计算生物学所量化生物学平台正式投入运行
近日，中科院上海生命科学研究院计算生物学研究所量化生物学平台（Omics Core）正式投入运行。平台配备有Illumina HiSeq 2000测序系统和相关仪器设备，该测序系统将文库DNA/cDNA片段附着到特殊处理的光学透明玻璃表面（即Flow cell），并采用可逆终止法边合成边测序，每张Flow cell每次运行最多可得到读长为2×100bp的300G数据通量，即可对单一人类基因组样品进行约100倍的覆盖度测序。 量化生物学平台旨在提供优质的高通量测序服务，获取海量的原创生物数据，构建一个完整的从实验数据产生到计算处理的流程，成为计算生物学研究所所内技术支撑和孵化基地，促进本所在计算生物学领域的创新发展；同时也期望为生科院和其他兄弟研究单位提供优质高通量测序服务。 量化生物学平台目前拥有一名博士和两名硕士研究人员，主要提供核酸测序文库样品制备，并对多种基因组、宏基因组、转录组、外显子、小R......阅读全文
“计算生物学与生物信息学术研讨会”在基因组所召开
随着生命科学研究及基因测序等相关技术的飞速发展，计算生物学的重要性和复杂性在当前生物学数据量的不断增长中日益显现，并逐渐成为现代生物学研究的核心方法之一。为了推动国内相关研究单位间计算生物学和生物数据库等领域的交流与合作，10月27日至28日，中科院北京基因组研究所召集国内外众多
计算生物学所量化生物学平台正式投入运行
近日，中科院上海生命科学研究院计算生物学研究所量化生物学平台（Omics Core）正式投入运行。平台配备有Illumina HiSeq 2000测序系统和相关仪器设备，该测序系统将文库DNA/cDNA片段附着到特殊处理的光学透明玻璃表面（即Flow cell），并采用可逆终止法边
生物学术语基因组当量的概念
基因组当量是基因组文库容量的度量单位。基因组文库容量的度量单位，指文库中所有载体的插入片段总长度相当于基因组的总长度。
生物学术语基因组扫描的概念
中文名称基因组扫描英文名称genome scanning定 义从全基因组的遗传标记中寻找与特定性状或基因紧密连锁的标记，并在染色体上定位相关基因的方法。应用学科遗传学（一级学科），基因组学（二级学科）
推进后基因组时代物理生物学探索
5月7日~8日，科学与技术前沿论坛在中科院学术会堂召开，此次论坛的主题为“后基因组时代的物理生物学”。欧阳钟灿、郝柏林、陈润生、欧阳颀等多名来自全国各大高校和科研院所的院士和学者出席了此次论坛，并发表了主题演讲。 本次论坛召集人中科院院士杨玉良表示，上世纪末以来，生命科学获得了飞速发展，积累了
于军：从基因组生物学到精准医学
今年是“人类基因组计划”宣布完成10周年。选择2003年结束这个计划是为了纪念美国沃森和英国克里克两位生物学家发现DNA双螺旋结构50周年，而沃森博士正是这个宏大计划早期的实际推动者之一。 科学界往往以重要人物和他们的重要科学发现及技术发明为里程碑。基因组学应属于分子生物学范畴，其学科的真
于军：从基因组生物学到精准医学
今年是“人类基因组计划”宣布完成10周年。选择2003年结束这个计划是为了纪念美国沃森和英国克里克两位生物学家发现DNA双螺旋结构50周年，而沃森博士正是这个宏大计划早期的实际推动者之一。 科学界往往以重要人物和他们的重要科学发现及技术发明为里程碑。基因组学应属于分子生物学范畴，其学科的真
《基因组生物学》：一种超级细菌的基因组测序完成
最近，英国桑格研究所（Wellcome Trust Sanger Institute）和布里斯托尔大学的研究者们共同完成了一种名为Steno的超级细菌的基因测序工作，研究结果显示，这是一种具有显著抗药性的生物体。对这种细菌基因组的了解将有助于研究者们发现如何应对这种具有独特抗药性的生物体。这一研究论
计算机”课程“识别基因组调控区域
来自约翰霍普金斯大学的研究人员成功教会了计算机如何去识别用以调控基因活性的DNA序列的共同点，并利用这些共同点预测基因组中的其它调控区域，这种新工具能帮助科学家们更好地了解疾病风险和细胞发育。这些研究成果公布在Genome Research杂志是两篇论文中。 “我们的目的是分析调控信息
