当中草药“大腕”邂逅基因产业“弄潮儿”
中药是中华名族的瑰宝。从《神农本草经》，到《本草经集注》，再到《新修本草》，直至巨著《本草纲目》的问世，智慧的祖先们从未停止过对中草药的探索。如今，高通量技术的发展给中草药的研究带来了新的契机。今天，带大家盘点一下中草药“大腕”们的全基因组。 铁皮石斛 铁皮石斛被称为自唐代以来“中国最为名贵、药用价值最高的石斛品种之一”，其茎中包含有显示抗氧化和抗肿瘤活性的化合物。由于它疗效独特，且生长周期缓慢，野生铁皮石斛已被用至濒临灭绝，现在被归类为是中国的珍稀濒危药用植物之一。 研究人员利用第二代Illumina Hiseq 2000测序技术和第三代PacBio测序技术，第一次从头组装出了1.35 Gb的铁皮石斛基因组序列。研究人员观察到与真菌共生和抗旱性有关的一些基因家族发生了明显扩增。他们分析了铁皮石斛一些药用成分的生物合成信号通路，发现与多糖生成相关的SPS和SuSy基因发生了大规模复制，铁皮石斛生物碱合成信号通路可以从......阅读全文
Nature发布基因组研究重要成果
如果歌手Paul Simon给Richard Lenski长期进化实验（LTEE）中的细菌写首歌，那歌名可以是“这么多年以后仍然在改变。” 发表在8月1日《自然》（Nature）杂志上的研究论文中，这位密歇根州立大学的著名微生物学和分子遗传学教授与一个国际研究小组，利用先进的技术研究了数万代的
利用CRISPR研究基因组“暗物质”
超过98%的人类基因组由非编码基因组成。这些非编码基因被称为基因组的“暗物质”，它们能调控编码基因的表达，从而影响人类健康和疾病进程。自从人类基因组序列被公开发表以来，科学家们努力解析基因中的功能元件，包括非编码调节区——参与转录调节的顺式调节区和非编码RNA（ncRNA）。转录因子在整个基因组
Nature最新基因组研究成果
无论是接收礼物的圣诞袜，还是橱窗里的漂亮衣服，棉花的作用渗透在即将到来的这个节日的方方面面中，然而对于生物能源研究人员来说，棉花纤维成分比其颜色和质地更为重要。 由来自31个研究机构组成的一个国际研究小组近期完成了基因组最简单的棉花品种：Gossypium raimondii的详细图谱
全基因组研究解码口吃根源
口吃跨越不同语言和血统，影响着全球约7000万人。过去，许多人认为口吃能够通过自主控制来改善。但数十年来的研究表明，口吃实际上是一种高度遗传的不可控疾病，其原因复杂且模糊。而一项7月28日发表于《自然-遗传学》上的研究让口吃的部分原因变得清晰。 研究人员利用基因检测服务公司23andMe的庞大
研究发现人类合子基因组激活起始于父源基因组
表观遗传修饰包括DNA甲基化、组蛋白修饰、染色质可及性和染色质高级结构等，在基因的表达调控中发挥重要作用。人类精子和卵细胞的染色质表观修饰状态存在较大差异。在受精后的早期胚胎里，来自精子的父源染色质和来自卵细胞的母源染色质会经历剧烈的表观遗传修饰重编程，最终达到两者类似的模式。人类胚胎的合子基因
基因组所发布表观基因组关联研究开放平台EWAS－Open－Platform
近日，由中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）国家基因组科学数据中心（NGDC）开发的表观基因组关联研究资源开放平台EWAS Open Platform上线。相关研究成果以EWAS Open Platform: integrated data, knowledge and toolkit
茄子基因组研究迈入高清时代
10月31日，由广西农业科学院蔬菜研究所研究员王益奎领衔的研究团队，于生物学论文预印本服务器BioRxiv在线发布了染色体级别的高质量茄子基因组序列。该团队采用PacBio测序技术，结合Dovetail Hi-C建库技术与HiRise组装算法，获得了目前连续性最好的茄科作物基因组，标志着茄子基因
最大规模肾癌基因组研究
肾癌起源于肾小管上皮细胞，是泌尿系统常见恶性肿瘤之一，发病率占全身恶性肿瘤的3%。肾癌的化疗效果并不理想，肾切除手术被认为是最有效果的治疗途径。近50年来肾癌的发病率和死亡率在持续上升，但人们还不太清楚肾癌的发病原因。 贝勒医学院的副教授Dr. Chad Creighton领导研究团队深入分析
