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三代测序技术和原理介绍(二)

Solid技术 Solid测序技术是ABI公司于2007年开始投入用于商业测序应用的仪器。它基于连接酶法,即利用DNA连接酶在连接过程之中测序(图6)2,4。它的原理是: 图6-a. Solid测序技术 (1)DNA文库构建 片段打断并在片段两端加上测序接头,连接载体,构建单链DNA文库。 (2)Emulsion PCR Solid的PCR过程也和454的方法类似,同样采用小水滴emulsion PCR,但这些微珠比起454系统来说则要小得多,只有1um。在扩增的同时对扩增产物的3’端进行修饰,这是为下一步的测序过程作的准备。3’修饰的微珠会被沉积在一块玻片上。在微珠上样的过程中,沉积小室将每张玻片分成1个、4个或8个测序区域(图6-a)。Solid系统最大的优点就是每张玻片能容纳比454更高密度的微珠,在同一系统中轻松实现更高的通量。 (3)连接酶测序 这一步是Solid测序的独特之处。它并没有采用以......阅读全文

关于三代基因测序,你所需要知道的都在这儿!

  一、导读:  在大部分投资者对“二代测序”(NGS)还没有搞清技术细节的情况下,“三代测序”(3GS)又火了。  6月17日,医药板块中基因测序相关标的在“三代测序技术获得重大突破”的新闻影响上出现明显涨幅,我们也接到较多投资者对相关新闻的背景及观点的询问。为此,我们结合各方面资料归纳总结了三代

关于三代基因测序,你所需要知道的都在这儿!

  一、导读:  在大部分投资者对“二代测序”(NGS)还没有搞清技术细节的情况下,“三代测序”(3GS)又火了。  6月17日,医药板块中基因测序相关标的在“三代测序技术获得重大突破”的新闻影响上出现明显涨幅,我们也接到较多投资者对相关新闻的背景及观点的询问。为此,我们结合各方面资料归纳总结了三代

基因测序“摩尔定律”初现,“三代测序”要革“二代”的命?

  在“二代测序”(NGS)尚未迎来投资热潮的情况下,技术突破捷报连连的“三代测序”(3GS)又进入到了投资人的视野中。1986年,第一台商用基因测序设备正式出现,到第二代测序设备出现,期间间隔了19年时间。而第二代设备问世,到第三代设备的诞生,仅仅用了5年,基因测序设备的更新换代速度正在不断加快。

三代基因测序融资频爆错误率、成本高制约商用

  二代测序还未唱罢,三代测序就已登台。  上周,北京希望组宣布完成由经纬中国和赛富投资领投、清科创投跟投的近亿元人民币A轮融资。12月12日,英国公司Oxford Nanopore Technologies宣布在最近一轮融资中获得了1亿英镑(合计1.26亿美元)融资。  12月13日,第三代基因测

单分子测序:基因测序不再遥不可及

如果说二代测序的使命是使成本降低到1000美元/基因组的话,那么三代测序的使命就是使成本降低到100美元/基因组,进一步促进测序发展为临床的常规检测技术,在临床诊疗上发挥更大的作用。在年初的J.P.Morgan健康医疗大会上,美国基因测序公司Illumina宣布将创建一个新公司——Grail,致力于

单分子测序:基因测序不再遥不可及

  如果说二代测序的使命是使成本降低到1000美元/基因组的话,那么三代测序的使命就是使成本降低到100美元/基因组,进一步促进测序发展为临床的常规检测技术,在临床诊疗上发挥更大的作用。  在年初的J.P.Morgan健康医疗大会上,美国基因测序公司Illumina宣布将创建一个新公司——Grail

PacBio单分子测序最新科研动态

  DNA基因测序技术从上世纪70年代起,历经三代技术后,目前已发展成为一项相对成熟的生物产业。测序技术的应用也扩展到了生物、医学、制药、健康、农林、园艺、花卉、环保、法医等许多领域,并成为一项与我们衣食住行密切相关的高技术产业。据最新统计,2012年全球基因测序市场的产值已超过百亿,按最近几年增长

北京希望组完成近亿元B轮融资,瞄准全球三代测序应用

   近日,北京希望组(以下简称“希望组”)成功完成近亿元人民币B轮融资。本轮融资由远毅资本领投,昌平科技产业母基金(昌发展管理基金)和老股东经纬中国跟投。浩悦资本担任本次交易独家财务顾问。  希望组作为中国首家也是全球最大三代测序应用公司、全球最大的ONT测序中心,配备了20台GridION X5

