深度测序发现细菌中存在大量msRNAs
具有调控作用的非编码小分子RNA，调控基因的表达，而microRNAs在真核生物中恰恰提供了一个最好的例子。然而，与真核生物microRNAs相同大小的细菌小RNAs却鲜被关注。近日，韩国庆北国立大学的研究人员，对细菌中的msRNAs(microRNA-size, small RNAs)进行了系统研究*，证实模式菌种中msRNAs的存在。 研究人员采用小RNA测序技术(联川生物提供测序服务)，对大肠杆菌中小RNA进行鉴定，获取了33.2 M小RNA克隆reads。生物信息学分析鉴定出超过400个msRNA种类。筛选出的高表达msRNAs被qRT-PCR和northern杂交所验证。虽然这些RNAs的功能意义尚不得而知，但它们的高丰度表达表明，它们也许在细菌中发挥特殊作用，类似于真核生物中的miRNA。......阅读全文
DNA测序抑制超级细菌传播
超级细菌的暴发困扰着英国剑桥市新生儿特殊护理病房的医护人员。在基因测序的帮助下，去年以来持续数月的困境终于结束了。刊登在近期出版的《柳叶刀―传染病》上的一份研究报告称，科学家首次测序了病原体基因，以便积极控制进行中的超级细菌暴发。 英国剑桥大学的临床微生物学家Sharon Peacoc
深度测序发现细菌中存在大量msRNAs
具有调控作用的非编码小分子RNA，调控基因的表达，而microRNAs在真核生物中恰恰提供了一个最好的例子。然而，与真核生物microRNAs相同大小的细菌小RNAs却鲜被关注。近日，韩国庆北国立大学的研究人员，对细菌中的msRNAs(microRNA-size, small RNAs)进行
构建小鼠基因组CRISPR导向RNAs文库
研究人员开发出一种方法，构建出了一个可诱导小鼠基因组全基因靶向突变的CRISPR导向RNA(gRNAs)综合文库。人们可利用这一文库来调查不同细胞类型中每个基因的作用。这一突破性的研究成果在线发表在12月23日的《自然生物技术》(Nature Biotechnology)杂志上。 CR
基因测序是怎么判断病毒或者细菌来源
目前以新冠病毒来解释，首先病毒的体外活性，其实他与病毒的种类和体外环境因素有关。病毒的起源似乎并不一定与其体外失活有关。由于病毒不能形成化石，其复制机制复杂，因此研究病毒的起源非常困难。事实上，它们可以感染几乎所有的生物，这使得问题更加复杂。一些病毒如疱疹病毒和单核细胞增多症病毒与其宿主细胞的基因有
Genetics：记忆形成中小RNAs的巨大作用
近期，一项刊登于国际杂志Genetics上的研究论文中，来自斯克利普斯研究所的研究人员通过研究发现，一种名为“microRNA”的遗传物质或在动物模型记忆形成的过程中扮演不同的角色，在某些情况下microRNAs会增强机体记忆，但有些时候却会减弱机体的记忆力。 研究者Ron Davis教授指出
Cloning－of－small－RNAs－with－5’－phosphate－and－3’－OH－ends2
3’ Adaptor Ligation and PurificationHeat shock the RNA by putting at 90°C for 30 seconds. Snap cool on ice.Set up the 3’Adaptor ligation reaction in a
Cloning－of－small－RNAs－with－5’－phosphate－and－3’－OH－ends3
Load your precipitated PCR samples into 2 consecutive lanes so as not to overload the lanes. For each different sample, I would run a separate ladder
双RNA测序技术
在发表于《自然》（Nature）杂志上的一篇研究论文中， 由来自德国、奥地利和美国的研究人员组成的一个研究小组发现，采用一种允许在感染过程中同时研究细菌与宿主小RNA的新技术，可以揭示出两者转录谱的改变。该研究小组描绘了他们的技术、该技术如何更多地帮助了解细菌感染机制，以及在研究中获得的重要发现
Nature发布突破性双RNA测序技术
