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斯坦福大学的研究人员首次将一种新测序技术用于人类肠道微生物组，揭示了惊人的细菌多样性。这项研究发表在十二月十四日的Nature Biotechnology杂志上。 “这些细菌在遗传学上比我们想象的更加多样化，”文章资深作者Michael Snyder教授说。人类个体之间只有千分之一的基因组序列有差异，而同种细菌的不同个体居然有四分之一的序列存在差异。这样的复杂性非常惊人，我们此前完全没有想到，他说。 过去研究者们只能研究实验室培养的细菌，但大多数细菌其实无法在传统培养基上生长。结果人们一直没能充分认识人类肠道甚至整个世界的细菌多样性。诞生于上世纪90年代的宏基因组学为人们打开了一扇新的大门，揭示了像热带雨林一样多样性丰富的细菌世界。宏基因组学不经过培养阶段，直接提取环境中总DNA进行研究和分析。随着高通量测序技术不断更新换代，宏基因组学得到了快速的发展。然而由于技术限制，宏基因组测序给出的信息还比较模糊。 人 类消化道......阅读全文
细胞是生物学的基本单位，近年来研究人员正努力地尝试将它们进行单个分离、研究和比较。而应用而生的就是单细胞测序技术，该技术是指DNA研究中涉及测序单细胞微生物相对简单的基因组，更大更复杂的人类细胞基因组。而随着测序成本的大幅度下降，破译来自单细胞的30亿碱基的基因组并对逐个细胞进行序列比较已经开始
1.1.3.2 模板制备程序完全的体外大规模模板制备工作是达成高通量、低价格测序技术的前提。已广泛使用的乳液PCR扩增技术就是一种很好的方法。不过，由于很难在热循环测序反应中保证乳液微滴的稳定性，因此最开始实验的模板扩增方法是恒温扩增法（isothermal）。乳液PCR不需要借助细菌的帮助就能扩增
宏基因组学技术(Metagenomic approaches)正快速拓宽我们对微生物代谢能力(microbial metabolic potential)的认识。 长期以来，对微生物(microorganism)功能开展的研究主要依赖的都是以在实验室里培养的单一物种(individua
文章导读 感染性疾病是当今世界严重威胁人类健康的重大疾病。目前，全球感染性疾病的发病率有所上升，病原体呈现多样化和复杂化的发展趋势。近年来快速发展的NGS技术因其不依赖于已知核酸序列，无需特殊探针设计，可直接对未知病原微生物进行检测，打破了传统微生物检验的局限性，在临床微生物领域展现了广阔的前景。
2012年11月29日至12月1日，为期三天的第七届国际基因组学大会暨2012年亚太区生物信息学峰会在香港九龙成功召开。本次会议由华大基因主办，《GigaScience》杂志协办。来自全球300多名专家学者云集香港，共同探讨了基因组学、生物信息学、云计算、生物伦理等研究领域内的最新进展，并深入探
2012年11月29日至12月1日，为期三天的第七届国际基因组学大会暨2012年亚太区生物信息学峰会在香港九龙成功召开。本次会议由华大基因主办，《GigaScience》杂志协办。来自全球300多名专家学者云集香港，共同探讨了基因组学、生物信息学、云计算、生物伦理等研究领域内的最新进展，并深入探
在陆地生态系统中，在土壤中生活有数量庞大的微生物种群，包括原核微生物如细菌、蓝细菌、放线菌及超显微结构微生物, 以及真核生物如真菌、藻类( 蓝藻除外) 、地衣等。它们与植物和动物有着明确的分工，主要扮演“分解者”的角色，几乎参与土壤中一切生物和生物化学反应，担负着地球C、N、P、S 等物质循环
在陆地生态系统中，在土壤中生活有数量庞大的微生物种群，包括原核微生物如细菌、蓝细菌、放线菌及超显微结构微生物, 以及真核生物如真菌、藻类( 蓝藻除外) 、地衣等。它们与植物和动物有着明确的分工，主要扮演“分解者”的角色，几乎参与土壤中一切生物和生物化学反应，担负着地球C、N、P、S 等物质循环的
