埃博拉病毒突变速度没有像担心的那样快
2014年11月从马里获得的病人血液样本中分离出的埃博拉病毒。 一项新的研究表明，引起西非地区正在爆发的埃博拉疫情的病毒没有早先报告所提出的那样快速地突变。这可帮助缓解人们的恐惧，因为较快的突变速度会赋予病毒新的特性，而后者又可帮助病毒更有效地传播并对目前的治疗产生抵抗性。2013年在西非开始的埃博拉疫情爆发是历史记载中规模最大、持续时间最长的埃博拉疫情，而对该病毒的测序只发表过几次。而基于这些有限测序数据所做的分析提示，该病毒突变的速度比先前观察的要快两倍。为了进一步表征该病毒的突变速度，T. Hoenen和同事从两个分别于不同的时间进入西非国家马里的埃博拉感染集群中取得了样本，并对其进行了测序。 研究人员将此次的测序数据结果与之前分析过的测序数据相比较，这整个过程跨越了9个月的时间，研究结果表明该病毒的突变速度与过去在中部非洲埃博拉疫情爆发时所做的......阅读全文
新测序技术揭开病毒突变“王国”
最近，新加坡A*STAR的研究人员，设计出一种测序技术，可在患者体内病毒（如乙型肝炎病毒）迅速变异时，跟踪所产生的特异病毒变体。这一突破对“进化中的病毒种群的结构”提供了前所未有的视图，并能有助于开发新药，防止病毒株对药物和免疫反应发展出抵抗力。相关研究结果发表在最近的《Genome Biolo
用循环测序法检测突变实验
实验材料血液或者其他来自待测个体的 DNA 材料试剂、试剂盒乙酸钠异丙醇TE 缓冲液分子质量标记物寡聚核苷酸测序引物多聚核苷酸激酶反应缓冲液多聚核苷酸激酶双脱氧核苷酸Taq DNA 聚合酶10 X 循环测序反应缓冲液矿物油终止液仪器、耗材热循环仪和管子实验步骤展开
新冠病毒已突变
新冠病毒是否已经发生突变？如何突变？这是目前学界研究的焦点之一。中国科研团队最新发现显示：新冠病毒已于近期产生了149个突变点，并演化出了两个亚型，分别是L亚型和S亚型。研究发现，在地域分布及人群中的比例，这两个亚型表现出了很大测差异。其中S型是相对更古老的版本，而L亚型更具侵略性传染力更强。对
重要病毒测序完成：基因交换病毒很棘手
生物通报道：研究人员已经对来自大猩猩和黑猩猩的埃博拉病毒进行了首次测序，并且发现这种病毒比之前想象的更加易变。令人意外的是，他们还发现这种病毒的不同病毒株能够交换基因——这意味着开发一种成功疫苗将变得更难。 埃博拉病毒（Ebola virus）能导致发烧和出血，并且90％的感染者会死亡。自1976
外显子测序揭示复发突变的预后
研究人员对肿瘤做了外显子测序，并且将其与超过450名骨髓瘤患者获得的正常样品进行了匹配，这450名患者都是通过国家癌症研究所的骨髓瘤XI实验招募的，这是一个使用依靠临床结果、分子细胞遗传学和数据等等进行的精密或者不精密骨髓瘤治疗项目的临床3期实验。 在所有骨髓瘤样本中出现的基因突变频率，他们发
NEJM：深度测序让致病突变无所遁形
致病突变有时只影响了小部分细胞，在这种情况下，二代基因组测序很容易遗漏这些突变。为此，波士顿儿童医院的研究人员开发了一种实现深度测序的新方法，并在大脑疾病患者中成功鉴定了微小的体细胞突变（受到影响的细胞只占百分之几）。这项研究发表在八月二十一日的《新英格兰医学》杂志上，为鉴定神经和精神类疾病的病
454测序识别早期HIV耐药性突变
回顾性研究分析表明即使最低水平的耐药性突变也会导致早期治疗失败 2月17日《传染病杂志》（Journal of Infectious Disease）在线公布的一项研究称HIV病毒群体中少至1％的HIV耐药性突变会对临床结果产生显著影响。这篇论文由罗氏旗下454生命科学公司与耶鲁大学医学院研究人
Nat－Commun：手机检测致癌突变，测序它也行！
1月16日，研究人员在《 Nature Communications》上表示，他们开发出了一种移动显微镜，利用手机相机来检测细胞和组织中DNA测序反应生成的荧光产物。这种移动显微镜可以检测到KRAS基因的突变位点，而该突发被发现于超过30%的结直肠癌患者体内。 本文共同作者，瑞典斯德哥尔摩大学
基因测序揭示小麦驯化关键基因突变
