单细胞数据细胞分类与功能挖掘的基因分析法介绍
接触过单细胞转录组数据的小伙伴们都知道，数据的核心结果在于根据每个细胞的基因表达数据，来对细胞进行分群分类。现有通用的分析思路如下：首先根据转录组稀疏矩阵，通过计算和分析，找到不同的细胞Cluster，并找到每一类集群的Marker基因。根据已有对细胞特定Marker基因的认识，来对细胞可能的集群进行分类。因此，在该框架下，可以得到以下几个图： 图1. A．t-SNE细胞分群图及B细胞标记；B. B 细胞4个Marker基因标记分布图 上述结果有两个特点：1.通过在Marker基因中寻找存在的细胞marker对细胞进行标记，但无法给出可靠性评价；2.只能用一个基因的表达模式来反应细胞特征，无法同时对几个基因进行整合展示。因此，能不能将上述多个基因同时对细胞分群结果进行分类和量化，从基因集的角度来反应细胞的类群？ 通过对最近发表分析算法的调研和调试，我们实现了这样一个需求。我们以上述标记基因: MS4A1......阅读全文
单细胞数据细胞分类与功能挖掘的基因分析法介绍
接触过单细胞转录组数据的小伙伴们都知道，数据的核心结果在于根据每个细胞的基因表达数据，来对细胞进行分群分类。现有通用的分析思路如下：首先根据转录组稀疏矩阵，通过计算和分析，找到不同的细胞Cluster，并找到每一类集群的Marker基因。根据已有对细胞特定Marker基因的认识，来对细胞可能的集
单细胞数据细胞分类与功能挖掘的基因分析法介绍
接触过单细胞转录组数据的小伙伴们都知道，数据的核心结果在于根据每个细胞的基因表达数据，来对细胞进行分群分类。现有通用的分析思路如下：首先根据转录组稀疏矩阵，通过计算和分析，找到不同的细胞Cluster，并找到每一类集群的Marker基因。根据已有对细胞特定Marker基因的认识，来对细胞可能的集
单细胞数据细胞分类与功能挖掘的基因分析法介绍
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肿瘤基因专家致力挖掘单细胞大数据潜能
近年来，随着测序技术的迅猛发展，单细胞测序技术已逐渐走入人们视野。2013年，单细胞测序技术成为《自然》评选的“Method of the Year”。大多数的基于NGS的基因检测，都是在大量细胞宏观水平上，对整个细胞群进行遗传分析。单细胞测序技术则是在单个细胞的水平上，对其遗传物质进行检测，从
单细胞统计数据体细胞归类与作用发掘的遗传基因
触碰过单细胞转录组统计数据的朋友们都了解，统计数据的关键結果取决于依据每一体细胞的基因的表达统计数据，来对体细胞开展“分类”归类。目前通用性的剖析构思给出：最先依据转录组稀疏矩阵，根据测算和剖析，寻找不一样的体细胞Cluster，并寻找每类别集群服务器的Marker遗传基因。依据现有对体细胞特殊
冰岛基因公司数据挖掘计划泡汤
图片来源：基因解码公司 因采集冰岛人DNA用于发现基因和疾病之间关系而著名的基因解码公司遇到了一个棘手问题。近日，《科学》杂志报道称，冰岛负责监督数据保密性的国家机构驳回了基因解码公司的请求——该公司希望可以使用计算机方法分析该国的宗系记录，以估算28万名并未同意参与该公司的研究，
基因大数据深度挖掘，我们将面临挑战
在日前于北京召开的第四届全国功能基因组学高峰论坛上，众多与会专家就基因技术发展方向及面临的机遇与挑战进行了深入交流。作为一种新型基因检测技术，基因测序能从血液或唾液中分析测定基因全序列，预测罹患多种疾病的可能性、个体的行为特征及行为合理性。基因测序技术能锁定个人病变基因，予以提前预防和治疗。
单细胞分离用于单细胞基因扩增
单细胞分离连接不同管径大小的毛细玻璃针，可分离捕获各种非贴壁状态的单细胞和微粒等，如细菌、酵母、藻类细胞、植物花粉、原生动物单细胞、悬浮细胞、血液细胞、免疫细胞、卵细胞、各种悬液中单细胞及特殊标记的单细胞等。 单细胞分离用于各种类型的细胞分离培养、纯化、检测；获得单克隆细胞；用于单细胞基因扩增，
基因测序：数据深度挖掘和解读难题待解
