Antpedia LOGO WIKI资讯

科学家发明单碱基分辨率测序技术:CeUSeq

2015年6月15日,北京大学生命科学学院伊成器研究组在《Nature Chemical Biology》杂志在线发表题为“Chemical pulldown reveals dynamic pseudouridylation of the mammalian transcriptome”的研究论文(DOI:10.1038/nchembio.1836)。文章报道了一种通过化学标记和富集手段实现全转录组水平上假尿嘧啶RNA修饰的单碱基分辨率测序技术CeU-Seq,并绘制了人和小鼠细胞转录组中假尿嘧啶RNA修饰的谱图。 CeU-Seq绘制人及小鼠全转录组假尿嘧啶RNA修饰谱图。 (a)CeU-seq流程图;(b)人细胞系及小鼠大脑和肝脏组织全转录组水平假尿嘧啶修饰分布;(c)转录组中假尿嘧啶修饰呈现出“刺激条件特异性”的特点。 转录后修饰在生命体中广泛存在(已发现100多种),而假尿嘧啶RNA修饰就是其中最主要的......阅读全文

中国学者发表Nature Methods综述:表观转录组分析新技术

  12月29日的Nature Methods杂志公布了2016年度技术:Epitranscriptome analysis(表观转录组分析),来自北京大学生命科学学院的伊成器研究员受邀发表了题为“Epitranscriptome sequencing technologies: decoding

Cell:表观遗传新关注点—mRNA修饰

  表观遗传学研究关键点是修饰DNA及其蛋白质支架的化学标记,越来越多的研究表明这些化学标记能告诉细胞,哪些基因是表达,哪些是沉默的,因而也决定了个体的表型性状。  mRNA即信使RNA,在中心法则中扮演了重要角色,但此前一些科学家们认为这种RNA只是完成传递的作用,把细胞核中编码的信息传递给蛋白翻

Cell:出人意料的mRNA修饰

Cell:出人意料的mRNA修饰  根据分子生物学的中心法则,遗传信息是从DNA传递给RNA,再从RNA传递给蛋白质,其为活体生物中遗传信息的解码和翻译提供了一种简单的解释。  当然在现实中,这一过程比近60年前DNA双螺旋结构的共同发现者、诺贝尔奖得主Francis Crick

Cell颠覆传统认知:出人意料的mRNA修饰

  根据分子生物学的中心教条(又称中心法则),遗传信息是从DNA传递给RNA,再从RNA传递给蛋白质,其为活体生物中遗传信息的解码和翻译提供了一种简单的解释。  当然在现实中,这一过程比近60年前DNA双螺旋结构的共同发现者、诺贝尔奖得主Francis Crick首次提出的要远远复杂得多。其一,有多

Nature:RNA 修饰研究有助表观转录组学进一步发展

  这是一个与 mRNA 结合的细菌核糖体的分子模式图,该核酸蛋白复合体正在合成蛋白质。  随着科研人员逐渐揭开 RNA 修饰的奥秘,帮助我们了解表观转录组学(epitranscriptomics)的工具也变得越来越多了。  2004 年,以色列特拉维夫大学(Tel Aviv University

pre-mRNA中存在的修饰及其对剪接影响

  2018年10月7日 讯 /生物谷BIOON/--日前,作为“诺贝尔奖风向标”的拉斯克奖——拉斯克·科什兰医学特殊成就奖颁给了Joan Argetsinger Steitz教授(致敬Joan Steitz!2018年拉斯克特别成就奖获得者),以表彰她在生物医学领域,尤其是RNA生物学领域中所发挥

北京大学Nature子刊解析表观遗传修饰

  来自北京大学的研究人员报道称,他们采用化学下拉(pulldown)方法揭示出了哺乳动物转录组的动态假尿嘧啶化 (pseudouridylation)。这一重要的研究成果发布在6月15日的《自然化学生物学》(Nature Chemical Biology)杂志上。  领导这一研究的是北京大学生命科

