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北京生命科学研究院方赵庆课题组发布新的基因预测方法

当缺乏密切相关的参考基因组时,大多数的基因预测方法检测的是来自转录组组件的编码序列。这些方法的应用有限,因为高的转录本片段和广泛的组装错误,可能会导致多余的或错误的编码序列预测。11月17日在国际学术期刊《Genome Biology》发表的一项研究中,来自中科院北京生命科学研究院的研究人员,提出了一种方法——inGAP-CDG,可以利用基于密码子的de Bruijn图表,构建来自未组装转录组的完整长度的和非冗余的编码序列,从而简化了组装过程。这项研究的通讯作者是中科院北京生命科学研究院的赵庆方研究员。 对于有参考基因组的物种来说,通常是用基于同源性的方法来预测功能基因,这可能通过将靶序列对准到近缘种的原始基因,来识别基因。然而,参考数据库只代表一小部分现有的物种,从而限制了这些方法的使用。因此,依赖于已知参考基因组的基因预测方法,限制了我们对于新物种的功能性理解。当缺乏相关的参考基因组时,利用组装基因组序列的从头预测方法......阅读全文

基因可预测人类死亡时间?揭基因与死亡关系

美国科学家发现了一种特别的基因,甚至能预测一个人最可能在一天中的什么时候死亡。   美国科学家声称发现了一种特别的基因,不仅能够确定你能否成为一个早起的人,而且能够将你可能去世的时间预测到上午还是下午。这种特别基因控制着人体生理节律,或许是当人接近死亡的时候,身体会还原到一种更加自然的生理节律。

如何将基因检测推向大众

  15年前,J.CraigVenter“教唆”政府花费1亿美元来测序一个人的全基因组(实际上是他自己的基因组)。18个月前,他在加利福尼亚州成立了人类长寿公司(Human Longevity Inc,HLI),现在该公司正在运营号称世界上最大的DNA测序实验室。该公司已与南非DiscoveryHe

转录组高通量测序

(第二代高通量测序技术-454)  转录组即特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和,是研究细胞表型和功能的一个重要手段。与基因组不同的是,转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下,其基因表达情况是不完全相同的。罗氏GS-FLX-Titanium第二代

美研究称基因序列预测长寿准确率高达77%

  美国研究人员宣布,他们发现基因序列可以预测人能否长寿,预测准确率高达77%。研究论文7月1日由《科学》(Science)杂志发表。长寿老人多有长寿基因  波士顿大学一个研究小组调查1000多名百岁老人,根据收集数据开发出一个基因分析系统。使用这个系统,可以预测人们是否有相当大机会“格外

孕妇的血液检测可以预测早产

  项针对孕妇的新血液检测检测结果显示,孕妇的妊娠期是否会过早结束,准确率达到 75%-80%。这项技术还可以用来估计胎儿的妊娠期——或者母亲的预产期——和超声波一样可靠,也不那么昂贵。这项测试是由斯坦福大学的研究人员领导的一组科学家开发的,可以帮助减少与早产有关的问题。图片来源于网络  早产会影响

康斯坦丁:基因检测如何让癌症变的可预防?

   癌症离大众并不遥远,我国早就成为癌症高发大国。癌症这一存在于基因深处的恶魔,随着国内环境的日益恶化,正成为大众的梦魇。  虽然现代医学已经发展到一定高度,但始终对癌症束手无策,癌症=死亡已经成为大众共识。从这个角度来看,对付癌症最有效的方法就是能够提前预测其发生的可能性,并在患病之前,将其扼杀

成功或许藏在你的DNA中:特定基因突变的人成为高收入者

  研究发现,相比家庭背景,一个与教育有关的基因指标能更好地预测儿童的教育和经济成功。这意味着通过生物学机制继承自父母的优势可能有着更大的影响。  北京时间7月13日消息,据国外媒体报道,一项新研究称,成功可能就藏在你的DNA中。科学家发现,社会流动性有一部分就写在我们的基因中,决定了我们能否功成名

2019年中国基因测序行业发展现状及趋势预测

一、基因测序行业发展现状分析    基因测序技术应用范围较广,主要分为科研服务、医疗应用服务以及非医疗基因检测服务。其中,医疗应用服务是目前应用基因测序技术中活跃度较高且发展潜力较大的部分,涉及无创产前筛查、遗传病诊断、植入前胚胎遗传学诊断、肿瘤诊断等诸多领域。近年来,随着“二胎