由来自德国、奥地利和美国的研究人员组成的一个研究小组发现，采用一种允许在感染过程中同时研究细菌与宿主小RNA的新技术，可以揭示出两者转录谱的改变。 在发表于《自然》（Nature）杂志上的研究论文中，这一研究小组描绘了他们的技术，为什么这一技术对于更多地了解细菌感染机制非常有用，以及在研究中获
长链非编码RNAs介导的表观遗传调控基础
近日，中国科学院昆明动物研究所李家立、胡新天和郑永唐课题组与中国科学技术大学生命科学学院汪香婷课题组、武汉生命之美生物科技公司合作，揭示了长链非编码RNAs在灵长类大脑发育和老化过程中表达动态变化和作用。该研究成果以Annotation and cluster analysis of spati
解读重要表观调控因子：保护端粒的非编码RNAs
在2008年，西班牙国家癌症研究中心（CNIO）的Maria A. Blasco博士领导的端粒和端粒酶研究组是世上首个发现TERRAs的团队。这是一段非编码端粒RNAs，属于染色质端粒的一部分。从那时起，该团队就致力于研究这些序列有什么作用。 最近他们在《Nature Communicatio
Cloning－of－small－RNAs－with－5’－phosphate－and－3’－OH－ends01
IntroductionThe following protocol describes a procedure for the purification and cloning of miRNAs and other small RNAs in the 20-30 nucleotide size
长读测序发现高达20％的果蝇基因来自细菌
科学家芭芭拉·麦克林托克在20世纪40年代首次发现了“跳跃基因”，即那些可以在其他物种基因组内移动或转移到其他物种基因组中的基因。然而，研究人员继续发现它们在进化和健康中的重要性。在UMSOM和IGS的微生物学和免疫学教授Julie Dunning Hotopp博士的带领下，IGS的研究人员使用了新
单分子测序助力细菌甲基化组的分析
New England Biolabs联合Pacific Biosciences的研究人员利用PacBio RS系统对6种细菌基因组进行了重测序，不仅鉴定出细菌基因组中新的胞嘧啶和腺嘌呤甲基化位点，还鉴定出介导这些表观遗传学标志的甲基转移酶。该研究成果近日发表在《Nucleic Acid
Y染色体完整测序或改善细菌DNA研究
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/9/507607.shtm
Sanger研究所测序3,000种危险细菌
对于人类而言，细菌扮演着多重角色，有时是亲密的伙伴，有时是致命的敌人。英国著名的Wellcome Sanger研究所近日与Pacific Biosciences（PacBio）合作，测序了3,000多种细菌的基因组，其中包括一些世界上最危险的细菌。 这些细菌是由英国国家菌种保藏中心（NCTC
Nature子刊：新测序技术揭示细菌多样性
斯坦福大学的研究人员首次将一种新测序技术用于人类肠道微生物组，揭示了惊人的细菌多样性。这项研究发表在十二月十四日的Nature Biotechnology杂志上。 “这些细菌在遗传学上比我们想象的更加多样化，”文章资深作者Michael Snyder教授说。人类个体之间只有千分之一的基因组序列
植物PPR蛋白调控靶标RNAs的分子机理研究取得进展
11月3日，国际学术期刊Nature Structural & Molecular Biology在线发表了中科院上海药物研究所徐华强研究组与上海植物逆境研究中心朱健康研究组合作项目——植物PPR蛋白结构与调控RNA processing分子机理研究的最新成果。这项成果是继9月18日发表
Nature子刊构建小鼠基因组CRISPR导向RNAs文库
研究人员开发出一种方法，构建出了一个可诱导小鼠基因组全基因靶向突变的CRISPR导向RNA(gRNAs)综合文库。人们可利用这一文库来调查不同细胞类型中每个基因的作用。这一突破性的研究成果在线发表在12月23日的《自然生物技术》(Nature Biotechnology)杂志上。 CR
ATM机器究竟暗藏多少细菌？让RNA测序来告诉你
比起在银行柜台排队取钱，使用自动柜员机（ATM）算是一种非常便捷的方式。不过，大家要小心，ATM可是暗藏了不少的细菌。近日，纽约大学的研究人员对纽约市多台ATM键盘上的细菌和真菌进行测序分析，发现了一系列微生物代表，不过总体多样性较低。 纽约大学的Maria Gloria Dominguez-