研究发现全新全基因组组装方法
十年前，Illumina基因组测序技术进入市场时，前所未有的庞大数据量淘汰了较早开发的测序分析工具。 历史总是重演。如今，第三代测序技术已经达到低成本群体测序规模的临界点。 英国时间12月9日，《自然—方法学》在线发表了第一个能够跟上基因组测序产生速度的组装算法。 这篇论文只有两位作者，
基因组学:－跨越癌症研究国界
1982年11月，在尼日利亚海军医院外足球场上踢球的一名军官，突然摔倒死亡。这名男子被带到急诊室时，当时还是一个新人的 Olufunmilayo Funmi Olopade医生正在值班。“我们搞不明白为什么他死亡，这让我感到震惊，从那时开始我意识到，我需要做更多的工作来理解和帮助人们。”Ol
基因组研究持续存在“欧洲偏向”
科学家近日在《自然》杂志评论版块撰文表示，目前基因组学持续存在一种“欧洲偏向”，即大部分研究以欧洲群体为主，这导致其多样性严重不足。而正是历史、文化、科学和情理因素交织在一起，使基因组学研究维持了这种“尴尬的偏向”。全基因组关联研究（GWAS）扫描成千上万人的基因组，通过对大规模的群体DNA（脱
蓝藻和叶绿体基因组的比较研究
蓝藻和叶绿体基因组的比较研究原核的蓝藻和真核植物（包括其他藻类）中的叶绿体，都同样进行放氧的光合作用，这为人类和整个生物界提供了赖以生存的食物、氧气、能源和原料。对叶绿体和蓝藻的细胞结构和分子生物学特性作分析，证明真核生物的叶绿体可能起源于蓝藻祖先的内共生。这使蓝藻在20多年来已成为光合作用研究的模
基因组研究持续存在“欧洲偏向”
科学家近日在《自然》杂志评论版块撰文表示，目前基因组学持续存在一种“欧洲偏向”，即大部分研究以欧洲群体为主，这导致其多样性严重不足。而正是历史、文化、科学和情理因素交织在一起，使基因组学研究维持了这种“尴尬的偏向”。 全基因组关联研究（GWAS）扫描成千上万人的基因组，通过对大规模的群体D
基因组研究持续存在“欧洲偏向”
科学家近日在《自然》杂志评论版块撰文表示，目前基因组学持续存在一种“欧洲偏向”，即大部分研究以欧洲群体为主，这导致其多样性严重不足。而正是历史、文化、科学和情理因素交织在一起，使基因组学研究维持了这种“尴尬的偏向”。 全基因组关联研究（GWAS）扫描成千上万人的基因组，通过对大规模的群体D
《Nature－Genetics》：癌症的基因组结构研究
癌症的基因组结构研究发表《Nature Genetics》 B细胞通过一系列精心控制的染色体重排和“良好”突变产生抗体，这些突变使细胞能够产生大量不同的抗体。“尽管变化对产生大量多样的抗体至关重要，但仍有可能发生‘坏’突变并导致B细胞源性癌症，”研究负责人、哥伦比亚大学内科医师和外科医生学院微
Nature发布轮虫基因组研究新成果
有一群动物放弃了性，但却在进化过程中生成了460多种物种。本周的《自然》(Nature)杂志上发表了一篇关于蛭形轮虫(bdelloid rotifer)全基因组的研究论文，为揭示这一进化机制减少了些许神秘。 Woods Hole海洋生物学实验室(MBL)David Mark Wel
基因组研究显示：猪与人“如此相似”
通过迄今为止规模最大的猪基因组研究，科学家发现猪拥有很强的适应能力，容易被食物诱惑和驯化，这些特征都与人类非常相似。而且，猪具有与人类相同的与很多人类疾病有关的基因和蛋白质变异。这一成果近日刊登在了《自然》杂志上。 在奥威尔的经典小说《动物庄园》中，猪和人类几乎一模一样。根据上述研究，《动
蓝藻和叶绿体基因组的比较研究
原核的蓝藻和真核植物（包括其他藻类）中的叶绿体，都同样进行放氧的光合作用，这为人类和整个生物界提供了赖以生存的食物、氧气、能源和原料。对叶绿体和蓝藻的细胞结构和分子生物学特性作分析，证明真核生物的叶绿体可能起源于蓝藻祖先的内共生。这使蓝藻在20多年来已成为光合作用研究的模式生物。 蓝藻基因组的
近期最受关注的基因组测序研究
想象一下有人递给你一杯奶昔，要你鉴别出里面所有的东西。或许你能够辨别出有一点点的草莓或是酸奶的味道。但总体上它的味道就像是无法分辨的成分构成的混成品。 现在再想象一下，这杯奶昔是由来自大脑的2万个碾碎了的细胞所组成。你可以通过测试来确定样本中有什么分子，这就是科学家们现在所做的事情。这当然会提
