如何利用TCGA数据库进行深度癌症研究及发大牛文章？
玩转数据库，助你发牛文！癌症研究究竟有多难？让我们来捋一下基本思路：首先，要有一定数量的高质量肿瘤临床样本；其次……等一下，是不是在“首先”这一步就卡住了？癌症研究中的高质量的肿瘤样本不但要有切除适当的肿瘤瘤体和癌旁组织，还需要每个病人的各项病理指征、家族病史、治疗手段、疗效以及对病人不间断的随访信息。要满足这些苛刻的要求，无论对于战斗在一线的临床医生，还是各大高校的科研人员都是十分困难的。难道真的没有解决办法吗？当然有！TCGA数据库，质量高、样本多，而且还是免费的！【欢脱的传送门：https://cancergenome.nih.gov/】TCGA（The Cancer Genome Atlas）,即癌症和肿瘤基因图谱计划，是由美国国家癌症和肿瘤研究所（NCI）和国家人类基因组研究所(NHGRI）联合进行的。该计划通过应用基因组分析技术，特别是采用大规模的基因组测序，将人类全部癌症(近期目标为50种包括亚型在内的肿瘤）的......阅读全文
Nature重要成果：绘制癌症的全面分子图谱
根据一项获得美国国立卫生研究院（NIH）支持的新研究发现一种乳腺癌亚型与难治性高分级浆液性卵巢癌具有许多共同的遗传特征。研究结果表明两种癌症具有相似的分子起源，这可能推动比较乳腺癌和卵巢癌亚型的治疗学数据。 研究人员利用癌症基因组图谱（TCGA）生成的部分数据，根据来自825名乳腺癌患者样本的综合
Science：5篇顶级癌症研究文章重复率差！
Science日前报道了癌症生物学领域重现性项目（Reproducibility Project:Cancer Biology）指出该领域中一些高影响力癌症研究文章可重复性非常差。其中，第一阶段的5篇备受瞩目的癌症研究文章，在严格按照原始研究的实验Protocol下进行重复性验证后，发现只有两篇
重磅级文章解读癌症转移研究新进展
【1】PNAS：揭示蛋白JAG1在癌症干细胞分化和转移中起关键作用 doi：10.1073/pnas.1815345116 在一项新的研究中，来自美国莱斯大学和杜克大学的研究人员发现发现一种较小的蛋白 ---JAG1---似乎在癌症干细胞如何发生分化和转移中发挥着关键性作用。至关重要的是，他
大规模癌症基因组研究发表《Nature》文章
髓母细胞瘤是儿童最常见的恶性脑瘤。大多数患者年龄在16岁以下。主要有4个亚组：Wnt、Sonic Hedgehog (SHH)、3组和4组。这些亚群由不同基因变化驱动，起始于不同细胞，常常表现出不同临床状况。Wnt组中，约95%患者可以成为长期存活者，3组患者只有50%。目前，尚无针对3组和4组
上海生科院Cell－Res发表癌症研究新文章
来自中科院上海生命科学研究院、复旦大学的研究人员证实，VGLL4通过负向调控Hippo信号通路下游转录因子复合物YAP-TEAD，在肺癌中发挥肿瘤抑制因子作用。这一研究发现在线发表在1月24日的《细胞研究》(Cell Research)杂志上。 中科院上海生命科学研究院的季红斌(Hon
揭示Y染色体上LncRNA－TTTY15促进前列腺癌细胞的增殖和迁移
前列腺癌（Prostate cancer，PCa）作为男性发病率第二的癌症，严重影响了患者生殖健康和生活质量。由于前列腺癌受多种基因调控，且目前缺乏相关机制方面的深入研究，治疗效果往往不甚理想。随着高通量技术的发展，使研究PCa相关分子标志物基因和作用机制成为可能。目前，已有报道指出许多明星Ln
不得了，大牛告诉你lncRNA甲基化如何研究
lncRNA分子通过海绵机制结合microRNA发挥生物学功能，这个ceRNA机制已经让大家心生厌倦了。可大牛就是大牛，引入甲基化就能轻松的变废为宝，竟然能让lncRNA的ceRNA思路变得瞬间高大上发表10分以上的文章，你一定和小编我一样很好奇他是怎么做到的。 RNA甲基化，作为最新的国
m5C高分m5C甲基化修饰技术研究方向汇总（二）
3. m5C——RNA测序提出对拟南芥转录组复杂性的新见解发表期刊：Nucleic Acids Research影响因子：11.5发表时间：2020.08.20文章链接：New insights into Arabidopsis transcriptome complexity revealed b
如何增强癌症免疫疗法？Science封面文章出新招
