赵可吉博士Nature发布重要测序技术
DNase I超敏感位点（DHS）是对DNaseⅠ高度敏感的活性染色质区域。哺乳动物细胞的DHS定位，能够提供转录调控元件和染色质状态的重要信息，一直是科学家们的研究热点。DNase测序（DNase-seq）是进行全基因组DHS分析的常用方法，不过DNase-seq需要数百万细胞，大大限制了该技术的应用范围。 美国NIH的研究团队为此开发了在单细胞中检测全基因组DHS的超灵敏策略，并将其命名为单细胞DNase测序（scDNase-seq）。这一成果发表在十一月二十五日的Nature杂志上，文章的通讯作者是NIH旗下心脏、肺和血液研究所的赵可吉博士。赵可吉博士1980年毕业于昌潍师范学院，1985年获得东北师范大学硕士学位，1996年获得日内瓦大学博士学位。在斯坦福大学接受博士后训练后在NIH任研究员，2007年至今任高级研究员。曾在Cell、Nature、PNAS等权威杂志发表多篇研究性文章。 研究显示，细胞之间的DHS......阅读全文
用于肝癌特异性筛查的全基因组cfDNA片段化特征检测方法
肝癌的发病率和死亡率在癌症中位居前列，全世界每年新增病例超过90万，死亡病例超80万。在所有肝癌病例中，肝细胞癌 (HCC)占比约90%，对肝细胞癌高危人群进行有效、高灵敏度的筛查显得尤为重要。目前对肝癌高危人群早筛的方法是肝脏超声检查和血清甲胎蛋白（AFP）监测，其筛查灵敏度从47%-84%不
Lancet子刊最新全基因组分析－额颞叶变性与遗传变异有关
FTLD患者皆存在TAR-DNA结合蛋白43（TDP-43，一种调节转录的核蛋白）的异常磷酸化，GRN基因突变是FTLD的常见遗传因素，但不同患者发病年龄和临床表现存在差异，因此，近日有研究人员通过全基因组关联分析对FTLD患者GRN突变外的的遗传因子进行了考察。 研究人员发现TMEM106B
痛风药6年涨29倍！新的全基因组研究奏响痛风治疗曲目
金秋十月，丹桂飘香，又到了吃大闸蟹的时候了，然而很多人只能“望蟹兴叹”。是因为大闸蟹太贵吗？不！是因为海鲜过敏吗？不！是因为他们是痛风患者~ 痛风是由于嘌呤代谢异常或不能排出体外而引起的关节炎症，痛风患者的第一跖趾（脚拇指）关节处常常会在半夜出现严重的疼痛、红肿和炎症。造成痛风的本质原因是体内
昆明植物所完成六种木本竹子叶绿体基因组全序列的测定
竹亚科（Bambusoideae）隶属于禾本科（Poaceae），全世界共分布有一千余种。木本竹子因种类数目多，形态性状复杂多变及多年生一次性开花等原因而成为系统发育学研究难点。随着新一代测序技术的兴起，系统发育基因组学为解决这类困难类群的系统发育关系带来了曙光。 中国科学院昆明植物研究所李德
东亚人易感长新冠！全球首个全基因组测序找到易感基因
导语：新冠感染后果，因人而异，与易感基因密不可分。目前，已知长新冠与200多种症状有关，包括严重疲劳、肺功能障碍、神经疼痛以及注意力和记忆力困难。但是，导致长新冠发展的生物学机制仍不清楚。近日，科学家首次在基因中找到了问题的可能答案：在肺部和免疫细胞中均很活跃的FOXP4基因附近DNA片段，与患
全基因组测序在微生物食品安全风险评估中应用会议召开
2016年11月10-11日，国家食品安全风险评估中心（以下简称“食品评估中心”）在北京召开了“全基因组测序在微生物食品安全风险评估中的应用国际研讨会”。食品评估中心预测微生物学技术团队外聘专家，爱尔兰都柏林大学食品安全中心主任SéamusFanning教授及其团队成员、食品评估中心主任助理李宁
上海生科院合作完成世界首例双峰驼全基因组序列图谱
11月13日，中国科学院上海生命科学研究院/中国科学院系统生物学重点实验室李亦学研究员课题组与内蒙古农业大学、上海交通大学、南开大学等研究机构的科研人员合作完成了世界首例双峰驼全基因组序列图谱绘制和破译工作，成果在Nature Communications（DOI: 10.103
珀金埃尔默超推出快速全基因组测序，5天内出结果
珀金埃尔默推出了超快速的全基因组测序服务，该服务可在五天内为医生提供结果，以帮助他们管理和改善新生儿和儿科重症监护病房患者的预后。 这家总部位于马萨诸塞州沃尔瑟姆的公司表示，这项服务通过 PerkinElmer Genomics 提供，使用干血样本进行表型驱动分析，平均覆盖患者基因组的 40 倍
加拿大对新食品全基因组测序数据指导书等征询意见
