测序污染有多危险,如何防范与去除[实验手册]
一些研究表明,目前已经公布的基因组存在多种污染,随着这个问题越来越突出,我们需要找出方法来应对 生物通报道:Supratim Mukherjee在进行数据分析的时候,发现数以百计的微生物基因组中会重复出现同一种噬菌体序列,这令他感到很惊讶。这位来自劳伦斯伯克利国家实验室的生物信息学家最开始是为了比对这些微生物的代谢途径,但后来他发现了几乎无处不在的序列,“我以为我们发现了一些新的东西,”他回忆道,“在这些不同的微生物中,这整个噬菌体基因组是完整地保留下来的。” 但当Mukherjee一开始分析这个噬菌体序列时,他就知道这就是 PhiX 序列,一种Illumina公司测序试剂盒中用做标准品的噬菌体。PhiX 本来是作为一种质控检测指标,用于追踪每个测序过程中出现的错误率的,但在上百个案例中,Mukherjee发现研究人员都没有从其公布的基因组序列中剔除Phi X的序列。 并不是只有Mukherjee一人发现此种情况,最近......阅读全文
测序过程中出现“流氓基因”污染
Supratim Mukherjee在进行数据分析的时候,发现数以百计的微生物基因组中会重复出现同一种噬菌体序列,这令他感到很惊讶。这位来自劳伦斯伯克利国家实验室的生物信息学家最开始是为了比对这些微生物的代谢途径,但后来他发现了几乎无处不在的序列,“我以为我们发现了一些新的东西,”他回忆道,“在
乌鲁木齐多个监测站出现重度污染及严重污染
图为在乌鲁木齐城南拍摄的隐藏在薄雾之中的城市。 据乌鲁木齐市环境保护局网站空气质量实时报消息,2013年11月12日16时,乌鲁木齐市区多个监测站出现重度污染及严重污染,其中七十四中学、铁路局、新疆农科院农场等监测站为严重污染。
基因污染简介
基因重组是不同基因通过酶促催化而产生转移、交换而重新组合的过程,能使生物表达出新的结构和功能特征。如果基因重组生物从实验室里扩散到自然界中,生物的新功能就有可能破坏生态平衡,从而产生基因污染。在掌握了嫁接、杂交方法改造生命的手段后,人类进一步学会了应用基因技术改造生命。基因工程的飞速发展,不但为人类
如何防止细胞培养出现污染
防止细胞培养出现污染的方法如下:1、从培养箱取放细胞前,用酒精清洁双手(或手套),尽量缩短开门时间和减少开门次数。培养瓶放入培养箱前,用酒精消毒表面,并稍等至酒精挥发后再放入,以免培养箱内滞留过多乙醇蒸气。2、操作的时候防护服、口罩、手套缺一不可。操作前,准备好所有实验所需物品,以减少走动,物品需有
如何防止细胞培养出现污染
防止细胞培养出现污染的方法如下:1、从培养箱取放细胞前,用酒精清洁双手(或手套),尽量缩短开门时间和减少开门次数。培养瓶放入培养箱前,用酒精消毒表面,并稍等至酒精挥发后再放入,以免培养箱内滞留过多乙醇蒸气。2、操作的时候防护服、口罩、手套缺一不可。操作前,准备好所有实验所需物品,以减少走动,物品需有
海南农业厅:尚未发现农业转基因生物污染
近日,“海南发现滥种转基因”引发舆论热议。3月30日,海南省农业厅就转基因执法检查有关情况进行了通报,但一些媒体和网民对相关通报再次提出质疑。4月1日,海南省农业厅相关负责人就相关法律依据、执法检查法律程序、执法信息发布等问题回答了记者提问。 问:为何海南省农业厅去年12月即开展执法检查,
生物污染与化学污染、物理污染的区别
生物污染与化学污染、物理污染的不同之处在于:生物是活的、有生命的,外来生物能够逐步适应新环境,不断增殖并占据优势,从而危及本地物种的安全。
微生物污染的污染途径
微生物污染常见的是空气的微生物污染和水的微生物污染。空气虽然不是微生物产生和生长的自然环境,没有细菌和其他形式的微生物生长所需要的足够的水分和可利用的养料, 但由于人们的生产和生活活动使空气中可能存在某些微生物, 包括一些病原微生物如结核杆菌、白喉杆菌、金葡菌、流感病毒、麻疹病毒等,可成为空气传播疾