核仁小RNA(snoRNAs)的功能及其在癌症研究中的作用介绍

  核仁小RNA(snoRNAs)是一类中等长度的非编码小RNA,它们的长度在60-300nt不等,能与核仁核糖核蛋白结合形成snoRNPs 复合物[1]。在脊椎动物中编码核仁小RNA的基因主要存在于蛋白编码基因或非蛋白编码基因的内含子区域,并且经过进一步的转录后加工处理形成成熟的核仁小RNA[2]

核仁小RNA的功能及其在癌症研究中的作用(一)

为什么研究snoRNAs?引言核仁小RNA(snoRNAs)是一类中等长度的非编码小RNA,它们的长度在60-300nt不等,能与核仁核糖核蛋白结合形成snoRNPs 复合物[1]。在脊椎动物中编码核仁小RNA的基因主要存在于蛋白编码基因或非蛋白编码基因的内含子区域,并且经过进一步的转录后加

北京大学Nature子刊发布表观遗传新成果

  来自北京大学的研究人员报告称,他们通过全转录组绘图揭示出了可逆及动态的N1甲基腺苷(N1 methyladenosine,m1A)甲基化组。这一重要的研究成果发布在2月10日的《自然化学生物学》(Nature Chemical Biology)杂志上。  北京大学生命科学学院伊成器(Chengq

刘默芳组:LARP7介导U6修饰及在生精细胞mRNA精准剪接功能

  在较高等的真核生物中,大部分基因都含有内含子,在转录完成后需经过剪接(splicing)从mRNA前体移除内含子,以产生成熟、有翻译活性的mRNA,这个过程由剪接体(spliceosome)催化完成。经典的剪接体包括五种snRNA(small nuclear RNA),即U1、U2、U4、U5和

上海生科院阐明ADAR1调控人源胚胎干细胞神经分化的新机制

  2月24日,国际学术期刊《细胞研究》(Cell Research)在线发表了中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所陈玲玲研究组和计算生物学研究所杨力研究组的最新研究论文ADAR1 is required for differentiation and neural inducti

何川教授新发Nature综述:mRNA修饰介导的基因调控

  在分子生物学的中心法则中,遗传信息从DNA、RNA流向蛋白。基因组DNA和组蛋白上都存在可逆的表观遗传学修饰,这些修饰可以调控基因的表达,并由此决定细胞的状态,影响细胞的分化和发育。近年来人们发现,mRNA和其他RNA上也存在类似的调控机制。  N6-methyladenosine(m6A)是真

何川教授最新Nature文章:基因调控新领域的最新发现

  N6-methyladenosine(m6A)是真核生物mRNA上最常见的一种转录后修饰,介导了超过80%的RNA碱基甲基化。这种可逆的mRNA甲基化修饰非常普遍,出现频率大约是3-5个残基/mRNA。m6A的研究发现开辟了真核生物转录后基因调控的新领域。  芝加哥大学的何川(Chuan He)

Genome research:不同RNA m5C甲基化修饰存在巨大差异

  导读   近年来,RNA修饰的研究已成为当今生命科学领域最前沿最热门的研究方向之一,不断有CNS的文章问世,m5C RNA修饰的分子机理研究越来越清晰,也不断有学者探寻如何更全面的获得贴近真实的m5C修饰的原貌。近期,来自德国的Frank Lyko和Mark Helm团队在GENOME RES

Genome research:不同RNA m5C甲基化修饰存在巨大差异

  近年来,RNA修饰的研究已成为当今生命科学领域最前沿最热门的研究方向之一,不断有CNS的文章问世,m5C RNA修饰的分子机理研究越来越清晰,也不断有学者探寻如何更全面的获得贴近真实的m5C修饰的原貌。近期,来自德国的Frank Lyko和Mark Helm团队在GENOME RESEARCH(

不同RNA m5C甲基化修饰存在巨大差异

导读近年来,RNA修饰的研究已成为当今生命科学领域最前沿最热门的研究方向之一,不断有CNS的文章问世,m5C RNA修饰的分子机理研究越来越清晰,也不断有学者探寻如何更全面的获得贴近真实的m5C修饰的原貌。近期,来自德国的Frank Lyko和Mark Helm团队在GENOME RESEA