2017年5月31日，加拿大卫生部在其官方网站上发布消息，加拿大卫生部拟对全基因组测序数据来做新食品上市前评估指导书向公众征求意见。该指导书是加拿大食品检验署和卫生部制定的、根据申请者应该在组织和提交全基因组测序时应考虑的原则和良好操作规则、且作为新食品上市前申请书一部分内容而制定。评议期至20
全基因组连锁分析和高通量测序结合寻找疾病相关基因－2
图1.2. 全基因组连锁分析结果。最高LOD值为3.01。接下来，研究使用了Agilent SureSelect平台对其中一例患者进行了外显子测序，测序深度为100X，但并没有发现功能相关变异。于是作者又进行了全基因组重测序，测序平台为Illumina Hiseq XTen，测序深度为平均每
全基因组甲基化测序技术可用于肺结节良恶性无创诊断
近期，中国科学院合肥物质科学研究院健康与医学技术研究所研究员聂金福、副研究员洪波生物信息学研究团队、研究员王宏志课题组和安徽医科大学二附院赵大海团队合作，在肿瘤早筛领域取得进展，开发出基于血液cfDNA甲基化的肺结节良恶性无创诊断模型。相关研究成果在线发表在Cancer Science上。
植物所发现植物全基因组应答低温中信使RNA降解新机制
信使RNA(mRNA)降解的动态模式是生物发育调控和适应环境的重要机制。但对植物mRNA降解在环境胁迫下的作用模式知之甚少。中科院植物研究所种康研究组通过RNA末端平行分析(parallel analysis of RNA ends)和转录组检测，并借助高通量测序手段揭示了单子叶模式植物二穗
单细胞分离策略的优缺点
据美国能源部微生物基因组学计划的主管Tanja Woyke介绍，研究人员使用几种方法分离单细胞，它们各有优缺点。Quake曾使用微流体方法来分离一种称为TM7的无法培养微生物1。TM7是杆状的，于是Quake及其团队专门捕获口腔微生物群落中的杆状细菌。随后他们通过核糖体RNA来追踪所要的细胞。在35
单细胞分析揭示癌症异质性
2013年度基因组生物学大会(The Biology Of Genomes 2013)于5月7日晚在美国纽约冷泉港实验室召开。这是基因组学领域最大的会议之一，吸引了多个著名研究所的大牛参加。会议主题包括高通量基因组学和遗传学、复杂性状的遗传学、功能和癌症基因组学、计算基因组学、进化基因组学以
能源所发明简易高效的单细胞分选与测序对接技术
为了满足考察自然界中细胞“原位功能”这一共性科学需求，“现场”、“实时”的单细胞分选与测序已成为生命科学装备研制领域的一个重要发展趋势。尽管第三代测序技术已实现仪器微型化，但与测序对接的单细胞精准分选装备却仍然相当笨重和昂贵，难以支撑各种科学考察中针对微生物组功能的现场分析。最近，中国科学院青岛
青岛能源所发明简易高效的单细胞分选与测序对接技术
为了满足考察自然界中细胞“原位功能”这一共性科学需求，“现场”、“实时”的单细胞分选与测序已成为生命科学装备研制领域的一个重要发展趋势。尽管第三代测序技术已实现仪器微型化，但与测序对接的单细胞精准分选装备却仍然相当笨重和昂贵，难以支撑各种科学考察中针对微生物组功能的现场分析。最近，中国科学院青岛
全领域、全链条、全覆盖：医疗反腐，动真格了
在刚刚过去的一周，强劲的反腐风震慑整个医药行业。 百余名医院院长、书记被查，一台仪器被院长吃掉1600万回扣……一场医药反腐风暴正在席卷全国，也把各地药企、医疗机构的藏污纳垢展现在公众面前。 风暴之下的医药行业，是否能回到“正本清源”的环境里？ 医疗反腐力度空前 一场全国性的医疗反腐正在
研究开发单细胞测序分析TEs表达的工具包
中国科学院广州生物医药与健康研究院（以下简称广州健康院）陈捷凯课题组和南方科技大学Andrew Hutchins课题组合作开发出单细胞测序分析转座元件表达的工具包scTE。相关研究3月5日发表于《自然—通讯》。据悉，生物岛实验室副研究员何江平为该论文第一作者，陈捷凯、Andrew Hutchin
单细胞力量大－Fluidigm－Q3增长快
【摘要】Fluidigm（富鲁达）公司在周三收市后宣布，其第三季度的收入同比增长43%，这主要由消耗品和仪器所推动，特别是单细胞基因组学应用。在截至9月30日的三个月内，Fluidigm的总收入达1830万美元，而去年同期为1280万美元。 Fluidigm（富鲁达）公司在周三收市后宣布，其
单细胞测序技术应用和发展现状研究
