生物信息分析数据挖掘
DNA芯片技术能够在基因组水平分析基因表达，检测许多基因的转录水平及在不同条件下的基因转录变化，显示反映特征组织类型、发育阶段、环境条件应答、遗传改变的基因谱。基因芯片产生了海量的数据，仅仅进行差异表达分析还远远不够，如何管理分析这些数据、从中挖掘信息已经成为利用这一技术的新的难点。芯片数据大量出现，新的问题随之而来。如果将所有获得的数据集中起来，我们能否将未知功能的新基因归类到已知功能分类中?能否将基因表达与基因功能联系起来?能否发现新类型的共调控基因?能否从芯片表达数据中得出完整的基因调控网络?为了解决这些问题，聚类分析这种统计方法在生物芯片数据研究方面得到广泛应用。一旦通过实验确定了表达水平，接下来的聚类分析主要是找到那些有相似表达模式的基因(共表达基因)。因为许多功能相关的基因具有相似的表达模式，例如编码蛋白质复合物的基因很可能有相似的表达模式，通过这些共表达基因的寻找可以对一些未知基因的功能研究给予提示。另外，共表达基......阅读全文
生物信息分析数据挖掘
DNA芯片技术能够在基因组水平分析基因表达，检测许多基因的转录水平及在不同条件下的基因转录变化，显示反映特征组织类型、发育阶段、环境条件应答、遗传改变的基因谱。基因芯片产生了海量的数据，仅仅进行差异表达分析还远远不够，如何管理分析这些数据、从中挖掘信息已经成为利用这一技术的新的难点。芯片数据大量出现
源资信息科技：数据挖掘和通路分析专家
2010年全国质谱大会暨第三届世界华人质谱研讨会于2010年7月30日~8月1日期间在吉林长春顺利召开，源资信息科技（上海）有限公司在此次大会上主要向与会者介绍了高级化学分析软件(ACD/labs)及系统生物学中的GeneGo软件，引起了与会专家、参会代表及各大仪器厂商的极大兴趣。
美吉生物引领生物信息挖掘进入交互时代
“大数据、云计算、免费”这些在互联网行业司空见惯的字眼，如果我们把它们融入到基因测序行业会出现什么样的新鲜事物？有一家公司就把互联网的理念灌输到了基因测序行业里，它就是上海美吉生物医药科技有限公司（以下简称“美吉生物”）。 互联网思路玩转基因测序行业 近日，一则“生物信息挖掘进入交互时代”的
生物大数据挖掘寻找控制蛋白质死亡之门的钥匙
蛋白质是自然界中最神秘的物质之一，几乎所有的生命活动都有它的身影。正如人有生死，生物体内的蛋白质也有出生与死亡。蛋白质的出生是一个精准的从脱氧核糖核酸(DNA)转录得到的信使核糖核酸(mRNA)进而翻译合成蛋白质的过程。当蛋白质的功能使命完成后，需要被及时降解掉(死亡)，否则，蛋白质过早或者过晚
共表达分析挖掘lncRNA的生物学功能
lncRNA研究是目前生命科学领域的研究热点，但是，目前对于lncRNA的功能理解还处于初级阶段。据不完全统计，目前已知功能的lncRNA不超过1000条。因此，怎么在现有基础上去挖掘lncRNA的生物学功能呢？针对lncRNA和mRNA的共表达研究，为我们理解lncRNA在疾病中的生物学功能提
共表达分析挖掘lncRNA的生物学功能
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共表达分析挖掘lncRNA的生物学功能
lncRNA研究是目前生命科学领域的研究热点，但是，目前对于lncRNA的功能理解还处于初级阶段。据不完全统计，目前已知功能的lncRNA不超过1000条。因此，怎么在现有基础上去挖掘lncRNA的生物学功能呢？针对lncRNA和mRNA的共表达研究，为我们理解lncRNA在疾病中的生物学功能提供了
科学家如何还原和挖掘海洋微生物基因数据？
·GOMC数据库为未来的研究提供了丰富的资源，包括开发新型生物技术产品、探索微生物的生态功能、研究微生物与环境变化的关系、开发新的疾病治疗方法等。基因是生命的“源代码”，其中不仅蕴藏着自然演化的奥秘，也囊括了数之不尽的生物工程资源。如何获取、分析和应用基因数据，是现代生物学的核心议题之一。近日，一支
