Nature子刊：新测序技术揭示细菌多样性
斯坦福大学的研究人员首次将一种新测序技术用于人类肠道微生物组，揭示了惊人的细菌多样性。这项研究发表在十二月十四日的Nature Biotechnology杂志上。 “这些细菌在遗传学上比我们想象的更加多样化，”文章资深作者Michael Snyder教授说。人类个体之间只有千分之一的基因组序列有差异，而同种细菌的不同个体居然有四分之一的序列存在差异。这样的复杂性非常惊人，我们此前完全没有想到，他说。 过去研究者们只能研究实验室培养的细菌，但大多数细菌其实无法在传统培养基上生长。结果人们一直没能充分认识人类肠道甚至整个世界的细菌多样性。诞生于上世纪90年代的宏基因组学为人们打开了一扇新的大门，揭示了像热带雨林一样多样性丰富的细菌世界。宏基因组学不经过培养阶段，直接提取环境中总DNA进行研究和分析。随着高通量测序技术不断更新换代，宏基因组学得到了快速的发展。然而由于技术限制，宏基因组测序给出的信息还比较模糊。 人 类消化道......阅读全文
Nature子刊：新测序技术揭示细菌多样性
斯坦福大学的研究人员首次将一种新测序技术用于人类肠道微生物组，揭示了惊人的细菌多样性。这项研究发表在十二月十四日的Nature Biotechnology杂志上。 “这些细菌在遗传学上比我们想象的更加多样化，”文章资深作者Michael Snyder教授说。人类个体之间只有千分之一的基因组序列
Nature公布新兴测序技术绘制的人类组织RNA多样性
由纽约基因组中心和布罗德研究所的科学家完成了一项对人类组织中RNA多样性的研究，最近发表在Nature杂志上。当遗传密码转录成RNA时，一个基因通常会产生几种不同形式的RNA分子，或具有不同功能的转录本。虽然这一现象几十年来一直为人所知，但人类转录本的目录仍然不完整。“我们配备了最新的测序技术，能够
转双价棉对土壤细菌多样性的影响之DGGE克隆测序分析
将条带a、b[图1.14(i)]和条带c[图1. 14(ii)]进行克隆测序后，将测序结果与GenBank数据库序列进行比对，每条带的近缘菌见表1.11。条带a属于a变形菌纲(Alphaproteobacteria)苍白杆菌属(Ochrobactrum)、条带b是未经培养的细菌、条带c属于a
高通量测序技术在肠道菌群多样性研究中的应用
近年来, 新兴的生物技术, 主要包括基因工程、生物工程、发酵工程和酶工程。利用生物技术, 可以通过生物遗传基因的重组,开发出新的优良品种和新的物种； 可以通过新陈代谢作用, 生产出许多有用的新有机物质； 可以通过酶促反应, 大大改善许多现有生产工艺的条件和效率。由于造纸工业的基本原料是生物体(
高通量测序技术在肠道菌群多样性研究中的应用
在人体肠道中生活着数以万亿的共生菌群，它们的种类繁多，可达上千种，数量也很惊人，是人体细胞总量的10倍以上，迄今为止，仍有80%以上的微生物不为人知。这些肠道微生物和人体存在着互利共生的关系，对于维持人类的健康发挥着重要的作用。它们在肠道中保持着一种动态的平衡，能够合成维生素、帮助人体从食物中吸收
深度测序揭示人类多样性起源
在书写被发明很久之前，当最早的人类穿越非洲迁徙到欧洲时，他们并没有为自己的旅行记下一本账。然而他们的故事却已被牢牢地铭记，至少在某种程度上以另外一种形式：他们后代的脱氧核糖核酸(DNA)。对现存3个非洲狩猎部落进行的一项史无前例的DNA筛查如今填补了这个史前故事的一部分章节。这些发现暗示了新疾病
DNA测序抑制超级细菌传播
超级细菌的暴发困扰着英国剑桥市新生儿特殊护理病房的医护人员。在基因测序的帮助下，去年以来持续数月的困境终于结束了。刊登在近期出版的《柳叶刀―传染病》上的一份研究报告称，科学家首次测序了病原体基因，以便积极控制进行中的超级细菌暴发。 英国剑桥大学的临床微生物学家Sharon Peacoc
高通量测序技术在肠道菌群多样性研究中的应用（三）
一、饮食、能量摄取、肥胖与肠道菌群之间的关系：1. A core gut microbiome in obese and lean twins——2009《Nature》——if 36.102. An obesity-associated gut microbiome with increase
高通量测序技术在肠道菌群多样性研究中的应用（二）
二、肠道菌群与疾病发生之间的关联1. Gut Microbiota in Human Adults with Type 2 Diabetes Differs from Non-Diabetic Adults——2010《PLoS One》以往文献报道肠道菌群与人类代谢疾病之间存在着某种关联，为了研
高通量测序技术在破译亚热带森林生物多样性维持“密码..
