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如何利用TCGA数据库进行深度癌症研究及发大牛文章?

玩转数据库,助你发牛文!癌症研究究竟有多难?让我们来捋一下基本思路:首先,要有一定数量的高质量肿瘤临床样本;其次……等一下,是不是在“首先”这一步就卡住了?癌症研究中的高质量的肿瘤样本不但要有切除适当的肿瘤瘤体和癌旁组织,还需要每个病人的各项病理指征、家族病史、治疗手段、疗效以及对病人不间断的随访信息。要满足这些苛刻的要求,无论对于战斗在一线的临床医生,还是各大高校的科研人员都是十分困难的。难道真的没有解决办法吗?当然有!TCGA数据库,质量高、样本多,而且还是免费的!【欢脱的传送门:https://cancergenome.nih.gov/】TCGA(The Cancer Genome Atlas),即癌症和肿瘤基因图谱计划,是由美国国家癌症和肿瘤研究所(NCI)和国家人类基因组研究所(NHGRI)联合进行的。该计划通过应用基因组分析技术,特别是采用大规模的基因组测序,将人类全部癌症(近期目标为50种包括亚型在内的肿瘤)的......阅读全文

如何利用TCGA数据库进行深度癌症研究及发大牛文章?

  玩转数据库,助你发牛文!   癌症研究究竟有多难?让我们来捋一下基本思路:首先,要有一定数量的高质量肿瘤临床样本;其次……等一下,是不是在“首先”这一步就卡住了?癌症研究中的高质量的肿瘤样本不但要有切除适当的肿瘤瘤体和癌旁组织,还需要每个病人的各项病理指征、家族病史、治疗手段、疗效以及对病人不

如何利用TCGA数据库进行深度癌症研究及发大牛文章?

玩转数据库,助你发牛文!癌症研究究竟有多难?让我们来捋一下基本思路:首先,要有一定数量的高质量肿瘤临床样本;其次……等一下,是不是在“首先”这一步就卡住了?癌症研究中的高质量的肿瘤样本不但要有切除适当的肿瘤瘤体和癌旁组织,还需要每个病人的各项病理指征、家族病史、治疗手段、疗效以及对病人不间断的随访信

Nature癌症综述:如何用CRISPR进行癌症研究

   CRISPR/Cas9系统可以很容易地改写多种生物的基因组,这一技术很快如风暴一般席卷了整个基因组工程领域。可想而知,以CRISPR/Cas9为基础的各种应用也将为癌症遗传学领域带来一场变革。麻省理工霍华德・休斯医学研究所的Tyler Jacks就是这方面的先行者,他去年连发两篇Nature文

Nature综述:如何用CRISPR进行癌症研究

  CRISPR–Cas9系统可以很容易地改写多种生物的基因组,这一技术很快如风暴一般席卷了整个基因组工程领域。可想而知,以CRISPR–Cas9为基础的各种应用也将为癌症遗传学领域带来一场变革。麻省理工霍华德•休斯医学研究所的Tyler Jacks就是这方面的先行者,他去年连发两篇Nature文章

癌症基因组项目(TCGA)完成之反思

  经过美国不懈的努力,涉及上万个癌基因的癌基因组项目正式告一段落。该项目在2006年开始,预计花费1亿美元进行研究,并且癌症基因组图谱(TCGA)现在已经成为国际癌症基因组协会最大的组成部分,该项目汇聚了来自16个国家的科学家,并发现了接近10万个与癌症相关的基因突变。  现在的问题是,下一步怎么

肿瘤免疫火得飞起,更新后的TIMER 2.0数据库真心好用!

  肿瘤微环境中免疫细胞的组成和丰度是影响肿瘤进展和免疫治疗效果的重要因素。由于直接测量方法的局限性,计算算法通常用于从肿瘤转录组图谱推断免疫细胞组成。这些估计的肿瘤免疫浸润人群与肿瘤的基因组和转录组学变化相关,提供了对肿瘤免疫相互作用的见解。今天我们就一起来看这个肿瘤免疫分析的又一神器——TIME

深度解析癌症免疫疗法—如何训练机体来抵御癌症?

  人类机体的免疫系统非常强大而且复杂,其能够有效鉴别并且破坏几乎具有无限多样性的外来入侵者,但不幸的是,被破坏的癌细胞还会继续保持在机体中,并且不断发展,损伤细胞这种“识别和自我忽略”的信号就会让其躲避免疫系统的检测,因此这些损伤细胞的生长就不会受到“烦扰”,从而就会破坏机体组织和器官中的正常生理

2019年,大牛们都在研究什么?—m6A文章盘点

  19年悄悄的已经将近过半,但RNA甲基化研究马不停歇。单单过去一个半月的时间里高分文章就有十多篇,Nature,Cell子刊均有相关文章发表;造血干细胞分化,癌细胞上皮间质转化,树突细胞活化,心肌细胞肥厚,内源性免疫应答调控都有它的身影。这里小编给大家列举展示几篇最新的m6A RNA甲基化研究成

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如何利用多种成像技术加速癌症等疾病的研究!

  近年来,科学家们通过研究开发出了多种成像技术来加速人类癌症、肥胖等疾病的研究,本文中,将相关重要研究成果进行整理,分享给大家!与大家一起学习!   【1】Cell Rep:利用组合性成像技术成功追踪阿尔兹海默病患者大脑的退化过程   近日,一项刊登在国际杂志Cell Reports上的