NatMethods:改变蛋白质研究的强大工具
近期,《Nature Methods》发布了一种称为Aquaria的强大工具,利用这一工具,生命科学家们可以利用公开可用的网络资源,精简了深入了解3D蛋白结构的过程。延伸阅读:中科大院士JBC解析重要蛋白复合体结构。 Aquaria项目是由澳大利亚加文医学研究所和CSIRO的Seán O'Donoghue博士与慕尼黑工业大学的Andrea Schafferhans博士共同指导完成。该项目始于2009年,包括一个国际团队,大约有十几名程序员和生物信息专家。 Aquaria是建立在蛋白质数据库(Protein Data Bank)的基础之上,其中包含超过100,000个蛋白质结构。 O'Donoghue说:“蛋白质数据库是一个很好的资源,含有生命分子过程的丰富细节,但是我们都知道,很少有生物学家能够充分的利用它。所以我们构建了Aquaria,使这一有价值的信息更容易用以探索发现。” “我们所做的事情是,把很多额外有用的信......阅读全文
关于αBGT蛋白质结构的基本信息介绍
α-BGT是1963年发现的。是一种碱性多肽,含较多的碱性氨基酸和10个半胱氨酸残基,半胱氨酸残基都参与5对二硫键的形成。属于长链突触后神经毒素,由74个氨基酸组成,相对分子质量为8000 D,空间结构复杂,几乎每一个氨基酸都对空间结构的形成发挥着重要作用。虽然分子量并不大,但α-BGT具有相当
蛋白质近紫外CD-表征三级结构信息
蛋白质近紫外CD 表征三级结构信息 蛋白质中芳香氨基酸残基,如色氨酸(Trp) 、酪氨酸(Tyr) 、苯丙氨酸(Phe) 及二硫键处于不对称微环境时,在近紫外区250~320nm ,表现出CD 信号[37 ] 。研究表明:色氨酸在290 及305nm 处有精细的特征CD 峰;酪氨酸在275nm
蛋白质超二级结构的基本信息介绍
超二级结构(supersecondary structure)是指在多肽链内顺序上相互邻近的二级结构常常在空间折叠中靠近,彼此相互作用,形成规则的二级结构聚集体。发现的超二级结构有三种基本形式:α螺旋组合(αα);β折叠组合(βββ)和α螺旋β折叠组合(βαβ),其中以βαβ组合最为常见。它们可
蛋白质的分类信息
食物蛋白质的营养价值取决于所含氨基酸的种类和数量,所以在营养上尚可根据食物蛋白质的氨基酸组成,分为完全蛋白质、半完全蛋白质和不完全蛋白质三类。完全蛋白所含必需氨基酸种类齐全、数量充足、比例适当,不但能维持成人的健康,并能促进儿童生长发育,如乳类中的酪蛋白、乳白蛋白,蛋类中的卵白蛋白、卵磷蛋白,肉类中
蛋白质(十)分类信息
分类信息食物蛋白质的营养价值取决于所含氨基酸的种类和数量,所以在营养上尚可根据食物蛋白质的氨基酸组成,分为完全蛋白质、半完全蛋白质和不完全蛋白质三类。完全蛋白所含必需氨基酸种类齐全、数量充足、比例适当,不但能维持成人的健康,并能促进儿童生长发育,如乳类中的酪蛋白、乳白蛋白,蛋类中的卵白蛋白、卵磷蛋白
蛋白质根据蛋白质结构进行分类
纤维蛋白(fibrous protein):一类主要的不溶于水的蛋白质,通常都含有呈现相同二级结构的多肽链许多纤维蛋白结合紧密,并为单个细胞或整个生物体提供机械强度,起着保护或结构上的作用。球蛋白(globular protein):紧凑的,近似球形的,含有折叠紧密的多肽链的一类蛋白质,许多都溶于水
关于蛋白质结构的结构测定介绍
