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在CRISPR/Cas9相关研究中应用高通量测序技术(二)

四.CRISPR/Cas9技术与新一代测序技术的联用 革命性技术总是发展迅速、应用广泛的。作为另一项革命性的生命科学研究技术,DNA新一代测序技术在近五、六年得到快速发展和推广。它已经用于生命科学相关领域的许多方面。同样地,也可以用在CRISPR/Cas9相关的研究中。两者之间的应用领域有许多交叉或重合。 1.高通量测序可用于检验CRISPR/Cas9基因组编辑的结果,以及进行脱靶效应的分析 编码Cas9和sgRNA的片段通过质粒或其它途径转染进细胞后,Cas9在特异的位点对目标基因组进行切割,引起DNA双链断裂 (double-strand break, DSB),通过非同源末端连接(nonhomologous end joining, NHEJ)或同源重组(homologous recombination, HR),产生DNA的插入或删除(indel),或者依赖于含有特异突变的同源模......阅读全文

强强联合:在CRISPR/Cas9相关研究中应用高通量测序技术

  摘要:   CRISPR/Cas9基因组编辑技术和新一代测序技术(也称高通量测序技术),是当今对生命科学研究有重大影响的两项技术。二者并非毫不相干。有效地将二者联用,有时可以大大加速科研进程。两者之间有什么样的联系呢?在哪些研究领域或方向上可以联用呢?上海伯豪生物根据在这两个领域的技术服务经验

在CRISPR/Cas9相关研究中应用高通量测序技术(一)

摘要:CRISPR/Cas9基因组编辑技术和新一代测序技术(也称高通量测序技术),是当今对生命科学研究有重大影响的两项技术。二者并非毫不相干。有效地将二者联用,有时可以大大加速科研进程。两者之间有什么样的联系呢?在哪些研究领域或方向上可以联用呢?上海伯豪生物根据在这两个领域的技术服务经验,对相关内容

2017年5月CRISPR/Cas亮点盘点

  基因组编辑技术CRISPR/Cas9被《科学》杂志列为2013年年度十大科技进展之一,受到人们的高度重视。CRISPR是规律间隔性成簇短回文重复序列的简称,Cas是CRISPR相关蛋白的简称。CRISPR/Cas最初是在细菌体内发现的,是细菌用来识别和摧毁抗噬菌体和其他病原体入侵的防御系统。  

哈佛大学实验室发现CRISPR/Cas9存在严重脱靶效应

  哈佛大学David R Liu实验室利用体外筛选和高通量测序检测CRISPR/Cas9的脱靶,针对CLTA基因的四个不同靶位点共设计了八条不同序列的gRNA,即每个靶位点有两条gRNA,结果发现,四个靶位点均存在脱靶现象,脱靶效率最高可达 84%,同时CRISPR/Cas9的特异性仅与g

基因编辑进展梳理 Part I CRISPR系统拓展及机制研究篇

  基因编辑技术是指对目标基因进行编辑,实现对特定DNA片段的敲除、插入等。自CRISPR/Cas9基因编辑技术问世以来,取得了一系列重大突破,并相继在2012、2013、2015和2017年被Science杂志评为十大科学进展之一。因此,CRISPR/Cas9以其操作简便和成本低廉等优势受到了众多

基因编辑进展梳理 Part II 基于CRISPR-Cas9的技术应用篇(下)

  上一期为大家介绍了过去一年里CRISPR技术在动物造模及单碱基技术方面取得的重大突破。本期继续为大家从功能基因组筛选、细胞谱系示踪及疾病诊断方面谈谈CRISPR-Cas系统的技术运用。   一、大规模基因功能的筛选   尽管测序和基因组编辑技术取得了重大进展,但是解析复杂的基

基因编辑进展梳理 Part II 基于CRISPR-Cas9的技术应用篇(下)

  上一期为大家介绍了过去一年里CRISPR技术在动物造模及单碱基技术方面取得的重大突破。本期继续为大家从功能基因组筛选、细胞谱系示踪及疾病诊断方面谈谈CRISPR-Cas系统的技术运用。   一、大规模基因功能的筛选   尽管测序和基因组编辑技术取得了重大进展,但是解析复杂的基因型-表型关系仍

基因编辑进展梳理 Part I CRISPR系统拓展及机制研究篇

  基因编辑技术是指对目标基因进行编辑,实现对特定DNA片段的敲除、插入等。自CRISPR/Cas9基因编辑技术问世以来,取得了一系列重大突破,并相继在2012、2013、2015和2017年被Science杂志评为十大科学进展之一。因此,CRISPR/Cas9以其操作简便和成本低廉等优势受到了众多

