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国外企业“妙招”攻克长读长测序技术中“DNA提取”的痛点?

近年来,Pacific Biosciences、Oxford Nanopore Technologies、Bionano Genomics和10x Genomics等公司的长读长测序和基因组图谱技术越来越受欢迎。随着相关技术的推广应用,长读长测序技术在快速、高效提取高质量高分子量DNA方面的痛点日益凸显。 长读长测序技术痛点:DNA提取速度、产量是关键 在过去的基因组研究中,人们可能会更多的选择短读长测序。现在,那些新开展的基因测序研究更愿意选择PacBio、Oxford Nanopore、Bionano、10x Genomics等公司的技术。例如将为地球上所有66,000种脊椎动物物种生成参考基因组的脊椎动物基因组计划(VGP),就已承诺在研究中使用高通量基因组图谱技术和长读长测序技术。 利用目前已有的许多DNA提取标准方法,如色谱柱法和磁珠法,获得高分子量DNA并不容易。大多数用户最终选择的还是非常传统的方法,如琼......阅读全文

2018年基因组测序盘点——各种有趣的动物

  2018年,各国科学家继续卯足了劲,对本国的珍(qi)稀(pa)动物进行基因组测序。他们的目标是保护濒危动物(如考拉、金枪鱼),对付入侵物种(如小龙虾、海蟾蜍),抑或是从中发现长寿的秘密(如乌龟、鹦鹉)。  与之前采用单一技术的研究不同,如今的基因组测序研究大多结合Illumina短读长和Pac

新一代测序技术之三国时代(中):Roche/454

      454公司可谓新一代测序技术的奠基人。2005年底,454公司推出了革命性的基于焦磷酸测序法的超高通量基因组测序系统——Genome Sequencer 20 System,被《Nature》杂志以里程碑事件报道,开创了边合成边测序(sequencing-b

新一代超高通量基因组测序系统 GS FLX开创科研无限新...

新一代超高通量基因组测序系统 GS FLX开创科研无限新可能GS FLX系统是由罗氏454生命科学公司推出的目前应用最广的超高通量基因组测序系统,研究人员利用高准确性、长读长的GS FLX系统快速的获得高质量的生物数据,取得科研突破性进展。自GS系统问世以来,于世界顶级杂志共发表250余篇高质量

罗氏454测序分析软件升级

  罗氏公司近日宣布推出一款新的软件包(v2.8),能显著改善其GS FLX+系统上长读取鸟枪法测序的性能。这一测序平台能带来百万个读取,其读长超过1000 bp。此次改进将让研究人员发现更多复杂的遗传变异,并揭开隐藏在基因组、转录组和宏基因组样品中难以测序的区域下的生物学秘密。   罗氏

2亿美元“精准医疗计划”卖的是啥药?

  近期的医学网络热词,莫过于“精准医疗”了,因为给它做广告的是美国总统奥巴马,而在奥巴马身后,是现任NIH(美国国立卫生研究院)的主任Francis Collins和NCI(美国国家癌症研究所)的所长Harold E. Varmus两位大牛。这两位人物管理着美国医学研究最主要的研究领域。如此高调、

中国花生基因组计划取得阶段性研究成果

  近日,由山东圣丰种业科技有限公司、广东省农业科学院、山东省农业科学院和Macrogen千年基因联合启动的中国花生基因组计划取得了阶段性研究成果,该成果报告会于Macrogen千年基因圆满举办。本次会议总结了中国花生基因组计划的阶段性研究成果及国际上花生基因组研究的进展,并讨论了花生基因组计划后期

Nature:借助第三代测序韩国发表最连续人类基因组

  国立首尔大学医学院的研究人员和美国被誉为“测序黑马”的公司——10x Genomics联合运用去年新发售的GemCodeTM测序平台以及第三代测序PacBio单分子实时测序平台在本期的Nature上发表了一项新的研究,对一名韩国人的基因组(AK1)进行从头组装和单倍体型定相信息分析。这是迄今为止

2018年基因组测序盘点——各种新鲜的植物

  作为人类的主要食物,植物在我们的生活中扮演着重要角色。然而,由于植物基因组比较大,表现出多种倍性,还存在着大量的重复区域,故植物基因组的测序工作一直进展缓慢。  如今,得益于新型的测序技术,比如PacBio和Oxford Nanopore的长读长测序技术,许多植物在2018年收获了基因组,或者说

关于三代基因测序,你所需要知道的都在这儿!