一背景概况单细胞测序技术是指能够在单个细胞的水平上，对基因组或转录组进行高通量测序分析的一项新技术。与传统高通量测序相比，单细胞测序不仅能够分析相同表型细胞的异质性，还能获取难以培养微生物的遗传信息以及珍贵的临床样本的信息，具有广阔的应用前景。细胞是生命的单位，目前大部分的基因检测均是从组织中抽提D
单细胞测序保证了测量的准确性和稳定性
单细胞测序与普通测序不同在于普通测序所提取的RNA源于样本中的多个细胞，所以普通测序的结果不可避免的会受到不同细胞间异质性的影响，而单细胞测序则是针对单个细胞的基因组进行测序，能够更好地帮助我们认识细胞与细胞之间的差异。 同一组织中的细胞间都是存在异质性的，更不必提不同组织、不同系统中细胞的
探讨应用前景－单细胞拉曼创新技术研讨会在广州举办
11月15日，由南方医科大学检验医学部、中国科学院青岛生物能源与过程研究所共同发起的单细胞拉曼创新技术研讨会在广州举办。 会议研讨了单细胞拉曼技术在临床医学检验、微生态、肿瘤细胞等领域的应用前景。南方医科大学江医院检验医学部主任周宏伟表示，耐药性的广泛传播与滥用抗生素密不可分，快速检测病原菌药
！单细胞测序的”CPU－2.0”时代
对单个人类细胞的基因组进行准确的变异检测和大范围单倍体型分析一直以来都是测序领域的巅峰挑战。单细胞测序使我们能在更高的分辨率下研究生命的机制。一方面，在像癌症这样的组织样本中存在大量具有不同基因组类型的单个细胞,因此需要分析单细胞水平基因组而不是大量细胞的平均值；另一方面，对于非常珍贵的细胞样品
基因检测的几个常识
关于基因检测或者说基因测序，还是不要说基因检测，最好和市面上那些消费级基因检测拉开些距离，这行的名声都快被消费级的检测毁了，我一下说的都是医疗级的测序，包括婴幼儿的遗传病筛查、肿瘤的测序和以天赋检测等消费级基因检测不是一个东西。消费级的检测简直就是笑话。行业内也有大佬说过“毁掉一个孩子最好的办法
单细胞分离技术应用于众多领域的单细胞分析
单细胞分离目前主要有三种选择：手动分离、荧光激活细胞分选和微流体技术。当然，除了成熟的方法，巧妙的新方法也在不断涌现，能以更高的准确性和特异性来分离单细胞。 将细胞分散到悬液中，会失去它们在组织里的位置信息。如果想了解单细胞所处的环境，就需要用到激光捕获显微切割技术，这种技术通过扫描组织切片来
单细胞分离仪在单细胞测序领域有着很大的帮助
单细胞分离仪可以实现从微孔芯片转移单细胞到细胞收集管中。单细胞转移分离系统集单细胞成像，单细胞隔离，单细胞选择功能于一体，自动聚焦成像。 转移单细胞到微管，PCR微孔板或其它反应微管中，在隔离单细胞后，它可以对选定收集的细胞进行扫描并成像，采用倒置荧光显微镜，配备自动扫描显微镜载物台，自
新一代的遗传筛查－–－CIRSPR与单细胞测序的强强联合
遗传筛查是研究哺乳动物细胞中基因功能的强大工具。将基因扰动与细胞表型相关联，目前主要有两种方法：芯片筛查和混合筛查。芯片筛查能揭示高分辨率的表型，但其通量有限且价格不菲。混合筛查则能够快速筛查数千个扰动，效率高，扩展性好，但它不能揭示每个扰动的详细表型。 如今，四项近期发表的研究为遗传筛查带来
大规模单细胞测序构建第一个人脑神经元表达图谱
这项研究开发了首个方法用于人类大脑神经性元不同亚型的鉴定，奠定了"绘制"人脑神经元细胞基因活性方法的基础；同时，可以帮助我们更好的理解人脑正常功能及疾病异常，包括阿尔茨海默氏症、帕金森症、精神分裂症和抑郁症等。通过分离和对单个人类大脑神经元细胞核进行单细胞核转录组测序，研究人员在人脑的六个高级功
英国利用大规模全基因组测序数据－研发出新型血液病panel
英国研究人员利用5000份全基因组测序数据，其中超过一半来自患有血液病或者免疫疾病的患者，研发出检测遗传性出血性疾病、血栓性疾病和血小板疾病的靶向NGS panel，其验证研究结果发表在《Blood》杂志上，该研究表明大规模测序项目可以转化到临床应用中。 该panel分析由血栓基因组学联盟（T
南京农大，中国农业科学院发表全基因组重测序新发现
来自南京农业大学，中国农业科学院棉花研究所，浙江大学等处的研究人员发表了题为“Genomic analyses in cotton identify signatures of selection and loci associated with fiber quality and yield