Nature重大成果：揭示125000个病毒基因组
在地球的内部、地球之上以及地球的周围，微生物的数量达到了10^30，估计超过了银河系中的星星。微生物已知在调控碳固定，维持全球氮、硫、磷和其他营养素的循环中起至关重要的作用，但目前大多数的微生物仍然是无法培养和未知的。美国能源部正以这一“微生物暗物质”作为目标，更好地了解地球微生物的多样性，收集来自自然的教训用于应对能源和环境的挑战。 然而要探索地球微生物的多样性，要求更多地了解较少研究的，微生物和感染它们的病毒，影响微生物调控全球循环能力的病毒之间的关系。尽管据估计病毒的数量至少比地球上的微生物细胞高出两个数量级，在序列数据库中相比约5万的细菌基因组，当前的测序DNA病毒基因组不超过2,200个。 在发表于8月17日《自然》（Nature）杂志上的一项研究中，美国能源部联合基因组研究院(DOE JGI)的研究人员利用来自世界各地最大规模采集的组装宏基因组数据集，揭示出了125,000个部分及完整的病毒基因组，其中大多数......阅读全文
什么是病毒？病毒是不是微生物？
病毒是生物界中最小的一类生物,没有完整的细胞结构、必须寄生在活细胞内、并且繁殖方式是“复制”的非细胞型生物,它依靠掠夺别人的营养生存,危害大。病毒的直径在10～300nm,因而大多数病毒只能在电子显微镜下看到，所以病毒是微生物的一种。
PNAS：让病毒“吐出”基因组
病毒感染导致的手足口病，会使儿童出现可能致命的脑肿胀和麻痹，现在科学家们找到了治疗这种疾病的潜在途径，这一发现也为对抗其他相关病毒提供了宝贵线索。 在中国和东南亚国家，每年都会出现手足口病的爆发，这种疾病是由肠道病毒71型(EV71)引起的。在一些受到感染的儿童中，病毒会引发脑炎造成永久性
Science：人巨细胞病毒病毒基因组测序
人巨细胞病毒是一种很常见的疱疹病毒，感染约50-100%的成人，但通常没有不良影响，并且它可以保持潜伏多年。人巨细胞病毒感染是比较常见的，发展中国家感染人数比发达国家人数多。 该病毒可导致出新生儿生缺陷和免疫系统受损，可能会导致致命疾病。该病毒也与癌症发展有关联。这项新的研究分析了病毒的蛋
树懒基因组中发现“化石”病毒
二趾树懒(Choloepus hoffmanni，如上图)的基因组中隐藏着一个“化石”病毒。 据美国《科学》杂志在线新闻报道，就像恐龙在焦油中留下的脚印一样，逆转录酶病毒会将其DNA中的一些片段插入到一种动物的基因组中。研究人员在树懒的基因组中发现了泡沫病毒的古老片段。研究人
有害微生物及病毒分类
1 高度危害性 鼠疫耶尔森氏菌、霍乱弧菌(包括EL-tor弧菌)、天花病毒、黄热病毒(黑毒株)、新疆出血热(克里米亚刚果出血热)病毒、东、西方马脑炎病毒、委内瑞接马脑炎病毒、拉沙热(Lassa)病毒、马堡(Marburg)病毒、埃波拉(Ebola)病毒、猴疱疹病毒(猴B病毒)；粗球孢子菌、荚膜
迄今最久微生物基因组草图出炉
英国《自然》杂志日前在线发表的一项演化学研究报告，近乎完整地构建出了一种口腔细菌的基因组，这个有48000年历史的微生物的基因组，是迄今为止历史最悠久的微生物基因组草图，研究同时揭示了尼安德特人的饮食结构。 尼安德特人的DNA序列和现代人类的DNA序列非常相似。他们是现代欧洲人祖先的近亲，从1
病毒基因组的结构特点介绍
1.病毒基因组大小相差较大,与细菌或真核细胞相比，病毒的基因组很小，但是不同的病毒之间其基因组相差亦甚大。如乙肝病毒DNA只有3kb大小，所含信息量也较小，只能编码4种蛋白质，而痘病毒的基因组有300kb之大，可以编码几百种蛋白质，不但为病毒复制所涉及的酶类编码，甚至为核苷酸代谢的酶类编码，因此
关于病毒基因组的基本介绍
病毒是最简单的生物，完整的病毒颗粒包括外壳蛋白和内部的基因组DNA或RNA（有些病毒的外壳蛋白外面有一层由宿主细胞构成的被膜（envelope），被膜内含有病毒基因编码的糖蛋白。病毒不能独立地复制，必需进入宿主细胞中借助细胞内的一些酶类和细胞器才能使病毒得以复制。外壳蛋白（或被膜）的功能是识别和
PNAS：微生物巧妙逃脱病毒攻击