高通量测序技术在破译亚热带森林生物多样性维持“密码”的应用森林生物多样性有着怎样的维持机制？来自中国科学院植物研究所的马克平研究团队首次结合亚热带森林幼苗更新动态监测数据、高通量测序技术和邻居效应模型，揭示了不同功能型土壤真菌驱动亚热带森林群落多样性的作用方式，提出了外生菌根真菌与病原真菌互作过程影
高通量测序技术在肠道菌群多样性研究中的应用（一）
在人体肠道中生活着数以万亿的共生菌群，它们的种类繁多，可达上千种，数量也很惊人，是人体细胞总量的10倍以上，迄今为止，仍有80%以上的微生物不为人知。这些肠道微生物和人体存在着互利共生的关系，对于维持人类的健康发挥着重要的作用。它们在肠道中保持着一种动态的平衡，能够合成维生素、帮助人体从食物中吸收营
DNA测序的测序技术
高通量测序技术（High-throughput sequencing）又称“下一代”测序技术（Next-generation sequencing technology），以能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志。根据发展历史、影响力、测序原理和技术不同等，主要有以
DNA测序技术的测序原理
化学修饰法测序原理化学试剂处理末段DNA片段，造成碱基的特异性切割，产生一组具有各种不同长度的DNA链的反应混合物，经凝胶电泳分离。化学切割反应：包括碱基的修饰，修饰的碱基从其糖环上转移出去在失去碱基的糖环处DNA断裂。Sanger法测序的原理就是利用一种DNA聚合酶来延伸结合在待定序列模板上的引物
DNA测序技术的测序规律
生成互相独立的若干组带放射性标记的寡核苷酸，每组寡核苷酸都有固定的起点，但却随机终止于特定的一种或者多种残基上。由于DNA上的每一个碱基出现在可变终止端的机会均等，因此上述每一组产物都是一些寡核苷酸混合物，这些寡核苷酸的长度由某一种特定碱基在原DNA全片段上的位置所决定。在可以区分长度仅差一个核苷酸
深度测序揭示埃博拉病毒何以产生多样性
最近，研究人员发现，RNA编辑会导致埃博拉病毒的mRNA多样性，但是这对病毒来说意味着什么呢？了解更多…… 来自西奈山伊坎医学院、加尔维斯顿国家实验室和J. Craig Venter研究所的研究人员发现，线状病毒——包括埃博拉病毒和马尔堡病毒，在感染期间，会产生比以前预计的范围更广的基因产物。
DNA测序技术
目前还有一种基于半导体芯片的新一代革命性测序技术——Ion Torrent。该技术使用了一种布满小孔的高密度半导体芯片， 一个小孔就是一个测序反应池。当DNA聚合酶把核苷酸聚合到延伸中的DNA链上时，会释放出一个氢离子，反应池中的PH发生改变，位于池下的离子感受器感受到H+离子信号，H+离子信号再直
DNA测序技术的测序的规律
生成互相独立的若干组带放射性标记的寡核苷酸，每组寡核苷酸都有固定的起点，但却随机终止于特定的一种或者多种残基上。由于DNA上的每一个碱基出现在可变终止端的机会均等，因此上述每一组产物都是一些寡核苷酸混合物，这些寡核苷酸的长度由某一种特定碱基在原DNA全片段上的位置所决定。在可以区分长度仅差一个核苷酸
测序技术及测序仪器的比较
自sanger测序技术发明以来，经人类基因组计划的促进，测序技术有了跨越式的发展，以实验方法与实验仪器的改进为标志,测序技术经历了三代的发展，同时测序技术向着高通量测序，单分子测序，低价格测序的方向发展，目前测序技术已成为分子生物学实验中的重要的实验手段。本文主要简单回溯了测序技术的发展历史，介绍了
深度测序发现细菌中存在大量msRNAs
具有调控作用的非编码小分子RNA，调控基因的表达，而microRNAs在真核生物中恰恰提供了一个最好的例子。然而，与真核生物microRNAs相同大小的细菌小RNAs却鲜被关注。近日，韩国庆北国立大学的研究人员，对细菌中的msRNAs(microRNA-size, small RNAs)进行
运动改善健康，或与增加肠道细菌多样性有关