单分子测序:基因测序不再遥不可及

  在年初的J.P.Morgan健康医疗大会上,美国基因测序公司Illumina宣布将创建一个新公司——Grail,致力于开发一种不超过1000美元的血液检测,用于多类型癌症的早期筛查。这种肿瘤DNA测序的主要目的是在无症状的个体中诊断各种各样的癌症,从而实现提前预防或治疗。  随着技术的不断进步,

我国学者采用混合组装策略和软件技术大幅降低测序深度

  近日,中国科学院昆明动物研究所张亚平院士和马占山研究员领导的团队发布了以“10x Genomics测序”辅助“三代测序”的混合组装策略和软件技术。研究人员采用美国加州大学Jain等人2018年发表在 Nature Biotechnology(doi: 10.1038/nbt.4060.)的人类基

PacBio单分子测序最新科研动态

DNA基因测序技术从上世纪70年代起,历经三代技术后,目前已发展成为一项相对成熟的生物产业。测序技术的应用也扩展到了生物、医学、制药、健康、农林、园艺、花卉、环保、法医等许多领域,并成为一项与我们衣食住行密切相关的高技术产业。据最新统计,2012年全球基因测序市场的产值已超过百亿,按最近几年增长速度

第三代测序技术:PacBio单分子测序最新科研动态

  DNA基因测序技术从上世纪70年代起,历经三代技术后,目前已发展成为一项相对成熟的生物产业。测序技术的应用也扩展到了生物、医学、制药、健康、农林、园艺、花卉、环保、法医等许多领域,并成为一项与我们衣食住行密切相关的高技术产业。据最新统计,2012年全球基因测序市场的产值已超过百亿,按最近几年增长

昆明动物所在三代基因测序领域取得进展

  近日,中国科学院昆明动物研究所研究员张亚平和马占山领导的团队发布了以“10x Genomics测序”辅助“三代测序”的混合组装策略和软件技术。研究人员采用美国加州大学Jain等人2018年发表在Nature Biotechnology上(doi: 10.1038/nbt.4060.)的人类基因组

国内三代测序技术瞄准遗传病诊断

  在过去的2016年,第三代测序获得了完美突破,首次登上了太空,首次完成人类基因组测序,首次确定了二代测序未能检测到的致病性大片段缺失突变,最终确诊了一种罕见遗传病......第三代测序也被Science纳入2016年十大科学突破之一。  第三代测序技术避免了第二代测序读长短的缺点,在临床上具有无

《自然—方法学》发表媲美基因组测序速度的组装算法。

  10年前,Illumina基因组测序技术进入市场时,前所未有的庞大数据量淘汰了较早开发的测序分析工具。  历史总是重演。如今,第三代测序技术已经达到低成本群体测序规模的临界点。  12月10日,《自然—方法学》在线发表了第一个能够跟上基因组测序产生速度的组装算法。  论文作者、中国农业科学院农业

研究发现全新全基因组组装方法

   十年前,Illumina基因组测序技术进入市场时,前所未有的庞大数据量淘汰了较早开发的测序分析工具。  历史总是重演。如今,第三代测序技术已经达到低成本群体测序规模的临界点。  英国时间12月9日,《自然—方法学》在线发表了第一个能够跟上基因组测序产生速度的组装算法。  这篇论文只有两位作者,

国产第三代基因测序仪可成功用于无创产前检测

日前,由南方科技大学、中国科学院北京基因组研究所、浙江大学医学院附属妇产科医院等多家单位联合完成了第三代单分子测序仪的无创产前检测研究。实验结果表明我国完全自主研发的第三代单分子基因测序仪可成功应用于无创产前检测(以下简称NIPT),且检测结果100%准确。据悉,这是全球唯一使用第三代测序仪成功完成

分析比产生更快?中国“智”造全基因组组装算法

  10年前,Illumina基因组测序技术进入市场时,前所未有的庞大数据量淘汰了较早开发的测序分析工具。  历史总是重演。如今,第三代测序技术已经达到低成本群体测序规模的临界点。  12月10日,《自然—方法学》在线发表了第一个能够跟上基因组测序产生速度的组装算法。  论文作者、中国农业科学院农业

DNA三代测序技术原理、平台、特点介绍

人类基因组计划、基因芯片、个性化分子诊断、生物云计算……这些在21世纪第一个十年里吸引无数眼球的热门词汇,都和一个产业颇有渊源——DNA测序。生物技术和信息技术在这片创意新天地里水乳交融,如果用一句诗来形容坐拥两大技术护航的DNA测序产业,那就是——天生丽质难自弃。随着人类基因组计划的完成,人类对自