生物污染的主要污染因子介绍
霉菌霉菌是一种能够在温暖和潮湿环境中迅速繁殖的微生物,其中一些能够引起恶心、呕吐、腹痛等症状,严重的会导致呼吸道及肠道疾病,如哮喘、痢疾等。患者会因此精神萎靡不振,严重时则出现昏迷、血压下降等症状。尘螨尘螨是最常见的空气微小生物之一,是一种很小的节肢动物,肉眼是不易发现的。尘螨是引起过敏性疾病的罪魁
京津冀中部可能出现中度污染过程
3月15日,中国环境监测总站联合中央气象台、全国六大区域空气质量预测预报中心和北京市环境保护监测中心,开展3月中下旬全国空气质量预报会商。3月中下旬,我国南方地区空气质量以优良为主,华东内陆、华南两广和西南四川盆地可能出现轻度污染;北方地区大部以良至轻度污染为主,17日-19日京津冀中部可能出现
北京本周可能出现两次重污染
记者日前从北京市环保局了解到,本周(11月24日~30日),北京可能出现两次空气重污染过程。北京市有关部门已加大监管、执法力度,严格控制燃煤、机动车、工业及扬尘污染排放,同时号召全体市民坚持绿色生产、生活方式,共同减缓空气污染程度。 据北京市环境保护监测中心主任张大伟介绍,预计11月24日~3
测序过程中出现的污染来自哪里?
Supratim Mukherjee在进行数据分析的时候,发现数以百计的微生物基因组中会重复出现同一种噬菌体序列,这令他感到很惊讶。并不是只有Mukherjee一 人发现此种情况,最近大量的报告表明,发表的基因组出现污染要比之前想象的多得多。那么这些污染是如何出现的呢?我们又能做些什么,避免这些
什么是生物污染?
对人和生物有害的微生物、寄生虫等病原体和变应原等污染水、气、土壤和食品,影响生物产量,危害人类健康,这种污染称为生物污染。
生物污染的特点
一是预测难,人们对外来生物在什么时候、什么地方入侵难以作出预测。二是潜伏期长,一种外来生物侵入之后,其潜伏期长达数年,甚至数十年,因此,难以被发现,难以跟踪观察。三是破坏性大,外来生物的侵入,在破坏了当地生态环境的同时,也破坏了该生态系统中各类生物的相互依存关系,可能造成严重的后果。
生物污染的特点
一是预测难,人们对外来生物在什么时候、什么地方入侵难以作出预测。二是潜伏期长,一种外来生物侵入之后,其潜伏期长达数年,甚至数十年,因此,难以被发现,难以跟踪观察。三是破坏性大,外来生物的侵入,在破坏了当地生态环境的同时,也破坏了该生态系统中各类生物的相互依存关系,可能造成严重的后果。
生物污染的种类
高山、大海、沙漠、河流等的天然屏障作用,使得不同的区域形成了形态各异的生态系统。生物污染是指外来生物被有意无意地引入一个新的生态系统内,并对该系统造成影响或危害的现象。生物污染按照物种的不同,可以分为:动物污染(主要为有害昆虫、寄生虫、原生动物、水生动物等)植物污染(杂草是最常见的污染物种,还有某些
基因污染的概念
基因污染(Genetic pollution)指对原生物种基因库非预期或不受控制的基因流动。 外源基因通过转基因作物或家养动物扩散到其他栽培作物或自然野生物种并成为后者基因的一部分,在环境生物学中我们称为基因污染。基因污染主要是由基因重组引起的。
我国东北地区出现空气重污染过程
环境保护部今日(9日)向媒体通报,11月6日起,受不利气象条件和污染排放的影响,我国东北地区持续出现空气重污染过程。 环境保护部环境监测司司长罗毅介绍说,11月6日,全国338个城市中,10个城市空气质量出现重度及以上污染,均位于东北地区。其中哈尔滨、长春、吉林和四平为严重污染,绥化、辽源、七
FID出现污染时,应采取的预防措施
FID是氢火焰离子化检测器的简称,属于质量型检测器,主要包括一个不锈钢制成的离子室、气体入口、火焰喷嘴、发射极和收集极、点火线圈、外罩等部件。 因为喷嘴所处位置极易被污染。一旦检测器被污染,轻则灵敏度明显降低或噪声增大,基线不稳,重则会熄火或点不着火,严重影响气相色谱的定性和定量分析,那么当出