华大基因上市启程!基因测序行业迎来风口

  基因测序能够提前发现疾病或者找出更多病因的本原,有助于提前诊断或准确诊断,从而预防和治疗疾病。此外,基因测序技术突飞猛进,检测成本大幅下降,已进入商业化阶段,对传统治疗方式的改进,使得基因测序未来市场空间广阔。  增长预期强烈  数据显示,全球基因测序市场规模已经从2007年的7.94亿美元增长

转录组高通量测序

  (第二代高通量测序技术-454)   转录组即特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和,是研究细胞表型和功能的一个重要手段。与基因组不同的是,转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下,其基因表达情况是不完全相同的。罗氏GS-FLX-Titaniu

转录组高通量测序

  (第二代高通量测序技术-454)   转录组即特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和,是研究细胞表型和功能的一个重要手段。与基因组不同的是,转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下,其基因表达情况是不完全相同的。罗氏GS-FLX-Titaniu

转录组高通量测序

  (第二代高通量测序技术-454)   转录组即特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和,是研究细胞表型和功能的一个重要手段。与基因组不同的是,转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下,其基因表达情况是不完全相同的。罗氏GS-FLX-Titaniu

4月29日《自然》杂志精选

      封面故事: 寻找同卵双胞胎的遗传差别     同卵(或更准确地说“单合子”)双胞胎被广泛用来研究遗传和环境对人们疾病的贡献。对三对单合子双胞胎(其中一对有多发性硬化,另外两对没有)所作的一项研究,将最新基因组测序和分析方法

FDA局长最新讲话:基因疗法监管要怎么加速?

  FDA局长Scott Gottlieb博士近日发表了关于再生医学产品和基因疗法的演讲(图片来源:FDA官网)  Gottlieb博士表示,产生持久疗效的基因疗法属于更大的再生医学产品的一部分。传统的药物审评中,80%的审查都集中在临床部分,20%会专注产品自身的问题,这个普遍原则在细胞和基因疗法

基因组编辑调控植物内源基因翻译效率的实验流程公布

  上游开放阅读框uORF广泛存在于动植物基因的5’非翻译区,通常能够抑制下游主开放阅读框pORF的翻译。中国科学院遗传与发育生物学研究所高彩霞研究组率先利用CRISPR/Cas9技术对uORF进行编辑,发现能够显着提高目标基因的翻译效率,建立了利用基因组编辑调控内源基因蛋白质翻译效率的新方法,相关

基因组编辑调控植物内源基因翻译效率的实验流程

上游开放阅读框uORF广泛存在于动植物基因的5’非翻译区,通常能够抑制下游主开放阅读框pORF的翻译。中国科学院遗传与发育生物学研究所高彩霞研究组率先利用CRISPR/Cas9技术对uORF进行编辑,发现能够显着提高目标基因的翻译效率,建立了利用基因组编辑调控内源基因蛋白质翻译效率的新方法,相关成果

基因组编辑调控植物内源基因翻译效率实验流程发布

  上游开放阅读框uORF广泛存在于动植物基因的5’非翻译区,通常能够抑制下游主开放阅读框pORF的翻译。中国科学院遗传与发育生物学研究所高彩霞研究组率先利用CRISPR/Cas9技术对uORF进行编辑,发现能够显著提高目标基因的翻译效率,建立了利用基因组编辑调控内源基因蛋白质翻译效率的新方法,相关

基因检测有你想的那么神吗?

近几年来,随着精准医学概念的推进,基因检测技术在商业或医学上的应用备受推崇,它就像给人体做了一个详细的说明书,详细地告诉你在哪方面有天赋,未来可能患什么病。日前,美国《纽约时报》对该话题进行了深入的研究和报道,问题并没有我们想象得那么简单。至少在眼下,指望基因检测给你一生的天赋和健康一锤定音,还是一

PNAS:新方法预测致癌突变的作用机制

  在癌症研究中,人们的首要任务往往是发现突变基因。这些驱动突变影响了许多致癌通路,让癌细胞“野蛮生长”。然而,许多癌基因具有十分复杂的作用机制,调节了多个不同的生物学过程。这给癌症的机制研究和靶向治疗带来了挑战。  为了解决这个问题,美国Fred Hutchinson癌症研究中心Bruce Clu

基因预测未来靠谱吗?