许锦波当选国际计算生物学学会Fellow
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/6/503301.shtm近日，国际计算生物学学会（ISCB）发布消息，计算生物学家、清华大学智能产业研究院卓越访问教授许锦波当选ISCB Fellow，当选理由为“通过开创全新计算方式及软件程序，为蛋白质结构
PNAS打开基因组生物学的黑盒子
最近，美国佛罗里达州立大学、贝勒医学院和哈佛大学-麻省理工学院Broad研究所的科学家们，开辟了人类遗传学中一个鲜为人知的领域。相关研究结果发表在7月18日的《PNAS》杂志。 在这项研究中，研究人员表明，一条不活跃的X染色体上的一段不寻常的DNA重复序列，实际上对于这种女性特有的遗传现象的整
《PLoS生物学》：乳齿象线粒体基因组测定完成
这的确有些不可思议。德国科学家利用一颗远古牙齿化石，成功确定了乳齿象完整的线粒体基因组，这也是迄今为止科学家得到的最古老的线粒体基因组。该研究成果有望加深科学家对于象类分化的理解。相关论文发表在的7月24日的《PLoS生物学》上。 2800万年前出现的乳齿象是现代大象的近亲，它们大约有3米高，有和猛
《PLoS生物学》：老鼠全基因组测序图公布
最新一期的开放存取的《公共科学图书馆·生物学》(PLoS Biology)杂志上，美国、英国和瑞典的研究人员公布了老鼠的全基因组测序图。老鼠成为继人类之后第二个完成全基因组测序的哺乳动物。 在对人类和老鼠的基因测序图进行综合性比较后，研究人员发现两者之间的遗传差异要比人们预想的大得多。老鼠
Biological Reviews:探明IgY基因组成和生物学功能
近日，西北农林科技大学张小莺教授领衔，与英国伦敦大学国王学院Sutton教授团队的一项国际合作成果《IgY： a key isotype in antibody evolution》在Biological Reviews期刊（IF=10.75）发表。 IgY，由两条重链（H）和轻链（L）组成，
生物学术语基因组复杂度的概念
中文名称基因组复杂度英文名称genome complexity定 义衡量基因组所含信息量的参数，由单一序列的核苷酸数目表示。应用学科遗传学（一级学科），基因组学（二级学科）
《基因组生物学》：孤独是一个分子
已经知道一个人的社交环境能够影响他的健康。与社会隔离的人往往死亡率较高。在最新一期的《Genome Biology》杂志上发表的首项此类研究中，来自美国加州大学洛杉矶分校的研究人员从慢性、严重孤独者的免疫细胞中发现了一种不同的基因表达模式。 这些发现揭示出社会孤立感与驱动炎症的基因活性改变有关。
攻克基因组测序难题－探究茶树生物学奥秘
我国现存最早的中医医药典籍《本草经》记载：“神农尝百草，日遇七十二毒，得荼（茶）而解之。”这说明了茶的神奇功效。茶树起源于我国的云南、四川等地，在从中国向世界各地数千年漫长传播历程里，与全球多元文化邂逅交融，发展形成了今天地球上复杂而美妙的茶文化。茶之所以广受欢迎，除了有迷人的香气和令人愉悦的滋
北京基因组所召开生物计算研讨会
10月27日下午，中国科学院北京基因组所组织召开了“北京基因组研究所计算生物学研讨会”，会议由所长吴仲义主持，书记杨卫平、副所长李俊雄、基因组所生物信息研究人员以及科技处相关人员参加了会议。 研讨会上，与会学者就目前计算生物学领域中涉及如何运用大规模高效的理论模型和数
量子计算机首次加载完整基因组
自21世纪初具有里程碑意义的人类基因组解码工作完成以来，DNA测序技术迎来了爆发式发展。传统计算机已难以满足海量的数据与激增的算力需求，这推动人们寻求替代方案。如今，量子计算距离实用又近了一步。科学家近日宣布，他们首次将一个完整的基因组——丁型肝炎病毒基因组编码到量子计算机上，从原理上证明了这类特殊
生物学,崛起的下一代计算平台
