研究发现全新全基因组组装方法
十年前，Illumina基因组测序技术进入市场时，前所未有的庞大数据量淘汰了较早开发的测序分析工具。 历史总是重演。如今，第三代测序技术已经达到低成本群体测序规模的临界点。 英国时间12月9日，《自然—方法学》在线发表了第一个能够跟上基因组测序产生速度的组装算法。 这篇论文只有两位作者，他们是中国农业科学院农业基因组研究所阮珏博士与美国哈佛大学医学院李恒博士。这个新的第三代测序数据组装算法被他们称为Wtdbg。 三代测序的尴尬 20年前，破译人类遗传密码还是极具挑战的大科学工程，当时的人类基因组测序计划与曼哈顿原子弹计划、阿波罗计划并称为三大科学计划。 如今，完成一个人的全基因组测序已经是普通实验室甚至家庭都可以负担起费用的“平常”事情。用第三代测序技术完成个体全基因组测序仅需一天时间，费用也已经低于5万元。 2011年，PacBio公司正式宣布三代单分子测序开始商业化。相比于二代测序每个序列的几百碱基对测序......阅读全文
研究发现全新全基因组组装方法
十年前，Illumina基因组测序技术进入市场时，前所未有的庞大数据量淘汰了较早开发的测序分析工具。 历史总是重演。如今，第三代测序技术已经达到低成本群体测序规模的临界点。 英国时间12月9日，《自然—方法学》在线发表了第一个能够跟上基因组测序产生速度的组装算法。 这篇论文只有两位作者，
分析比产生更快？中国“智”造全基因组组装算法
10年前，Illumina基因组测序技术进入市场时，前所未有的庞大数据量淘汰了较早开发的测序分析工具。 历史总是重演。如今，第三代测序技术已经达到低成本群体测序规模的临界点。 12月10日，《自然—方法学》在线发表了第一个能够跟上基因组测序产生速度的组装算法。 论文作者、中国农业科学院农业
国际首例猪T2T全基因组组装成功
2月8日，中国农业科学院北京畜牧兽医研究所张龙超研究员、黑龙江省农业科学院畜牧研究所刘娣研究员、重庆市畜牧科学院王金勇研究员、岳麓山实验室印遇龙院士、四川农业大学李明洲教授联合发布消息，国际首个猪T2T全基因组组装——民猪完整全基因组构建成功完成，标志着猪基因组研究迈入“完整解析”时代，为我国养殖业
聚焦基因组组装－至今最大组装竞赛寻找最优基因组指标
2013年7月23日，由华大基因和BioMed Cental联合创办的开放式期刊《GigaScience》发表了当前最大、最系统的基因组组装过程及评价结果。在第二届Assemblathon竞赛中，共有21个团队基于由三种不同的测序技术所得的鸟、鱼和蛇的未组装基因组数据，提交了43个组装结果，
马铃薯单倍型DM基因组全序列完成图组装成功
中国农业科学院蔬菜花卉研究所马铃薯遗传育种与栽培创新团队和蔬菜分子设计育种创新团队，对马铃薯单倍型DM的基因组进行了全序列组装，获得了包含24个端粒和12个着丝粒完整序列的马铃薯单倍型DM的端粒到端粒（T2T）的基因组完成图（DM8.1），并在之前马铃薯基因组未能完整组装的高度重复序列区域中，发现了
Nature－Methods：De－Novo基因组序列组装的新方法
对于de novo人类基因组序列组装而言，短读长简直意味着不可能的任务。不过，加州大学旧金山分校、BioNano Genomics和10X Genomics的研究人员近日开发出一种新的组装方法，它将short-read测序与10X的linked-read测序相结合。这项成果于近日发表在《Natu
《自然—方法学》发表媲美基因组测序速度的组装算法。
10年前，Illumina基因组测序技术进入市场时，前所未有的庞大数据量淘汰了较早开发的测序分析工具。 历史总是重演。如今，第三代测序技术已经达到低成本群体测序规模的临界点。 12月10日，《自然—方法学》在线发表了第一个能够跟上基因组测序产生速度的组装算法。 论文作者、中国农业科学院农业
OPGEN全基因组图谱应用系列——鞭虫全基因组测序
鞭虫是一种常见的土壤传播寄生虫，地理分布广，感染率高，寄生于人体盲肠，导致人体慢性感染，对人类危害巨大。鞭虫的全基因组测序研究由著名的桑格研究院（Wellcome Trust Sanger Institute）完成，发表在世界顶级期刊《Nature Genetics》上。该研究通过对2种不同