作为一种新型基因检测技术，基因测序能够从血液或唾液中分析测定基因全序列，预测罹患多种疾病的可能性，个体的行为特征及行为合理。基因测序技术能锁定个人病变基因，提前预防和治疗。正因如此，今年华大基因的上市，就引发了资本市场的热烈追捧。 在日前在京召开的第四届全国功能基因组学高峰论坛上，与会的众多
基因测序：数据深度挖掘和解读难题待解
作为一种新型基因检测技术，基因测序能够从血液或唾液中分析测定基因全序列，预测罹患多种疾病的可能性，个体的行为特征及行为合理。基因测序技术能锁定个人病变基因，提前预防和治疗。正因如此，今年华大基因的上市，就引发了资本市场的热烈追捧。 在日前在京召开的第四届全国功能基因组学高峰论坛上，与会的众多专
生物信息分析数据挖掘
DNA芯片技术能够在基因组水平分析基因表达，检测许多基因的转录水平及在不同条件下的基因转录变化，显示反映特征组织类型、发育阶段、环境条件应答、遗传改变的基因谱。基因芯片产生了海量的数据，仅仅进行差异表达分析还远远不够，如何管理分析这些数据、从中挖掘信息已经成为利用这一技术的新的难点。芯片数据大量出现
单细胞蛋白的简介和分类
单细胞蛋白，也叫微生物蛋白，它是用许多工农业废料及石油废料人工培养的微生物菌体。因而，单细胞蛋白不是一种纯蛋白质，而是由蛋白质、脂肪、碳水化合物、核酸及不是蛋白质的含氮化合物、维生素和无机化合物等混合物组成的细胞质团。单细胞蛋白中重要的是酵母蛋白、细菌蛋白和藻类蛋白，它们的化学组成中一般以蛋白质
彗星分析法[单细胞凝胶电泳分析法]
治愈癌症(cancer)是一个难题，长期以来研究人员们一直在苦苦探索。我们目前知道，致癌的过程与许多因素有关，但如果我们能阻止其中的任何一个步骤，癌细胞便无法形成。因此，探测致癌物质的技术与癌细胞的及时发现就显得尤其重要！然而截至目前为止，研究人员们仍无法研究出一种简易基因测试法或综合的方法来检测出
彗星分析法(单细胞凝胶电泳分析法)
如果我们能阻止其中的任何一个步骤，癌细胞便无法形成。因此,探测致癌物质的技术与癌细胞的及时发现就显得尤其重要！然而截至目前为止，科学家们仍无法研究出一种简易基因测试法或综合的方法来检测出可能的致癌物。因此，致癌物对ＤＮＡ的作用仍是癌症研究的一个重要课题。遗传毒物学为一专门研究化学及各类物质对人体遗传
国家基因组科学数据中心公布数据资源整合挖掘体系
近日，国家基因组科学数据中心在国际学术期刊《核酸研究》（Nucleic Acids Research）在线发表题为Database Resources of the National Genomics Data Center in 2020 的文章，以整体形式介绍基因组数据资源整合与挖掘体系建设
单细胞技术分类及应用（一）
2019年10月22日，Biogen与日本Eisai宣布，经与FDA协商，计划于2020年初向FDA提交Aducanumab治疗阿尔兹海默症（AD）的上市申请。如果获批，Aducanumab将成为首个逆转疾病进展的AD药物。从技术角度看，Aducanumab也将有可能成为首个单B细胞测序来源的抗体药
单细胞技术分类及应用（二）
什么是OEP呢？OEP的前身是2018年诺贝尔物理学奖获得者之一的Ashkin发明的Optical Tweeszer（OET）光镊技术，其原理是利用单个激光束通过高倍的显微物镜聚焦形成光阱，微观粒子受光压而束缚在光阱处，使用皮牛级别的力操纵和移动陷入光阱的微观粒子。这项技术在生物学上为单细胞
膜片钳对单细胞形态与功能关系的研究
将膜片钳技术与单细胞逆转录多聚酶链是反应技术结合，在全细胞膜片钳记录下，将单细胞内容物或整个细胞（包括细胞膜）吸入电极中，将细胞内存在的各种mRNA全部快速逆转录成cDNA，再经常规PCR扩增及待检的特异mRNA的检测，借此可对形态相似而电活动不同的结果做出分子水平的解释或为单细胞逆转录多聚酶链式反
纳米瓶技术可按功能分类单细胞－有助于药物开发
科技日报北京4月21日电 （记者张梦然）新生物疗法的开发可能会从一种新技术中受益，该技术可在标准实验室设置中快速分选单个活细胞。使用称为“纳米瓶”的微型碗状水凝胶容器，加州大学洛杉矶分校领导的一个研究小组最近展示了根据细胞的类型、它们分泌的化合物以及这些化合物的多少来选择细胞的能力。该研究发表在美国