科学家发现一种存在于全世界海洋中的耐恶劣环境的微生物拥有一种新颖的逃脱病毒攻击的策略：它在生命的不同阶段之间转换。 一种名为Emiliana huxleyi的单细胞浮游植物身披碳酸钙的盔甲，而且在海洋-大气二氧化碳系统中扮演着一个重要的角色，它拥有一种大起大落的生活史。E. huxleyi的暴发是
未知基因组的神秘“巨型病毒”揭示病毒世界变异性
据国外媒体报道，目前，科学家最新发现一种具有未知基因组的神秘巨型病毒。 该病毒被称为“Yaravirus”，是在巴西贝洛哈里桑塔城帕普哈人工湖中发现的，它是以巴西神话传说中“水仙（Yara）”的名字命名的。尽管该病毒可能不是什么超自然警报，但它可能像神话中的“水仙（Yara）”一样神秘。 因
宏基因组如何指导微生物分离培养
近日，中国农业科学院北京畜牧兽医研究所奶产品质量与风险评估科技创新团队受邀撰写综述文章，阐述了宏基因组指导未培养微生物分离培养的机遇与挑战，系统总结了基于宏基因组分离培养未培养微生物的方法。相关综述文章发表在《微生物》（Microbiome）。 随着宏基因组测序技
单分子测序改善微生物基因组组装
美国国家生物防卫分析和反制中心的研究人员近日在《Genome Biology》上发表文章，介绍了SMRT技术在微生物基因组组装上的应用。他们认为，单分子测序数据能降低测序费用，并带来更多完整的基因组，改善微生物基因组数据库的质量。 随着测序费用的不断下降，测序项目的数量也在不断上升。G
宏基因组如何指导微生物分离培养
近日，中国农业科学院北京畜牧兽医研究所奶产品质量与风险评估科技创新团队受邀撰写综述文章，阐述了宏基因组指导未培养微生物分离培养的机遇与挑战，系统总结了基于宏基因组分离培养未培养微生物的方法。相关综述文章发表在《微生物》（Microbiome）。 随着宏基因组测序技
Nature－Biotechnology定义病毒基因组标准：何谓高质量基因组
据说，地球上的微生物总量超过了银河系中的恒星数量，而且病毒总量也要比之前预计的多得多。 在最新的Nature Biotechnology杂志上，美国能源部（DOE）联合基因组研究所（JGI）构建了重要的病毒序列数据库，同时提出了病毒基因组标准，指出了三类基因组质量的分级。 目前虽然许多病毒未
中国新型冠状病毒的基因组序列
《自然》杂志2月3日发表了新型冠状病毒的基因组序列（论文：A new coronavirus associated with human respiratory disease in China），病毒样本系从一名曾在最先爆发疫情的海鲜市场工作过的患者体内分离得到。基因组分析显示，该病毒与此前在
南极罕见微生物或可揭示病毒起源
英国《自然·微生物学》杂志近日发表的一篇论文称，科学家在南极发现一种独特且罕见的微生物，对该微生物的分析能为进化中最大的奥秘——病毒的起源提供极其重要线索，有助于解决病毒如何首次出现的谜团。 病毒不同于其他生命形式。所有其他的生命形式是由细胞构成的，细胞是复杂的机器，可以独立生存和繁殖。病毒却
病毒的致肿瘤作用微生物检验
有一些病毒能诱发良性肿瘤，如痘病毒科的兔纤维瘤病毒、人传染性软疣病毒和乳多泡病毒科的乳头瘤病毒；另有一些能诱发恶性肿瘤，按其核酸种类可分为DNA肿瘤病毒和RNA肿瘤病毒。DNA肿瘤病毒包括乳多泡病毒料的SV40和多瘤病毒，以及腺病毒科和疱疹病毒科的某些成员，从肿瘤细胞中可查出病毒核酸或其片段和病毒编
华大基因完成肠道微生物基因组关联分析
从物种、功能及生态群落上展示肠道微生物与结直肠腺瘤及结直肠癌的关联特征，这是深圳华大基因研究院、奥地利因斯布鲁克医科大学、奥本多夫医院、丹麦哥本哈根大学、华南理工大学等多家单位最新的联合取得的科研进展。3月11日，国际学术期刊《自然通讯》杂志发表了这项研究成果。该研究对结直肠腺瘤、结直肠癌的早期
全球微生物模式基因组测序计划获进展
近日，《核酸研究》（Nucleic AcidsResearch）在线发表了国家微生物科学数据中心（中国科学院微生物研究所微生物资源与大数据中心、世界微生物数据中心）关于全球模式微生物基因组数据库gcType的论文。gcType是由我国牵头的全球模式微生物基因组测序计划的重要成果。 模式菌株（t
SARS病毒基因组复制机制研究获突破