版纳园提出基于稀疏图结构的基因组组装改进方法
全基因组组装工作是生物信息领域最基础也是最难的课题之一。长久以来，这项工作的实现需要耗用极大量计算机内存。 曾在中科院西双版纳热带植物园动植物关系研究组工作的叶承羲（现为美国马里兰大学计算机系计算生物方向博士研究生）在该园工作期间内，提出一新颖简洁的算法解决了这一难题。2012年4月，叶承
科学家开发新的人类基因组组装方法
最近，美国杨百翰大学的研究人员，开发出了一种新的人类基因组组装方法，并无意中发现了一种新的方法，可识别几种常见遗传病中难以捉摸的标记。 这种新方法依赖于研究人员开发的一种新算法，这种方法对于DNA序列中特定类型的变异，更为敏感。 本文第一作者、计算机科学博士Paul Bodily指出：“这需
新软件按需组装无缝基因组序列
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/2/494014.shtm 科技日报北京2月16日电 （记者张梦然）美国国立卫生研究院研究人员发布了一种创新的软件工具，用于组装来自各种物种的真正完整（即无缝）的基因组序列。这种名为Verkko的软件在芬兰
从全血中纯化基因组－DNA－实验方法
试剂、试剂盒 乙醇异丙醇RNA 酶 A全血仪器、耗材 琼脂糖凝胶电泳离心管Wizard 基因组 DNA 纯化试剂盒实验步骤 一、材料1. 缓冲液、溶液和试剂乙醇，70%，室温异丙醇, 室温RNA 酶 A将 RNA 酶 A 溶解于 DNA 再水合液中至终浓度为 4 mg/ml, 煮沸 10min 以去
从全血中纯化基因组－DNA－实验方法
试剂、试剂盒 乙醇 异丙醇 RNA 酶 A 全血 仪器、耗材 琼脂糖凝胶电泳
从全血中纯化基因组－DNA－实验方法
用于从全血（10 ml) 中分离基因组 DNA 的 Wizard 基因组 DNA 纯化试剂盒建立在一个四步程序基础上的。纯化程序的第一步包括血红细胞的裂解、可溶部分的弃除，随后是白细胞及其细胞核的裂解。本实验来源于 PCR 实验指南（第二版），作者：种康，瞿礼嘉。试剂、试剂盒乙醇异丙醇RNA 酶 A
新方法破解高杂合物种单倍型基因组组装难题
近日，南京农业大学梨工程技术研究中心教授张绍铃团队在《基因组研究》在线发表最新研究成果。该研究将单花粉原生质体分离的新方法与单细胞DNA扩增技术相结合，并采用“条形码”生物信息学策略整合了12个花粉细胞的单倍体特征序列数据，从而开发出一种高杂合物种单倍型基因组组装的新方法。 论文通讯作者张绍铃
定位全基因组范围DNA修复的新方法
北卡罗来纳大学的研究人员近日开发出一种全基因组范围的测序分析，可定位DNA切除修复。这种被称为切除修复测序（XR-seq）的方法发表在新一期的《Genes & Development》杂志上。 这项研究的通讯作者是北卡罗来纳大学医学院生物化学及生物物理系的Aziz Sancar以及芝加哥大学人
基因组组装可缩短至几分钟？
当今，研究人员通常依赖新一代测序仪，将独特的DNA碱基序列（只有四个）翻译成字母：A，G，C和T。而DNA链长达数十亿个碱基，这些机器可产生非常短的读数，一次大约50至300个字符。为了从这些字母中提取信息，科学家们需要重建基因组的位置——这个过程类似于重建一本书中文本片段的句子和段落。 但
如何精准检测评估基因组组装质量？
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无缺口组装！水稻完整参考基因组发布
近日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所联合海南崖州湾实验室、中国水稻研究所、中国农科院作物科学研究所和扬州大学等多个单位发布完整的水稻参考基因组，实现了全基因组所有染色体端粒到端粒无缺口组装，为水稻育种研究提供了新的有力工具和重要大数据基础。相关研究成果发表在《分子植物》（Molecular
新篇章：单细胞基因组从头组装
