。 他们说，诀窍在于将大量的基因表达数据转换成更像图像的东西。善于分析视觉图像的卷积神经网络（CNN）方案随后可以推断出哪些基因正在相互作用。 （图片
近年来，科学创新日渐进入"大数据"时代，各种高通量的分析手段以及各类"组学"的发展，使得我们对生命科学的基本原理以及与人类健康有关的疾病发生机制方面有了更加深入的认识。针对最近一段时间以来科学家们利用"大数据"的手段产生的科学进展，我们
据物理学家组织网2月3日报道，美国杜克大学研究人员模仿人体细胞内复杂的基因调控过程，在实验室造出一种人工系统，能再现多种蛋白质是怎样相互作用打开一个基因的。这种新系统能帮助那些基础研究人员，作为他们检查基因“打开”或“关闭”效果的一种工具，并为开发新的基因疗法、促进合成生物学速生研究等领域带来利
生命是“能够自我营养并独立生长和衰败的力量”，这是亚里士多德（Aristotle，公元前384—322）通过动物、植物的研究对生命的哲学概括。动物也成为古代先哲们探索生命奥秘的主要对象之一，盖伦（Galen，公元130—200）开创了动物解剖学和实验生理学，他将来源于动物的知识推广到对人体的认识
2011年11月17日，第一届蛋白质组学研讨会在中国医学科学院基础医学研究所成功召开，研讨会邀请了程书钧院士、徐平研究员等 8位国内蛋白质组学及疾病研究领域著名的学者，做了关于蛋白质组学和生物医学相关的精彩报告。学者们综述
近日，国际学术期刊《美国科学院院刊》（PNAS）在线发表了由中国科学院数学与系统科学研究院和美国斯坦福大学、清华大学等单位的科研人员合作的基因调控网络建模的研究成果，提出了利用匹配的基因表达和染色质可及性数据刻画顺式调控元件和反式调控元件相互作用的数学模型，将基因调控网络的建模研究从编码基因推进
近日，国际学术期刊《美国科学院院刊》（PNAS）在线发表了由中国科学院数学与系统科学研究院和美国斯坦福大学、清华大学等单位的科研人员合作的基因调控网络建模的研究成果，提出了利用匹配的基因表达和染色质可及性数据刻画顺式调控元件和反式调控元件相互作用的数学模型，将基因调控网络的建模研究从编码基因推进
肿瘤转移是一个复杂的过程，受到多基因的调控，也是实体瘤患者死亡的主要原因之一【1】。目前系统性理解影响肿瘤转移的基因间相互作用仍是一个挑战。相比于Cas9系统，CRISPR-Cas12a（Cpf1）不需要tracrRNA（trans-activating CRISPR RNA），可同时在多位点进
研究人员利用一项技术，为人类基因组的复杂性分析打开了大门，研究人员发现了几十种影响血压的新遗传变异。科学家们发现了新的基因区域，并通过观察吸烟行为，证实了许多已知的基因区域的作用，吸烟是影响血压的许多生活方式因素之一。 该研究由美国国家心脏，肺和血液研究所（NHLBI），国立卫生研究院的一部分
尽快阐明肿瘤细胞里协同致死作用的相关机制，以及生物大环境对协同致死作用的影响作用，这些都有助于协同致死抗癌疗法尽快向临床应用转化。 包括导致基因功能缺失在内的大部分肿瘤相关突变都不是传统小分子药物，或者抗体等生物类药物的直接作用靶点。由此可见，尽管我们对促癌相关突变的了解越来越多，可还是不
癌症能在机体远端“扎根”（癌症转移）是引发90%实体瘤患者死亡的主要原因，癌症转移是复杂遗传相互作用的结果，目前研究人员仍然很难对癌症转移进行深入研究，近日，一项刊登在国际杂志Nature Methods上的研究报告中，来自耶鲁大学的科学家们通过研究设计了一种新方法，其能帮助鉴别出癌症中最危险的
随着对多种重要生物的大规模基因组测序工作的完成，基因工程领域又迎来了一个新的时代---功能基因组时代。它的任务就是对基因组中包含的全部基因的功能加以认识。生物体系的运作与蛋白质之间的互相作用密不可分，例如：DNA合成、基因转录激活、蛋白质翻译、修饰和定位以及信息传导等重要的生物过程均涉及到蛋白质复合
