北京基因组所发布癌症单细胞表达图谱数据库CancerSCEM
近日，中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）国家基因组科学数据中心开发的癌症单细胞表达图谱数据库CancerSCEM上线。该研究成果以CancerSCEM: a database of single-cell expression map across various human cancers为题在国际学术期刊Nucleic Acid Research在线发表。 单细胞分辨率的全转录组测序技术（scRNA-seq）具有研究细胞异质性的显著优势，已成为研究肿瘤微环境、癌症发病机制、转移与侵袭以及各类癌症治疗与诊断不可或缺的手段。截至2021年11月，PubMed已有超过1300个癌症相关的单细胞转录组学研究，极大提升了人们对人类癌症发生发展的理解，推动了癌症临床诊断与治疗的进程。大规模癌症scRNA-seq数据在过去十年中呈现爆炸式增长，迫切需要对这些数据进行规范化整合与处理，对各类癌症的肿瘤微环境进行深入挖掘与比......阅读全文
北京基因组所发布癌症单细胞表达图谱数据库CancerSCEM
近日，中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）国家基因组科学数据中心开发的癌症单细胞表达图谱数据库CancerSCEM上线。该研究成果以CancerSCEM: a database of single-cell expression map across various human cance
北京基因组所发布癌症单细胞表达图谱数据库CancerSCEM
近日，中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）国家基因组科学数据中心开发的癌症单细胞表达图谱数据库CancerSCEM上线。该研究成果以CancerSCEM: a database of single-cell expression map across various human can
利用DNA图谱诊断癌症
作为无创产前诊断等相关领域技术的首创者，来自香港中文大学的卢煜明（DennisLo）教授最早就曾发现孕妇外周血中存在“漂流”的胎儿DNA，也就是说，假设每毫升母亲样品相当于1000个基因组，则总共含有1900条母亲的21号染色体，100条整倍体胎儿的21号染色体或150条21三体胎儿的21号染色
全球首份癌症病例图谱发布
日前，《科学》杂志刊登了瑞典科学家的重磅成果——全球首份癌症病例图谱“Atlas”，将数千种特定癌症相关基因与患者生存情况联系起来，发掘出32种不以癌症类型分类、但与80%人类癌症相关的“公共”基因，可作为潜在新药研发的精准靶点。新图谱被认为是肿瘤临床实践革命性改进的重要推手。 据《麻省理工技
基于八大基因组学数据库－构建迄今最完整的癌症eRNA图谱
增强子RNA（eRNA）是一种从增强子转录的非编码RNA。目前，科学家已经在人类细胞中鉴定出数以万计的eRNA，其中许多都在RNA转录过程中发挥重要作用，以介导靶基因的激活。在人类癌症中，癌基因或致癌信号通路的激活通常引起增强子的激活和eRNA的产生。例如，ESR1的激活可以整体上增加乳腺癌中e
Nature：癌症数据库ClinVar打破Myriad垄断
去年，美国最高法院判定Myriad Genetics持有的BRCA1和BRCA2 DNA序列测试ZL无效，美国最高法院判定也意味着未来美国国内的癌症检查价格将变得更加便宜、普遍。 BRCA1基因的发现和致病相关性是Mary-Claire King博士在1990年发现，尽管当时她的研
天然产物与生物来源图谱数据库NPBS－Atlas发布
据统计，超过50%的上市小分子药物均直接或间接源自天然产物或其化学结构启发。这些由植物、动物、微生物在亿万年进化中淬炼出的天然分子，拥有人工合成难以企及的复杂结构与强大生物活性，是创新药物发现的源泉。近日，中国科学院上海有机化学研究所发布了天然产物与生物来源图谱数据库——NPBS Atlas。NPB
全球最大癌症基因数据库发布
美国国家癌症研究所(NCI)科学家发布了有史以来规模最大的癌症相关基因变异数据库，为研究者们提供了迄今为止最全面的方式，搞清楚如何将治疗药物靶向疾病。 周一NCI在一份声明中称，基于基因组学研究的新数据库，将对全球开放获取，预计将有助于研究人员加快新药的开发，同时能够更
