埃博拉病毒突变速度没有像担心的那样快
2014年11月从马里获得的病人血液样本中分离出的埃博拉病毒。 一项新的研究表明，引起西非地区正在爆发的埃博拉疫情的病毒没有早先报告所提出的那样快速地突变。这可帮助缓解人们的恐惧，因为较快的突变速度会赋予病毒新的特性，而后者又可帮助病毒更有效地传播并对目前的治疗产生抵抗性。2013年在西非开始的埃博拉疫情爆发是历史记载中规模最大、持续时间最长的埃博拉疫情，而对该病毒的测序只发表过几次。而基于这些有限测序数据所做的分析提示，该病毒突变的速度比先前观察的要快两倍。为了进一步表征该病毒的突变速度，T. Hoenen和同事从两个分别于不同的时间进入西非国家马里的埃博拉感染集群中取得了样本，并对其进行了测序。 研究人员将此次的测序数据结果与之前分析过的测序数据相比较，这整个过程跨越了9个月的时间，研究结果表明该病毒的突变速度与过去在中部非洲埃博拉疫情爆发时所做的......阅读全文
农林RNA测序助力玉米籽粒Dek10突变体研究
呼吸作用是线粒体最重要的代谢。其中，线粒体中5个和呼吸相关的复合物起到了重要影响。很多呼吸链相关蛋白都是由线粒体基因组编码的。这些RNA会受到细胞核内诸如pentatricopeptide repeat (PPR) 蛋白的转录后修饰。玉米defective kernel 10(dek10) 是一
外显子测序发现急性红细胞白血病新突变
急性红细胞白血病（AEL）是白血病（AML）亚型中的一种，在老年人白血病中的占比较高。相对于其他类型的AML，AEL病人有更加poor-risk的细胞遗传学异常和不良的预后。虽然针对AEL的外显子突变位点发现已有一些报道。但是，针对AEL的完整突变谱发现还没有相关报道。研究人员运用外显子组测序技
外显子测序发现急性红细胞白血病新突变
急性红细胞白血病（AEL）是白血病（AML）亚型中的一种，在老年人白血病中的占比较高。相对于其他类型的AML，AEL病人有更加poor-risk的细胞遗传学异常和不良的预后。虽然针对AEL的外显子突变位点发现已有一些报道。但是，针对AEL的完整突变谱发现还没有相关报道。研究人员运用外显子组测序技
测序技术在新型冠状病毒防治中的作用
当地时间1月30日晚，世界卫生组织（WHO）宣布，将新型冠状病毒疫情列为国际关注的突发公共卫生事件。世卫总干事谭德塞说，WHO 相信中国的疫情一定能得到遏制，由于病毒的传播仍有很多未知数，世卫组织担忧中国之外的疫情会有恶化，这无关感染数量，关系人的健康和生命。新型冠状病毒感染人数全球范围不断攀升，疫
深度测序揭示埃博拉病毒何以产生多样性
最近，研究人员发现，RNA编辑会导致埃博拉病毒的mRNA多样性，但是这对病毒来说意味着什么呢？了解更多…… 来自西奈山伊坎医学院、加尔维斯顿国家实验室和J. Craig Venter研究所的研究人员发现，线状病毒——包括埃博拉病毒和马尔堡病毒，在感染期间，会产生比以前预计的范围更广的基因产物。
新冠病毒变化多端，基因测序怎么跟节奏
在受到大规模全球紧急情况的挑战时，如何科学有效应对是全球面临的共同现实。新冠肺炎大流行为科学开启了巨大的机遇，并让科学在这之中充分发挥了作用。其中，以闪电般的速度开发疫苗就是核心技术能力的体现，基因组测序亦然。 1月11日，世界卫生组织举行新冠肺炎例行发布会，总干事谭德塞表示，病毒传播得越广
罗氏GSJunior测序帮助确认新型冠状病毒出现
今年世界卫生组织确认了一个由新型冠状病毒引起的急性呼吸系统感染事件。第一个病人在中东地区发病后回到英国后被确诊，第二起病人在沙特阿拉伯确诊。世界卫生组织因此对全球发出警报，要求监控是否还有其他由这一新型冠状病毒引起的其他病例。 科学家对从病例中分离出了的冠状病毒株，利
测序技术在新型冠状病毒防治中的作用
人民日报报道当地时间1月30日晚，世界卫生组织（WHO）宣布，将新型冠状病毒疫情列为国际关注的突发公共卫生事件。世卫总干事谭德塞说，WHO 相信中国的疫情一定能得到遏制，由于病毒的传播仍有很多未知数，世卫组织担忧中国之外的疫情会有恶化，这无关感染数量，关系人的健康和生命。新型冠状病毒感染人数全球范围
新冠突变病毒株将使用希腊字母标识