细菌这个词，通常与感染和疾病划等号，其实这对于细菌来说有点不公平。 有研究表明，我们体内的细菌数量与人体细胞数量一样多，甚至还要更多。这也就意味着它们在我们的生理活动中发挥着重要作用。事实上，越来越多的证据表明，肠道微生物群的多样性（不同物种的数量和这些物种种群的均匀度）与一个人的健康密切有关
人类肚脐生物多样性：含有67种不同细菌
你想过这里居住着什么生物吗？研究发现的大部分微生物种类都属于微球菌属（Micrococcus），为放线菌的种类 北京时间11月13日消息，科学家已经知道我们肚脐里最常见的细菌种类，但不同人的肚脐里细菌种类是否相同？是什么在影响细菌种类的变化？这些都是北卡罗来纳州立大学的罗布·邓恩博
高通量测序技术——第二代测序技术
高通量测序技术是对传统测序一次革命性的改变，一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定，因此在有些文献中称其为下一代测序技术(next generation sequencing)足见其划时代的改变，同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能，所以又被称为深度测序(de
细菌培养技术
给细菌提供适宜的条件，细菌即可以生长繁殖，形成具有一定特征的培养物，学习细菌培养技术可以纯化细菌，了解细菌的生长特征，并能进一步检测细菌生化反应、变异性，制备细菌抗原 ，深入进行分子生物学工作等。了解细菌的培养特征也有助于鉴别细菌。 细菌 培养基的制备 培养基是用人工方法将适合细菌生长繁殖的
测序牛人发布蛋白单分子测序技术
人类生命的蓝图是三十亿碱基对组成的人类基因组。而DNA编码的蛋白质是几乎所有生命过程的主要执行者。 现在，美国亚利桑纳州立大学Biodesign研究所的Stuart Lindsay及其同事，在纳米孔DNA测序技术的基础上，开发了能够精确鉴定氨基酸的蛋白单分子测序技术。这一技术不仅可以用
DNA测序技术自动测序法介绍
自动测序法基因分析仪(即DNA测序仪)，采用毛细管电泳技术取代传统的聚丙烯酰胺平板电泳，应用该公司ZL的四色荧光染料标记的ddNTP(标记终止物法)，因此通过单引物PCR测序反应，生成的PCR产物则是相差1个碱基的3'末端为4种不同荧光染料的单链DNA混合物，使得四种荧光染料的测序PCR产物
DNA测序技术的测序反应的介绍
1. 对于每组测序反应，标记四个0.5ml eppendorf管(G、A、T、C)。每管加入2ml适当的d/ddNTP混合物(d/ddNTP Mix)。各加入1滴(约20ml)矿物油，盖上盖子保存于冰上或4℃备用。 2. 对于每组四个测序反应,在一个eppendorf管中混合以下试剂： （1
DNA测序技术的技术原理
化学修饰法测序原理化学试剂处理末段DNA片段，造成碱基的特异性切割，产生一组具有各种不同长度的DNA链的反应混合物，经凝胶电泳分离。化学切割反应：包括碱基的修饰，修饰的碱基从其糖环上转移出去在失去碱基的糖环处DNA断裂。Sanger法测序的原理就是利用一种DNA聚合酶来延伸结合在待定序列模板上的引物
高通量测序技术
没有测序的癌症诊断是不完整的，完整的癌症诊断应该包括一系列基于细胞遗传学技术、荧光原位杂交技术、标准分子技术以及NGS的预后与预测性分析。对于早期癌症患者来说，NGS序列分析在多种癌症的筛查技术中具有不容忽视的代表性;而对于晚期癌症患者，大量的侵入性测试往往只能筛查出少数几个药物靶点。 随
关注前沿测序技术
而在蛋白质测序方面，《The Scientists》杂志回顾了一下研究进展，文中提到，上个世纪70年代的生化学家在钻研细胞信号传递、循环和粘附的蛋白化学特征时遇到两个难题：高精度纯化蛋白和提纯低分子量蛋白。 比如，在人类破译干扰素结构之前的20多年中，很难对其进行纯化；血管紧缩素II（angi
基因测序技术原理
基因测序技术能锁定个人病变基因，提前预防和治疗。[2] 自上世纪90年代初，学界开始涉足“人类基因组计划”。而传统的测序方式是利用光学测序技术。用不同颜色的荧光标记四种不同的碱基，然后用激光光源去捕捉荧光信号从而获得待测基因的序列信息。[2] 虽然这种方法检测可靠，但是价格不菲也是有目共睹的，一台仪