随着单碱基精度和读取长度的提高，利用批量样本的单分子长读测序技术已广泛应用于基因组组装。通常，长读测序组装需要大量的DNA(通常来自数百万个细胞的几微克)，因此大多数人类基因组组装被限制在批量基因组测序数据集，而没有保持单个细胞之间潜在的遗传异质性。然而，这在许多情况下是不切实际的。相比之下，单细胞
虎尾海马全基因组破译
中科院南海海洋研究所、德国康斯坦茨大学、华大基因和新加坡A*STAR研究院联合破译了虎尾海马的全基因组。有关研究成果日前以封面文章的形式发表在《自然》杂志上。 海马隶属于海龙科。与其他硬骨鱼不同，海马呈现高度特殊的形态，例如头部前方具有管状长嘴，无腹鳍和尾鳍，尾端卷曲，全身覆盖硬骨骼，没有鳞片
人类全基因组测序计划
全基因组测序是对未知基因组序列的物种进行个体的基因组测序。 1986年， Renato Dulbecco是Z早提出人类基因组测序的科学家之一。他认为如果能够知道所有人类基因的序列，对癌症的研究将会很有帮助。美国能源部（DOE）与美国国家卫生研究院（NIH），分别在1986年与1987年加入人类基
全基因组扩增技术介绍
研究人员通常会在下游分析中遭遇DNA样本量有限或不足的问题。QIAGEN的全基因组扩增技术通过以包括单细胞在内的小量样本或珍贵样本扩增获得基因组DNA，解决此类难题。REPLI-g Kit能够准确地复制原始DNA样本，不会造成偏差，扩增后的DNA可以直接应用于广泛的遗传学分析。什么是全基因组扩增(w
科学家开发基因组组装质量评估和改进的新方法
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全基因组的比较基因组杂交技术介绍
Whole-Genome and Custom Fine-Tiling Array CGHComparative Genomic Hybridization (CGH) measures DNA copy number differences between a reference genome a
AJMG：全基因组测序方法破解儿童罕见疾病大难题
近日，来自美国翻译基因组学研究院(Translational Genomics Research institute)的研究人员通过研究鉴别出了能够引发儿童机体异常和发育迟缓的基因突变，相关研究刊登于国际杂志American Journal of Medical Genetics上。基于对6岁儿
基于深度学习的全基因组选择新方法诞生
近日，中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用，将助力深度学习在全基因组选择中的应用，为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物》（Mole
Nature：胚胎发育早期基因组的组装特征
最新研究表明，卵母细胞受精后立即会出现DNA活性和非活性区域的分化，该现象甚至在基因被激活之前就已经出现。该研究将有助于更好地了解单个受精卵母细胞发育成由许多不同细胞类型组成的完整生物体的机制。相关结果发表在Nature杂志上。受精卵最终会发育成一个完整的，由数万亿个具有多种功能的细胞组成的有机
单分子测序改善微生物基因组组装
美国国家生物防卫分析和反制中心的研究人员近日在《Genome Biology》上发表文章，介绍了SMRT技术在微生物基因组组装上的应用。他们认为，单分子测序数据能降低测序费用，并带来更多完整的基因组，改善微生物基因组数据库的质量。 随着测序费用的不断下降，测序项目的数量也在不断上升。G
植物线粒体基因组组装新工具研发成功
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/2/494540.shtm近日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所绿色轻简超级稻遗传解析与分子育种创新团队开发出一套新型植物线粒体基因组组装工具GSAT。该工具能够快速组装图形化植物线粒体基因组，更好地评估其泛