蓝藻和叶绿体基因组的比较研究
原核的蓝藻和真核植物（包括其他藻类）中的叶绿体，都同样进行放氧的光合作用，这为人类和整个生物界提供了赖以生存的食物、氧气、能源和原料。对叶绿体和蓝藻的细胞结构和分子生物学特性作分析，证明真核生物的叶绿体可能起源于蓝藻祖先的内共生。这使蓝藻在20多年来已成为光合作用研究的模式生物。蓝藻基因组的作图和测
表观基因组学研究指南（一）
今年九月，对于基因组研究者们来说是一个具有纪念意义的月份，因为美国人类基因组研究院(NHGRI)资助的ENCODE项目在Nature，Genome Biology，Genome Research等杂志上公布了三十多份论文，还有在Science，Cell，以及the Journal of Bi
蓝藻和叶绿体基因组的比较研究
原核的蓝藻和真核植物（包括其他藻类）中的叶绿体，都同样进行放氧的光合作用，这为人类和整个生物界提供了赖以生存的食物、氧气、能源和原料。对叶绿体和蓝藻的细胞结构和分子生物学特性作分析，证明真核生物的叶绿体可能起源于蓝藻祖先的内共生。这使蓝藻在20多年来已成为光合作用研究的模式生物。 蓝藻基因组的
茄子基因组研究迈入高清时代
10月31日，由广西农业科学院蔬菜研究所研究员王益奎领衔的研究团队，于生物学论文预印本服务器BioRxiv在线发布了染色体级别的高质量茄子基因组序列。该团队采用PacBio测序技术，结合Dovetail Hi-C建库技术与HiRise组装算法，获得了目前连续性最好的茄科作物基因组，标志着茄子基
研究人员绘出苹果基因组草图
一个国际科研小组8月29日在英国《自然—遗传学》（Nature Genetics）杂志上报告说，他们绘出了苹果的基因组草图，这将有助于从基因水平上分析苹果性状，培育更多苹果新品种。 意大利、美国、新西兰等国研究人员报告说，他们绘出的是广受人们喜爱的“金冠苹果”的基因组草图。结果
－Nature：基因组研究探秘膀胱癌
日前，来自癌症基因组图谱研究网络(The Cancer Genome Atlas Research Network, TCGA)的研究人员在《自然》杂志上报告称，他们确定了一种主要的膀胱癌形式的新潜在治疗靶点，其中包括疾病中遭到破坏的一些重要基因和信号通路。 此外，他们还发现，在分子水
“863”肿瘤全基因组研究获进展
7月14日，“十一五”国家“863”重大专项“食管癌全基因组关联分析和药物基因组学研究”和“肺癌全基因组关联分析和药物基因组学研究”成果汇报会在京召开。 日前，遗传学权威期刊《自然—遗传学》刊登了我国科学家食道癌和肺癌研究的重要进展。由中国医学科学院肿瘤研究所分子肿瘤学国家重点实验室教授林东昕
作物基因组学研究进展
摘要：农作物基因组学研究的发展，对于有效利用现代分子生物学手段进行物种的遗传改良发挥了重要作用。随着测序技术的发展，已经实现对重要农作物，如水稻、小麦、玉米、大豆、油菜、棉花、蔬菜等作物基因组的测序或重测序，在此基础上完成对控制重要农艺性状基因的克隆和鉴定。本文综述了２０１７年度主要农作物基因组
蓝藻和叶绿体基因组的比较研究
原核的蓝藻和真核植物（包括其他藻类）中的叶绿体，都同样进行放氧的光合作用，这为人类和整个生物界提供了赖以生存的食物、氧气、能源和原料。对叶绿体和蓝藻的细胞结构和分子生物学特性作分析，证明真核生物的叶绿体可能起源于蓝藻祖先的内共生。这使蓝藻在20多年来已成为光合作用研究的模式生物。蓝藻基因组的作图和测
表观基因组学研究指南（三）
今年九月，对于基因组研究者们来说是一个具有纪念意义的月份，因为美国人类基因组研究院(NHGRI)资助的ENCODE项目在 Nature，Genome Biology，Genome Research等杂志上公布了三十多份论文，还有在Science，Cell，以及the Journal
华大基因携手爱丁堡大学，共促基因组学研究
2012年7月24日，深圳华大基因研究院与英国爱丁堡大学签署合作协议，宣布双方将在基因组领域展开广泛的科研合作，通过汇聚中英两国研究专长，加速基因组学在人类健康和农业及其他相关领域的创新和发展。 在签署的合作备忘录中，双方将着眼于对人类和其他生物的科学认识，通过共同努力，对遗传信息进行深入