冰岛基因公司数据挖掘计划泡汤
图片来源：基因解码公司 因采集冰岛人DNA用于发现基因和疾病之间关系而著名的基因解码公司遇到了一个棘手问题。近日，《科学》杂志报道称，冰岛负责监督数据保密性的国家机构驳回了基因解码公司的请求——该公司希望可以使用计算机方法分析该国的宗系记录，以估算28万名并未同意参与该公司的研究，
“AI+大数据”推动数据挖掘走向数智化治理
5月20日，阿里巴巴副总裁、阿里云计算平台负责人贾扬清在媒体沟通会上表示，经过近20年的发展，人们对大数据的利用已从早期的数据挖掘进化为集数据分析、数据管理、数据协同为一体的综合治理，在这一进程中，大数据与人工智能（AI）技术的融合居功甚伟。 贾扬清提到，数字经济迅猛发展，不断丰富、增长的数
单细胞数据细胞分类与功能挖掘的基因分析法介绍
接触过单细胞转录组数据的小伙伴们都知道，数据的核心结果在于根据每个细胞的基因表达数据，来对细胞进行分群分类。现有通用的分析思路如下：首先根据转录组稀疏矩阵，通过计算和分析，找到不同的细胞Cluster，并找到每一类集群的Marker基因。根据已有对细胞特定Marker基因的认识，来对细胞可能的集群进
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公众环保投诉大数据挖掘研究取得进展
随着我国城市化水平不断提高，居民对生活品质诉求日益增强，公众环境意识显著提升，环境保护投诉的数量随之增加。区别于自上而下的传统环境监测网络，环保投诉直接来自于公众，具有快速直接反应城市环境问题、包含丰富的环境信息等特点。目前，网络投诉这类非结构化的文本数据多采用人工处理，效率较低，缺乏快速和自动
基因大数据深度挖掘，我们将面临挑战
在日前于北京召开的第四届全国功能基因组学高峰论坛上，众多与会专家就基因技术发展方向及面临的机遇与挑战进行了深入交流。作为一种新型基因检测技术，基因测序能从血液或唾液中分析测定基因全序列，预测罹患多种疾病的可能性、个体的行为特征及行为合理性。基因测序技术能锁定个人病变基因，予以提前预防和治疗。
欧盟拟改革版权法促进数据挖掘
近日，欧盟委员会宣布了一个被期待已久的提案，帮助研究人员更容易地从研究论文中获得数据。目前，软件能快速分析数百万篇在线文章和数据集。科学家希望这种文本和数据挖掘技术（TDM）能揭露科学知识模型和产生新假设。 但该领域一直受版权法的限制。在欧盟，这种数据挖掘工作需要获得论文版权所有者的许可。为
2014年国际数据挖掘大会在深圳召开
12月15日上午，由中科院深圳先进技术研究院参与主办的第十四届国际电气电子工程师计算机协会数据挖掘国际会议在深圳召开。中国工程院院士、国家自然科学基金委副主任高文，深圳市副市长陈彪，中科院深圳先进院院长樊建平等出席。 据悉，这是该项顶级会议首次登陆中国大陆举办，吸引了海内外500多名专家参会。
基因测序：数据深度挖掘和解读难题待解
作为一种新型基因检测技术，基因测序能够从血液或唾液中分析测定基因全序列，预测罹患多种疾病的可能性，个体的行为特征及行为合理。基因测序技术能锁定个人病变基因，提前预防和治疗。正因如此，今年华大基因的上市，就引发了资本市场的热烈追捧。 在日前在京召开的第四届全国功能基因组学高峰论坛上，与会的众多专
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肿瘤基因专家致力挖掘单细胞大数据潜能
近年来，随着测序技术的迅猛发展，单细胞测序技术已逐渐走入人们视野。2013年，单细胞测序技术成为《自然》评选的“Method of the Year”。大多数的基于NGS的基因检测，都是在大量细胞宏观水平上，对整个细胞群进行遗传分析。单细胞测序技术则是在单个细胞的水平上，对其遗传物质进行检测，从
生物塑料：中国尚未被挖掘的潜力