北京希望组新购5台Sequel测序平台

   北京希望组生物科技有限公司(GrandOmics Biosciences, Co., Ltd., 以下简称“希望组”)与美国太平洋生物公司(Pacific Biosciences of California, Inc.,以下简称称“PacBio”)今日宣布达成战略合作,希望组与旗下科技服务公司

基因测序技术大升级

  DNA就像是漆黑的夜里萤火虫发的光,第二代测序技术无法辨别每一只萤火虫,所以就把上千只萤火虫放在同一个袋子里,才能收集到它们的光。但第三代技术却可以辨别每一只萤火虫,而且可以同时测量很多个DNA片断。 日前,南方科技大学生物系副教授贺建奎与另外几名中美科学家联合在生物医学杂志Bio

三代基因测序组装算法和软件研发获突破

  DNA基因测序技术从上世纪70年代起,历经三代技术后,目前已发展成为一项相对成熟的生物产业。测序技术的应用也扩展到了生物、医学、制药、健康、农林、园艺、花卉、环保、法医等许多领域,并成为一项与我们衣食住行密切相关的高技术产业。据最新统计,2012年全球基因测序市场的产值已超过百亿,按最近几年增长

浅议基因测序技术的代际

相对于较早出现的Sanger双脱氧核苷酸测序技术(简称Sanger测序),2005年后出现的NGS测序技术,使得基因组研究进入高通量时代,促进了基因组学科学研究及技术转化应用。在基因组学领域,NGS通常是next-generation sequencing的缩写,意为下一代或者新一代测序技术,亦

希望组自主三代组装软件NextDenovo最新版本全球学术开源

  希望组面向全球释放三代测序数据高效纠错、组装软件NextDenovo最新版本V2.0-beta.1 (https://github.com/Nextomics/NextDenovo),并免费开放用于学术和其他非商业用途。据悉,本次希望组发布的最新版本NextDenovo是专为三代测序数据开发的纠

中美合作Sparc新软件弥补三代基因测序“硬伤”

   中国科学院昆明动物研究所“计算生物与医学生态学科组”研究员马占山与美国马里兰大学博士叶承曦在基因测序领域的合作取得新的突破。针对第三代基因测序仪硬件错误率高达15%~40%的现实,该团队研发出了一套“线性复杂度”的算法,这套算法复杂性最低,基于该新算法完成了Sparc软件的开发。  Sparc

PeerJ:中美合作在三代基因测序软件领域再次取得重要突破

  近日,国际期刊《PeerJ》在线发表了中国科学院昆明动物研究所马占山研究员与美国马里兰大学叶承曦博士在基因测序领域的合作再次取得重要突破。研究团队近日正式发布了一款代号为 Sparc 的软件(软件试用下载网址: https://sourceforge.net/projects/sparc-con

中美合作在三代基因测序软件领域再次取得重要突破

  针对第三代基因测序仪硬件错误率高达15%—40%的现实,该团队研发出了一套“线性复杂度”(复杂性最低)的算法,Sparc软件即基于该新算法完成。  综合测试显示:采用测序深度仅为30x的三代基因测序数据,Sparc取得组装共识(Consensus)时错误率低于0.5%;同时与目前最优秀的同类软件

一代测序、二代测序及三代测序的应用对比

  一、初现庐山真面目  一代测序:又称Sanger测序(多分子,单克隆)  历史:第一代DNA测序技术(又称Sanger测序)在1975年,由Sanger等人开创,并在1977年完成第一个基因组序列(噬菌体X174),全长5375个碱基。研究人员经过30年的实践并对技术及测序策略的不断改进(如使用

一代测序、二代测序及三代测序的应用对比

  一、初现庐山真面目  一代测序:又称Sanger测序(多分子,单克隆)  历史:第一代DNA测序技术(又称Sanger测序)在1975年,由Sanger等人开创,并在1977年完成第一个基因组序列(噬菌体X174),全长5375个碱基。研究人员经过30年的实践并对技术及测序策略的不断改进(如使用

融资频频 从华大智造大额融资解析国产测序市场

  短短一个月内,齐碳科技、华大智造、塞纳生物先后宣布完成融资。国产基因测序仪再一次冲上了医疗健康领域的热点话题。  多年来,测序仪行业一直处在少数几家国外巨头的垄断之下。华大智造近两年的频繁动作虽然吹响了国产测序仪反攻的号角,但是从目前的市场占有率上看,想要最终实现进口替代,可能还需要些时间。