PacBio三代单分子测序获表观遗传研究新发现

　　来自福建农林大学海峡联合研究院林学中心等处的研究人员发表了题为“Comprehensive profiling of rhizome-associated alternative splicing and alternative polyadenylation in moso bamboo (Phyllostachys edulis)”的文章，采用PacBio第三代单分子测序，并结合RNA-seq和PAS-seq (polyadenylation site sequencing)，全面解析了选择性拼接和选择性多聚腺苷酸化在毛竹地下茎组织生长发育中的调控。

　　这一研究成果公布在植物学权威期刊The Plant Journal杂志上，通讯作者为福建农林大学马留银副教授与顾连峰教授，第一作者为王涛涛、王汇源及蔡大伟。

　　毛竹是生长最快的植物之一，福建是毛竹的主要产区，研究其快速生长机制具有重要的理论意义和实际应用价值。毛竹地下茎系统运输养分是茎秆快速生长的重要保障，但其生长发育的调控机制尚未开展研究。

　　在这篇文章中，研究人员采用PacBio第三代单分子测序，并结合RNA-seq和PAS-seq两种测序方法，对毛竹地下系统几个关键组织的选择性拼接和选择性多聚腺苷酸化进行了全面解析和量化，发现二者相互关联调控转运蛋白、转录因子、纤维素合成酶及翻译调节因子等相关基因，调控毛竹地下茎不同组织生长发育。

　　这项研究对毛竹基因进行重注释，并发现一批新的编码基因及非编码RNA，并对富含DNA甲基化的转座子侧翼选择性多聚腺苷酸化的表观遗传学调控进行了初步的探索，这一成果为后续研究毛竹转录后调控及表观遗传学与快速生长的关系奠定了重要的前期基础。

　　上个月，中科院遗传与发育生物学研究所，四川农业大学的研究人员也利用PacBio单分子测序，结合遗传图谱和fosmid文库测序，BioNano光学图谱的验证，对一个籼稻基因组蜀恢498（R498）进行测序。最后得到一个长度为390.3 Mb的基因组，共由17个连续DNA片段（Super-Contig）组成，包括7条头尾相连的染色体和5条分成两个Super-Contig的染色体。

　　蜀恢498的基因组是目前所有高等动植物中组装质量最高的基因组，除了5个着丝粒重复序列区域和其它少数几个串联重复序列区域，整个基因组都被组装了出来；其基因组完整性和连续性都大大高于日本晴及拟南芥等基因组，且有更低的错误率。