尽管中国是全球最大的塑料消费国，但其生物塑料潜力却令人遗憾地被忽略了，近日在荷兰阿姆斯特丹召开的可再生塑料会议上，一名演讲者这样认为。 德国Sus Tech Consult公司的总经理Bruno Rudnik表示，中国有太多的塑料加工企业不涉足生物塑料。该公司在新兴市场推广清洁技术解决
新的生物信息学工具，可以分析CRISPR合并的筛选数据
由贝勒医学院的研究人员领导的团队开发了一种新的生物信息学工具，可以分析CRISPR合并的筛选数据，并以比其他现有方法更高的灵敏度和准确度确定潜在相关基因的候选基因。新的基于网络的分析工具也更快，更友好，因为它不需要生物信息学培训来使用它。该研究发表在《Genome Research》杂志上。
国家基因组科学数据中心公布数据资源整合挖掘体系
近日，国家基因组科学数据中心在国际学术期刊《核酸研究》（Nucleic Acids Research）在线发表题为Database Resources of the National Genomics Data Center in 2020 的文章，以整体形式介绍基因组数据资源整合与挖掘体系建设
人工智能与数据挖掘驱动的肿瘤新药研发
人工智能作为一种旨在模拟、延伸和扩展人的智能的科学，人工智能正在以前所未有的广度和越来越快的速度改变着世界的面貌。而在普瑞基准创始人季序我和梁晗看来，人工智能可以帮助我们更好地回答那些医学中最为本质的问题，对于新药研发、临床诊疗和医学基础研究，都有着不可估量的价值。 道路 在癌症诊治的过程中，
单细胞数据挖掘算法方面取得新进展
图 SEVtras高效识别单细胞转录组数据中的胞外小囊泡 在国家自然科学基金项目（批准号：32025009、32130020等）资助下，中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队在单细胞数据挖掘算法方面取得新进展，研究成果以“SEVtras识别单细胞转录组中液滴分辨率的胞外小囊泡（SEVtras de
心理所开发出神经影像数据挖掘的群组独立成分分析方法
人脑是高度复杂的时空动力系统。基于神经影像数据，独立成分分析(ICA)作为一种数据驱动算法，被广泛应用于探索人脑系统的时空特性。在分析多被试数据时，现有ICA方法通常假设组内所有被试具有完全相同的脑活动成分。但是，当被试的脑活动模式的一致性不确定时，这一假设不尽合理。例如，在探索心理与精神障碍的
生物信息学在基因芯片数据功能分析中的应用
随着人类基因组计划(Human Genome Project)即全部核苷酸测序的即将完成，人类基因组研究的重心逐渐进入后基因组时代(Postgenome Era)，向基因的功能及基因的多样性倾斜。通过对个体在不同生长发育阶段或不同生理状态下大量基因表达的平行分析，研究相应基因在生物体内的功能
生物信息学在基因芯片数据功能分析中的应用
随着人类基因组计划(Human Genome Project)即全部核苷酸测序的即将完成，人类基因组研究的重心逐渐进入后基因组时代(Postgenome Era)，向基因的功能及基因的多样性倾斜。通过对个体在不同生长发育阶段或不同生理状态下大量基因表达的平行分析，研究相应基因在生物体内的功能，
生物活性物质的新资源挖掘的研究
功能食品的关键是其包含的天然生物活性物质 对人体生理机能具有调节作用，要实现多学科的基础研究与创新性产品的开发，就必须不断开发和挖掘新的功能性食品原料。动、植物中的生物活性物质资源非常巨大，应用现代先进科学技术全面开展资源鉴定 评价，包括功效成分及活性物质的鉴定、生理活性机制的探究等，深入挖掘植
美国立卫生研究院投巨资奖励大数据挖掘
ENIGMA项目将收集数千张大脑图像。 为了驯服生物实验室辛苦得出的数据洪流，美国国立卫生研究院（NIH）近日宣布，今年投资3200万美元设立一个奖项，以推动研究人员开发分析和使用生物学大数据库的方法。 该奖项出自NIH去年启动的大数据知识（BD2K）创新计划。NIH认为应当投入更多资源帮