T细胞负责抵御病原体感染、肿瘤形成，同时也是肿瘤免疫疗法调动的主要细胞。但是，癌细胞很狡猾，有多种逃避免疫系统筛查、攻击的技巧。 所以，即便是肿瘤浸润淋巴细胞（TIL，抗肿瘤效应细胞，包括杀伤性T细胞）存在，肿瘤也依然会继续生长、扩散。这主要与TIL细胞会功能性衰竭或者对肿瘤无反应有关，在肿瘤
多篇亮点文章深度解读如何有效预防心血管疾病风险！
近年来，随着人口老龄化及城镇化进程的加速，我国心血管疾病的危险因素流行趋势也越来越为明显，心血管病的发病人数持续增加，而且未来10年心血管病患病人数仍将快速增长。心血管疾病负担越来越严重，其已经成为如今人们所要面临的重大公共卫生问题了。 那么有什么有效的方式能够预防心血管疾病的发生呢？在这里，
新发现！非编码DNA突变也可引发癌症－|－Nature子刊
基因与癌症的关系远比人类已了解的更加复杂。近日，美国科学家在一项新研究中鉴定出了近200个在不同的癌症中发挥作用的非编码DNA突变。 图片来源：Nature Genetics（doi:10.1038/s41588-018-0091-2） 在人类基因组中，有98%的信息是看似无用的“垃
找对研究对象轻松发20分文章
临床医生朋友们是否还苦于写课题文章没有好的思路？Dr.S教你一招吃遍天，在上一期中，我们的Dr.S已经给大家介绍了肝癌经典有效的研究方法，今天咱们介绍一下白血病，分析一篇2017年发表在Cancer Cell（IF=23.214分）上的文章，还是用我们经典的ABCD四要素模式来分析。这次的侧重点
找对研究对象轻松发20分文章
临床医生朋友们是否还苦于写课题文章没有好的思路？Dr.S教你一招吃遍天，在上一期中，我们的Dr.S已经给大家介绍了肝癌经典有效的研究方法，今天咱们介绍一下白血病，分析一篇2017年发表在Cancer Cell（IF=23.214分）上的文章，还是用我们经典的ABCD四要素模式来分析。这次的侧重点
Nature新文章：癌症代谢与侵袭
来自癌症基因组图谱(TCGA)研究网络的研究者们，在新研究中揭示了肿瘤细胞如何利用代谢能量，与最常见的肾癌形式——肾透明细胞癌(ccRCC)侵袭性之间的联系。他们的研究结果证实在ccRCC肿瘤细胞中正常的代谢被改变，由一种代谢信号通路转变为了利用另一种代谢信号通路。这种代谢转变在某些情况下与肿瘤
Cell：干细胞指数－未来有望开发出抑制癌症进展的新疗法
日前，一项刊登在国际杂志Cell上的研究报告中，来自圣保罗大学等机构的研究人员通过研究开发出了一种新型的索引模式，其能为癌症患者的预后提供相关信息，同时也能帮助指导癌症患者采用更加合适的疗法进行治疗，并且鉴别出开发新药的靶点。文章中，研究人员利用人工智能算法对来自33种不同类型肿瘤的1.2万份样
透过大规模基因组分析推出－泛癌症图谱－开启癌症治疗
【Technews科技新报】美国国立卫生研究院（NIH）资助的研究团队已经完成了一份详细的基因组分析，这个被称为泛癌症图谱（PanCancer Atlas）的研究结果收录了 27 篇论文，并包含了 33 种癌症、1 万多个种不同肿瘤分子和临床讯息的数据资料。 泛癌症图谱主要是针对癌症基因组
CRISPR技术如何助力癌症研究
在美国癌症研究学会（AACR）的新一届年会上，不少研究人员介绍了他们如何利用当下热门的CRISPR技术来研究癌症并寻找治疗方法。 据Whitehead研究所的首席研究员David Sabatini介绍，他们实验室利用CRISPR筛选癌细胞系，以搜索目标基因，并确定致癌通路的组分。 研究人员利
如何利用excel进行相对标准偏差计算
1、在电脑桌面上双击打开Excel软件，进入Excel数据处理页面。以现在图片二的数据为示例，来介绍如何计算相对标准偏差。2、开始处理数据时，将光标放在B10，然后可以看见界面左上角有一个【插入函数】选项，点击【插入函数】3、之后就会出现一个对话框，对话框是各种函数，选择标准偏差（STDEV）这个函
教你如何对常用有机试剂进行回收再利用
在环境监测和实验室分析测定时， 常常使用三氯甲烷、四氯化碳和石油醚等有机溶剂。这些试剂化学性质不活泼、不助燃，与酸、碱不起作用，处理起来比较困难。其易挥发，具有一定的毒性，污染环境。本文根据实验室试验及使用试剂的要求， 探讨有机试剂的回收和循环利用。 回收方法 1.活性碳吸附法
Nature：癌症研究领域面临分岔路口