  一、导读:  在大部分投资者对“二代测序”(NGS)还没有搞清技术细节的情况下,“三代测序”(3GS)又火了。  6月17日,医药板块中基因测序相关标的在“三代测序技术获得重大突破”的新闻影响上出现明显涨幅,我们也接到较多投资者对相关新闻的背景及观点的询问。为此,我们结合各方面资料归纳总结了三代

Nature子刊:新技术攻克单分子测序大问题

  来自冷泉港实验室(CSHL)的一位定量生物学家及同事们开发出了一种混合错误校正新方法攻克了单分子测序的重大问题,可将长读(long reads)的准确度提高到99.9%。这一研究成果发布在7月1日的《自然生物技术》(Nature Biotechnology)杂志上。   领导这一研究的是冷

让众多科学家心存疑虑的第三代测序技术

  在第二代测序技术的协助下,个人基因组图谱正在如火如荼地绘制中。但第二代测序技术很快就遇上了强劲的对手——第三代测序技术,也被称为“下、下一代的测序(next-next-generation sequencing)”。第三代测序技术是基于纳米孔(nanopore)的单分子读取技术,有着更快的数据读

5000bp!单分子测序读长再次升级

  PacBio RS单分子测序在发布时就以其超长的读长引起研究者的极大兴趣。在不到一年的时间里,随着年初C2试剂的升级,Pacbio RS的平均读长达到了3000bp,并迅速在测序的各个领域,特别是De novo中发挥了巨大的读长优势。Pacific Biosciences公司在11月6日

突破性进展:如何追踪抗生素耐药细菌抗性基因的来源?

   根据世界卫生组织(WHO)报道,“抗抑菌剂基因的出现对于由细菌、寄生虫、病毒及真菌所引起的感染疾病的预防与治疗带来了很大的挑战,在后抗生素时代,看似普通的感染有可能扼杀一条生命不再是不切实际的幻想,而正逐渐变为现实”。   通常抗抑菌剂基因的获得是由细菌内可动遗传因子元件介导的致病菌间或者是致

美《科学家》杂志评选出2016年生命科学领域十大创新产品

  美国著名科普杂志《科学家》(The Scientist)是一份在生命科学方面被广大读者认可,并受业界尊敬的月刊杂志。该杂志一直致力于研究生命科学,为科研人员提供最新的研究动态,科研成果发布等多方面的报道。每年年底,该杂志都会颁发生命科学相关的十大创新产品奖项。  近日,《科学家》公布了其评选的2

新一代测序技术之三国时代(上):Illumina

【摘要】2005年454公司首推划时代的新一代测序仪,从而引发了测序市场上454、Illumina、ABI等公司在新一代测序技术上的比拼高潮。也正是这种你追我赶,让绘制人类全基因组图谱由过去的耗费4.37亿美元和13年时间,骤然缩短到如今SOLiD 3运行一次即获得50GB可定位测序数据。新一代测序

全球首个"个人参考基因组服务计划(PRGSP)"正式启动

  北京时间2018年3月31日晚间,北京希望组生物科技有限公司(以下简称“希望组”)在南京举行的第五届NGS创新开发者大会,与北京基云惠康科技有限公司(以下简称“基云惠康”)共同宣布启动“个人参考基因组服务计划(Personal Reference Genome Service Project)”

基因测序万亿蓝海:国产测序仪能替代进口吗?

   基因测序是一个革命性技术,所带来的应用领域非常宽广,是一片未开发的蓝海领域。近几年来,随着基因测序技术的进步,基因测序行业进入高速发展时期。  在基因测序产业链中,最上游基因测序仪的研发和生产是产业的命门,长期以来,基因测序仪的生产一直被国外所垄断,而从今年开始,中国制造的基因测序仪将逐步替代

多种测序技术成就高质量的蚊子基因组

  提起蚊子,相信大家没有爱只有恨吧。这种恼人的生物不仅会吵得你睡不好觉,还会传播多种疾病。每年全球大约有4亿人感染由埃及伊蚊(Aedes aegypti)传播的病毒,包括登革热、黄热病、寨卡和基孔肯雅病毒。  为了更好地了解蚊子背后的生物学,并开发消灭蚊子的工具,由洛克菲勒大学领导的国际研究团队本

盘点:全球十大顶尖基因测序公司

  新一代测序(NGS)的市场规模到底有多大?据BCC Research统计,到2022年NGS市场将达到105亿美元。MarketsandMarkets则更加乐观一些,估计届时将达到124.5亿美元。不过BIS Research的预测较为保守,认为市场增长速度将相对缓慢一些,预计2024年达到11