挖掘玉米“高产基因”
玉米的单株产量由玉米的每穗籽粒数目和穗粒重共同决定，挖掘控制玉米产量的“高产基因”，解析穗行数调控网络，可使玉米单产得到大幅度提高，对保障国家粮食安全有重大价值和现实意义。在国家自然科学基金重大研究计划“主要农作物产量性状的遗传调控网络解析”支持下，在山东农业大学教授张宪省等责任专家指导下，研究人员
细胞癌基因的产物与功能
1.细胞外生长因子作用于细胞膜上的受体或直接被传递至细胞内，通过蛋白激酶活化转录因子，引发一系列基因的转录激活。2.跨膜生长因子受体接受细胞外的生长信号并将其传入细胞内。3.细胞内信号传导分子将接收到的信号由胞内传至核内，促进细胞生长。4.核内转录因子某些癌基因表达蛋白定位于细胞核内，与靶基因的顺式
《细胞》：单细胞测序助力基因重组图谱
来自斯坦福大学医学院等处的研究人员发表了题为“Genome-wide Single-Cell Analysis of Recombination Activity and De Novo Mutation Rates in Human Sperm”的文章，首次公布了来自一个成人男子91个
单细胞测序数据的分析有什么意义
单细胞测序可以分析一个细胞里面的基因组序列这个主要适用于受精卵的试管婴儿
膜片钳对单细胞形态与功能关系的研究作用
将膜片钳技术与单细胞逆转录多聚酶链是反应技术结合，在全细胞膜片钳记录下，将单细胞内容物或整个细胞（包括细胞膜）吸入电极中，将细胞内存在的各种mRNA全部快速逆转录成cDNA，再经常规PCR扩增及待检的特异mRNA的检测，借此可对形态相似而电活动不同的结果做出分子水平的解释或为单细胞逆转录多聚酶链式反
单细胞转录组制备仪的功能
fluidigm C1 单细胞自动制备仪用于 mRNA 测序 更完整的流程 -首尾相连的流程对单细胞进行全转录组分析 最高的通量 -每次运行可前所未有的平行处理 96 个单细胞 更容易的操作 -直接从单细胞开始，简化的样本制备，只需 3 小时手工操作时间，没有 片段化和纯化步骤 更节省的成
单细胞数据降维可视化最新工具UMAP的介绍
高通量单细胞组学数据的一个显著性特点就是数据量大，一次能反映的细胞数量多。因此，通过降维和可视化去展示细胞数据特征是一个非常重要的工作。翻开各类发表的单细胞组学文章，不管是CNS的还是其他，几乎所有的结果中，映入眼帘的第一张图片通常是数据结果的降维图形化展示。 图1 PBMC细胞单细胞转
单细胞数据降维可视化最新工具UMAP的介绍
高通量单细胞组学数据的一个显著性特点就是数据量大，一次能反映的细胞数量多。因此，通过降维和可视化去展示细胞数据特征是一个非常重要的工作。翻开各类发表的单细胞组学文章，不管是CNS的还是其他，几乎所有的结果中，映入眼帘的第一张图片通常是数据结果的降维图形化展示。 图1 PBMC细胞单细胞转录
单细胞数据降维可视化最新工具UMAP的介绍
高通量单细胞组学数据的一个显著性特点就是数据量大，一次能反映的细胞数量多。因此，通过降维和可视化去展示细胞数据特征是一个非常重要的工作。翻开各类发表的单细胞组学文章，不管是CNS的还是其他，几乎所有的结果中，映入眼帘的第一张图片通常是数据结果的降维图形化展示。图1 PBMC细胞单细胞转录组数据展示
单细胞分析色谱仪分类方法
单细胞分析色谱仪种类有多种。1、按流动相物理状态可分：气相单细胞分析色谱仪和液相单细胞分析色谱仪。2、按洗脱方式可分：等度洗脱单细胞分析色谱仪和梯度洗脱单细胞分析色谱仪。3、按产地可分：国产单细胞分析色谱仪和进口单细胞分析色谱仪。4、按分离规模可分：微型单细胞分析色谱仪、小型单细胞分析色谱仪和大型单
北京基因组所发布癌症单细胞表达图谱数据库CancerSCEM
近日，中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）国家基因组科学数据中心开发的癌症单细胞表达图谱数据库CancerSCEM上线。该研究成果以CancerSCEM: a database of single-cell expression map across various human can