George Church：分子技术专家，DNA研究领域的领军人物，哈佛大学遗传学教授，哈佛医学院基因组研究中心主任。他于1985年参与到人类基因组计划，也是这个计划的负责人。他发明的新方法开创了个人基因组研究的时代。基于他发明的直接基因组测序的方法，自动测序软件被成功开发，并在1994年第一次
还记得CRISPR-Cas9基因组编辑技术，cryo-EM，甚至高通量测序技术未出现之前，我们是怎样进行研究的吗？其实大家不用回忆太久，因为这不是很久以前的事。在过去几年间，生物学研究技术进步步伐快的让人难以置信。 Cell出版社旗下Molecular Cell杂志推出了技术特刊，介绍了新技术
在人体肠道中生活着数以万亿的共生菌群，它们的种类繁多，可达上千种，数量也很惊人，是人体细胞总量的10倍以上，迄今为止，仍有80%以上的微生物不为人知。这些肠道微生物和人体存在着互利共生的关系，对于维持人类的健康发挥着重要的作用。它们在肠道中保持着一种动态的平衡，能够合成维生素、帮助人体从食物中吸收
背景 《美国医学会杂志》(JAMA)近期刊发了一篇题为《利用不需培养的宏基因组学测序技术研究产志贺毒素大肠杆菌O104∶H4暴发株》的研究论文，引起了学界和社会的广泛关注。这篇论文中应用了一种称为“宏基因组学”的技术方法，不通过培养，直接从病人样品中检测分析其携带的病原微生物，甚至可以
16SrRNA基因测序和宏基因组测序是现在微生物检验中的两大新型武器，它们在微生物研究中共同发挥着极大的作用，都是研究微生物的重要方法。但是二者又有什么不同呢?接下来将做一个简单说明。 定义 16SrRNA基因测序：就是指从微生物样本中提取16SrRNA的基因片段，通过克隆、测序或酶
二、肠道菌群与疾病发生之间的关联1. Gut Microbiota in Human Adults with Type 2 Diabetes Differs from Non-Diabetic Adults——2010《PLoS One》以往文献报道肠道菌群与人类代谢疾病之间存在着某种关
聚球藻属蓝细菌（cyanobacteria Synechococcus）生活在美国黄石国家公园的温泉中。日前，斯坦福大学的科学家们对这种细菌的天然种群进行了大规模测序，分析了其中的遗传多样性，揭示了这种多样性的形成机制。 研究人员发现，这些细菌存在高水平的遗产物质分享和交换，就像一个流动的基因
二、高通量测序在土壤微生物研究中的应用 1.1 研究土壤微生物的物种多样性 微生物物种多样性主要从对微生物类群即细菌、真菌和放线菌这三大类群的数量及其比例组成来描述微生物多样性，或者按照微生物在生态系统中的作用将其划分成不同的功能群(function group)，通过某
科学通报，中国科学C辑:生命科学，这两份期刊均是由中国科学院和国家自然科学基金委员会共同主办的，我国学术期刊中的知名品牌，被国内外各主要检索系统收录，如国内的《中国科学论文与引文数据库》(CSTPCD)、《中国科学引文数据库》(CSCD)等；美国的SCI、CA、EI，英国的SA，日本的《科技文献
历史上，人类很久以前就会利用真菌做面包和啤酒了，然而我们对居住在自己身体上的真菌却并十分不了解。 现在，美国国立卫生研究院(NIH)的研究人员，首次解析了人类皮肤上的真菌多样性。他们对健康人不同皮肤部位的真菌 DNA 进行了测序，明确了皮肤上正常真菌群落的构成，为研究真菌类皮肤病打下了
1月23日，国际学术期刊《自然-通讯》（Nature Communications）在线发表了中国科学院北京生命科学研究院计算基因组学实验室赵方庆团队题为MetaSort untangles metagenome assembly by reducing microbial community