多物种转录图谱综合数据库已对用户免费开放
随着高通量测序技术的发展，转录组测序（RNA-seq）已成为系统研究基因转录及转录后水平调控状态的常规方法，并在多个物种中得到广泛应用。海量转录组数据以前所未有的速度产生，以数据驱动为导向的大规模数据整合、挖掘与解析面临挑战。为更充分展现转录组数据蕴含的丰富信息，服务生物医学基础研究领域需求，构
癌症eRNA表达图谱并揭示其在癌症临床中的应用
2019年10月8日，德克萨斯大学休斯敦健康研究中心的韩冷、李文博课题组合作在Nature Communications上在线发表题为“Transcriptionallandscape and clinical utility of enhancer RNAs for eRNA-targeted
美基因图谱研究将癌症重新“归类”
美国国家卫生研究院资助的科学家团队完成大规模癌症基因组图谱绘制，他们根据基因变异和表达的相似性，提出可以按照分子类型给癌症“归类”。研究人员认为，这将为癌症诊断和治疗提供新思路。5日发表在美国《细胞》杂志上的研究，对33种癌症、1万多个肿瘤病例的基因、表观遗传和蛋白质组学变化进行分析，确认约30
Nature重要成果：绘制癌症的全面分子图谱
根据一项获得美国国立卫生研究院(NIH)支持的新研究发现一种乳腺癌亚型与难治性高分级浆液性卵巢癌具有许多共同的遗传特征。研究结果表明两种癌症具有相似的分子起源，这可能推动比较乳腺癌和卵巢癌亚型的治疗学数据。 研究人员利用癌症基因组图谱(TCGA)生成的部分数据，根据来自825名乳腺癌患者样
Nature重要成果：绘制癌症的全面分子图谱
根据一项获得美国国立卫生研究院（NIH）支持的新研究发现一种乳腺癌亚型与难治性高分级浆液性卵巢癌具有许多共同的遗传特征。研究结果表明两种癌症具有相似的分子起源，这可能推动比较乳腺癌和卵巢癌亚型的治疗学数据。 研究人员利用癌症基因组图谱（TCGA）生成的部分数据，根据来自825名乳腺癌患者样本的综合
美基因图谱研究将癌症重新“归类”
美国国家卫生研究院资助的科学家团队完成大规模癌症基因组图谱绘制，他们根据基因变异和表达的相似性，提出可以按照分子类型给癌症“归类”。研究人员认为，这将为癌症诊断和治疗提供新思路。 ５日发表在美国《细胞》杂志上的研究，对３３种癌症、１万多个肿瘤病例的基因、表观遗传和蛋白质组学变化进行分析，确认约
Nucleic－Acid－Res：大数据库助力癌症药物的开发
近日，来自英国癌症研究所的研究人员通过研究表示，通过加入错误蛋白的3D结构，以及绘制癌症交流的图谱，就会为世界上最大的癌症药物数据库带来革命性的突破；最近更新的canSAR数据库或将为英国及全球的科学家们提供机会来设计出更加高效的癌症疗法，相关研究刊登于国际杂志Nucleic Acid Rese
透过大规模基因组分析推出－泛癌症图谱－开启癌症治疗
【Technews科技新报】美国国立卫生研究院（NIH）资助的研究团队已经完成了一份详细的基因组分析，这个被称为泛癌症图谱（PanCancer Atlas）的研究结果收录了 27 篇论文，并包含了 33 种癌症、1 万多个种不同肿瘤分子和临床讯息的数据资料。 泛癌症图谱主要是针对癌症基因组
泛癌症T细胞单细胞图谱－相关成果发表
北京大学生物医学前沿创新中心（BIOPIC）、生命科学学院、北京未来基因诊断高精尖创新中心（ICG）张泽民课题组联合北京大学肿瘤医院季加孚、步召德课题组以及北京大学第三医院，在国际期刊Science上发表了题为“Pan-Cancer Single Cell Landscape of Tumor-
科研人员开发出分子序列组分动态图谱数据库CompoDynamics
生物体的核酸与蛋白质分子的序列组分及相关特征（如GC/AG含量、密码子使用偏好、蛋白质物理化学性质等）对于研究基因功能和物种演化具有重要意义，是理解不同物种、不同基因家族以及不同功能基因之间差异的数据基础。 近日，由中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）国家基因组科学数据中心开发的分子
北京基因组所构建出多物种转录图谱综合数据库
随着高通量测序技术的发展，转录组测序（RNA-seq）已成为系统研究基因转录及转录后水平调控状态的常规方法，并在多个物种中得到广泛应用。海量转录组数据以前所未有的速度产生，以数据驱动为导向的大规模数据整合、挖掘与解析面临挑战。为更充分展现转录组数据蕴含的丰富信息，服务生物医学基础研究领域需求，构