今日，世界卫生组织（WHO）宣布，将使用希腊字母来标识重要的新冠突变病毒株。这些标签更容易读写，也更容易记忆。 此前，对新冠突变病毒株有不同的科学命名，它们携带着病毒谱系的重要信息，以后也将被继续使用。然而，这些科学命名通常比较难读或者难于记忆，也容易写错。因此，人们经常会用病毒最先发现的地点
新冠病毒会发生突变而逃避抗体识别吗
新冠肺炎康复患者体内的中和抗体被认为能够在新冠病毒再次入侵时，识别出病毒的刺突蛋白，并阻止病毒感染。而在一项最新研究中，美国洛克菲勒大学的研究团队通过基因工程让水疱性口炎病毒（一种感染牲畜的病毒）拥有新冠病毒的刺突蛋白。他们发现，当中和抗体存在时，病毒的刺突蛋白可以获得突变，逃避抗体的识别。而在少数
突变率惊人！新冠患者病毒存在快速进化风险
国际学术期刊《临床传染病》（Clinical Infectious Diseases）日前刊发来自中国研究团队的一篇名为《新冠病毒在患者体内的基因多样性（Genomic diversity of SARS-CoV-2 in Coronavirus Disease 2019 patients）》论
免疫系统识别新冠突变病毒的“双保险”
逃得过中和抗体，逃不过T细胞，免疫系统识别新冠突变病毒的“双保险” 上周，Novavax公司和强生（Johnson & Johnson）公司相继公布了各自开发的新冠疫苗在3期临床试验中获得的积极结果。这两项临床试验结果也都指出，两款疫苗在南非进行的临床试验中产生的保护效力都显著低于其它地区。对
新冠病毒会发生突变而逃避抗体识别吗
新冠肺炎康复患者体内的中和抗体被认为能够在新冠病毒再次入侵时，识别出病毒的刺突蛋白，并阻止病毒感染。而在一项最新研究中，美国洛克菲勒大学的研究团队通过基因工程让水疱性口炎病毒（一种感染牲畜的病毒）拥有新冠病毒的刺突蛋白。他们发现，当中和抗体存在时，病毒的刺突蛋白可以获得突变，逃避抗体的识别。而在少数
最强变种病毒仍在进化！突变不断挑战现有疫苗效力
外媒称，已在英国成为新冠病毒感染主导毒株的更具传染性的B.1.1.7变种，正进化出更多的突变。科学家表示，这将降低现有疫苗预防感染的效力。 据英国《金融时报》网站2月3日报道，英格兰公共卫生署在一份技术论文中表示，研究人员已经发现，有11例英国B.1.1.7病例出现了一个被称为E484K的突变
最精准基因测序:原来健康人也普遍存在癌症相关突变
二代测序（NGS）技术在基因测序深度和测序精度方面突飞猛进，为精准医学的发展提供了重要的工具支持。2012年，美国华盛顿大学的研究人员开发了一种新型的基因测序技术，该技术被命名为[Duplex sequencing]（暂译为双重测序）。顾名思义，双重测序就是对DNA的双链分别进行独立的标记和测序
关于第三代测序技术的应用—突变鉴定的介绍
突变鉴定：单分子测序的分辨率具有不可比拟的优势，而且没有PCR扩增步骤，就没有扩增引入的碱基错误，该优势使其在特定序列的SNP检测，稀有突变及其频率测定中大显身手。例如在医学研究中，对于FLT3基因是否是急性髓细胞白血病（AML）的有效治疗靶标一直存在质疑。研究人员用单分子测序分析耐药性患者基因
对环境致癌物进行全基因组测序－揭示突变特征
对人类肿瘤进行全基因组测序（whole-genome-sequencing, WGS）可显示出独特的突变模式，这些突变模式有助于揭示癌症的病因。 在一项新的研究中，来自英国剑桥大学、伦敦国王学院和韦尔科姆基金会桑格研究所的研究人员对324种暴露于79种已知或潜在的环境致癌物的人诱导性多能干细胞
Science－|－群体测序数据揭示人类生殖细胞突变新分类
人类生殖细胞突变背后的生物学机制很大程度上并不清楚，近几十年的实验研究揭示出了各种各样DNA复制和修复的可能错误模式【1】，但是还没有哪种机制被阐明可能是人类生殖细胞突变的主要原因。为了对人类生殖细胞系中的突变进行全面分类和理解，美国哈佛医学院Shamil Sunyaev研究组在Science发
埃博拉病毒突变速度没有像担心的那样快
2014年11月从马里获得的病人血液样本中分离出的埃博拉病毒。 一项新的研究表明，引起西非地区正在爆发的埃博拉疫情的病毒没有早先报告所提出的那样快速地突变。这可帮助缓解人们的恐惧，因为较快的突变速度会赋予病毒新的特性，而后者又可帮助病毒更有效地传播并对目前的治疗产生抵抗性。2013年在西非开始