野生小麦的麦粒成熟时，穗轴变脆，容易碎裂，有助于在风力作用下把麦粒散播出去、繁殖下一代。但这对人类采集麦粒非常不方便，带有使穗轴不变脆的“硬轴”基因突变的小麦受到青睐，并逐渐被人类驯化。现在经过驯化的小麦品种都有硬轴，穗轴在收割时仍保持完整。 以色列特拉维夫大学、澳大利亚悉尼大学等多家机构科研
突变的寨卡病毒更毒
埃及伊蚊传播寨卡病毒和登革热。 图片来源：Shutterstock / khlungcenter 一项近日发表于《细胞报告》的新研究显示，一种突变可能会使由蚊子传播的寨卡病毒更具传染性和危险性。 寨卡病毒通常不会在成人身上引发症状，但如果女性在怀孕期间感染，可
突变的寨卡病毒更毒
埃及伊蚊传播寨卡病毒和登革热。 图片来源：Shutterstock / khlungcenter 一项近日发表于《细胞报告》的新研究显示，一种突变可能会使由蚊子传播的寨卡病毒更具传染性和危险性。 寨卡病毒通
Nature外显子测序发现癌症等相关突变
来自西雅图儿童医院，芝加哥大学等处的研究人员发表了题为“De novo germline and postzygotic mutations in AKT3, PIK3R2 and PIK3CA cause a spectrum of related megalencephaly syn
基因测序揭示小麦驯化的关键基因突变
从野草到人类主粮之一，小麦在被驯化的过程中发生了巨大变化。一个国际科研小组对野生小麦进行基因测序，发现了控制穗轴易碎性的两组基因，它们在小麦驯化过程中起着关键作用。这一发现有助于培育更好的小麦品种。 位于今天中东地区被称作“新月沃地”的区域，是小麦的起源地。大约１万年前，这里的居民开始种植小麦
证实基因组测序成功鉴定癌症相关突变
最近，UT西南医学中心的癌症研究人员表明，全基因组测序可以用来确定患者遗传性癌症的风险，这可能会促进癌症的预防、诊断和护理。 这项研究首次采用全基因组测序来评估258名癌症患者的基因组，以提高癌症诱发突变的诊断能力。相关研究结果发表在12月份的国际期刊《EBioMedicine》。 UT西南
大豆突变体基因定位测序方法的改良
随着新一代测序技术的发展和全基因组测序（Whole Genome Sequencing, WGS）成本的不断下降，基于WGS的分离群体分组分析（Bulk Segregation Analysis，BSA）已经成为快速定位候选基因的常规工具，但已报道的方法依然有待完善。例如，依赖于自交系杂交的QT
Science：人巨细胞病毒病毒基因组测序
人巨细胞病毒是一种很常见的疱疹病毒，感染约50-100%的成人，但通常没有不良影响，并且它可以保持潜伏多年。人巨细胞病毒感染是比较常见的，发展中国家感染人数比发达国家人数多。 该病毒可导致出新生儿生缺陷和免疫系统受损，可能会导致致命疾病。该病毒也与癌症发展有关联。这项新的研究分析了病毒的蛋
RNA测序深入了解疱疹病毒
近日，发表在《Nature Communications》上的一项研究中，研究人员利用单细胞RNA测序深入了解了疱疹病毒，为预防疱疹感染带来了新的见解。 如果你的嘴唇开始刺痛发痒，通常意味着你将患上唇疱疹，这是一种小而令人疼痛的水泡，里面充满了具有高度传染性的单纯疱疹病毒（HSV）。 单纯疱疹
蛋白质突变“导致病毒传播”
一项新的研究表明，齐昆古尼亚病毒的一个简单的蛋白质突变可以让它适应新的蚊子宿主，并传播到更多地区。 美国德克萨斯大学医学分校进行的研究发现，该病毒外壳蛋白质的单个氨基酸突变可以帮助它适应新的蚊子宿主白纹伊蚊（Aedes albopictus）。这项发现发表在了上周（12月7日）的《公共科学图书馆·
新研究揭示埃博拉病毒“优势”突变
1月23日，《细胞》（Cell）在线刊发了中山大学教授钱军团队与合作者最新成果。研究团队通过系统性的基因组流行病学分析，揭示了2018-2020年埃博拉疫情中出现的优势突变GP-V75A，并阐明了该突变增强病毒感染性的分子机制。 钱军团队联合广州医科大学附属市八医院研究员刘林娜团队、吉林大学第
454测序识别早期HIV耐药性突变低水平突变对临床结果重大