Synhego公司距离Facebook总部仅五分钟车程，从外观来看，它和硅谷的其他创业公司并无差异，但是在它米色的办公园区里，一模一样的黑色服务器机架整齐地排列着，灯光闪烁，发出呼呼的排气声，然而这些金属架子里并没有零件在驱动网络的运行。这些机器正在利用分子改写生代码。 Crispr是一种
奇拉实验室在计算生物学所成立
王学才和Kirstin Augsburg共同为实验室揭牌 9月16日上午，奇拉实验室在上海生命科学研究院计算生物学所内正式挂牌成立。计算生物学所执行所长金力、党总支书记兼副所长王学才、德国驻沪总领事馆文化事务与新闻领事Kirstin Augsburg、领事Fredric Jor
NSF斥巨资－计算机助力植物生物学研究
就像谷歌地球能够让你从空中放大自己的家一样，有朝一日，或许只需要点击几下鼠标，研究人员便能够在植物的整个生态系统与分子结构之间任意切换。1月30日，美国国家科学基金会（NSF）向5家研究机构提供了5000万美元的资金，这些钱将用于研制那些联系和分析多领域数据的软件和硬件，旨在实现解答有关植物复杂问题
《基因组生物学》：中外猪种骨骼肌研究
8月6日出版的英国《基因组生物学》（Genome Biology）期刊发表了中国农业科学院北京畜牧兽医研究所李奎教授课题组唐中林博士、李勇硕士等关于中外猪种骨骼肌生长发育生长差异分子机制的重要研究成果。 猪肉是人类动物蛋白的主要来源，我国是世界上生猪生产和猪肉消费的第一大国。我国种猪长期依赖进口，西
基因组研究：揭示偏头痛的生物学根源
在偏头痛的研究中，研究人员第一次发现了新的5个遗传区域与偏头痛相关。这项研究为理解偏头痛的原因和生物因素打开了新的研究大门。 研究人员发现了12个与偏头痛相关的遗传区域。其中8个区域在控制脑电路中发挥着重要的作用，其中2个区域的相关基因主要作用为维持健康脑组织。这些信号通路的调节对于遗传易感性
分子生物学篇之基因组DNA纯化
2007年刚过，各种年终汇总琳琅满目，生物通也将于未来一个多月里大摆生物技术饕餮盛宴，为读者带来前沿技术和信息的思维享受和满足--每日密集精选各厂家及经销商过去一年在中国大陆地区着力推广的重点产品文章或者上市的新产品新技术文章，将2007年当中生物通倍受瞩目的产品和技术一一呈递，打造精彩纷呈的生物技
IBM超级计算机将投身肿瘤基因组研究
日前，IBM公司与纽约基因组研究中心(New York Genome Center;下简称NYGC)宣布建立伙伴关系，联手对沃森(Watson)——曾在智力竞赛节目《危险边缘》(Jeopardy)中夺魁的计算机—— 进行测试，看它能否对癌症患者的基因组进行筛选，并帮助医生挑选药
基因组育种大数据计算新工具“天权”发布
近日，国际学术期刊《核酸研究》（Nucleic Acids Research）发表了华中农业大学动物遗传育种团队开发的基因组育种大数据计算新工具HIBLUP，中文名为“天权”。相关论文被期刊评为“突破性进展”论文。 该研究系统分析了已有遗传评估算法特点，针对现有算法在处理快速增长的基因组育种大
基因组育种大数据计算新工具“天权”发布
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/2/494792.shtm近日，国际学术期刊《核酸研究》（Nucleic Acids Research）发表了华中农业大学动物遗传育种团队开发的基因组育种大数据计算新工具HIBLUP，中文名为“天权”。相关论文
计算生物学研究所“蛋白建模”学习班举办
Juergen Schlitter教授讲课中 6月7日至11日，中科院上海生命科学研究院计算生物学研究所、中科院计算生物学重点实验室举办了为期一周的“Protein Modeling” 学习班。学习班面向生科院各所研究生开放，来自全院的多名研究生参加了学习培训。 学习班由
《基因组生物学》—夏庆友小组—家蚕基因表达研究
日前，国际生物学权威期刊《基因组生物学》在线发表了西南大学蚕学与系统生物学研究所夏庆友教授领衔的课题组关于利用家蚕全基因组芯片分析家蚕多种组织基因表达特征的最新研究成果。 家蚕是重要的经济昆虫，既能用于蚕丝的生产、也能作为生物反应器生产外源蛋白；同时，家蚕也是鳞翅目昆虫生化、分子遗传以及基因组研究的