魏文胜:CRISPR功能性筛选新方法

  自2013年Science杂志将CRISPR技术选为年度突破开始,这一新技术就给基因编辑世界带来一场风暴:在过去的这一年半时间里,CRISPR方法已迅速席卷了整个动物王国,成为DNA突变和编辑的一种明星技术。   国内外各大生物实验室的科学家们纷纷尝试利用这种技术进行攻关,近期来自北京大学生命

Nat Methods: 2014年值得关注的技术

  单细胞测序被评为2013年年度技术   2014 年首刊,《Nature Methods》杂志将2013年度技术(Method of the Year 2013)授予了单细胞测序(single-cell sequencing)。同时,杂志还介绍了2014年值得关注的技术,包括

基因修饰小鼠(GEM)模型在肿瘤学研究中的应用(二)

最近,CRISPR/Cas9系统也应用于靶基因的抑制(CRISPRi)或激活(CRISPRa)的遗传修饰。这类修饰系统可用于研制相应致癌基因,和/或抑制TSGs基因的诱导和可逆激活小鼠模型。比如借助CRISPRa为基础的系统,通过激活致癌基因的转录,达到研究其致癌潜力的目的。虽然CRISPR/Cas

国外企业“妙招” 攻克长读长测序技术中“DNA提取”的痛点?

  近年来,Pacific Biosciences、Oxford Nanopore Technologies、Bionano Genomics和10x Genomics等公司的长读长测序和基因组图谱技术越来越受欢迎。随着相关技术的推广应用,长读长测序技术在快速、高效提取高质量高分子量DNA方面的痛点

当“魔剪”CRISPR遇上干细胞,会撞出什么火花?

  自发现以来,基于CRISPR的基因编辑系统已经从根本上改变了研究者们操纵基因组的能力。近日,Cell杂志推出CRISPR特辑——Gene Editing in Stem Cells,用2个SnapShots、2篇综述以及7篇论文,回顾了近阶段基因编辑技术与干细胞之间“擦出的火花”。  Cell

Nat Rev Genetics | 环状RNA的合成与功能

  环状RNA(circular RNA,circRNA)是一种新兴的内源性非编码RNA(noncoding RNA,ncRNA),是继microRNA (miRNA)以及long noncoding RNA (IncRNA)后非编码RNA家族中极具研究潜力的新成员。越来越多的研究表明,环状RNA具

2018年5月CRISPR/Cas最新研究进展

  基因组编辑技术CRISPR/Cas9被《科学》杂志列为2013年年度十大科技进展之一,受到人们的高度重视。CRISPR是规律间隔性成簇短回文重复序列的简称,Cas是CRISPR相关蛋白的简称。CRISPR/Cas最初是在细菌体内发现的,是细菌用来识别和摧毁抗噬菌体和其他病原体入侵的防御系统。  

27篇SNC论文!他凭这些学术成就获亿元融资

  基因修饰动物是研究在发育和疾病中基因功能的重要工具。CRISPR/Cas9系统有效的应用于构建基因敲除和敲入小鼠。而杨辉团队正好专注于该领域。  杨辉,30岁时,就成为中科院上海生科院神经所研究员;2015年,入选国家“青年千人计划”;2019年,杨辉博士获得国家杰出青年基金资助。  由杨辉创办

同济教授用CRISPR制备瘦素缺陷大鼠

  Leptin(LEP)是由脂肪细胞分泌的蛋白质类激素,主要由白色脂肪组织产生。其前体由167个氨基酸残基组成,N末端有21个氨基酸残基信号 肽,该前体的信号肽在血液中被切掉而成为146氨基酸,分子量为16KD,形成Leptin。Leptin具有广泛的生物学效应,其中较重要的是作用于下 丘脑的代谢

Horizon Discovery又获一CRISPR技术商业使用权

  Horizon Discovery是一家总部位于英国剑桥的跨国生物科技公司,具有十余年的基因编辑技术研究历史。该公司于2014年在伦敦股票交易市场上市,是剑桥有史以来上市融资最多的生物高科技公司。公司至今已获得十多个科技及创新企业大奖,其中包括女皇全英企业奖、“最有前途生物科学公司”奖等。另外,

2019年8月CRISPR/Cas最新研究进展

  基因组编辑技术CRISPR/Cas9被《科学》杂志列为2013年年度十大科技进展之一,受到人们的高度重视。CRISPR是规律间隔性成簇短回文重复序列的简称,Cas是CRISPR相关蛋白的简称。CRISPR/Cas最初是在细菌体内发现的,是细菌用来识别和摧毁抗噬菌体和其他病原体入侵的防御系统。图片

基因组技术来了,“人人基因”时代中国产业如何争上游?