专门存储蛋白质和核酸分子结构的蛋白质数据库中,接近90%的蛋白质结构是用X射线晶体学的方法测定的。X射线晶体学可以通过测定蛋白质分子在晶体中电子密度的空间分布,在一定分辨率下解析蛋白质中所有原子的三维坐标。大约9%的已知蛋白结构是通过核磁共振技术来测定的。该技术还可用于测定蛋白质的二级结构。除了
关于蛋白质结构的结构预测介绍
测定蛋白质序列比测定蛋白质结构容易得多,而蛋白质结构可以给出比序列多得多的关于其功能机制的信息。因此,许多方法被用于从序列预测结构。 一、二级结构预测 二、三级结构预测 同源建模:需要有同源的蛋白三级结构为基础进行预测。 Threading法。“从头开始”(Ab initio):只需要蛋
关于蛋白质结构的结构种类概述
蛋白质分子是由氨基酸首尾相连缩合而成的共价多肽链,但是天然蛋白质分子并不是走向随机的松散多肽链。每一种天然蛋白质都有自己特有的空间结构或称三维结构,这种三维结构通常被称为蛋白质的构象,即蛋白质的结构。 蛋白质的分子结构可划分为四级,以描述其不同的方面: 一级结构:组成蛋白质多肽链的线性氨基酸
脑苷脂-的结构信息
脑苷脂 cerebroside 亦称为酰基鞘氨醇己糖苷,为神经鞘糖脂的一种。是酰基鞘氨醇上以糖苷键结合一分子己糖而成的化合物。
蛋白质整体的结构
蛋白质是以氨基酸为基本单位构成的生物大分子。蛋白质分子上氨基酸的序列和由此形成的立体结构构成了蛋白质结构的多样性。蛋白质具有一级、二级、三级、四级结构,蛋白质分子的结构决定了它的功能。 一级结构:蛋白质多肽链中氨基酸的排列顺序,以及二硫键的位置。 二级结构:蛋白质分子局区域内,多肽
蛋白质立体结构原则
1.由于C=O双键中的π电子云与N原子上的未共用电子对发生“电子共振”,使肽键具有部 分双键的性质,不能自由旋转。 2.与肽键相连的六个原子构成刚性平面结构,称为肽单元或肽键平面。但由于α-碳原子与其他原子之间均形成单键,因此两相邻的肽键平面可以作相对旋转。此单键的旋
蛋白质的基本结构
蛋白质是以氨基酸为基本单位构成的生物高分子。蛋白质分子上氨基酸的序列和由此形成的立体结构构成了蛋白质结构的多样性。蛋白质具有一级、二级、三级、四级结构,蛋白质分子的结构决定了它的功能。一级结构(primary structure):氨基酸残基在蛋白质肽链中的排列顺序称为蛋白质的一级结构,每种蛋白质都
蛋白质水解的相关信息
蛋白质水解麦芽的蛋白质水解情况对麦汁组分具有决定性意义,而麦芽的糖化过程是可以起到调整麦汁组分的作用。(1) 蛋白质及其水解产物和啤酒的关系:麦汁中氨基酸过多,影响酵母的增殖和发酵;而其中氨基酸过少,则酵母增殖困难,最后导致发酵困难(2) 定型麦汁含氮组分的要求:麦汁中高分子可溶性氮应不超过总氮的1
蛋白质二维结构的结构特点
二维结构是指原子或离子集团中的原子或离子具有在空间沿二维方向的正、反向延伸作有规律排布的结构。
蛋白质三级结构的结构特点
三级结构是由一个已经具有了某些a-螺旋和/或b折叠区的多肽链折叠成一个紧密包裹的、几乎成球形的空间结构,或称为天然构象。三级结构的一个重要特点是在一级结构上离得远的氨基酸残基在三级结构中可以靠的很近,它们的侧链可以发生相互作用。二级结构是靠骨架中的酰胺和羰基之间形成的氢键维持稳定的,三级结构主要是靠
羟脑苷脂的结构信息