自从上世纪70年代第一个致癌基因被发现开始，研究人员一直在渴望能将致癌突变编录成册。 每一个突变基因都有潜力使我们更加了解是什么导致了这种疾病?我们如何治愈它。 国际化的癌症基因组计划 上周，18400人来到加州圣地亚哥参加美国癌症研究协会的年会，会议展示了最新研究进展。研究人员
癌症干细胞大牛Science新发现：CRISPR发现癌症中突变信号
荷兰乌德勒支大学的研究人员发表了题为“Use of CRISPR-modified human stem cell organoids to study the origin of mutational signatures in cancer”的文章，利用CRISPR构建癌症类器官，从中发现了
如何判断分光光度计是否需要进行深度维护？
可以通过以下几个方面判断分光光度计是否需要进行深度维护：一、测量结果方面准确性下降：如果发现测量结果与已知标准值或预期值偏差较大，且经过多次重复测量和校准后仍无法改善，可能意味着仪器需要深度维护。例如，在制药行业中，对药物成分进行分析时，吸光度或透过率的测量值与标准值相差超过一定范围。注意观察测量结
如何判断分光光度计是否需要进行深度维护？
可以通过以下几个方面判断分光光度计是否需要进行深度维护：一、测量结果异常波长准确性问题：如果在使用过程中发现测量的波长与已知标准物质的波长有较大偏差，例如偏差超过了仪器规定的波长精度误差范围（制药行业通常要求较高，如 ±1nm 以内），可能意味着仪器的波长系统出现问题，需要深度维护。可以通过使用标准
北京基因组所发布癌症单细胞表达图谱数据库CancerSCEM
近日，中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）国家基因组科学数据中心开发的癌症单细胞表达图谱数据库CancerSCEM上线。该研究成果以CancerSCEM: a database of single-cell expression map across various human cance
Nature：乳腺癌的第一次大规模蛋白组基因组研究成果
基于癌症基因组的Atlas (TCGA)计划的数据，美国的科学家联合小组已经完成乳腺癌的第一次大规模“蛋白基因组（proteogenomic）”研究，将DNA突变联系到蛋白信号并帮助确定癌症驱动基因。这项研究由美国国家癌症研究所的肿瘤临床蛋白质组学分析联盟成员进行，包括贝勒医学院、MIT和哈佛的
昆明动物所等在胶质母细胞瘤分型研究中取得新进展
胶质瘤是常见的颅内肿瘤，其中恶性程度最高的是胶质母细胞瘤。异常的快速增殖、极强的浸润性及高度异质性是胶质母细胞瘤的典型特征。患者的平均中值生存期仅为一年左右，是目前人类肿瘤中死亡率极高的肿瘤之一。胶质母细胞瘤难以治疗的重要原因之一是其高度异质性。遗传突变的多样性是其异质性形成的重要原因。而现有以
新发现！非编码DNA突变也可引发癌症－|－Nature子刊
基因与癌症的关系远比人类已了解的更加复杂。近日，美国科学家在一项新研究中鉴定出了近200个在不同的癌症中发挥作用的非编码DNA突变。 image.png 图片来源：Nature Genetics（doi:10.1038/s41588-018-0091-2） 在人类基因组中，有9
－这三家狙击癌症的大牛公司，都在研究神秘的外泌体
随着测序技术的不断发展，癌症的体液活检技术逐渐壮大。体液活检，顾名思义，是通过人体的体液（血液、尿液等）检测诊断疾病的一种技术。由于体液活检便捷而不失精准，被《麻省理工大学科技评论》评选为“2015十大突破”之一。摩根大通甚至认为癌症的体液活检是一个千亿美元级的大市场。 体液活检目前检测的对象
中科院、复旦Cancer－cell发表癌症研究新文章
来自中科院上海生命科学研究院、复旦大学的研究人员证实，LKB1失活可引起氧化还原失衡，调控了非小细胞肺癌的可塑性和治疗反应。这一重要的研究发现在线发表在4月30日的《癌细胞》（Cancer cell）杂志上。 上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所的季红斌（Hongbin Ji）研究员和
多篇文章解读癌症疗法耐受研究新进展！
本文中，小编整理了多篇研究成果，共同解读科学家们在癌症疗法耐受研究上的新进展，分享给大家！图片来源：Science Immunology 【1】Science子刊突破！中国科学家开发抗体纳米颗粒破解肿瘤免疫耐受难题！ doi：10.1126/sciimmunol.aau6584 利用抗体对