记者从云南大学获悉，该校农学院胡凤益研究员及其合作团队近日成功揭示了陆稻在陆生适应性进化中的分蘖调控作用机制。《自然》子刊《自然·通讯》在线发表了这一成果。 植物株型对作物产量具有重要作用，许多禾本科作物的驯化历史都经历了共有、平行的株型变化模式，即具有分蘖减少的转变。例如，玉米、高梁、小麦、
记者从云南大学获悉，该校农学院胡凤益研究员及其合作团队近日成功揭示了陆稻在陆生适应性进化中的分蘖调控作用机制。《自然》子刊《自然·通讯》在线发表了这一成果。 植物株型对作物产量具有重要作用，许多禾本科作物的驯化历史都经历了共有、平行的株型变化模式，即具有分蘖减少的转变。例如，玉米、高梁、小麦、
1月9日，美国哥伦比亚大学科研人员在Nature上发表了题为“LHX2 -and LDB1-mediated trans interactions regulate olfactory receptor choice”的文章，发现在小鼠嗅觉感觉神经元中（olfactory sensory neu
酵母双杂交系统酵母双杂交系统是在真核模式生物酵母中进行的，研究活细胞内蛋白质相互作用，对蛋白质之间微弱的、瞬间的作用也能够通过报告基因的表达产物敏感地检测得到，它是一种具有很高灵敏度的研究蛋白质之间关系的技术。大量的研究文献表明，酵母双杂交技术既可以用来研究哺乳动物基因组编码的蛋白质之间的互作，也可
利用蛋白-蛋白相互作用数据重建的与进食障碍核心基因相关的蛋白相互作用子网络 (53个进食障碍相关的核心基因编码的蛋白用橙色表示。25个桥连基因编码的蛋白用蓝色表示, 用来连接53个核心蛋白) 结合“脂肪细胞因子信号通路”和“内脏脂肪沉着和代谢综合征”两个通路获得与进食障碍相关的体重调控
基因决定论的时代象征 DNA是我们这个时代的象征。它传达出一种强大的理念，那就是人类个体可以科学地还原成一份明确而具有决定性的编码。我们随处都能听到这种理念：宾利汽车公司招聘员工时说：“努力工作的精神就在我们的DNA中。”足球运动员大卫 •贝克汉姆说：“足球就在英国的DNA中。”而旧金
一项针对多种拟南芥的基因研究表明，环境因素对物种遗传多样性和基因组的影响比之前人们预期的更大。相关论文发表在7月20日的《科学》杂志上。 除了实验室中科学家的“最爱”，世界各地还分布着多种野生拟南芥。它们的生长速度、叶子颜色以及发枝方式都是不同的。在最新的研究中，由德国马普发育生物学研究所
活体动物体内光学成像(Optical in vivo Imaging)主要采用生物发光（bioluminescence）与荧光（fluorescence）两种技术。生物发光是用荧光素酶(Luciferase)基因标记细胞或DNA，而荧光技术则采用荧光报告基团（GFP、RFP, Cyt及dyes等）进
图1 TAP亲和层析纯化原理[14] 注：A:标签中的ProteinA 与固化的IgG 结合缓冲液淋洗去除不能结合的杂蛋白，TEV 酶切分离ProteinA &nbs
白血病是发达国家癌症死亡的主要原因。国内外一直努力寻找用于白血病诊断的分子生物标志物，但由于白血病的异质性和复杂性，它的发生发展涉及多个分子组分之间的相互作用。因此，目前普遍使用的单个分子标志物具有一定的局限性。网络生物标志物被认为在疾病表征中优于个体分子。 日前来自苏州大学系统生物学研究中心
个体化医疗正越来越受到临床医学界的重视，而生物标志物是实施个体化医疗的基础。生物标志物(Biomarker)是近年来随着免疫学、分子生物学和基因组学技术的发展而提出的一类与细胞生长、增殖、疾病发生等有关的标志物；能反映正常生理过程或病理过程或对治疗干预的药物反应，在早期诊断、疾病预防、药物靶点确