借鸡生蛋:双特异抗体治疗的新思路

  肿瘤治疗目前已进入了靶向治疗的时代,单克隆抗体是靶向治疗的引领者和主流。但是对肿瘤单一位点的刺激或抑制不能达到彻底杀灭肿瘤的效果,特别是实体肿瘤。   为克服单克隆抗体的局限性,科学家开发出双特异抗体(Bispecific antibodies,bsAbs),即含有两种特异性抗原结合位点的人工

酵母双杂交技术及其在蛋白质组研究中的应用

     作为后基因组时代出现的新兴研究领域之一, 蛋白质组学(proteomics)正受到越来越多的关注。 蛋白质组学的研究目标是对机体或细胞的所有蛋白质进行鉴定和结构功能分析。 蛋白质组学的研究不局限任何特定的方法。 高分辨率的蛋白质分离技术如二维凝胶电泳和高效液相

酵母双杂交技术及其在蛋白质组研究中的应用

作为后基因组时代出现的新兴研究领域之一, 蛋白质组学(proteomics)正受到越来越多的关注。 蛋白质组学的研究目标是对机体或细胞的所有蛋白质进行鉴定和结构功能分析。 蛋白质组学的研究不局限任何特定的方法。 高分辨率的蛋白质分离技术如二维凝胶电泳和高效液相层析, 经典的蛋白质鉴定方法如氨

LightCycler应用:甲基化分析

主要应用:应用实时荧光PCR技术进行快速准确的DNA甲基化分析DNA甲基化是表观遗传学的重要研究内容之一,它可以在转录水平抑制基因的表达。具体的过程是在胞嘧啶-鸟嘧啶(CpG二核苷酸)的5位碳原子上添加了一个额外的甲基团,形成5-甲基胞嘧啶。CpG二核苷酸密度较高的区域在人体基因组中呈非随机分布于,

酵母双杂交技术及其在蛋白质组研究中的应用

摘要  蛋白质组学是在后基因组时代出现的一个新兴的研究领域, 它的主要任务是识别鉴定细胞、组织或机体的全部蛋白质, 并分析蛋白质的功能及其模式。 因此, 揭示蛋白质组中蛋白质间的相互作用关系也是蛋白质组学的重要内容之一。 酵母双杂交技术是用来检测蛋白质间是否相互作用的一

SYBR Green法实时定量PCR优化攻略

SYBR® Green是一种插入DNA分子的染料,具有多种分子生物学应用,其中之一就是用于实时定量PCR(qPCR)。随着PCR循环的连续进行,这种染料的荧光强度会不断增强,从而可以使人们对反应中的DNA进行定量。SYBR Green法及一些其他基于染料的qPCR方法比探针法的成本低,使用也更为方便

特异性位点的DNA甲基化的检测方法

相关专题1 甲基化敏感性限制性内切酶 (methylation-sensitive restriction Endonuclease,MS-RE)-PCR/Southern法这种方法利用甲基化敏感性限制性内切酶 对甲基化区的不切割的特性,将DNA消化为不同大小的片段后再进行分析。常使用的甲基化敏感的

抗肿瘤药物研究及新药筛选

  提 纲   一、化疗药物的发展   二、肿瘤的药物治疗   三、抗肿瘤药物筛选及评价   四、体外抗肿瘤活性试验   五、体内抗肿瘤活性试验   一、化疗药物的发展   • 近代肿瘤化疗学始于20世纪40年代。   • 50年代通过动物筛选化疗药物发现了5FU、MTX、CTX等,

抗肿瘤药物研究及新药筛选

  提 纲   一、化疗药物的发展   二、肿瘤的药物治疗   三、抗肿瘤药物筛选及评价   四、体外抗肿瘤活性试验   五、体内抗肿瘤活性试验   一、化疗药物的发展   • 近代肿瘤化疗学始于20世纪40年代。   • 50年代通过动物筛选化疗药物发现了5FU、MTX、CTX等,