中文名称羟脑苷脂英文名称cerebron;phrenosin定 义脑白质富含的一种脑苷脂,由脑羟脂酸、D-半乳糖和鞘氨醇组成。应用学科生物化学与分子生物学(一级学科),脂质(二级学科)
鞘磷脂的结构信息
鞘磷脂(sphingomyelin)是一种由神经酰胺的C-1羟基上连接了磷酸胆碱(或磷酸乙醇胺)构成的鞘脂。以软脂酸及丝氨酸为原料先合成鞘氨醇后,再与脂酰CoA和磷酸胆碱合成。
链霉糖的信息和结构
系统名为3-C-甲酞基-L-5-脱氧来苏吠喃糖。它是微生物代谢中发现的第一个支链糖,是链霉素的一个组成成分。由于它对酸碱不稳定,至今尚未离析出来。链霉素经催化氢化反应制得双氢链霉素,水解后得到L-双氢链霉糖,其熔点135-140℃,比旋光度[α]-70°。
植酸的结构信息
化学式:C6H18O24P6分子量:660.04CAS号:83-86-3EINECS号:201-506-6
蛋白质立体结构的形成
在对蛋白质立体结构有所了解的基础上,蛋白质化学家很自然地希望阐明蛋白质立体结构是如何形成的,即肽链是如何折叠的。从Anfinsen经典的核糖核酸酶的还原和重氧化实验,得出蛋白质肽链折叠的基本原则:蛋白质的氨基酸序列决定了蛋白质的立体结构,即肽链的折叠方式。肽链折叠的本质,可以简单地理解为将肽链中绝大
蛋白质折叠的主要结构
蛋白质的主要结构及其线性氨基酸序列决定了其天然构象。特定氨基酸残基及其在多肽链中的位置是决定因素,蛋白质的某些部分紧密折叠在一起并形成其三维构象。氨基酸组成不如序列重要。然而,折叠的基本事实仍然是,每种蛋白质的氨基酸序列都包含指定天然结构和达到该状态的途径的信息。这并不是说几乎相同的氨基酸序列总是相
蛋白质的整体结构介绍
蛋白质是以氨基酸为基本单位构成的生物高分子。蛋白质分子上氨基酸的序列和由此形成的立体结构构成了蛋白质结构的多样性。蛋白质具有一级、二级、三级、四级结构,蛋白质分子的结构决定了它的功能。蛋白质分子的化学键一级结构(primary structure):氨基酸残基在蛋白质肽链中的排列顺序称为蛋白质的一级
蛋白质结构的相关介绍
蛋白质结构是指蛋白质分子的空间结构。作为一类重要的生物大分子,蛋白质主要由碳、氢、氧、氮、硫等化学元素组成。所有蛋白质都是由20种不同的L型α氨基酸连接形成的多聚体,在形成蛋白质后,这些氨基酸又被称为残基。蛋白质和多肽之间的界限并不是很清晰,有人基于发挥功能性作用的结构域所需的残基数认为,若残基
蛋白质按结构种类分类
纤维蛋白(fibrous protein):一类主要的不溶于水的蛋白质,通常都含有呈现相同二级结构的多肽链许多纤维蛋白结合紧密,并为单个细胞或整个生物体提供机械强度,起着保护或结构上的作用。球蛋白(globular protein):紧凑的,近似球形的,含有折叠紧密的多肽链的一类蛋白质,许多都溶于水
简述蛋白质结构的作用
1、蛋白质结构的作用—构成生物体内基本物质,为生长及维持生命所必需; 2、蛋白质结构的作用—部分蛋白质可作为生物催化剂,即酶和激素; 3、蛋白质结构的作用—生物的免疫作用所必需的物资; 4、蛋白质结构的作用—有些蛋白质会导致食物过敏。
噬菌体蛋白质的结构
无尾部结构的二十面体:这种噬菌体为一个二十面体,外表由规律排列的蛋白亚单位——衣壳组成,核酸则被包裹在内部。有尾部结构的二十面体:这种噬菌体除了一个二十面体的头部外,还有由一个中空的针状结构及外鞘组成的尾部,以及尾丝和尾针组成的基部。线状体:这种噬菌体呈线状,没有明显的头部结构,而是由壳粒组成的盘旋