回顾性研究分析表明即使最低水平的耐药性突变也会导致早期治疗失败 2月17日《传染病杂志》（Journal of Infectious Disease）在线公布的一项研究称HIV病毒群体中少至1％的HIV耐药性突变会对临床结果产生显著影响。这篇论文由罗氏旗下454生命科学公司与耶鲁大学医
454测序应用于HBV耐药性突变检测
HBV(Hepatitis B Virus)乙型肝炎是一种基因组长约3.2kb，部分双链环状DNA病毒。我国的乙肝病毒感染率约60%-70%，乙肝表面抗原携带率约占总人口的7%，以此计算，全国约有9300万人携带乙肝病毒，其中乙肝患者大约有3000万。由于HBV很
测序仪巨头推出AI算法，预测致病基因突变
ChatGPT等大模型点燃人工智能新一轮热潮之际，另一种累积数百万年的天书般“语言”也在试图用该技术获得最新解码。近日，全球基因测序仪龙头因美纳（Illumina）宣布推出全新的人工智能算法PrimateAI-3D，以求更准确地预测患者致病基因突变。据美国国家卫生研究院发布的数据，每年生成的基因组数
Science：测序需警惕！你可能检测到了“假突变”
你可能检测到了一个“假突变”！2月17日，科学家们在Science上表示，在DNA样本中检测到的的一些序列突变实际上可能是样本处理过程中遭受损伤所造成，诱导损伤引发的突变占据了大多数的低频及中频突变。更重要的是，他们发现，被广泛使用的测序数据集中也存在着DNA损伤的印迹，包括千人基因组计划数据集
定向深度测序技术让致病突变无处可逃
今年8月，美国波士顿儿童医院的科研人员在一项研究中深入检测了临床基因测试无法确认病因的158名脑畸形患者的DNA。在高灵敏度测序的帮助下，研究团队发现了只在每个人很少一部分细胞中发生的8个致病基因突变。对于传统基因诊断测试来说，它们实在是太过于微小。 这类细胞基因变异又称嵌合突变
外显子测序发现早期胚胎致死基因突变
King Faisal Specialist医院和Fowzan Alkuraya研究中心的团队对辣子两个怀孕有苦难的家庭女性进行了同和性作图和外显子测序，这些女性即使进行体外受精，怀孕也十分困难。研究人员本周在《Genome Biology》上报道了他们的结果，他们发现，TLE6中的突变似乎在早
Nature－Gen：外显子测序发现肺癌新突变基因
最近，来自美国几所主要大学和俄罗斯ITMO大学的研究人员，在肺癌细胞中发现了一些新的驱动突变（driver mutations），可能用于基因靶向治疗和免疫治疗。相关研究结果发表在最新一期的《Nature Genetics》杂志。 在超过1000名肺癌或鳞状细胞癌患者中，研究者对他们的肿瘤外显
全基因组测序揭示肝癌相关基因突变
由亚洲癌症研究组织(ACRG)、深圳华大基因研究院等多家单位合作完成的与肝细胞癌相关的基因突变研究成果于2013年6月20日在《基因组研究》(Genome Research)杂志上发表。这是继2012年3月份在《自然-遗传学》上发表的乙肝病毒整合机制研究之后，该研究团队在肝癌研究中所取得的又
输入性MERS病例病毒基因测序完成
6月5日，中国疾病预防控制中心在网站上发布信息称，该中心病毒病所与广东省及惠州市疾控中心合作，已完成我国首例输入性中东呼吸综合征（MERS）病例的病毒全基因组序列测定。结果表明，目前病毒传染性并未增强。 据悉，5月29日1时40分，中国疾控中心病毒病所收到广东省疾控中心送检的病例咽拭子标本，
用高通量免疫测序诊断病毒感染
药明康德合作伙伴 Adaptive Biotechnologies 宣布在《自然》子刊《Nature Genetics》上发表创新型研究论文，结果证明可提供一种潜在的新颖方法诊断慢性病毒感染。▲药明康德合作伙伴 Adaptive Biotechnologies 在《Nature Genetics》上
基因测序是怎么判断病毒或者细菌来源
目前以新冠病毒来解释，首先病毒的体外活性，其实他与病毒的种类和体外环境因素有关。病毒的起源似乎并不一定与其体外失活有关。由于病毒不能形成化石，其复制机制复杂，因此研究病毒的起源非常困难。事实上，它们可以感染几乎所有的生物，这使得问题更加复杂。一些病毒如疱疹病毒和单核细胞增多症病毒与其宿主细胞的基因有