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NatureBiotechnology定义病毒基因组标准:何谓高质量基因组

据说,地球上的微生物总量超过了银河系中的恒星数量,而且病毒总量也要比之前预计的多得多。 在最新的Nature Biotechnology杂志上,美国能源部(DOE)联合基因组研究所(JGI)构建了重要的病毒序列数据库,同时提出了病毒基因组标准,指出了三类基因组质量的分级。 目前虽然许多病毒未知,或者未在实验室培养,但基因组测序和分析方面技术的机制,让研究人员能够从宏基因组和元转录组数据集中识别出超过750,000种未培养的病毒基因组。 质量和分析指南 “病毒是每个微生物生态系统中的关键组成部分,由于JGI生成了大量这些数据,因此对开发病毒基因组标准特别感兴趣,”JGI研究人员,第一作者Simon Roux说,“我们只是部分研究人员,我们庞大的研究机构详细审查了这些数据,并提供指导以帮助确定数据质量。此外,在本文中,我们希望提供的不仅仅是标准,而是包括了对这些数据进行何种类型的分析,帮助想要描述自己实验室新型病毒的研究......阅读全文

杆状病毒-昆虫细胞表达系统

实验步骤 一、杆状病毒表达载体 最简单的经典杆状病毒表达载体是一个重组的杆状病毒,其基因组含有一段外源核酸序列,通常为编码目标蛋白质的dDNA,在多角体蛋白启动子控制下进行转录。这个嵌合的基因由多角体蛋白启动子和外源蛋白编码序列组成

刘昌孝:认识SARS-CoV-2,抗病新药研发策略该从“何”说起

  过去100年发生的多起事件让世人密切关注未来发生传染病大流行的风险。2018年是1918年流感流行的100周年,估计有数千万人死于100年前那次流感。现在拥有比一个世纪前更好的干预措施,季节性流感疫苗,但不一定完全有效预防。每年需要接种或选择接种的人所占比例较小。世界上还有抗生素可以帮助治疗细菌

病毒基础知识(9)

五、病毒的非增殖性感染病毒对敏感细胞的感染并不一定都能繁殖病毒,产生有感染性的病毒子代。由于病毒或细胞的原因,使病毒的复制在病毒进入敏感细胞后的某一阶段受阻,导致病毒感染的不完全循环,不产生有感染性的病毒子代。1. 缺损病毒  有些病毒由于缺乏某些基因,单独感染细胞时不能复制出完整的、具 有感染性的

杆状病毒-昆虫细胞表达系统2

五、亲代杆状病毒基因组的改进就像转移质粒的改进,对亲代杆状病毒基因组的改进也是为了满足各种不同的需要。起初,最主要的目的是找到克服重组杆状病毒载体构建和分离低效率的方法,这也是最初的杆状病毒-昆虫细胞系统存在的主要问题。现在已经知道这个问题的根源在于, 在共转染的昆虫细胞系中,转移质粒和亲代杆状病毒

从历史探究病毒的免疫系统

  CRISPR/Cas的工作原理不是很复杂,当病毒感染细菌之后,细菌会把病毒的基因组序列的片段插入自己的基因组里,这样病毒的“模样”就被记录下来了,细菌存放入侵病毒序列的基因区域呈现出“规律间隔成簇短回文重复序列”(Clustered Regularly Interspaced Short Pal

腺病毒简介

腺病毒载体的优点:1. 宿主范围广, 对人致病性低腺病毒载体系统可广泛用于人类及非人类蛋白的表达。腺病毒可感染一系列哺乳动物细胞,因此在大多哺乳动物细胞和组织中均可用来表达重组蛋白。特别需要指出的是:腺病毒具有嗜上皮细胞性,而人类的大多数的肿瘤就是上皮细胞来源的。另外,腺病毒的复制基因和致病基因均已

中国科学技术大学发表10篇CNS,全球学术排名表现出色

Science:中国科学技术大学在量子力学再取新突破  实现对量子系统的调控是人类认识并利用微观世界规律的必然诉求,也是诸多前沿科学领域的核心要素。自旋作为一种重要的量子调控研究体系,在世界各国的量子计划中均被列为重点研究对象。开展单自旋量子调控研究有助于人们在更深层次上认识量子物理的基础科学问题,

中国科大揭示人类疱疹病毒的基因组包装机制

  5月30日,《自然》杂志在线发表了中国科学技术大学合肥微尺度物质科学国家研究中心、生命科学学院博士刘云涛、教授毕国强与合作者的研究论文,该工作利用冷冻电镜首次解析了人类疱疹病毒基因组包装的关键机制以及病毒的DNA基因组结构,有助于预防和控制疱疹病毒引发的多种疾病,并可望改造疱疹病毒用于靶向治疗。