Sanger采用SMRT测序技术获得 NCTC 3,000株细菌基因组图谱

  英国著名的Wellcome Sanger研究所与Pacific Biosciences(PacBio)合作已完成了对英国公共卫生部国家标准菌库NCTC中 3,000多株细菌的基因组的测序工作,其中包括一些世界上最危险的细菌,如引起鼠疫、痢疾和霍乱的细菌。通过解码DNA,研究人员能够更好地了解细菌

科学家绘制高精度类人猿基因组图谱

一个国际科研团队宣布,他们新近绘制出红毛猩猩和黑猩猩这两种类人猿的高精度基因组图谱。与过去类似研究不同的是,这次没有参照人类基因组图谱,因此更准确地揭示了人类与类人猿的基因差异。 利用第三代基因测序技术和先进的拼接方法,美国华盛顿大学等机构研究人员绘制出的这个高精度基因组图谱,对人与类人猿基因组

454用于西红柿基因组测序

  最近,西红柿基因组学会完成了一个农业种植西红柿品系Solanum lycopersicum的基因组图谱,以及一个野生型西红柿品系S. pimpinellifolium的基因组图谱,并将其与已知的土豆基因组以及其他植物比较,寻找与水果有些特性相关的基因,相关文献在Nature杂志作为封面文章发

国内三代测序技术瞄准遗传病诊断

  在过去的2016年,第三代测序获得了完美突破,首次登上了太空,首次完成人类基因组测序,首次确定了二代测序未能检测到的致病性大片段缺失突变,最终确诊了一种罕见遗传病......第三代测序也被Science纳入2016年十大科学突破之一。  第三代测序技术避免了第二代测序读长短的缺点,在临床上具有无

Nature重磅!PacBio 三代测序技术又一重大应用

  近期,《Nature Biotechnology》上在线发表了一篇由西奈山伊坎医学院,生物信息学公司Sema4,纽约大学和佛罗里达大学的科学家们联合开展的研究结果。在这项新工作中,科学家使用PacBio长读长单分子实时测序技术(SMRT 测序技术)和新型算法进行微生物组菌株鉴定,提出不同种的微生

新一代测序技术的先锋-SOLiD系统

2008年12月  作为上世纪生命科学领域最重要的技术发明之一,测序技术深刻地改变了我们对生命本质的理解和掌控能力。假如没有测序技术,基因序列就无法确定,酶切、克隆、反转录、cDNA、PCR、SNP、RNAi等等研究技术也就根本无从谈起,生命科学领域也不会有今日的蓬勃发展。无人不晓的GenBank;

1132.2万!浙江大学采购高通量基因测序仪、LC-MS/MS等

  分析测试百科网讯 近日,浙江大学高通量基因测序仪、液相色谱串联三重四级杆质谱仪项目公开招标,此次采购预算金额1132.2万元(人民币)。招标详情如下:  项目名称:浙江大学高通量基因测序仪、液相色谱串联三重四级杆质谱仪项目  项目编号:ZUPC-GK-HW-2019033  投标截止时间:201

新一代测序技术(下)-SOLiD (ABI)

 【摘要】 2005年454公司首推划时代的新一代测序仪,从而引发了测序市场上454、Illumina、ABI等公司在新一代测序技术上的比拼高潮。也正是这种你追我赶,让绘制人类全基因组图谱由过去的耗费4.37亿美元和13年时间,骤然缩短到如今SOLiD 3运行一次即获得50GB可定位测序数据。新一代

2019年中国基因测序产业全景图谱

  近年来,基因测序行业得到迅速发展,吸引了大量资本和企业的进入。目前,在行业上游仪器设备环节,国外企业竞争优势显著,而在国内的基因测序与应用终端领域华大基因竞争力强劲。但是,基因测序技术在终端应用领域还未实现完全推广,未来发展仍具有巨大的想象空间。全景图:下游应用领域广泛,但尚未完全推广  从基因

二倍体人类基因组的首次全面分析

  2003年人类基因组测序的完成可谓生命科学史上的一个里程碑。然而,这个项目并非没有缺陷。最终组装好的序列,也就是人们所说的参考基因组,是由单倍体序列组成,但是人类基因组却是二倍体的。  近日,美国的一组研究人员首次对二倍体的人类基因组进行了全面分析,并将其结果发表在《Nature Methods

昆明动物所发布中国恒河猴基因组并解析猿类结构变异

  恒河猴(Macaca mulatta)是生物科学研究和新药研发广泛应用的非人灵长类实验动物。构建一个高质量的恒河猴基因组是开展相关研究的重要基础。当前国际上广泛使用的是印度恒河猴的参考基因组,但这个主要基于二代测序的恒河猴参考基因组组装质量较差,序列碎片化和缺失严重,极大地限制了它的应用,特别是