指示生物污染物测定方法介绍水污染指示生物
水污染指示生物是指在一定的水体范围内,能通过其特性、数量、种类或群落等变化,对水体中的污染物产生各种定性、定量指示作用的生物。水污染指示生物主要有浮游生物、着生生物、底栖生物、鱼类和微生物等。(1)浮游生物 浮游生物就是悬浮生长在水体中的生物,包括浮游植物和浮游动物两类。它们大多数个体很小,游动能
科学家阐明有机污染修复中微生物功能基因作用
原文地址:http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2017/9/387933.shtm
基因不同可致体检出现偏差
日本东京大学和理研究所的研究小组对日本人遗传基因解析时,发现了46个可以左右健康体检等血液检查结果的遗传基因。这是研究小组用计算机从全日本20万人的DNA和血液中,对遗传基因个人差异、20项血液检查数据、遗传基因数据、实际身体健康状况等进行后得出的结论。由于个体不同、遗传基因类型不同,个体差别也不相
基因不同可致体检出现偏差
《自然—遗传学》:基因不同可致体检出现偏差 发现46个可左右健康体检等血液检查结果的遗传基因 日本东京大学和理化学研究所的研究小组对日本人遗传基因解析时,发现了46个可以左右健康体检等血液检查结果的遗传基因。这是研究小组用计算机从全日本20万人的DNA和血液中,对遗传基因个人差异、2
生物污染的主要种类
生物污染按照物种的不同,可以分为:动物污染(主要为有害昆虫、寄生虫、原生动物、水生动物等)植物污染(杂草是最常见的污染物种,还有某些树种和海藻等)微生物污染(包括病毒、细菌、真菌等)。
消除微生物污染
实验方法原理通过冲洗单层培养物或通过离心重悬非贴壁细胞,以高浓度抗生素清洗培养物数次,然后将培养物传代,用加抗生素的培养基传三次,再用不加抗生素的培养基传三次,每次传代后都要检测是否污染。实验材料DBSS
消除微生物污染
实验方法原理 通过冲洗单层培养物或通过离心重悬非贴壁细胞,以高浓度抗生素清洗培养物数次,然后将培养物传代,用加抗生素的培养基传三次,再用不加抗生素的培养基传三次,每次传代后都要检测是否污染。实验材料 DBSS试剂、试剂盒 高浓度抗生素培养液仪器、耗材 用于传代培养的材料带有40×或60×物镜的相差显
消除微生物污染
实验方法原理通过冲洗单层培养物或通过离心重悬非贴壁细胞,以高浓度抗生素清洗培养物数次,然后将培养物传代,用加抗生素的培养基传三次,再用不加抗生素的培养基传三次,每次传代后都要检测是否污染。实验材料DBSS试剂、试剂盒高浓度抗生素培养液仪器、耗材用于传代培养的材料带有40×或60×物镜的相差显微镜用于
生物污染的主要途径
原料污染食品原料在采集和加工前期,表面上往往附着很多细菌,特别是表面破损的水果、蔬菜、肉类和水产品。烹调用具和餐具污染加工污染加工食品多是包装食品,一般较为清洁,但也会受到二次污染。当厨房卫生条件不良时,空气中漂浮的细菌会沉降到食品表面;在烹调加工过程中,如果不注意生熟分开,细菌就会从生鲜食品或半成
进口转基因大豆将带来“基因污染”
今年头两个月,黑龙江省大豆进口量激增,达到26.9万吨,同比增长6563.5%。而黑龙江省的大豆出口呈相反态势,今年头两个月仅出口1879吨,同比下降92.2%。 “一旦进口的转基因大豆占领黑龙江市场,危及的将不仅是当地世代以大豆种植为生的农户的利益和生存,黑龙江大豆的原产种源、环境也将遭
微生物污染的概念和污染来源
微生物污染是指由细菌与细菌毒素、霉菌与霉菌毒素和病毒造成的动物性食品生物性污染。微生物污染包括细菌性污染、病毒和真菌及其毒素的污染。据世界卫生组织估计,在全世界每年数以亿计的食源性疾病患者中,70%是由于食用了各种致病性微生物污染的食品和饮水造成的。微生物污染也是主要传染性疾病的源头。当前有20%的