Genome－Res：全基因组测序追踪耐药细菌传播机制
耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）是一种常见的引发院内感染的致病菌，其也是资源不足医院感染的一大负担，此前当资源较好的临床机构运用全基因组测序来追踪MRSA的扩散时，针对有限的感染控制的传播动力学常常并不清楚，近日，来自剑桥大学的研究人员就利用全基因组测序的技术揭示了高传播率的资源受限医院中M
遗传界大牛Nature子刊发布CRISPRCas9新工具
来自哈佛医学院的研究人员开发出了一种预测软件，可以准确找出最有效的方法利用CRISPR-Cas9基因编辑技术来实现基因打靶。这项重要的研究成果发布在《自然方法》（Nature methods）杂志上。 领 导这一研究小组的是哈佛医学院著名遗传学教授、Wyss研究所的核心成员著名遗传学Georg
RNAi制备小分子干扰RNA（small－interfering－RNAs，siRNAs)的方法2
越来越多的研究人员开始采用小分子干扰RNA（small interfering RNAs，siRNAs)来抑制特定的哺乳动物基因表达。siRNA是一种短片断双链RNA分子，能够以同源互补序列的mRNA为靶目标降解特定的 mRNA，这个过程就是RNA干扰途径（RNA interference
环状RNAs帽独立的翻译蛋白及其在癌中的作用
环状RNA是一种共价封闭RNA，在真核生物中广泛表达。circRNA参与多种生理和病理过程，但其调控机制尚不完全清楚。随着RNA深度测序技术的发展和算法的改进，发现了一些circRNA通过cap-independent机制编码蛋白质，参与肿瘤发生发展的重要过程。本文在概述CircRNAs的基础上
RNAi制备小分子干扰RNA（small－interfering－RNAs，siRNAs)的方法1
最适用于：快速而经济地研究某个基因功能缺失的表型不适用于：长时间的研究项目，或者是需要一个特定的siRNA进行研究，特别是基因治疗体内表达前面的3种方法主要都是体外制备siRNAs，并且需要专门的RNA转染试剂将siRNAs转到细胞内。而采用siRNA表达载体和基于PCR的表达框架则属于：从转染到细
非编码small－RNA参与缺氧下的血管生成（一）
非编码RNA是近年来转录组学研究的热点，其中，long non-coding RNA（lncRNA），microRNA，circularRNA是大家研究的非常多的非编码。其实，在small non-coding RNAs世界，除了我们熟知的microRNA之外，还包括piwi-interac
环状－RNA－测序案例分析
案例：以结肠癌，卵巢癌，特发性肺纤维化及正常的人组织为例探讨 circular RNAs 的富集与增殖的相关性 背景：最新研究表明，circular RNAs 大量存在，是构成生物体 RNA 网络的一部分，而且研究者们推测 circular RNAs 与 miRNAs 一样具有生物学功能。 目的
新型工具在细胞中发现大量新的RNA亚型分子
从指甲到眉毛，基因组是机体所有部分的“总体规划”，但并不仅仅是蓝图决定建造什么，所有根据蓝图绘制指令的细胞成员都会在设计中加入自己的解释，而如今研究人员在不断发现新的成员；近日，一项刊登在国际杂志PLoS Genetics上的研究报告中，来自托马斯杰斐逊大学等机构的科学家们通过研究利用他们所开发
Nature－Communications：环形RNAs在脑衰老过程中的生物学作用
大脑衰老的生物学机理十分复杂，受到遗传、年龄和环境等多个因素的调控和影响，其中随年龄和环境等因素而变化的表观遗传调控被认为是重要的调控环节之一。基因组中大约90%的DNA都具有转录活性，但其中仅有1.5%的基因能够编码蛋白质，环状非编码RNAs（circRNAs）属于不具有编码功能的非编码RNA
RNAseq综述（七）
动态RNA-seq分析(Beyond steady-state RNA analysis)DGE分析是使用RNA-seq来检测稳态下的mRNA表达水平，这一表达水平是通过mRNA的转录，加工和降解速度来决定的。但是，RNA-seq也可以用于研究涉及转录，翻译所涉及的过程与动力学特征，这些研究为基因表