近日，武汉大学生命科学学院教授郭德银领导的研究组以选择冠状病毒特有的多个RNA加工酶作为主要研究目标，通过酵母菌系统的功能筛选和体外生物化学分析，发现SARS病毒基因组1b区编码的一种非结构蛋白nsp14同时具有两种RNA加工酶活性，一是参与RNA 5’-端加帽的N7-甲基转移酶，二是进行RNA
牛乳头瘤病毒基因组结构和功能
乳头瘤病毒（papillomavirus）是感染人和动物皮肤、粘膜并引起乳头状瘤病变的一种DNA病毒，属于乳多空泡病毒（papovavirus）科。根据病毒感染的宿主不同可以分为牛乳头瘤病毒（BPV），人乳头瘤病毒（HPV）等。已发现的乳头瘤病毒基因组都具有相似的结构。下面以BPV为例说明乳头瘤
酵母还能快速“重建”新冠病毒基因组？
据《自然》杂志6日发表的一项合成生物学研究，瑞士一个研究团队开发出一种可以快速重建新冠病毒的方法。重建病毒有助于研究人员开发诊疗方法和疫苗，同时，拥有合成能力也被认为是未来防治相关疫情的重要一环。 在实验室重建病毒，是一种有效的研究疾病暴发所涉病原体的方法。发生疫情时，将病毒样本送至研究机构可
HTLV病毒的微生物学检查
病毒分离采用PHA处理的患者淋巴细胞，加入含IL-2的营养液培养3~6周，电镜观察病毒颗粒，并检测上清液逆转录酶活性，最后用免疫血清或单克隆抗体鉴定。抗体检测可用ELISA法、间接IFA和胶乳凝集法，也可用免疫印迹法和PCR法等检测抗原或病原体。血液中HTLV-Ⅰ抗体的存在即可诊断为该病毒感染；
微生物所等发现新型黄病毒BYD
中国科学院微生物研究所高福研究组与中国农业大学动物医学院苏敬良研究组联合发现了2010年引起我国部分养鸭区鸭产蛋下降的“元凶”，一种新的黄病毒——BYD病毒，这是鸭感染黄病毒的首次报道。 从2010年4月起，中国东南部分省份的鸭场流行着一种严重的疾病，该疾病迅速蔓延至中国各养鸭重省市，包括
微生物学检查：麻疹病毒
（1）标本采集：在病人急性期内采集标本，如鼻咽拭子、鼻咽吸取物、痰等。（2）直接检测病毒：感染细胞产生细胞融合和多核巨细胞，胞质和胞核内有嗜酸性包涵体。电镜或免疫电镜检查病毒颗粒。免疫荧光技术及酶免疫技术，如EIA进行病毒抗原检测。PCR技术或核酸探针进行鉴定。（3）病毒分离与鉴定接种传代细胞系He
微生物所等发表植物基因组编辑研究综述
序列特异性核酸酶使得基因组编辑成为可能，快速推动了基础和应用生物学的发展。CRISPR-Cas9系统自出现以来，作为可转化植物的基因组编辑工具已得到广泛应用。CRISPR-Cas9对基因组靶位点进行定向切割，造成DNA双链断裂。DNA双链断裂主要通过两种高度保守的机制进行修复，即非同源末端连接(
口腔、肠道微生物菌群元基因组关联分析
2015年7月28日，北京协和医院和华大基因等机构的研究人员共同合作完成了类风湿关节炎（RA）口腔和肠道微生物元基因组研究。本项研究揭示口腔和肠道微生物菌群异常是RA病理生理和疾控的重要环节，并且为元基因组学辅助的RA个性化诊疗方案提供基础。研究成果于今日发表在《自然医学》杂志。 RA是一种致
研究人员构建人类阴道微生物基因组库
6月21日，深圳市宝安中医院（集团）副院长黄链莎、转化医学中心助理研究员孙文与大连医科大学副教授鄢秋龙等课题组的最新合作成果发表于《自然—微生物学》。人类女性阴道是一个包括细菌、真菌和病毒在内的复杂微生态系统，各微生物之间是相互制约、相互作用、相互依赖、对立统一的关系，其间的平衡关乎女性生殖健康及胎
微生物宏基因组测序可以解释地球氮循环？
微生物（细菌和古细等）是全球生物地球化学循环的重要驱动者。阐明微生物生物地理分布及其驱动过程对于预测环境变化将如何影响生物地球化学循环非常重要。以往微生物生物地理学的研究常常聚焦在物种的层面。然而，越来越多的研究表明，由于微生物群落固有的功能冗余性，微生物群落的功能变化通常与其物种组成变化是解耦
华大基因参与全球最大微生物基因组研究项目
华大基因3月22日宣布将参与全球最大微生物基因组研究项目EarthMicrobiomeProject(简称“EMP”)，将负责EMP亚洲地区所有样本的收集和鉴定，并对整个项目提供DNA提取、扩增、建库、宏基因组测序，以及研发生物信息学分析流程所需的计算资源。 EMP将对来自全球的20万个样本进