2019新冠病毒资源库发布

  1月22日,国家基因组科学数据中心正式发布2019新型冠状病毒资源库。该库整合了世界卫生组织(WHO)、中国疾病预防控制中心(CDC)、美国国家生物技术信息中心(NCBI)、全球流感序列数据库(GISAID)等机构公开发布的冠状病毒基因组序列数据、元信息、学术文献、新闻动态、科普文章。同时,对不

国家基因组科学数据中心发布2019新型冠状病毒资源库

  1月22日,国家基因组科学数据中心正式发布2019新型冠状病毒资源库。该库整合了世界卫生组织(WHO)、中国疾病预防控制中心(CDC)、美国国家生物技术信息中心(NCBI)、全球流感序列数据库(GISAID)等机构公开发布的冠状病毒基因组序列数据、元信息、学术文献、新闻动态、科普文章。同时,对不

新冠病毒源于自然界又有新证据

自新冠肺炎疫情暴发以来,世界科研人员争分夺秒地对其展开调查分析与科学研究。除了研究如何预防和治疗新冠肺炎患者之外,研究中的很大一部分问题集中在新型冠状病毒是如何产生的,它于何时何地首次出现,何时开始在人与人之间传播,该病毒是否来自蝙蝠,在传染给人类之前有没有中间宿主,以及新冠病毒为何能如此快速地在人

PNAS重要成果:可移动遗传元件

  在一位使用了隐形眼镜液的法国女性的红肿眼睛中,科学家们发现了几个新型寄生虫,这些寄生虫能像俄罗斯套娃一样相互嵌套。   来自法国国家科学研究中心等处的Bernard La Scola 和Christelle Desnues发现这一护理液被一种新型巨型病毒污染了,他们将这种病毒命名为Lent

70种节肢动物中发现112种全新病毒 负链RNA病毒危害最大

  中国疾控中心张永振研究员带领的人兽共患病研究团队,在70种节肢动物中发现了112种从未被报道过的全新病毒,并命名了一个全新病毒科。该研究成果日前发表在生命科学领域的顶级期刊eLife杂志上。  张永振介绍,该研究在我国的湖北、浙江、新疆等地采集了昆虫纲、蛛形纲、唇足纲、软甲亚纲的70种节肢动物,

复旦大学从基因组学角度揭示SARS-CoV-2的起源和出现

  新型人类冠状病毒SARS-CoV-2(之前称为2019-nCoV)的持续大流行引起了全球的极大关注。我们和中国的其他人参与了对这种病毒的初始基因组测序。在本文中,我们描述了针对SARS-CoV-2的出现,这些基因组数据揭示了什么,并讨论了我们对其起源理解上所存在的差距。  一种新的人类冠状病毒 

正粘病毒遗传与变异

甲型流感病毒每个核苷酸在每个复制周期中的突变机率大约是15×10-5,与其它RNA病毒的突变率相似。但是,由于流感病毒的基因组分为8个或7个不相同的片段,在病毒增殖过程中很容易发生基因重排,因而使流感病毒的抗原性和致病性很容易发生变异。 (1)病毒变异的类型A.抗原性变异〓抗原性变异

反向遗传学技术及其在FMDV 研究中的应用

刘光清 刘在新 谢庆阁(中国农业科学院兰州兽医研究所农业部畜禽病毒学重点开放实验室,兰州730046)摘 要:  反向遗传技术是一种新兴的分子生物学技术, 已广泛应用于生命科学研究的各个领域。综述反向遗传技术研究进展,并讨论该技术在口蹄疫病毒研究中的应用。关键词:  反向遗传学 反向遗传技术 全长c

研究揭示揭示冠状病毒SARS-CoV-2如何传播和进化

  新型冠状病毒SARS-CoV-2(之前称为2019-nCoV)导致2019年冠状病毒病(COVID-19),如今正在全球肆虐。2020年2月28日,Christian Drosten在网上发布了SARS-CoV-2的基因序列后,立即在推特上发出警告。随着这种病毒在世界范围内的传播,350多个SA

深度分析人体病毒组

  自从微生物学诞生以来,研究人员着重关注让我们、我们驯养的家畜和种植的植物患病的病原体。鉴于症状的产生是了解特定病毒是否在几年前就已存在的唯一方法,因此大多数得到很好研究的病毒是那些导致疾病的病毒。但是很多病毒长期地感染人类,不会导致疾病,但是可能会导致年龄非常小的、年龄非常大的或者存在免疫抑制的

正粘病毒培养和增殖

(1)培养〖HT5SS〗 甲型流感病毒虽能引起人和多种动物的疾病,但大多数毒株具有比较明显的宿主特异性。各型流感病毒都能在鸡胚内良好增殖。初代分离时最好应用羊膜腔接种法,但许多毒株也能适应于鸡胚尿囊腔,特别是已在羊膜腔内传代的毒株。丙型流感病毒只能在羊膜腔内增殖。多数流感病毒可在牛胚肾、

狙击艾滋病毒――“引蛇出洞”还是“关门打狗”?