Science重要成果：人类癌症反转录转座子图谱
在人类基因组中，称为反转录转座子(retrotransposon)的小DNA元件通过自我复制和重新插入到基因组的多个位点从而具有造成突变性破坏的潜力。正常的成人细胞通过抑制机制阻止这些元件四处跳跃，然而根据发表在6月28日《科学》(Science)杂志上的一篇研究报道，这些机制在某些癌症中可能发
研究人员绘制出首张儿童癌症环状DNA图谱
随着时间推移，癌症的发生往往与DNA缺陷的逐渐积累有关，因此，癌症通常会被认为是一种年龄相关的疾病，那么为何儿童也会患癌呢？近日，一项刊登在国际杂志Nature Genetics上的研究报告中，来自德国夏洛蒂—洪堡大学和柏林自由大学附属医学中心等机构的科学家们通过研究发现，染色体外环状DNA或会
《Cell》：如何根据癌症基因组图谱分析肿瘤
时至今日，这一计划已经取得了许多成果，最新Cell杂志公布了泛癌症图谱（Pan-Cancer Atlas），这也是癌症基因组图谱（TCGA）的收官项目，同期Cell杂志介绍了根据癌症基因组图谱分类的肿瘤类型列表，以及相关的一些主要发现（每种肿瘤类型的标记论文）。 生物通报道：2005年美国国立
全球癌症基因组图谱计划又一研究突破
最近，发表在国际杂志the New England Journal of Medicine上的一篇研究论文中，来自从事癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas）研究计划的科学家通过进行研究，对第二种常见类型的肾癌的两种类型进行了分子特性的分析，并且对这种常见类型的肾癌进行了
多国科学家将绘制人类癌症基因图谱
图谱如果绘制成功，可望开辟癌症个性化治疗新时代 国际癌症基因组协会将开展一项与人类基因组计划具有同等重要意义的癌症研究计划，集世界各国和地区的科学家之力，绘制完整的人类癌症基因图谱。 该协会4月29日在英国伦敦正式成立，目前有英国、中国、美国、法国、印度、日本、新加坡、澳大利亚、加拿大和欧盟1
如何利用TCGA数据库进行深度癌症研究及发大牛文章？
玩转数据库，助你发牛文！ 癌症研究究竟有多难？让我们来捋一下基本思路：首先，要有一定数量的高质量肿瘤临床样本；其次……等一下，是不是在“首先”这一步就卡住了？癌症研究中的高质量的肿瘤样本不但要有切除适当的肿瘤瘤体和癌旁组织，还需要每个病人的各项病理指征、家族病史、治疗手段、疗效以及对病人不
如何利用TCGA数据库进行深度癌症研究及发大牛文章？
玩转数据库，助你发牛文！癌症研究究竟有多难？让我们来捋一下基本思路：首先，要有一定数量的高质量肿瘤临床样本；其次……等一下，是不是在“首先”这一步就卡住了？癌症研究中的高质量的肿瘤样本不但要有切除适当的肿瘤瘤体和癌旁组织，还需要每个病人的各项病理指征、家族病史、治疗手段、疗效以及对病人不间断的随访信
《科学》：北大团队发表泛癌症T细胞单细胞图谱
北京大学生物医学前沿创新中心（BIOPIC）、生命科学学院、北京未来基因诊断高精尖创新中心（ICG）张泽民课题组联合北京大学肿瘤医院季加孚、步召德课题组以及北京大学第三医院，在国际期刊Science上发表了题为“Pan-Cancer Single Cell Landscape of Tumor-
Cell：首个图谱！1篇论文揭秘769个癌症“关键”基因
7月27日，发表在Cell杂志上题为“Defining a Cancer Dependency Map”的研究成果中，来自Broad研究所和Dana-Farber癌症研究所的科学家们建立了癌细胞遗传弱点的综合目录。具体来说，研究人员鉴定出了超过760个癌细胞生长和生存强烈依赖的基因。其中，许多依
中国科学家发表泛癌症T细胞单细胞图谱
T细胞单细胞图谱的研究框架和主要发现。（张泽民供图） 12月17日，北京大学生物医学前沿创新中心教授张泽民课题组联合北京大学肿瘤医院季加孚、步召德课题组以及北京大学第三医院，在《科学》上发表了泛癌症T细胞图谱。结合基因表达谱和T细胞受体序列，研究者系统刻画了肿瘤浸润性T细胞的异质性和动态变化，并系
Cell：绘制转移性癌症的互作网络图谱
这一发表在8月4日《细胞》（Cell）杂志上的研究，是加州大学圣克鲁斯分校和加州大学洛杉矶分校研究小组的合作成果。他们一开始从致命转移前列腺癌患者尸体中获得的临床组织样本入手，随后完成了一系列复杂的分析以前所未有的细节确定了来自每位患者的癌细胞特征。对生成的数据集进行一种新颖的计算分析，绘制出