  何菊虹(化名)41岁时怀上了二胎,在西安一家民营医院产检“唐氏筛查”时,被医生告知“一切正常”,但孩子出生后被确诊为唐氏综合征患者,一家人的生活从此陷入为孩子康复、治疗的绝望里。  “如果当时就有无创产前基因检测,这样的悲剧就基本不会发生了。”深圳华大基因执行副总裁朱岩梅在朋友圈如此评论。  何

BioTechniques:2015最受欢迎的技术文章

  BioTechniques杂志日前评出了2015年最受欢迎的十篇技术文章,涵盖了对PCR、DNA提取、无细胞蛋白表达等常规技术的改良,以及CRISPR/Cas9、Hi-Plex、微图案化等新技术的应用。  1. Visual detection of isothermal nucleic aci

显微注射技术:跨越百年的不老传奇

  江湖寒,刀锋冷,人断肠。问世间江湖,几许清醒,几许梦寒?狂歌以后,路遥遥,风沙厉!   ——古龙   时光荏苒,岁月穿梭,现已是公元2019年,回望2018,请允许小编以这古龙先生之词怀金庸先生之作。2018,注定是不平凡的一年,生命科学领域可谓是悲喜交加,前有科学家利用单细胞分离与单细胞

显微注射技术:跨越百年的不老传奇

  江湖寒,刀锋冷,人断肠。问世间江湖,几许清醒,几许梦寒?狂歌以后,路遥遥,风沙厉!   ——古龙   时光荏苒,岁月穿梭,现已是公元2019年,回望2018,请允许小编以这古龙先生之词怀金庸先生之作。2018,注定是不平凡的一年,生命科学领域可谓是悲喜交加,前有科学家利用单细胞分离与单细胞

4月王牌聚焦:纷纷扰扰的干细胞造假事件

  2014年的四月天气波动频繁,一会儿艳阳高照,一会儿又乌云密布,气温骤降。生命科学界竟也是如此:干细胞研究一会儿报道称获得了突破性的重大成果,但没高兴几天,作者就已经承认造假了,就连iPS技术鼻祖山中伸弥也来凑热闹……  今年一月,日本理化研究所宣布,通过将皮肤等处的体细胞在弱酸性溶液中浸泡30

CRISPR/Cas9与DNA条形码的突破性“联姻”:探索瘤内基因异质性

  肿瘤异质性作为癌症生物学最主要的特征之一,是癌症研究者必须考虑的问题。对处于正常组织背景下的肿瘤而言,可能包含多种不同亚型,这些亚型可能含有各自独特的突变信息,这种异质性对癌细胞的耐药性及肿瘤的复发起着关键性的作用。   论文第一作者Alexis Guernet突破性地将CRISPR/Cas9

Science杂志最受关注的文章(11月)

  生物通报道:美国的《Science》杂志由爱迪生投资创办,是国际上著名的自然科学综合类学术期刊,与英国的《Nature》杂志被誉为世界上两大自然科学顶级杂志。Science杂志主要发表原始性科学成果、新闻和评论,许多世界上重要的科学报道都是首先出现在Science杂志上的,比如艾滋病与人类免疫缺

清华大学Nature子刊:将Cas9应用于分子克隆

  在4月21日的《自然实验手册》(Nature Protocols)杂志上,清华大学的朱听(Ting Zhu)研究员与博士生姜文君(Wenjun Jiang)撰文,详细介绍了利用一种叫做Cas9辅助靶向染色体片段(CATCH)的方法,靶向分离及克隆100kb微生物基因组序列的优化实验方案。  朱听

基因编辑进展梳理 Part I CRISPR系统拓展及机制研究(二)

 两篇研究揭示Cas4核酸酶对于CRIPSR免疫反应的重要性2018年3月27日的,Shiimori团队在Cell Reports期刊上发文,证明了Cas4核酸酶是间隔序列前体临近基序( PAMs )靶向选择所必须的,有助于Cas1和Cas2选择新的CRISPR间隔物,并赋予天然宿主S

显微注射技术介绍

时光荏苒,岁月穿梭,现已是公元2019年,回望2018,请允许小编以这古龙先生之词怀金庸先生之作。2018,注定是不平凡的一年,生命科学领域可谓是悲喜交加,前有科学家利用单细胞分离与单细胞测序技术揭示胚胎发育过程助力生命医学研究,后有饱受争议的世界首例基因编辑婴儿的诞生[1],科学的脚步以超乎人类想

盘点全基因组检测CRISPR脱靶位点的几种重要技术

  在2013年,来自麻省总医院的研究人员发现使用CRISPR-Cas RNA引导性核酸酶的一个重要局限:会在预期靶点以外的位点上生成多余的DNA突变。此后陆续有研究直接说明了CRISPR/Cas9存在严重的脱靶性,即该技术可以发生非特异性切割,引起基因组非靶向位点的突变,这样会造成研究结果的不确定