  “花1000美元,就能知道自己体内的所有秘密,并预见未来。”——这甚至成为了人们心目中一种理想的生活方式。可目前,由于风险评估的依据不足,准确性很差,对于疾病干预的指导性不大,因此,基因预测还不值得一提。   个体化基因组学医学一直被看做是未来医疗技术的一大热点,除了疾病诊断和治疗,

基因检测市场发展综述

   一、市场现实需求  根据卫生部发布的《中国出生缺陷防治报告(2012)》,中国为出生缺陷的高发国,在每年约1600万的新生儿中,先天性致愚致残缺陷儿童总数高达90万。  仅唐氏综合征一项,中国各地政府每年就要支付82亿元左右的经费,用于患儿的医疗和社会救济,存活下来的出生缺陷儿童多为终生残疾或

人工智能和机器学习正在如何重塑当今的医疗产业?

  在医疗健康领域活跃着世界上最具创新性的初创公司,他们致力于为人类带来更高质量的生活和更长的生命。软件和信息技术刺激了这些创新的产生和发展,数字化的健康和医疗数据使得医疗的研究和应用进程不断加速。  近年来,以人工智能和机器学习为首的先进技术让软件变得越来越智能和独立,不断加速着健康领域的创新步伐

中国科学报:基因预测未来靠谱吗

  “花1000美元,就能知道自己体内的所有秘密,并预见未来。”——这甚至成为了人们心目中一种理想的生活方式。可目前,由于风险评估的依据不足,准确性很差,对于疾病干预的指导性不大,因此,基因预测还不值得一提。   个体化基因组学医学一直被看做是未来医疗技术的一大热点,除了疾病诊断和治疗,还能在人们

抽个血,就能知晓前世今生?

  自1975年英国生化学家弗雷德里克·桑格发明末端终止法DNA(脱氧核糖核酸,其中具有遗传效应的片段叫做基因)测序技术之后,基因测序被视为打开生命奥秘之门的金钥匙。如今在一些发达国家,基因测序已从实验室走入临床应用;特别是一些名人利用基因测序提前预防癌症等疾病,更让这一技术炙手可热。  基因测序到

疾病预测、天赋检测 基因检测真能“剧透”人生?

  随着技术进步和成本的大幅下降,基因检测逐渐从生物医学实验室走向临床,走近普通大众生活。在“基因检测可以预测疾病”“基因检测可以发现孩子天赋”等“盛名”之下,不少机构也纷纷推出相关服务。  基因检测到底价值如何?对于新兴技术,我们该如何更好利用和有效监管?本报记者展开调查。  可以治百病?  能准

基因检测 真能“剧透”人生?

  随着技术进步和成本的大幅下降,基因检测逐渐从生物医学实验室走向临床,走近普通大众生活。图片来源网络  在“基因检测可以预测疾病”“基因检测可以发现孩子天赋”等“盛名”之下,不少机构也纷纷推出相关服务。基因检测到底价值如何?对于新兴技术,我们该如何更好利用和有效监管?本报记者展开调查。  可以治百

美刊系列文章关注基因测试:让人期待让人疑

  在美国,接受基因测试、评估自己或下一代的健康隐患,已不是少数人的专利。越来越多的人对基因测试跃跃欲试,但同时忧虑丛生:做这种测试是否值得?可信度几分?假如测试结果表明某种患病风险的存在,自己又该如何应对?   美国《新闻周刊》专栏作家玛丽·卡迈克尔(Mary Carmichael)2007

植物生物学研究数据库

实验概要植物生物学研究数据库实验步骤http://bioinf.scri.sari.ac.uk/cgi-bin/plant_snorna/home 英国 Top 植物种的snoRNA基因数据库。 综合 http://bioinformatics.psb.ugent.be/webt

精确编辑基因!利用机器预测细胞修复CRISPR诱发的DNA断裂

  当双螺旋DNA因损伤(比如X射线暴露)发生断裂时,细胞中的分子机器会开展基因“自动校正(auto-correction)”,从而将基因组重新连接在一起,但是这种修复通常是不完美的。细胞中的天然DNA修复过程能够以一种看似随机且不可预测的方式在断裂位点处添加或移除DNA片段。利用CRISPR-Ca

预防红颜杀手,基因检测是否必要?

  安吉丽娜朱莉早在两年前就已经通过基因检测和相应的切除手术,将自己患乳腺癌的风险大大降低。  姚贝娜去世的消息像一则重磅炸弹,不仅震撼到了整个娱乐界,也让大家感到心痛惋惜,从爆出缺席颁奖典礼到病逝,也就一个月。回想一下,多少明星被乳腺癌夺走了生命:梅艳芳、陈晓旭、叶凡、阿桑,还有奥黛丽赫本。还有一