母乳是婴儿最健康、理想的营养来源, 也是人类进化和文明最重要的特征之一. 最新的宏基因组学研究表明母乳含有高达数百种细菌, 而且包括一些常见的病原菌. 母乳微生物菌群是人类与微生物协同进化相互适应的产物, 而“微生物群落-宿主”生态系统的动态平衡则应是保持健康母乳的基础. 然而, 迄今为止, 从
上海交通大学附属第六人民医院转化医学中心贾伟教授团队目前在肠道菌群代谢物检测方面工作取得了新进展，开发了一种基于气相色谱-飞行时间质谱联用技术（GC-TOF/MS）的高通量绝对定量检测150种重要肠道菌群代谢物的微生物代谢组学分析方法，能够在15分钟内实现对血清、尿液、粪便或者细菌（如大肠杆菌）
上海交通大学附属第六人民医院转化医学中心贾伟教授团队目前在肠道菌群代谢物检测方面工作取得了新进展，开发了一种基于气相色谱-飞行时间质谱联用技术（GC-TOF/MS）的高通量绝对定量检测150种重要肠道菌群代谢物的微生物代谢组学分析方法，能够在15分钟内实现对血清、尿液、粪便或者细菌（如大肠杆菌）
上海交通大学附属第六人民医院转化医学中心贾伟教授团队目前在肠道菌群代谢物检测方面工作取得了新进展，开发了一种基于气相色谱-飞行时间质谱联用技术（GC-TOF/MS）的高通量绝对定量检测150种重要肠道菌群代谢物的微生物代谢组学分析方法，能够在15分钟内实现对血清、尿液、粪便或者细菌（如大肠杆菌）等样
在自然界中存在大量丰富的微生物资源，但目前被人们所培养利用的仅仅占1%～10%，还有大量的微生物没有被人们所了解和利用。随着基因组学在生物技术领域的不断发展，微生物基因组学的研究凭借基因组研究(TIGR)所利用鸟枪法成功地对流感嗜血菌(Haem ophilus influenzae)的全基因组序
在自然界中存在大量丰富的微生物资源，但目前被人们所培养利用的仅仅占1%～10%，还有大量的微生物没有被人们所了解和利用。随着基因组学在生物技术领域的不断发展，微生物基因组学的研究凭借基因组研究(TIGR)所利用鸟枪法成功地对流感嗜血菌(Haem ophilus influenza
土壤细菌群落占据土壤微生物群落的组成和多样性的重要部分，同时包括也执行生态系统的生物化学循环、能量流动、污染物降解等功能。一般认为，微生物多样性格局主要受到环境因子调控，比如气候条件、地形地貌、土壤质地和植被类型，但是由于环境异质性的原因没有得到一致性的结论。三峡地区次生草地多为破碎化的生境，具
据《自然》杂志网站7月14日(北京时间7月15日)报道，天文学家们认为，宇宙总物质量的23%由弥漫于其间且肉眼看不见的“暗物质”组成;现在，美国科学家进行了微生物“暗物质”研究，他们用单细胞DNA测序技术对多种微生物的基因组进行测序后发现，微生物远比我们所知道的要丰富多样，研究同时揭示了不同物种
随着高精度长读长测序技术的出现，基因组难以组装的状态正在改变。《Nature Methods》杂志上近日发表了一篇文章，介绍了基因组组装项目如何受益于这种技术。 自测序技术问世以来，利用DNA序列的片段来组装人类、动植物或微生物的基因组就一直是难题。许多参考基因组都存在缺陷，如组装错误或存在缺
在过去十年左右，研究人员已花费几十亿美元对栖息于不同地点（如人体、土壤和海洋）中的微生物进行分门别类。对这些不同的微生物组，我们所知的大多数信息都是通过日益复杂的下一代测序技术获得的。比如，科学家们通常对编码16S rRNA---细菌核糖体小亚基中的一种组分---的基因进行高通量测序来测量样品中
3.2 dPCR在转基因植物检测方面的研究 转基因植物及相关食品的定量分析主要测定转入基因的相对含量。目前常用qPCR作为核酸定量方法。dPCR可以不需要校准物而准确测量低拷贝的DNA分子。Corbisier 等用dPCR分析了提取于MON810玉米种子的外源检测基因和hmg基因的拷贝数，