  曾庆平   有很多非专业或跨专业人士对于人类为何数十年攻克不了艾滋病难题感到迷惑不解,那是因为他们不太了解艾滋病毒致病的“特洛伊木马”机制。   艾滋病毒之所以能“摧毁”人类的免疫系统,是因为它们专门感染并杀死免疫细胞。不过,只要它们在免疫细胞内复制并产生新的病毒,人体都能立即识别它们并设法

一文读懂如何破解新冠病毒基因组全长序列

随着疫情进入攻坚阶段,基于实时荧光RT-PCR法的核酸检测技术在新冠病毒快速鉴定及确诊中发挥了重要作用。然而,若要对新冠病毒来源、变异进化及致病机理等进行研究,需获取完整的病毒基因组信息,这离不开高通量测序和病毒序列组装。 为全面深入地揭示新冠病毒的相关特性,华大智造可为新型冠状病毒高通量

一文读懂如何破解新冠病毒基因组全长序列

随着疫情进入攻坚阶段,基于实时荧光RT-PCR法的核酸检测技术在新冠病毒快速鉴定及确诊中发挥了重要作用。然而,若要对新冠病毒来源、变异进化及致病机理等进行研究,需获取完整的病毒基因组信息,这离不开高通量测序和病毒序列组装。 为全面深入地揭示新冠病毒的相关特性,华大智造可为新型冠状病毒高通量

“蝙蝠女侠”团队找出SARS病毒源头

  石正丽研究组正在进行样本处理。中国科学院武汉病毒研究所供图  SARS样冠状病毒的自然宿主菊头蝠。广东省昆虫研究所张礼标研究员供图  电子显微镜下的SARS冠状病毒粒子。中国科学院武汉病毒研究所杨兴娄博士供图  石正丽研究组在野外作业。中国科学院武汉病毒研究所供图  15株蝙蝠SARS样冠状病毒

生物活性缺损病毒分类-微生物与寄生虫

生物活性的缺损病毒分类是微生物与寄生虫检验考试复习需要了解的知识,医学|教育网搜集整理了相关内容与考生分享。1.干扰缺损病毒又称干扰缺损颗粒(defective interfering particles,DI颗粒),是病毒复制时产生的一类亚基因组的缺失突变体,必须依赖于其同源的完全病毒才能复制。D

病毒基础知识(3)

(四)分子病毒学的研究时期  自从1953年DNA双螺旋结构理论建立以来,由于分子生物学的迅速发展,新技术和新方法的应用,使得病毒学的研究步入了分子病毒学的发展时期。50年代至60年代是分子生物学的奠基时代,而病毒特别是噬菌体和植物病毒为此做出了巨大的贡献,因此分子病毒学也正是分子生物学的发展过程中

临床样本核酸提取全攻略

¤ 临床检验样本RNA的提取人和动物全血、血清、血浆、脑脊液、人淋巴细胞中提取总RNA或病毒RNA——血液(液体样本)总RNA快速提取试剂盒(离心柱型)货号:RP4001  700元/50次血清、血浆、全血(或其他含病毒的液体)中同时提取病毒基因组和RNA——病毒基因组DNA/RNA快速提

Nature:揭秘HIV精英控制者体内特殊HIV病毒库的特性!

  近日,一篇发表在国际杂志Nature上的研究报告中,来自麻省总医院等机构的科学家们通过研究成功对64名HIV精英控制者(elite controllers)和41名服用抗逆转录病毒药物(ART)的个体机体中数以亿计的细胞进行测序,精英控制者,即在并不需要用药的情况下机体就能成功抑制HIV的水平和

和平共生、感染致病、化为己用?病毒与人类之间的事

  科学家们将寄居于人类体内或者表面的病毒统称为“人类病毒组”(human virome)。它们不仅仅会入侵人体细胞,还会对其他微生物造成影响,,例如细菌。得益于基因组学的发展,我们已经发现了很多之前从未发现的病毒种类,它们存在于皮肤、肠道、肺部、血液……  值得注意的是,很多病毒并不会立即引发病变

正粘病毒化学组成及其功能(一)

流感病毒由68%~70%的蛋白质、1%~2%的核糖核酸(RNA)、20%~25%脂质和5%~8%的糖组成。病毒蛋白质含有5种多肽,即血凝素、神经氨酸酶、基质蛋白、核蛋白和多聚酶。  (1) 正粘病毒基因组组成 〖HT5SS〗流感病毒的基因组是由8个分节段的单链、负股RNA组成,

新冠病毒“变异”了?科学研究如何避免过度解读

  最近几天,关于新型冠状病毒变异成两个“亚型”的传言惹人注目。其来源是3月3日发表于《国家科学评论》的论文《关于SARS-CoV-2的起源和持续进化》。  但是,中国—世卫组织联合考察组刚刚给出了新冠病毒未发生明显变异的结论。《自然—微生物学》也发表了耶鲁大学流行病学专家Nathan D. Gru