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计算生物学所量化生物学平台正式投入运行

近日,中科院上海生命科学研究院计算生物学研究所量化生物学平台(Omics Core)正式投入运行。平台配备有Illumina HiSeq 2000测序系统和相关仪器设备,该测序系统将文库DNA/cDNA片段附着到特殊处理的光学透明玻璃表面(即Flow cell),并采用可逆终止法边合成边测序,每张Flow cell每次运行最多可得到读长为2×100bp的300G数据通量,即可对单一人类基因组样品进行约100倍的覆盖度测序。 量化生物学平台旨在提供优质的高通量测序服务,获取海量的原创生物数据,构建一个完整的从实验数据产生到计算处理的流程,成为计算生物学研究所所内技术支撑和孵化基地,促进本所在计算生物学领域的创新发展;同时也期望为生科院和其他兄弟研究单位提供优质高通量测序服务。 量化生物学平台目前拥有一名博士和两名硕士研究人员,主要提供核酸测序文库样品制备,并对多种基因组、宏基因组、转录组、外显子、小R......阅读全文

“计算生物学与生物信息学术研讨会”在基因组所召开

  随着生命科学研究及基因测序等相关技术的飞速发展,计算生物学的重要性和复杂性在当前生物学数据量的不断增长中日益显现,并逐渐成为现代生物学研究的核心方法之一。为了推动国内相关研究单位间计算生物学和生物数据库等领域的交流与合作,10月27日至28日,中科院北京基因组研究所召集国内外众多

计算生物学所量化生物学平台正式投入运行

  近日,中科院上海生命科学研究院计算生物学研究所量化生物学平台(Omics Core)正式投入运行。平台配备有Illumina HiSeq 2000测序系统和相关仪器设备,该测序系统将文库DNA/cDNA片段附着到特殊处理的光学透明玻璃表面(即Flow cell),并采用可逆终止法边

生物学术语基因组扫描的概念

中文名称基因组扫描英文名称genome scanning定  义从全基因组的遗传标记中寻找与特定性状或基因紧密连锁的标记,并在染色体上定位相关基因的方法。应用学科遗传学(一级学科),基因组学(二级学科)

生物学术语基因组当量的概念

基因组当量是基因组文库容量的度量单位。基因组文库容量的度量单位,指文库中所有载体的插入片段总长度相当于基因组的总长度。

《基因组生物学》:一种超级细菌的基因组测序完成

最近,英国桑格研究所(Wellcome Trust Sanger Institute)和布里斯托尔大学的研究者们共同完成了一种名为Steno的超级细菌的基因测序工作,研究结果显示,这是一种具有显著抗药性的生物体。对这种细菌基因组的了解将有助于研究者们发现如何应对这种具有独特抗药性的生物体。这一研究论

推进后基因组时代物理生物学探索

  5月7日~8日,科学与技术前沿论坛在中科院学术会堂召开,此次论坛的主题为“后基因组时代的物理生物学”。欧阳钟灿、郝柏林、陈润生、欧阳颀等多名来自全国各大高校和科研院所的院士和学者出席了此次论坛,并发表了主题演讲。   本次论坛召集人中科院院士杨玉良表示,上世纪末以来,生命科学获得了飞速发展,

于军:从基因组生物学到精准医学

  今年是“人类基因组计划”宣布完成10周年。选择2003年结束这个计划是为了纪念美国沃森和英国克里克两位生物学家发现DNA双螺旋结构50周年,而沃森博士正是这个宏大计划早期的实际推动者之一。   科学界往往以重要人物和他们的重要科学发现及技术发明为里程碑。基因组学应属于分子生物学范畴,其学科的真

于军:从基因组生物学到精准医学

  今年是“人类基因组计划”宣布完成10周年。选择2003年结束这个计划是为了纪念美国沃森和英国克里克两位生物学家发现DNA双螺旋结构50周年,而沃森博士正是这个宏大计划早期的实际推动者之一。   科学界往往以重要人物和他们的重要科学发现及技术发明为里程碑。基因组学应属于分子生物学范畴,其学科的真

计算机”课程“识别基因组调控区域

  来自约翰霍普金斯大学的研究人员成功教会了计算机如何去识别用以调控基因活性的DNA序列的共同点,并利用这些共同点预测基因组中的其它调控区域,这种新工具能帮助科学家们更好地了解疾病风险和细胞发育。这些研究成果公布在Genome Research杂志是两篇论文中。   “我们的目的是分析调控信息

PNAS打开基因组生物学的黑盒子

  最近,美国佛罗里达州立大学、贝勒医学院和哈佛大学-麻省理工学院Broad研究所的科学家们,开辟了人类遗传学中一个鲜为人知的领域。相关研究结果发表在7月18日的《PNAS》杂志。   在这项研究中,研究人员表明,一条不活跃的X染色体上的一段不寻常的DNA重复序列,实际上对于这种女性特有的遗传现