新冠病毒已突变，巴西确诊病例病毒也与中国的有所不同
中国科研团队：新冠病毒已突变，有2个亚型，传染力有差异 中国科研团队最新发现显示：新冠病毒已于近期产生了149个突变点，并演化出了两个亚型，分别是L亚型和S亚型。 研究发现，在地域分布及人群中的比例，这两个亚型表现出了很大差异。其中S型是相对更古老的版本，而L亚型更具侵略性传染力更强。对不同
浙江大学最新评述：深度测序技术发掘植物病毒资源
科学通报，中国科学C辑:生命科学，这两份期刊均是由中国科学院和国家自然科学基金委员会共同主办的，我国学术期刊中的知名品牌，被国内外各主要检索系统收录，如国内的《中国科学论文与引文数据库》(CSTPCD)、《中国科学引文数据库》(CSCD)等；美国的SCI、CA、EI，英国的SA，日本的《科技文献
Nature－子刊：用高通量免疫测序诊断病毒感染
药明康德合作伙伴 Adaptive Biotechnologies 宣布在《自然》子刊《Nature Genetics》上发表创新型研究论文，结果证明可提供一种潜在的新颖方法诊断慢性病毒感染。 Adaptive Biotechnologies 是高通量测序领域的先驱性公司和领军企业之一，其专长
单分子测序揭示艾滋病毒可变剪切新模式
最新一期Nucleic Acids Research上发表了一篇利用PacBio单分子测序方法对HIV-1病毒转录组可变剪切模式的研究。HIV-1病毒是一种典型的RNA病毒，其基因组比目前已知的任何一种病毒基因组都复杂。HIV-1只有一个转录起始位点，却有多种剪切异构体，是研究可变剪切的一种
中国疾控中心已完成测序MERS病毒基因组
中国疾控中心近日透露，该中心病毒病所与广东省及惠州市疾控中心合作，已完成我国首例MERS病例的病毒全基因组序列测定。 6月10日信息显示，韩国目前中东呼吸综合征（MERS）确诊病例为108人，死亡9人，死亡率在7%左右。韩国病例数仅次于沙特，列世界第二。近期MERS在韩国连续报告多例病例，被隔
300多种肿瘤－晚期癌症患者测序突变数据库发表的启示
5月8日，Nature Medicine杂志发表一篇重量级文章，纪念斯隆-凯特琳癌症研究中心(MSKCC) 的科学家采用MSK-IMPACT方法，开展了一个大规模、前瞻性的临床测序研究。他们对上万名晚期癌症患者，接近300多种肿瘤进行了基因测序，同时收集了这些肿瘤病人的临床注释、病理等方面的信息
肝脏样本外显子组测序，揭示肝硬化中的复杂突变景观
正常组织随着年龄的增长而累积遗传变化，但是在慢性退行性疾病的情况下，体细胞突变是否促进非恶性细胞的克隆扩增（clonal expansion）尚不清楚。 在一项新的研究中，来自美国国家糖尿病、消化与肾疾病研究所和德克萨斯大学西南医学中心的研究人员通过对来自82名患者的患病肝脏样本进行外显子组测
基因测序提示：狗的基因突变与人类神经管缺陷相关
来自加利福尼亚大学的研究者们首次在狗身上发现了与人类神经管缺陷相关的基因突变。 据《PLOS Genetics》报道：研究人员发现了与人类神经管缺陷相关的具有潜在风险的突变基因，神经管缺陷在全球每年影响300,000多个新生儿。神经管缺陷包括无脑和脊柱裂，都是由于脊柱和颅骨的不完全闭合
三种突变协同产生新冠病毒新变体
就像一轮轮暴风雨袭击船只一样，新冠病毒变体一个接一个地冲击着世界。最近，密切关注病毒变异的科学家注意到了一个趋势：许多变异携带相同的3个突变。在《ACS生物化学》杂志上发表的一项新研究中，研究人员检查了这些突变怎样改变病毒关键部分的功能，以及这个三元组合如何改变导致和维持新冠感染所需的特征。在过去的
基因突变与病毒（第三部分）
病毒是个体微小，无完整细胞结构，含单一核酸（DNA或RNA)型，具有高突变性
加拿大团队开发出基于 NGS 平台的丙型肝炎病毒基因分型
日前，英属哥伦比亚大学（以下简称英属哥大）卓越教学中心的研究人员开发了一种基于高通量测序的丙型肝炎病毒检测方法，该方法可鉴定产生耐药的病毒变种。研究人员表示，该检测方法还可进行病毒分型，是 PCR、杂交和基于 Sanger 平台检测技术的有力补充。与传统检测方法，基于 NGS 的检测方法具有更佳